木已成舟，李承宗除了憤怒也無話可說，何況姚啟聖說的也有部分道理，這些蒙古俘虜就算現在不做亂，將來聚集在一起難免會再次起義要求恢復葉爾羌汗國什麼的。而且幾萬人要張口吃飯，從莎車到哈密還有數千里呢。還好姚啟聖做的干淨而且想了不少借口。經過兩次處理，阿普杜拉哈的八萬蒙古騎兵就剩下兩萬投效大明的部隊了。
這次西征動用部隊和民夫加起來二十萬，大明軍隊除了民夫死傷量大些外，騎兵的損失不到一萬，步兵更少不到五千。二十萬出來，戰斗結束時還有十七萬多，雖然英吉沙有不少重傷員。總得損失還是在能接受的範圍。關鍵是抓住了阿普杜拉哈和大大小小的部落首領。
算起來，姚啟聖是首功一件。李承宗處理完莎車城的事情後回到巴楚，準備班師回哈密，姚啟聖卻自告奮勇的要求留下鎮守莎車城。李承宗不同意，一來姚啟聖在當地殺人已經夠多，結怨頗深怕當地部落報復。二來皇上可能隨時要召姚啟聖進京。姚啟聖終究胳膊拗不過大腿。
除了莎車城留了五千步槍兵和一萬余步兵外，葉城和英吉沙都只各留了三千將士守城。巴楚雖然是要道，但很難防守，李承宗也沒派駐重兵，而是在阿克蘇留下了五千步槍好一萬步兵，五千騎兵。這樣莎車和阿克蘇這條河西走廊串聯起來，應該沒什麼大問題。
大軍除了留下各處城池的守城將士和重傷員外，所有輕傷者和阿普杜拉哈王室一干人等都隨西征大軍班師回到哈密。回到哈密後李承宗一方面寫奏折向朝廷匯報西征戰況，一方面要求朝廷增派將領和軍士以便更好的駐守新攻下的葉爾羌各城。
朱顯波看到李承宗的奏折自然十分高興，本來準備五到十年慢慢滲透，沒想到李承宗和姚啟聖提前幾年完成了西征目標，還將葉爾羌汗國的大小頭領擒獲。于是下令兵部向哈密增兵三萬以完全肅清葉爾羌境內殘敵，同時要求姚啟聖押解阿普杜拉哈王室全體成員前往京城。
不用朝廷下令，李承宗的下一步也是肅清葉爾羌境內的殘敵。對于要求姚啟聖進京李承宗也早有預料。皇上指婚給郡主，早晚要進京的，何況這次西征立了大功。朝廷新增的兵剛好彌補西征損失，于是一場清剿運動在塔里木河和葉爾羌流域陸續展開。不同西征的是，這次大明已經佔駐主要城市，四處逃竄的部落殘兵只要已有大規模集結就會被朝廷發現。但如果不集結則無法獲得糧食等供應。
李承宗采取步兵守城，騎兵機動的作戰方針，很快各城陸續有消息傳來，要麼是繳獲大量武器，要麼是肅清多少敵人。
而姚啟聖回到京城後，立即有人接管阿普杜拉哈王室等人，隨行部隊也被編入京師大營。姚啟聖被要求一人進京面聖。再見皇上，姚啟聖千言萬語不知從何說起，跪在朱顯波跟前，雙眼噙淚呆呆的望著朱顯波。
「姚啟聖，不認識朕嗎？見了朕為何不說話。」
「皇上，微臣謝皇上隆恩。皇上救微臣于大牢，有給微臣西征機會。臣不知如何回報。」這倒全是實話，姚啟聖殺人後想過一萬種結局，也不會想到有今日。不但獲釋還能很快就有機會戴罪立功。
朱顯波當然不知要姚啟聖的感激，他需要激發姚啟聖的潛力為自己為大明四處征戰，同時也要他絕對效忠自己和皇室。想到這里朱顯波起身扶起姚啟聖「姚啟聖，你還這麼年輕，這才剛剛開始。朕希望你以後遇事要想這次西征一樣，多動腦子。你要記住，今後你不僅是你自己，朕和大明還有很多地方用得著你。」
「微臣願誓死效忠皇上，今後如有需要微臣定當赴湯蹈火，粉身碎骨也在所不辭。」
「你跟朕說說西征路上的事情吧。」
「這個……」
「打起仗來一套一套的，給朕匯報匯報還為難嗎？」
「西征過程李大人是主將，何況李大人已經如實奏報朝廷……」
「那個不算，朕要你給朕說說西征路上的趣事，奏折上沒有的事情。」
「這個……」姚啟聖也不知道皇上想知道點什麼，因此十分猶豫，萬一自己說的，奏折上沒有，李大人會不會怪自己搬弄是非，皇上會不會認為自己邀功呢？
「沒事，朕赦你無罪。不管你說什麼，也不用擔心李大人和朕，今天你說得只當是故事，過後不作數。」
「謝皇上！」
「說說李承宗那個 老頭是不是很難弄啊？」朱顯波開始啟發姚啟聖。
「那倒不是，微臣幾次獻計，李大人都采納了。李大人治軍還是有一套的，只是稍顯保守。」
「是啊，李大人屬于穩打穩扎的一類人，只要他駐守在那里，那里就換來一方平安。」
「但是過于保守，難免為邊民所累。就說這次俘虜事件吧，微臣始終認為不遠報效大明的俘虜必須除掉。一來他們需要大量的糧草養活；二來戰敗了又不願意投降，難道想等待機會救主復國嗎？」
「這次一共抓了多少俘虜啊？」
「6萬多人？」
「這麼多？那處理俘虜的問題上，李承宗和你分歧不是很大？」朱顯波覺得奇怪，一向老成的李承宗在匯報中只說有兩萬蒙古兵投降後願意報效大明，沒想到有六萬之多，這仗還沒打，阿普杜拉哈就投降了真是奇怪。
「微臣還請皇上恕罪，恕微臣違抗李大人指令，私下處斬俘虜。」姚啟聖心里想著李承宗肯定將殺俘虜的事情匯報給了朝廷，現在皇上問起來，雖然語氣溫和但一臉嚴肅，生怕皇上發怒連忙先跪地求饒。
朱顯波一听，我的乖乖，難怪，六萬剩下兩萬，其余不願意參加大明軍隊的居然被姚啟聖處決了。這個家伙確實有點暴力，和李自成一個德行，稍微沉默了一下，一看姚啟聖又跪下了，連忙說道「起來，起來。朕不是說了嘛，今天全當說故事。你說說當初為什麼要執意處決俘虜啊，他們已經手無寸鐵啊。」
「皇上有所不知，我們西征軍除掉民夫總共才十五萬。而且新攻下的各城必須留下足夠的守城將士，那麼能直接班師回哈密的不過十萬人而已。就這十萬人不但要看管阿普杜拉哈王室成員，還要時刻警惕這六萬俘虜。一旦有人煽風點火，發生兵變劫走阿普杜拉哈，我們豈不是又要到處搜索他的蹤跡。就算平安回到哈密，將來還是要將他們釋放，難保他們不繼續潛回葉爾羌，莎車和阿克蘇加起來的守軍也沒有六萬。或者這四萬人直接去北方投奔了準噶爾……反正無論哪種結局都是對大明嚴重不利。」
「嗯，這倒也是。李承宗比較保守也比較仁慈。」朱顯波頓了頓，發現不對連忙改口「當然，你這種當機立斷的做法也值得表揚。不過李大人說的對，你在當地結緣較深，就不再適合留在當地了。今後就留在京城吧。」
「謝皇上隆恩，不是微臣妄自尊大，只是葉爾羌新定，李大人年事已高。恐怕這西北邊疆的長治久安需要我等年輕人輔佐李大人。」
姚啟聖這人到底年輕，心里有什麼想法都沖口而出，這些其實也是朱顯波擔心的。按說李承宗守成沒什麼大問題，但是收復葉爾羌之後，新疆全域基本就歸屬大明了。西北緊挨的就是沙俄和準噶爾兩個強敵，是該好好思量下下一步的事情了。