終于，伴隨了朱顯波五年之久的總理大臣被卸職了。接下來，就全部按照朱顯波的想法排定朝廷命官，撤銷首輔職位，改中書省為政務院，政務院長官為首相，設副相兩名，下設兵部，吏部，禮部，工部，科技部，戶部，刑部。各設尚書一名，侍郎兩名，其中科技部下設鑄造局和農科局，工部下設織造局、陶瓷局、造船局，兵部增設公共安全局和海洋安全局，戶部下設海外貿易局，吏部下設社政、海洋及科技三學院，各所院局長官等同侍郎，官居三品。
刑部尚書薛貞順理成章升任首相，科技部徐光啟、工部沈萬培兼任副相，錢嘉征升刑部尚書，劉立洋任兵部尚書，王誠恩任禮部尚書，吏部尚書黃鳴、戶部尚書張瑞圖未變。劉策調任北直隸左布政使，楊一鵬則調任杭州知府。其余官員要麼平調，要麼升職，影響不下五十人，至此各部功能更加細化，人員組成更加年輕化，開明化。當然最主要的是朱顯波的皇權也更加鞏固了。
首相負主持朝廷大部分事務的處理，科技部負責研發，包括工農林漁及戰場武器裝備等；吏部負責官員分類深造和考核；工部負責地方基礎建設和貿易商品等生產以及船只制造等；戶部負責各地稅收和海內外貿易及全國範圍內賑災和朝廷的收支預算等；兵部負責國家邊防以及國內公共安全及海防安全。
按照朱顯波的想法，不但各部長官要換，甚至連各部門的大小衙門增設都要一一詳細考慮，但這個工程太過龐大不能操之過急，于是第一步想到了改革兵部，劉立洋掌管兵部，是很多人料想不到的，這劉立波從做官到現在不過五六年時間，不過經過朱顯波等人的大力栽培也算得上一等一的青年才俊了。
朱顯波招劉立洋回到京城也是想帶在身邊多加培養，以備將來征戰。于是布置下去讓劉立洋著手改革兵部。朱顯波的中心思想還是總統制一樣，皇上為自然的三軍最高統帥，各兵種和軍區結合，但是一時也找不出合適的棒啊，也是召集朝中大臣和將軍們多次開會討論。
一來要建立強大的帝國軍隊，威震蒙古、吐蕃朝鮮等番邦，二來要組建水師，防範倭寇侵擾。由于明朝的衛所制度到朱顯波手里基本上荒廢得差不多了。朱顯波不想舊事重提，但一時半會又找不到別的好辦法。
經過多番的頭腦風暴，朱顯波心中才算有了個大概。堅持募兵制，堅持衛所制，還好大明朝廷有海外貿易收入還算可以。足以應付募兵制度。這樣也不至于征兵惡化地方治安。
「劉愛卿，從即日要盡快恢復各地衛所建制，控扼要害。中央設大都督府，征討、鎮戍、訓練等則听命于兵部。遇有戰事，兵部奉皇帝旨意調軍，任命領兵官，發給印信，率領從衛所調發的軍隊出征。戰爭結束，領兵官繳印于朝，官軍各回衛所。」
「在地方，設都指揮使司（簡稱都司），置指揮使，為地方統兵長官。都司之下，在沖要地區的府(含直轄州)、縣（州）置衛或設所。」
「全國和地方部隊仍舊分開管理，京軍設習陣營，巡哨營和火槍營等，歸中央將軍集中統率、訓練。地方軍包括衛軍、邊兵和民兵。衛軍配置于內地各軍事重鎮和東南海防要地。邊兵是防御北方蒙古騎兵的戍守部隊，配置于東起鴨綠江、西抵嘉峪關的9個軍鎮。九邊具體人選還要自己斟酌。」
「微臣領命。」
「民兵預備役是個很關鍵的問題。民兵是軍籍之外、由官府僉點、用以維持地方治安的武裝，內地稱民壯、義勇或弓兵、機兵、快手,西北邊地稱土兵,西南少數民族地區有苗兵、狼兵等土司兵。此外，還有不同行業和階層組建的礦兵、鹽兵、僧兵等，用于維護各地治安，和全國各礦場、鹽運等。遇有戰爭，應召出征，戰爭結束仍回原址。」
「衛軍一步兵、騎兵為主，輔助以弓弩火槍大炮。中央軍要提高騎兵的比例，馬匹的購置和兌換一刻也不鞥松弛。另外兵部專設水師督撫，建三艦隊分別駐守天津、杭州、廣州三地獨立于地方政府直接听命兵部，長官為水師提督，負責大明海防。」
「皇上，這水師督撫只怕一時難以到位。」
「先按照這個框架去做，有人有船了再執行任務不遲。」朱顯波的心中海軍才是強國保障，但劉立洋不得不擔心蒙古、吐蕃鬧事。
「皇上，衛所制度雖好，但兵力部署分散，一旦北方有事，只怕難于應付。」
「你也要轉變觀念，說到底，今後出征討伐之類，朕不希望再匆忙從各駐地調兵，京軍不管人數多少一定要精銳中的精銳，全權負擔起這個責任，同時要加大火槍營的力量。尤其是騎兵配火槍。對付蒙古人就得以武器制勝。耗人數，不是上策。」
朱顯波內心真正希望的是軍區制度，各軍區負責駐防，中央軍負責征討，但目前由于剿滅起義軍和驅逐皇太極都有部分損失，中央軍的力量還有強大支撐所有的戰事。因此西北和遼河一直以總督形勢而不是布政使和總兵軍政分離。
框架搭設好，接著就是人員配備問題。袁崇煥毒發身亡後，一直是祖大壽接替其守開平衛，為的就是防範蒙古突變。如今兵部改革，應該給幾個年輕人機會了。
朱顯波思索再三，將任命書交到劉立洋手中，戚宏亮任海軍總都督，正三品統管水師、海防、船務等。三個書生穆友前、龍康仔、傷不起分人三艦隊提督。只待船隊到位行使海防任務。張蕾任中央軍大都統，李自成任副都統。負責新兵訓練和京師駐防以及將來的征伐等。
之所以調李自成進京，朱顯波還是希望張蕾退下來進宮，讓男人們掌管軍事。未曾想這種做法可能激怒了張蕾，那是後話。但說李自成的升官速度也很快，當然其中有自己的才華和功勞為鋪墊，主要還是朱顯波的賞識。由于朝廷基本上已經是听命于朱顯波的組合，對于李自成的身份也不再有人質疑。
本來嘛，李自成參加起義軍是才二十出頭，用現在的話來說，還沒有正確的世界觀、人生觀和價值觀呢。當然年輕人有才華有抱負應當給予機會，就像當初的徐光啟一樣。朱顯波深信自己掌控得了李自成等。當然最主要的還是有王拓和劉立洋在身邊。
李自成對于朱顯波的感激之情當然不在話下，最主要的還是思路相合，對于朱顯波重新嚴格區分地方軍和京軍的功能尤其支持，他當年參加起義軍就親眼目睹了起義軍利用朝廷的漏洞迅速起事的事實。而且地方軍不調動也利于當地治安。
只是另外一個問題擺在了朱顯波等人面前，那就是京師和直隸集中了大量的軍隊，那麼軍糧的開銷也十分龐大，各地的漕運和陸地運輸必須得加強了，換句話說就是要加強糧食主產區和京師之間的運輸能力。最好的辦法當然就是疏通運河、修建陸路官道。
河道通暢、陸路發達對于商貿也是有很大的促進，退一萬步，將來那省有事，中央軍到達的速度也可以加快些。尤其是騎兵，在平地那日行一千，夜走八百還說不定真能實現。要想富，先修路吧，朱顯波面臨的另一件大事就是修路了。
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