李自成自北京西撤時，原明降將唐通隨其一起西撤至府谷等地，但唐通見順軍「勢蹙，不可持」，便月兌離了順軍，「還駐保德州」，等到清軍攻入山西後，唐通便以自己控制的晉西北之地為進身之階，投降了清廷。
1644年十一月，阿濟格率兵抵達寧武關後，便命令唐通「往保德州河岸、造筏」以為清軍西渡黃河進入陝西做準備，唐通很好的完成了阿濟格的命令，于是，不久之後，清軍便從晉西北渡河進入了陝北地區。
不過，自晉西北渡過黃河，攻入陝北的清軍僅僅是阿濟格在山西宣大等地收編的部隊，其作用也僅僅是吸引順軍的注意力，而阿濟格自身，則與吳三桂、耿仲明所部「出邊自榆林入狹西」。
從晉西北渡過黃河的清軍大約是在順治元年十二月二十日前「俱已過盡」、阿濟格本身也于當月月底前入陝，因此清軍很快控制了陝北大部，只剩下高一功還率部在榆林城內堅持。
當年十二月三十日，阿濟格委任姜瓖為總督，統帥諸軍圍攻榆林，自己則率著另外一些部隊南下綏德，準備去對付目前被包圍在延安，但仍在頑強抵抗的李過部。
而在阿濟格攻入陝北的同時，多爾袞派遣多鐸率部南下助戰。
南下的多鐸一路上奪取了廣平、大名、彰德、衛輝、懷慶等府，唬得曹州、濮州、東平、泰安等地的明軍慌不迭的逃回了濟寧和兗州，只差沒有灰溜溜的滾回南直隸了；但就在龜縮在濟寧的史可法等人或張皇失措或覺悟自己的命運之時，清軍從孟津南下渡過黃河，然後直撲潼關而去，倒是讓山東明軍得以死里逃生、長舒了一口氣。
當年十二月十五日，多鐸所部抵達陝州；二十二日，多鐸部前鋒在距離潼關二十里處扎下營盤，以等候後方紅衣火炮的抵達。
面對清軍的兩路夾擊，李自成最初是以陝北為防御重點的，但後來隨著多鐸部的威脅日益嚴重，防御重點又改為了潼關方向——就地理位置而言，潼關距離西安的距離可比陝北距離西安的距離近了太多，因此李自成改變原有防御計劃也是非常正常的——並在多鐸前鋒抵達潼關的當天，李自成也率部抵達了潼關。
由于順、清兩軍在潼關周邊集結了大量部隊，因此一場激烈的決戰隨之展開。
當年十二月二十九日，劉宗敏與清軍前鋒交戰，結果初戰便宣告失利。
永昌二年正月初四，劉芳亮率兵千人去進攻清軍營地，清軍護軍統領圖賴、尼堪等率正黃、正紅、廂白、廂紅、廂藍等五旗各牛錄護軍迎戰，再次擊敗了順軍；李自成聞訊親自率馬步兵初戰，于是在五、六兩天，順軍又連續發起多次進攻，但每一次都鎩羽而歸。
當年正月初九，清軍烏真超哈部隊攜帶多門紅衣火炮抵達潼關前線，並隨後用重炮轟擊潼關關城，給順軍造成極大的損傷和心理壓力，使得順軍的局面愈發的不利起來。
十一日，清軍逼近潼關關口，順軍鑿重壕立堅壁，截斷清軍進攻道路，又以騎兵三百橫沖清軍陣列，最後還分兵繞至敵後牽制，然而前阻、後牽、迎頭痛擊者，都未成功，李自成見大勢已去，只好帶著大部分兵馬撤回西安——很明顯，紅衣火炮不是萬能的，否則也不會出現萊州、錦州等戰例了，但順軍卻沒有直面對手大規模炮擊的經驗，所以，才會在主力尚未有多少損失的情況下，就不戰而退了。
李自成逃跑後的第二天，留守潼關的順軍將領巫山伯馬世堯率領部下7000人假意投降了清軍，馬世堯的本意是，清軍開進潼關後再暴起反擊，與李自成部主力來個前後夾擊，甕中之鱉，然而其行事不周，派遣的信使被清軍探馬查獲，于是功敗垂成，最終馬世堯被多鐸斬殺，潼關之役以清軍的順利、順軍的失敗告終。
得知潼關失守、關中門戶大開的李自成已經清楚的了解到了八旗兵的戰斗力，因此自知西安肯定是守不住的，因此當年正月十三日，李自成率部主動撤出西安、放棄關中，先至藍田，後經商州龍駒寨向東南方向開拔，準備沿用過去的經驗，轉戰豫楚，進而在長途轉進過程中，尋找反攻的機會••••••
大善殿內，朱由崧沖著馬士英、高弘圖、王鐸、王應熊、吳甡等五位大學士及時任刑部尚書的顧錫疇言道︰「關于陳洪範，內行廠、西廠具有奏報，高杰也有呈奏，顯然已經是板上釘釘了，朕看就不用再議了，著即明正典刑。」
陳洪範是南京派往北京和談的代表之一，結果代表團團長左懋第、第一副團長馬紹愉都被清廷扣押，唯有此人叛變投敵後被放了回來。
若是回來後，坦白一切也就算了，但已經認賊作父的陳洪範一路上不但向史可法、高杰等人散播失敗主義的信息，還偽造黃得功叛變的消息企圖離間南明內部，這就讓原本對他很不放心的朱由崧下定了決心，將其抓了起來。
但對于陳洪範怎麼處置，明廷內部是有不同聲音的，尤其是與陳洪範關系密切的馬士英覺得勒令陳洪範回鄉里居就可以了，不必特別嚴懲，搞得人心惶惶的。
然而，朱由崧卻一定要用陳洪範的人頭驚醒世人，所以事情就拖了下來，現在，朱由崧終于有了可靠的證據，相位還不算穩固的馬士英自然不敢再多說什麼了，于是便和其他大臣應道︰「臣等領旨！」
朱由崧讓高弘圖等人都先退下了，然後對留下來的馬士英說到︰「馬先生，今後交友還是要謹慎一點，不要有了銀子就說好！」
朱由崧這話不單單是指陳洪範，也是針對馬士英在啟用朱大典等人的時候貪污受賄的行為說的，對此，馬士英頗有些戰戰兢兢，但對于馬士英，朱由崧還是要用的，便笑著言道︰「馬先生不必緊張，你的功勞，朕是明白，這樣吧，令郎馬鑾蔭授尚寶司丞、馬錫蔭入紫金山講武堂入讀。」
朱由崧說到這，頓了頓，然後意味深長的說道︰「還望老先生繼續為國效命才好。」
馬士英立刻滾到地上叩首道︰「臣叩謝天恩••••••」