到燕山了後，範成大秘密地草擬奏章，具體論述受書儀式，把它放入懷中。範成大首次呈進國書的時候，言詞慷慨。金國君臣正認真傾听，範成大忽然上奏道︰「兩朝已經結為叔佷關系，而受書禮儀沒有確定，我這里有奏章。」于是把插在腰上的手板拿出。金世宗大吃一驚，說︰「這難道是獻國書的地方？」金朝群臣用手板擊他要他起來，範成大跪立不動，一定要把國書送上。
金太子國完顏允恭侍完顏雍身側，稟告道︰「宋使無禮，應加死罪。」金主完顏雍不從，令回到住所，听候處理。範成大一直跪著要獻上國書，金國朝臣議論紛紛。最終，範成大得以保全氣節而歸。範成大返宋，完顏雍回書拒宋所請，只許奉遷陵寢，同意歸還宋欽宗梓宮。
孝宗還是不死心，又派遣中書舍人趙雄往賀完顏雍的生辰，仍然申說前請。完顏雍還是不肯答應，到趙雄辭別的時候，他對趙雄說道︰「你們為什麼舍棄欽宗，專門請鞏、洛山陵呢？如果你們不想讓不欽宗歸櫬，我當為你們國代葬。」趙雄不便回答，只說要稟告之後，再做定奪。完顏雍等了一年，杳無音信，于是用一品的禮儀，安葬欽宗于鞏、洛。
孝宗的太子死後，慶王趙愷按照次序應該被立為太子。但是孝宗因為第三個兒子趙惇，英武類似自己，于是越過順序立他為太子。紹興十七年九月，趙惇生于孝宗的藩邸，他的母親是成穆皇後郭氏。紹興二十年，被賜名趙惇，授右監門衛率府副率，轉榮州刺史。宋孝宗即位後，趙惇拜鎮洮軍節度使、開府儀同三司，封恭王。
虞允文為相時，請求趁早確立皇太子。乾道七年，趙惇被立為太子。 孝宗進封趙愷為魏王，判寧國府，又命宰相設宴玉津園。酒宴完畢，送趙愷上車。趙愷對虞允文說道︰「還望相公保全！」虞允文自然勸慰不已，趙愷這才帶著家眷去了。
不久吳太後的妹夫張說，攀援親屬，竟然被擢升為簽書樞密院事。詔命下達後，朝臣大嘩。左司員外郎兼侍講于是上疏勸諫，還跑到朝堂責備虞允文說道︰「宦官執政，是從京、黼開始。近親執政，是從相公開始的。」虞允文不禁慚愧，稟告了孝宗，孝宗于是收回成命。
到了乾道八年，孝宗改左右僕射為左右丞相，左相仍然是虞允文，右相是梁克家。接著又出張栻為知袁州，命張說進入樞密院。侍御史李衡，右正言王希呂，又上書勸諫。直學士院周必大，還不肯寫詔。給事中莫濟，封回了錄黃。孝宗將他們四人一齊罷免，京城人士卻稱他們為四賢。
虞允文因為諫院乏人，特別薦用李彥穎、林光朝、王質三人，孝宗沒有批準，反而任用了幸臣曾覿所舉薦的人員，于是虞允文請求離職。孝宗就調他宣撫四川，進封雍國公，又賜虞允文家廟祭器，以示寵遇。
虞允文陛辭之際，孝宗諭示他進兵收復失地的
方略，約定以某日會師于河南。虞允文說道︰「以後要防止朝廷內外不相呼應。」孝宗答道︰「如果西師出兵而朕還在猶豫，那是朕辜負你；如果朕已經行動而你仍在猶豫，那就是你負了朕。」又親臨正衙酌酒、賦詩，為他踐行。
乾道九年，虞允文抵達成都就任。當時四川宋軍每月領米一石五斗，不能養家。虞允文得訊後，捐出宣司錢三十萬換米，按照士卒家中人口增給米數。除此之外，他還訂立戶馬七條，搜括民馬，「奏選良家子」，以備將來的戰爭使用。
四川北部有一位名為寇鄰的首領，率領數萬人活動于商、虢二州間，在虞允文任相時歸順。到了虞允文鎮蜀時，他又派人向四川方面去信聯系，但虞允文未作回復，只是照舊羈縻而已。之後寇鄰的密謀泄露，被金國暗中逮捕。宰臣葉衡將此事奏報朝廷，虞允文上疏自辨，請求納祿，孝宗未批復。
孝宗曾對虞允文有共同洗雪「丙午之恥」、北伐中原的期許。但虞允文鎮蜀一年，並沒進兵計劃。孝宗下密詔催促，他卻稱軍需還沒有準備完備。 淳熙元年，虞允文因積勞成疾，不幸病逝，享年六十五歲 。孝宗聞訃訊，為之輟朝，追贈少師。
孝宗因虞允文鎮蜀時沒有實現北伐計劃，心中頗為餃恨。在虞允文死後，「凡宣撫使飾終之典，一切不用」。到虞允文舉薦的趙雄拜相之後，屢次為他申辯，稱其有志于恢復，但是不幸逝世，才無法完成使命。淳熙四年，孝宗在白石大規模閱軍，趙雄上奏稱軍中都是年少健壯之人。孝宗感嘆道︰「之前虞允文進行裁汰之法，如今才見成效。只談采石一事，也是奇絕。」次年，趙雄擬請加賜虞允文贈謚，孝宗同意，並刪去趙雄所擬寫的詔書中「久在相位，實著勛勞」八字，將所贈太師之官改為太傅，謚號「忠肅」 。
虞允文為左丞相時，受到御史蕭之敏彈劾，他上章待罪。宋孝宗前往德壽宮時，趙構說道︰「虞允文在采石立功時，蕭之敏在何處？不要听任虞允文去職。」孝宗于是將蕭之敏外調地方，又親自在扇面上題詩，以挽留虞允文。虞允文認為蕭之敏為人端莊正直，請求召他回朝，以開闢言路。孝宗認為虞允文所言寬厚，特命大臣曾懷將此事寫在《時政記》中。
為慶賀乾道八年的孝宗生辰 ，完顏雍派外戚烏林答天錫作為使臣來宋祝賀。烏林答天錫為人傲慢不恭，堅持要求孝宗下榻問候完顏雍的起居。孝宗不肯答應，他便長跪不起，一旁侍臣都驚愕失措。于是虞允文請求孝宗先回宮中，並命知閤門事王抃告訴烏林答天錫說道︰「大駕既已動身，便難以再度臨朝。使臣到來，且隨班向陛下祝壽。」烏林答天錫聞言，慚愧退下，次日隨群臣覲見孝宗。
梁克家外和內剛，自從虞允文去後，他獨自擔任宰相數月。他和張說論及外交，意見大多不合，于是也乞求
外調，出任建寧府知府。張說喜歡欺罔，漸漸被孝宗察覺，這才加以罷免。
乾道八年冬天，孝宗又擬想改元。元旦之時，改為淳熙元年。左相空缺不設置，右相也多有變更。曾懷、葉衡等人一會進、一回退，卻庸庸碌碌，沒有什麼建樹。葉衡還舉薦左司諫湯邦彥，為金國申議使。湯邦彥到了金國，被金拒絕。
過了很久才得以引見，只見兩旁列著衛士，統是控弦露刃，耀武揚威。嚇得湯邦彥心驚膽戰，一句話也不能發，竟然匆匆回來。孝宗恨他有辱使命，把他流戍新州。從此以後，申請陵寢的朝議，于是不再提及。
這年冬天，孝宗立貴妃謝氏為皇後。謝皇後本是丹陽人氏，幼年喪父，寄養在翟家，因而冒姓為翟。等她長大之後，長得極為美麗。她入宮侍奉吳太後，太後又把她轉賜給孝宗，被封為婉容。次年，晉封貴妃。淳熙三年，孝宗帶著嬪妃一起去德壽宮，謁見趙構。趙構見她端肅恭謹，因而說她可以繼位中宮。孝宗仰承親命，于是立她為皇後，恢復姓謝。孝宗不好漁色，宮闈里面，除謝後外，只有蔡、李兩妃。
惟當時有一位道學先生，遠承孔、孟，近而效法周、程，專講正心誠意的功夫，被稱為大儒。陳俊卿、胡銓、梁克家等，相繼舉薦他，卻屢征不來。孝宗又懷念起史浩，召他為醴泉觀使，兼侍講。
史浩想延攬名人，借以堵塞眾人之口，于是薦朱熹知南康軍。朱熹再三推辭，朝廷不許，沒奈何只得受命赴任。適逢南康大旱，災害嚴重。朱熹到任後，即著手興修水利，抗災救荒，奏乞蠲免星子縣稅錢，使災民得以生活。朱熹行視陂塘時，在樵夫的指點下找到白鹿洞書院的廢址。經朱熹的竭力倡導，到淳熙七年，白鹿洞書院很快修復。朱熹在南康軍任上，為白鹿洞書院殫精竭慮，不遺余力。他曾自兼洞主，延請名師，充實圖書，還請皇帝額，賜御書。還置辦學田，供養貧窮學子，並親自訂立學規，即著名的《白鹿洞書院教規》。
史浩又當上宰相，曾覿、甘等聯作黨援，招權納賄，任意黜陟。接著史浩被人彈劾，又被罷相。淳熙六年，夏日亢旱，孝宗下詔訪求直言，朱熹從南康上疏。孝宗看了，不禁大怒道︰「這是譏笑我為亡國之主。」幸好樞密使趙雄在側，上奏解道︰「士人多半好名，如果直諫被斥，反而增加了名譽，不如格外包容，因長錄用，看他措置，是否合宜，那時優劣自見了。」孝宗這才怒氣稍息，詔令朱熹提舉常平茶鹽。不久，他又被調任浙東。
此時浙東大饑，朱熹獨自進宮，向孝宗當面上奏災異由來，請孝宗修德任用人，還指出時弊共有七事。孝宗改容靜听，並褒獎他正直。朱熹于是陛辭回到浙江，一下車，即發書給其他的州郡，召募聚集米商，減少賦稅。米商齊集，百姓這才不擔心缺乏糧食。