根據學生領袖張國燾的回憶，學生隊伍準備向天安門出發時，蔡元培校長曾出來勸阻。
他還談到，一位叫易克嶷的同學當場向蔡校長痛陳學生的內心積憤，懇求校長不要阻攔大家。其他的多數同學頗感不耐煩，發出了「噓！噓」的吵嚷和怒罵聲。
看看時間已到，張國燾忙擠向前去，高聲向校長說︰「示威游行勢在必行，校長事先本不知道，現在不必再管了，請校長回辦公室去吧。」
于是他和其他幾位同學連請帶推地將蔡校長擁走。
這和其他人的回憶有些不符。
據羅家倫在《蔡元培時代的北京大學與五四運動》一文中回憶，「五月三日那一天，清華大學舉行紀念典禮，許多北大的人，都到清華去參觀，那天我也去了。直到晚上八九點鐘才回來，不料三號那一天，邵飄萍到北大來報告，說是山東問題已經失敗，在校的一班同學，于是在北河沿法科第三院召集臨時會議，最初由邵飄萍報告，以後由許德珩等一班人慷慨激昂的演說，還有一個劉仁靜，當時還不過十八歲，帶了一把小刀，要在大會場上自殺。還有一位，要斷指寫血書的，于是當場主持的幾個人，不能維持我們以前決定的五七發難的成議，當場議決在第二天（即五月四日）聯合各學校發動，並且當場在北大學生中推出二十個委員負責召集，我也是其中一個，由他們各學校聯絡進行。」
關于蔡元培，羅家倫給出的評價是︰「這一次蔡孑民先生確是有一種特別的表現，就是五四事情出來以後，他不和前次一樣的辭職，反而聯合各大學的校長，負責的要求北京政府釋放被捕的學生。」
羅家倫所說的「前次」，指的是1918年5月21日，北京大學、高等師範、工業、法政四校的學生，以及回到國內的留日學生4000多人，赴新華門向代理大總統馮國璋請願，要求政府廢除中日兩國的《防敵軍事協定》。蔡元培聞訊後一大早來到學校加以勸阻，勸阻無效後向當時的大總統馮國璋提出辭呈，經多方挽留才答應留任。
許德珩在《五四運動在北京》一文中，提供的說法大致相同︰「北大校長蔡元培先生是負行政責任的人，他同情學生，而又不願意鬧得過火，……」
而根據蔡元培自己的說法，他應該也沒有阻攔學生上街。
蔡元培晚年在回顧五四運動的歷史時，總結自己對學生運動的看法︰「五四運動發生的時候，我對于學生運動素有一種成見，以為學生在學校里面，應以求學為最大目的，不應有何等政治組織。其有年在二十歲以上，對于政治有特殊興趣者，可以個人資格，參加政治團體，不必牽涉學校。」他從1918年夏北京學生運動談到1919年五四運動的過程，「民國七年夏間，北京各校學生曾為外交問題，結隊游行，向總統府請願；當北大學生出發時，我曾力阻他們，而他們一定要參與，我因此引咎辭職，經慰留而罷。到八年五月四日，學生又有不簽字于巴黎和約與罷免親日派曹、陸、章的主張，仍以結隊游行為表示，我也就不去阻止他們了」。
張國濤說得那麼具體，好像不應該有錯，當然，回憶還是有可能有誤的，比如把五月四日那次記成「羅家倫所說的「前次」。
但是，肯定地說，蔡元培打心底對這次活動是支持的。就算張國濤說的是真的，也不過是做做姿態而已，他畢竟是體制中人，畢竟是一校之長。
3日晚上北大學生召開大會時，蔡元培在校，他對大會的決定應該知情。
大會結束後，蔡元培「即召學生會干事狄福鼎等，囑其轉告同學，途中須嚴守秩序」。 當時他「向狄表示，他對學生們很同情」。
5月4日上午11時左右，就在北大學生即將出發之際，教育部派員隨同幾個軍警官員到場，意欲勸阻學生的行動。如果蔡元培出來做做樣子，做為校長，不是再正常不過了嗎？
因為有部員和軍警到場勸阻這個小插曲，事實上北大學生是最後到達天安門廣場的。
蔡元培也是個有血性的人，如果不是有礙于校長這個身份，如果不是責任所在，他肯定會走在游行的隊伍里的。
因為，就在北大學生出發後不久，蔡元培接到教育總長傅增湘奉命打來的電話，「責令蔡校長召回學生，不準游行及干預政治」，並請他到部商討對策。
蔡元培的態度很明朗，回曰︰「學生愛國運動，我不忍制止。」
人也沒有去教育部，4日那天，「蔡先生一日未離校，亦未進食」。
很長的時間里，意識形態在批判胡適之的時候、常把他反對學生運動當作「反動」的證據，其實當時許多人都不主張游行示威的。
魯迅是反對的，因為他看到中國學生的游行示威的結果與外國不同，最終只能得到犧牲。
李大釗也並未走在五四游行的學生中間，因為他不希望看到太大的犧牲。
特別是鼓吹「直接行動」和「犧牲精神」的陳獨秀，1918年5月21日因為北大學生不听勸阻而上街游行，曾經與蔡元培一起向教育部遞交過辭呈。五四運動爆發時，已經被免去文科學長職務的陳獨秀，也沒有像著名報人邵飄萍那樣走到前台去直接煽動學生。
有記載︰「1919年6月11日晚上，陳獨秀到新世界散發《北京市民宣言》時，身邊沒有帶一名青年學生，而是邀請安徽籍的成年人胡適、高一涵、程演生、鄧初等人陪同前往。被捕之後他雖然表示認罪，卻沒有牽連到任何一個人。」
從傾向性看，蔡元培對學生運動的看法其實是比較負面的，尤其反對罷課，但五四運動于他或許是一個例外。5月4日的學生行動，可能是他在校長生涯中唯一一次「不去阻止他們」的經歷。
在五四運動一周年後，各方都比較心平氣和了，蔡元培在回顧五四時的一番公開講話，仍能反映他對運動之「損失」的深深遺憾︰
「人人都知道罷工、罷市損失很大，但是罷課的損失還要大」，他甚至說這場運動「實在是損失的分量突過功效」，故他告誡學生以後「無論何等問題，決不再用自殺的罷課政策」。在他看來，罷課不啻「自殺」，它殺掉的是「學問」，是「學術上的效能」，並會導致「虛榮心」，這樣的損失是沒法計算的，也是沒法彌補的。
五四運動即使在那個時代，也應該是被肯定了的。特別是出席巴黎和平會議的代表，最終沒有在合約上簽字，當局為了回應民意，罷免了曹汝霖和章宗祥等後，可以說五四運動是大獲全勝了。按著某些喜歡推過攬功的政客們的喜好，是要想盡辦法和這運動扯上些關系，拉拉近乎的。
1924年12月4日，正在歐洲訪學的蔡元培在寫給傅斯年、羅家倫的回信中，坦誠地談到了自己在五四運動中發揮的作用︰「校中同人往往誤以‘天之功’一部分歸諸弟，而視弟之進退為有重要之關系。在弟個人觀察實並不如此，就既往歷史而言，六七年前，國內除教會大學而外，財力較為雄厚者惟北大一校，且校由國立而住在首都，自然優秀之教員、優秀之學生較他校為多，重以時勢所迫，激刺較多，遂有向各方面發展之勢力。然弟始終注重在‘研究學術’方面之提倡，于其它對外發展諸端，純然由若干教員與若干學生隨其個性所趨而自由申張，弟不過不加以阻力，非有所助力也。」
蔡元培這里的所說的「天之功」，應該是縱向的歷史走向與橫向的社會合力。蔡元培在這里所展現的，是自覺順應時代潮流和社會合力，是既能兼容並包又能激流勇退的不居功的精神境界。這是很多的人最為缺乏也最為難能可貴的一種高尚境界。
蔡元培是最早發起紀念五四運動的北大人。
1920年「五四」一周年之際，他就在《晨報》開闢的「五四紀念增刊」發表《去年五月四日以來的回顧與今後的希望》一文，這是蔡元培第一次比較系統地評述五四運動。
該文名為紀念，實為反省。它首先肯定學生在五四運動中發揮的先鋒作用，「自去年五四運動以後，一般青年學生，抱著一種空前的奮斗精神，犧牲他們的可寶貴的光陰，忍受多少的痛苦，作種種警覺國人的工夫。這些努力，已有成效可觀。維爾賽對德和約，我國大多數有知識的國民，本來多認為我國不應當屈服，但是因為學生界先有明顯的表示，所以各界才繼續加入，一直促成拒絕簽字的結果。政府應付外交問題，利用國民公意作後援，這是第一次」。蔡元培特別肯定學生的政治的、社會的覺悟，「因為學生有了這種運動，各界人士也都漸漸注意國家的重要問題」。學生們「知道政治問題的後面，還有較重要的社會問題，所以他們努力實行社會服務，如平民學校、平民講演，都一天比一天發達。這些事業，實在是救濟中國的一種要著」。
另一方面，蔡元培又以為學生罷課損失不小，「全國五十萬中學以上的學生，罷了一日課，減少了將來學術上的效能，當有幾何？要是從一日到十日，到一月，他的損失，還好計算麼？……至于因群眾運動的緣故，引起虛榮心、倚賴心，精神上的損失，也著實不小」。權衡成效與損失之間的比重，他以為「實在是損失的分量突過功效」。
最後，蔡元培寄希望學生︰「專心增進學識，修養道德，鍛煉身體。如有余暇，可以服務社會，擔負指導平民的責任，預備將來解決中國的—現在不能解決的—大問題，這就是我對于今年五月四日以後學生界的希望了。」
蔡元培這些對學生運動的評論，可能有些出人意料，他並沒有高調贊揚學生的「五四」游行活動，而是在一揚一抑之間，對學生愛國運動作了平實的估價，顯示了他作為一個職業教育家的品性。