李自成自北京西撤时，原明降将唐通随其一起西撤至府谷等地，但唐通见顺军“势蹙，不可持”，便月兑离了顺军，“还驻保德州”，等到清军攻入山西后，唐通便以自己控制的晋西北之地为进身之阶，投降了清廷。
1644年十一月，阿济格率兵抵达宁武关后，便命令唐通“往保德州河岸、造筏”以为清军西渡黄河进入陕西做准备，唐通很好的完成了阿济格的命令，于是，不久之后，清军便从晋西北渡河进入了陕北地区。
不过，自晋西北渡过黄河，攻入陕北的清军仅仅是阿济格在山西宣大等地收编的部队，其作用也仅仅是吸引顺军的注意力，而阿济格自身，则与吴三桂、耿仲明所部“出边自榆林入狭西”。
从晋西北渡过黄河的清军大约是在顺治元年十二月二十日前“俱已过尽”、阿济格本身也于当月月底前入陕，因此清军很快控制了陕北大部，只剩下高一功还率部在榆林城内坚持。
当年十二月三十日，阿济格委任姜瓖为总督，统帅诸军围攻榆林，自己则率着另外一些部队南下绥德，准备去对付目前被包围在延安，但仍在顽强抵抗的李过部。
而在阿济格攻入陕北的同时，多尔衮派遣多铎率部南下助战。
南下的多铎一路上夺取了广平、大名、彰德、卫辉、怀庆等府，唬得曹州、濮州、东平、泰安等地的明军慌不迭的逃回了济宁和兖州，只差没有灰溜溜的滚回南直隶了；但就在龟缩在济宁的史可法等人或张皇失措或觉悟自己的命运之时，清军从孟津南下渡过黄河，然后直扑潼关而去，倒是让山东明军得以死里逃生、长舒了一口气。
当年十二月十五日，多铎所部抵达陕州；二十二日，多铎部前锋在距离潼关二十里处扎下营盘，以等候后方红衣火炮的抵达。
面对清军的两路夹击，李自成最初是以陕北为防御重点的，但后来随着多铎部的威胁日益严重，防御重点又改为了潼关方向——就地理位置而言，潼关距离西安的距离可比陕北距离西安的距离近了太多，因此李自成改变原有防御计划也是非常正常的——并在多铎前锋抵达潼关的当天，李自成也率部抵达了潼关。
由于顺、清两军在潼关周边集结了大量部队，因此一场激烈的决战随之展开。
当年十二月二十九日，刘宗敏与清军前锋交战，结果初战便宣告失利。
永昌二年正月初四，刘芳亮率兵千人去进攻清军营地，清军护军统领图赖、尼堪等率正黄、正红、厢白、厢红、厢蓝等五旗各牛录护军迎战，再次击败了顺军；李自成闻讯亲自率马步兵初战，于是在五、六两天，顺军又连续发起多次进攻，但每一次都铩羽而归。
当年正月初九，清军乌真超哈部队携带多门红衣火炮抵达潼关前线，并随后用重炮轰击潼关关城，给顺军造成极大的损伤和心理压力，使得顺军的局面愈发的不利起来。
十一日，清军逼近潼关关口，顺军凿重壕立坚壁，截断清军进攻道路，又以骑兵三百横冲清军阵列，最后还分兵绕至敌后牵制，然而前阻、后牵、迎头痛击者，都未成功，李自成见大势已去，只好带着大部分兵马撤回西安——很明显，红衣火炮不是万能的，否则也不会出现莱州、锦州等战例了，但顺军却没有直面对手大规模炮击的经验，所以，才会在主力尚未有多少损失的情况下，就不战而退了。
李自成逃跑后的第二天，留守潼关的顺军将领巫山伯马世尧率领部下7000人假意投降了清军，马世尧的本意是，清军开进潼关后再暴起反击，与李自成部主力来个前后夹击，瓮中之鳖，然而其行事不周，派遣的信使被清军探马查获，于是功败垂成，最终马世尧被多铎斩杀，潼关之役以清军的顺利、顺军的失败告终。
得知潼关失守、关中门户大开的李自成已经清楚的了解到了八旗兵的战斗力，因此自知西安肯定是守不住的，因此当年正月十三日，李自成率部主动撤出西安、放弃关中，先至蓝田，后经商州龙驹寨向东南方向开拔，准备沿用过去的经验，转战豫楚，进而在长途转进过程中，寻找反攻的机会······
大善殿内，朱由崧冲着马士英、高弘图、王铎、王应熊、吴甡等五位大学士及时任刑部尚书的顾锡畴言道：“关于陈洪范，内行厂、西厂具有奏报，高杰也有呈奏，显然已经是板上钉钉了，朕看就不用再议了，着即明正典刑。”
陈洪范是南京派往北京和谈的代表之一，结果代表团团长左懋第、第一副团长马绍愉都被清廷扣押，唯有此人叛变投敌后被放了回来。
若是回来后，坦白一切也就算了，但已经认贼作父的陈洪范一路上不但向史可法、高杰等人散播失败主义的信息，还伪造黄得功叛变的消息企图离间南明内部，这就让原本对他很不放心的朱由崧下定了决心，将其抓了起来。
但对于陈洪范怎么处置，明廷内部是有不同声音的，尤其是与陈洪范关系密切的马士英觉得勒令陈洪范回乡里居就可以了，不必特别严惩，搞得人心惶惶的。
然而，朱由崧却一定要用陈洪范的人头惊醒世人，所以事情就拖了下来，现在，朱由崧终于有了可靠的证据，相位还不算稳固的马士英自然不敢再多说什么了，于是便和其他大臣应道：“臣等领旨！”
朱由崧让高弘图等人都先退下了，然后对留下来的马士英说到：“马先生，今后交友还是要谨慎一点，不要有了银子就说好！”
朱由崧这话不单单是指陈洪范，也是针对马士英在启用朱大典等人的时候贪污受贿的行为说的，对此，马士英颇有些战战兢兢，但对于马士英，朱由崧还是要用的，便笑着言道：“马先生不必紧张，你的功劳，朕是明白，这样吧，令郎马銮荫授尚宝司丞、马锡荫入紫金山讲武堂入读。”
朱由崧说到这，顿了顿，然后意味深长的说道：“还望老先生继续为国效命才好。”
马士英立刻滚到地上叩首道：“臣叩谢天恩······”