這也表明了朱由棟放棄了朱國治，想朱國治在江南的名聲，基本上是不能活了。這時候，汪士榮看到朱國治正在些奏疏，走過去一看，確實請辭的奏疏。汪士榮看了朱國治的奏疏，想起朱由棟的樣子，不由的在心里暗道︰「現在朱國治請辭，朱由棟會答應嗎？」
想起朱由棟在請常延齡的時候，說的話。弄出個爛攤子，然後兩手一甩，請辭不干了。當時朱由棟的態度十分憎恨，想來朱由棟是絕對不會同意的。既然不同意，那朱國治的下場。汪士榮不由的打了個冷戰，然後冒出一句話來，道︰「朱大人，你最好不要寫這個辭呈。我覺得還是按照殿下的意思辦最好，還不能說的殿下的意思。」
不管朱國治有沒有听進去，汪士榮覺得自己已經盡力了。然後又想起自己的事情，自己是在軍隊里，要是不停周大柱的軍令，自己將會是什麼下場。汪士榮覺得自己也不安全的，剛才王進寶可沒有絲毫顧慮，直接就去執行了。
周大柱讓自己想，該怎麼做，這是什麼意思？汪士榮越想越覺得可怕，當即覺得，自己也應該立即去執行。否則自己恐怕比朱國治好不了對少，很有可能還等不到朱由棟來處置自己。周大柱就會執行軍令，將自己直接殺了。
汪士榮經過這番的考慮，那里還敢耽擱，當即就決定出手。周大柱已經交代過了，只要汪士榮是去處置鬧事的士子，復明軍將士就不得阻攔。等汪士榮說清楚自己要做什麼後，復明軍當即就跟汪士榮一同離開了巡撫衙門。
在復明軍的陪同下，汪士榮先生來到蘇州大牢，查看到底抓了多少人。發現除了倪用賓外，還有其他幾人，如沈玥、顧偉業、張韓、來獻琪、丁觀生、朱時若、朱章培、周江、徐介、葉琪等。這些人都是朱國治，前後兩次抓進來的。
可是這些人中，汪士榮發現，依然沒有金聖嘆。有周大柱和其他復明軍將領的態度，汪士榮也知道了，必定有朱由棟的默許。如果這時候還不抓捕金聖嘆，估計自己也討不了好。于是當即命令復明軍將士，立即將參與哭廟的金聖嘆等人抓捕歸案。
周大柱知道汪士榮終于出面，當即對復明軍將士道︰「對于抓捕，你們直接听汪士榮的就好。將來這些人殺不殺，殿下會決定的。現在盡量配合汪士榮，讓他們出面去處理。」有了周大柱的默許，還有王進寶的配合。頓時整個江蘇都沸騰了，復明軍到處抓人，一副兵荒馬亂的場景。
接下來的幾天時間里，無數的江南名士被抓。只要是參與了哭廟的人，不管是世家大族，還是地方名人。甚至還有很多湊熱鬧的人，他們是剛取了滿清功名的新科進士。如薛爾張、姚剛、丁子偉、金聖嘆、王仲儒、蔣如斗、唐堯治、馮郅等人。這些人中也不乏是有明朝功名的人，但是現在一視同仁，全部被抓進了巡撫大牢。
本來蔣如斗沒有參與第二次哭廟的，對于他也沒有人注意。按說是根本不會抓到他的，周大柱在無錫沒有找到他，也沒有交代讓人去尋找。結果蔣如斗自己卻跳了出來，就在周大柱回來的時候，他听說周大柱抄了蔣家，還將抓進的兒子也押回了蘇州。
听到這個消息，蔣如斗頓時怒了。于是一氣之下，也跟著金聖嘆出來對抗。當天哭廟沒有去，後面起了沖突後，幾次在蘇州城里鬧事，都有蔣如斗參與。而且他自己還十分高調，沒辦法，他的家都被抄了，他這是記的啊。結果本來不起眼的蔣如斗，因為汪士榮想要表現，所以也就被當成典型抓了起來。
江蘇的形勢，越鬧越嚴重。身在南京的眾人，也都坐不住了。錢謙益接到朱國治的書信後，立即就給金聖嘆去了信。但是效果不大，沒過幾天，就又听見金聖嘆還鬧出了哭廟的事情來。
听到這個消息，頓時錢謙益更加著急了。朱由棟根本就不是天啟和崇禎能比的，用這樣的手段，根本就不能讓朱由棟退縮。朱由棟是經歷戰事過百的人，心智早已經堅如磐石。做事更是心狠手辣，不會有任何顧忌。和這樣的領導共事，躲還來不及呢，哪里還能用這樣的方法來要挾。
何況之前朱由棟就已經明確的表示過，對江南士紳沒有好感。清欠的事情，經過幾次討論，錢謙益也知道，是絕對不會改變的。何況朱由棟，對獲有滿清功名的士人都十分排斥的。金聖嘆雖然沒有滿清功名，但是在滿清那里也是有名的人物。你不好好的躲著，現在居然跳出來鬧事，這不是找死嗎？
見錢謙益一副愁眉苦臉的樣子，柳如是道︰「你現在怎麼也算是朝廷重臣了，何不去向殿下求求情呢？就算不能保住他的功名，只要能保住金聖嘆的性命也是好的。他怎麼說也是你的佷子，要是放任不管，到時候天下的人還不知道該怎麼看待夫君呢？」
錢謙益嘆看口氣道︰「現在的情況不同，殿下心智堅定，他覺得的事情，很少有人能改變。而且我雖然是掛名禮部侍郎，但不過是一個虛職。對于禮部的事情，我看就是扶閣老都沒有多大的權利。殿下都不是很听從扶閣老的諫言，何況是我。就算是我去求情，也未必能保住他的性命。」
柳如是道︰「可是不去救也不行啊，我們總不能眼睜睜的看著，讓金聖嘆丟了性命吧。難道現在就沒有辦法了嗎？」錢謙益搖了搖頭道︰「現在還能有什麼辦法，最好就是立即將金聖嘆，給弄出江南去。現在復明軍還沒有采取行動，只要我們動作快，我們還有機會。一旦等殿下動手，說什麼都來不及了。」
柳如是道︰「那把他弄去那里？難道讓他去滿清那里嗎？」錢謙益道︰「也可以不用去，只要不在江南。讓他去江西，去浙江游學。只要不和這事扯上關系，殿下應該不太過為難他。」
想到這里，頓時錢謙益也坐不住了，當即道︰「不行，我要去一趟，其他人去了，估計金聖嘆不會听。只有我去，才能讓他離開。你們在家里，不管出了什麼事，也不要參與，等我回來再說。」
就在兩人商議這要離去的時候，朱由棟的親兵卻來叫兩人，讓他們立即去見朱由棟。兩人沒有辦法，只好先去見朱由棟。等兩人一來，才發現這里已經有好幾人了。扶綱，袁廓宇，洪育鰲和張煌言都在。
面對突然出現的柳如是，頓時眾人都有些詫異。朱由棟見兩人到
來，先讓兩人坐下。然後道︰「今天叫大家來，有些事情讓大家商議一下。」說著就先將復明軍被打死了十幾人的奏疏交給了眾人。
等眾人都看過後，朱由棟才道︰「這事，你們怎麼看？」還是扶綱先說話，道︰「殿下，這事情對于大家都不好，但是復明軍有了喪亡，對肇事者還是要嚴加處理的。不過臣有些奇怪，蘇州城里出現這樣的事情，不是捕快衙役去處理。反而是守城的復明軍來出面，似乎有些不合常理。」
袁廓宇卻不同意，又見朱由棟听了扶綱的話，雖然沒有出口反對，但其表情已經有所變化。當即反對道︰「殿下，我不同意扶閣老的話。復明軍將士雖說是防守城池的，但面對城里發生了這樣的事情，也不能不管。而且當時，江蘇巡撫已經被暴起的百姓和學子，圍在了人群中間。要是當時復明軍不出動，朱國治很有可能當時就會被打死了。」
洪育鰲也道︰「是啊，一定要嚴懲殺害復明軍將士的凶手。否則到時候，復明軍將士沒有死于抗清，反而是，被他們保護的百姓給殺死了。等這樣的消息傳開，這對復明軍將士也有不小的影響。其他復明軍將士要是知道這件事後，恐怕軍心也會不穩。」
錢謙益由于金聖嘆的關系，當即道︰「殿下，復明軍的將士有了喪亡，這肯定是不幸的事情。但是這哭廟一事，本來就是江南百姓的風俗。一旦有官員不作為，在江南為非作歹，百姓定會用哭廟來反對的。這也是朱國治治理江蘇不力，才導致這些士紳哭廟的。」
袁廓宇當即反對道︰「這些都不是理由，難道這就是，他們打死復明軍將士的理由嗎？復明軍將士沒有動手傷害百姓，只是為了平息暴亂，怎麼反而被打死了呢？」扶綱道︰「這些都是在所難免的，都說吵架無好言，打架無好拳。就算是誤傷也不為過，而且這些人都是士人，是朝廷將來治理天下的棟梁。」
這時，代替林壯作為軍情司統領的沈士杰進來，手里還拿著基本奏疏。朱由棟沒有說什麼，只是讓沈士杰將奏疏遞了過來。然後對扶綱的人道︰「你們繼續，你們都是怎麼看的，都說說。」
朱由棟接過奏疏觀看的時候，錢謙益道︰「對，他們都是大明將來的棟梁，如果學子不能為民請命，那麼他的書也就白讀了。再說，現在大明剛剛光復江南，更應該盡快的平定地方，讓艱難恢復生產。以便將來為大軍北伐，積蓄糧草輜重。千萬不能因為區區十幾條性命，就亂了陣腳啊。」
一直沒有說話的張煌言頓時怒道︰「放屁，這是什麼論調？我雖然一直不贊同徹底與江南士紳為敵，但要是江南士紳自己胡來，也絕對不可以。」張煌言是帶過兵的，當然知道不能影響軍心，否則軍心動搖，到時候可就大事去矣。
扶綱道︰「蒼水，你不要激動。怎麼能是士紳自己胡來呢？本來之前我就不贊同清欠，現在果然鬧出人命來了。我覺得還是應該停止清欠，安撫士紳才是。」袁廓宇道︰「扶閣老，你這話不對。你想想，當初在雲貴的時候，就是因為軍隊和朝廷不能一心，才導致了大軍不斷敗退。我們現在要吸取教訓，不能重蹈覆轍。」