高麗人的突然撤退再次令日軍郁悶到死，他們為了渡江戰役準備了這麼久，結果卻全白費了，士氣不可避免地受到了嚴重打擊。這可不光是浪費時間而已，錢財物資的花銷更是驚人，事實上僅憑日本本國的力量已經無力繼續維持攻勢，好在有大宋提供貸款，但這總歸有個限度，而且貸款總是要還的
不過憋氣歸憋氣，高麗人既然退了，日軍自然要追，但日軍才開始渡江，國內卻傳來了一個令日軍高層心冷如冰的消息，日本京都居然發生了政變事情還要從當初日軍出征前說起，當時日本三大武士集團勢力形成了微妙的平衡，因此三家都必須派出重量級人物進入遠征軍擔任要職，以保證本家在攻打高麗的過程中不致吃虧。
平家的家督平清盛是對此最熱衷的，，平家也一直都是武力吞並高麗的最堅定支持者，因此他親自前往擔任大軍的主帥；而源氏與藤原氏的態度則沒有那麼積極，但不管如何雙方也都派出了家中的重要人物，源氏派出的代表是其家督的繼承人、年方而立的猛將源義朝，而實際上已經分成兩派的藤原氏也派出了他們的家督藤原忠通，而與其關系惡劣的養子（其實藤原賴長是藤原忠通的異母弟弟，過繼給他為養子，但因為藤原賴長官運亨通，升遷的速度極快，引起了他養父的嫉妒，因此這對「父子」關系並不好。而藤原忠通身為藤原氏的家督，女兒又當了崇德上皇的皇後，就算當年不受掌握實權的鳥羽法皇寵信，給養子上點眼藥也是不難的。也正因為「父子」內訌，原來在三家之中實力最強的藤原氏漸漸衰弱下去，到大宋紹興二十年以後，更是成為了最弱的一家，要不是他們有著平衡另外兩家的戰略價值，與皇室的關系也十分密切，只怕用不了多久就會被另外兩家吞掉。）藤原賴長則受到排擠，而被留在了國內。
這樣一來正好方便平清盛獨攬攻佔高麗的大功，所以他並沒有提出什麼異議，反正在日本的歷史上，還從來沒有過在對外戰爭中國內留守人員出問題、拖後腿的先例，所以平清盛還是很放心的
然而，鳥羽法皇去世之後，日本的崇德上皇與後白河天皇之間為了爭權曾經發生過多次沖突，彼此的矛盾日益激化。由于平清盛一直都支持後白河天皇，崇德上皇在與自己的兒子（名義上）兼兄弟（實際上）的斗爭中屢屢受挫，地位日益下降，已經成為了一個傀儡，甚至連行動的自由都受到了一定程度的限制。對此極不甘心的崇德上皇深知一旦遠征軍真的滅掉了高麗，那麼平清盛在日本的威望和地位將無可動搖，而他崇德上皇也將永無翻身之日。因此，當崇德上皇得知前線的日軍被漢江所阻的消息後，馬上就意識到這是他最後的機會，現在日本三大勢力之中平家的武力幾乎全部滯留高麗，而另外兩家留守的那位主事者卻都是支持崇德上皇的，這難道不是千載難逢的良機嗎？
源家的家督源為義與藤原氏一族中的重要人物藤原賴長不出意料地向崇德上皇表示了忠心，這更是堅定了其發動政變的決心。本來平清盛也曾擔心自己出國後，國內的反對勢力會乘機作亂，尤其是挾持天皇發出亂命更為可慮，因此特地留下了三百名精銳的武士護衛其安全，以日本此時國內空虛的兵力，就是出現叛軍，數量也不會很多，他們這三百精銳武士依托宮牆死守皇宮足夠了。日本又不是什麼大國，高麗也不是太遠，只要他們拖上一段時間，平清盛就一定能夠及時回國平亂。平清盛所料沒錯，這三百名勇士的確給上皇一派臨時糾集起來的軍隊造成了很大的麻煩，而皇宮內又儲有足夠的淡水與存糧，本來足以堅持到遠征大軍歸國勤王，誰知平清盛的叔叔卻心生二意，在深夜偷偷打開了宮門。原來他早就對平清盛獨攬家中大權心存不滿，因此當崇德上皇許諾在事成後讓他成為平家的家督之後，這廝立刻就反水了
于是，後白河天皇與平家的三百勇士就杯具了，他的便宜老爹對其也沒有半點父子情分，直接就下令將其送去與兩人的親爹見面去了，只是沒抓到後白河天皇年方十四歲的兒子斬草除根，令崇德上皇有些遺憾。
這次政變因為發生在日本保元元年（公元1156年），而被稱為「保元之亂」，崇德上皇藉此成功地除去了後白河天皇這個眼中釘、肉中刺，並復闢（其實他還是繼續當他的上皇，並沒有坐回天皇的位子，但從事實上來說，復闢就是復闢。）成功，源為義與藤原賴長這兩個最大功臣自然是加官進爵，前者如願地當上了內大臣，而後者則由崇德上皇的詔令宣布了他藤原氏家督的身份，而平清盛那個反骨仔叔叔也得償所願，但代價是出讓平家三分之一的領地交給皇室與源氏兩家瓜分
這個噩耗傳到遠征軍的大營後，幾個主要將帥（為了避免軍心動搖被高麗人所乘，此事暫時未對下層官兵公開。）無不氣憤填膺，那些混蛋不顧日本的大局，在後方搞出這麼大的亂子，令遠征軍十余萬將士白白犧牲，實在是罪莫大焉。平清盛城府較深，看上去還算平靜，年輕的副帥源義朝則氣得削指為誓與其父斷絕關系（其實也有以此自保的意思）。但是雖然大家都想立刻回國剿滅叛黨，可後白河天皇的死卻令遠征軍失去了道義名分，崇德上皇詔書一下，他們這些人反倒會成為犯上作亂的逆賊
平清盛年紀輕輕就成為了平家乃至日本的第一號人物，自然見識過人，他又熟讀中國古代的史書，很快便從中找到了靈感，听他一說，大家頓時精神振奮，立刻便偽造出了一份後白河天皇命令他們回國討逆的詔V！~！