趙構此時早已滿足于偷安一隅，把臨安看成了樂國，不再巡幸長江了。秦檜又攛掇洪皓，流放了胡銓，貶去了鄭剛中，還想害死趙鼎，令吉陽軍隨時檢察，每月上報趙鼎的死活。趙鼎派人回家，寫信書囑咐道︰「秦檜必然想殺死我，我死了，你們還可保無虞，否則恐怕禍及全家了。」他寫完信後，又自己書寫了墓石銘。
趙鼎回憶了鄉里及除拜歲月，寫聯語十四字，作為銘旌。上聯是︰「身騎箕尾歸天上」，下聯是︰「氣作山河壯本朝」。他又上遺表請求歸葬故土，于是絕食而死。趙鼎死後，遠近同悲。參政段拂听到訃告之後，嘆息了一聲。此事被秦檜得知，竟然把段拂降為資政殿大學士，接著又被職。
到了紹興十八年，趙構詔令秦知樞密院事。秦檜問部屬胡寧道︰「我兒子近任樞密，外面的議論是怎樣的？」胡寧答道︰「外面的人說公相謙沖，必然不會效法蔡京的所為。」秦檜听了此話，心中雖然很是懷怨，口中卻不能不說一個「是」字。他回家和兒子商議，只好由秦上疏乞求辭職，以掩飾耳目。
秦因此被罷為觀文殿學士，僅次于右僕射，接著卻又被加授少保。秦檜依然心有不甘，想把生平反對他的人物，一網打盡，教他們子子孫孫，永遠不能翻身，然後他可以盡情發泄私忿，為所欲為。就使他將南宋半壁篡奪了過來，也是唾手可得的事情。
秦檜計劃好之後，便逐步實施。他先是在紹興八年，攛掇趙構第一次與金議和。群臣中有人反對，秦檜就引來吏部尚書李光，讓他當參政，一起署名推動和議。李光剛開始被秦檜欺騙，因而和秦檜一起鼓吹和議，後來他見秦檜撤除守備，廢黜諸將，才知道秦檜純是歹意。于是他入朝的時候，當面與秦檜爭執。
秦檜大為惱怒，李光于是離職。秦檜余怒未息，貶謫李光到了藤、瓊諸州。紹興二十年，由兩浙轉運副使曹泳謊稱李光的次子李孟堅，收錄了父親李光所作的私史，其中語涉譏諷，請立即查辦。秦檜當即進宮，稟告了趙構，請求嚴懲李光父子之罪，李光遇赦而不能赦。李孟堅于是被流戍峽州，又有胡寅、程瑀、潘良貴、宗潁、張燾、許忻、賀允中、吳元許八人，都被打成李光一伙，全被黜逐。此時的趙構，被檜欺詐脅迫，毫無主意，完全成了一個木偶，只能唯唯听命。秦檜卻大踏步，出了朝堂，乘車而歸。
秦檜走到中途，忽然有一個壯士沖了出來，攔住了秦檜的乘車，從腰間拔出利刃，向秦檜刺去。奸賊秦檜把身一閃，這刀鋒只刺到了車中的坐板，並沒有刺中秦檜的身體。那壯士正要拔刀，旁邊走過來秦氏家將，七手八腳，把壯士打倒，上前捉住了壯士。秦檜雖幸免一死，這一驚也是不小，當命左右帶著刺客，隨車回家。
秦檜驚魂一定，叫左右將壯士牽到階前，厲聲問道︰「你是何人？竟敢大膽行
刺！想是有人主唆，快說出來，我便饒你一命！」那壯士面不改色，也大聲怒罵道︰「像你這般奸賊，欺君誤國，哪個不想食你肉？寢你皮？我姓施名全，現在是殿前小校，想為天下除一個奸賊。生前不能誅你，死後必為厲鬼，勾你奸魂，看你逃到哪里去！」
秦檜被他痛罵，氣得混身發抖，急命人把施全拿交大理獄中，次日施全被殺死。秦檜經此一嚇，于是派家將五十名，各持長矛，作為護衛，居家則在閣外伺候，外出必隨行保護。但是自此後，秦檜坐臥不安，時常覺得冤魂纏繞，于是釀成了一種怔忡病癥。整日里請醫調治，參茸等物，服了無數，才覺有點起色。趙構居然特地賜給他假期，還詔令執政到秦檜府第議事。秦檜病稍好，乘橋入朝，又想大興冤獄，誅殺好人。
不久，太傅韓世忠病死，秦檜心中更加歡喜。韓世忠自致仕以後，閉門謝客，口不言兵，時常騎驢攜酒，帶一兩名僕人，縱情游覽西湖，即使昔日的部下，也很難見他一面。趙構多次召韓世忠及其家人進宮飲宴，「眷禮深篤」，屢賜其名馬、寶劍等。紹興二十一年，韓世忠病重，上表辭官。八月四日，被策拜為太師。同日，韓世忠病故于臨安，享年六十三歲。獲贈太師、通義郡王。
韓世忠死後，秦檜更加橫行無忌。秦檜以誹謗朝政罪，興起了王庶二子、葉三省、楊煒、袁敏求四大獄案。秦檜奏請趙構從台州謝伋家，收回綦禮所受的聖旨，想消滅對自己不利的證據；進士黃友龍指責秦檜，被處以黥刑，發配嶺南；內侍裴詠因指斥秦檜，被編管瓊州。
紹興二十四年三月，秦檜的孫子秦塤以鎖廳試和省試第一的身份參加殿試，秦檜上奏請求由親信湯思退、魏師遜擔任主考。趙構讀到秦塤的文章，發現其行文語氣與秦檜毫無二致，就擢升張孝祥為第一，降秦塤為第三。秦塤被任為實錄院修撰，宰相子孫同領史職，前所未有。
紹興二十五年二月，沈長卿和芮燁共賦一首《牡丹詩》，被鄰人告發，于是都被貶職。知府呂願中賦詩向秦檜獻媚，立被召用。有人奏請秦檜乘金根車、設益國府官署、加九錫，秦檜泰然受之。
趙令衿看秦檜所作的《家廟記》，順口說出「君子之澤，五世而斬」，被人告發；御史徐喜揭發趙鼎之子趙汾與趙令衿關系密切，于是他們都被送入大理寺。秦檜深恨趙鼎、張浚和胡寅，此時趙鼎已死，于是讓趙汾自誣與張浚、胡寅謀劃叛亂，想將他們一網打盡，受牽連者達五十三人。案成後，秦檜因病重不能寫字。
趙構去秦檜家探視病情，秦檜無一句話，只流淚而已。趙構命沈虛中草擬秦檜父子的致仕詔書。當夜，秦派秦塤同林一飛、鄭木冉見台諫官徐喜、張扶，策劃自己的拜相事宜。趙構又加封秦檜為建康郡王，進封秦為少師。當晚，秦檜就死了。趙構追贈他為申王，謚號「忠獻」。
開禧二年，宋寧宗下詔追奪秦檜王爵，改謚謬丑。
岳飛被秦檜夫婦施計害死風波亭，軍民對此無不義憤填膺。臨安一個飲食攤販得知消息後，深感不忿，就捏了形如秦檜和王氏的兩個面人，絞在一起放入油鍋里炸，並稱之為「油炸檜」。百姓們為了發泄憤怒，爭相購買。隨著顧客越來越多，店鋪就簡化制作工序，直接把兩條面纏繞起來油炸，成為了炸油條。
秦檜貪得無厭，喜用貪宮污吏，排擠廉潔之士；群臣為了媚事秦檜，便以刻剝百姓為急務，有因此貪贓枉法而被檢舉的，秦檜也都盡力保護。在拜相專權的十八年間，秦檜賣官蠰爵、開門納賄，向各級府衙索要珍寶，每年臘月生日時，各州縣送的壽禮達數十萬，秦檜家的府庫財富，超過了朝廷的「左藏數倍」。當時凡是宮廷所稀缺的物品，秦檜的相府都應有盡有，一人就富可敵國。秦檜為了媚事敵國和一己私欲，大肆收刮民脂民膏，不斷增加名目繁多的苛捐雜稅，導致人民生活重困、餓殍遍野，朝廷財政陷入全面窘困，「府庫無旬刀之儲」。
紹興二十二年，衢州有強盜作亂，秦檜派殿前司將官辛立率一千人去抓捕，沒有稟報趙構。晉安郡王得到消息，就進宮稟報。趙構大驚，急忙詔問秦檜。秦檜說道︰「小事不值得陛下操勞，沒敢驚動聖听，拘捕盜寇後，會即刻上奏。」秦檜出宮後，追查內情，得知是晉安郡王通報消息，就上奏說晉安郡王正在為秀王服喪，不應當領取俸祿。因此晉安郡王的俸祿每月減少了二百緡，趙構只好從國庫出錢給他接濟。
秦檜對輿論控制更加嚴密，不斷興起文字獄，因一句話或一句詩詞而被治罪的屢見不鮮。太學生張伯麟曾題壁說道︰「夫差，你忘記了越王殺你的父親嗎？」于是他被杖脊刺配到吉陽軍。有一次，秦檜舉行家宴，命戲子演戲，扮小官的戲子頭上大環掉在了地上。一戲子問道︰「這是什麼環？」小官道︰「二勝環」，戲子說道︰「你坐太師椅，為什麼會把‘二勝環’丟在腦後！」暗喻秦檜掌權後，就把迎接二聖南還的事置之度外了。秦檜大怒，將戲子全部打進了大牢。
秦檜再次拜相，妻子王氏應吳皇後之邀，進宮赴宴，席間有一道菜是清蒸鯔魚。鯔魚美味可口，盛產于沿海。但是趙構南逃後，邊事吃緊，很少能吃到。吳皇後就問王氏有沒吃過這種魚，秦檜家中有各地的貢品，王氏就如實回答說吃過，而且個頭比宴席上的還要大，並承諾回去後，給吳皇後送上一些。
王氏回家後，將這件事告訴了秦檜，秦檜大驚失色。相府有皇室貢品，這會引起趙構的懷疑，對自己極為不利。秦檜馬上想到了應對之計，就讓王氏帶了幾十條青魚進宮進奉，以免這潛在的風波。吳皇後看了，果然打消了疑慮，笑著說︰「我說秦檜怎麼會有鯔魚，原來是把青魚和鯔魚搞混了啊。」