除了衛軍，趙早就已經開始籌建的內衛系統也正式建立，分為部隊與情報兩大部門。前者包括以斥候為主的「內衛」部隊和負責記錄官兵功過並執行賞罰的軍法處，後者則包括軍情司、內情司這兩大情報分析機構。
雖然目前才剛剛起步，但內衛系統的核心成員已經超過了五千人，其中精銳的內衛騎兵有三千人，雖然目前甚至做不到一人一馬，但先訓練人員總是沒錯的。
盡管趙極為看重內衛系統，但他也知道情報人員若失去約束，只會令國內人人自危，而且內部也會迅速腐化。所以，趙規定內衛系統的情報人員只有查訪的權力，卻不能抓捕人犯和進行審訊，除非得到他親自授權，這樣一來他們便無法為所欲為。
而且趙又將兩個司內部分成很多彼此獨立的小團隊，令其互相監督，並不定期地進行大規模人員調整甚至換血，有效地防止了其內部的腐化。
而對于「內衛」們，他們平時大多派駐衛軍各部幫助他們偵查敵情，但必要時趙或者內衛的主將王德都可以將其調出集中使用。王德是個粗人，不給他配個文官是不行的，可惜淮西目前雖然已經人才濟濟，卻沒有一個文官適合從事整天隱藏在陰影之中的情報工作。
趙無奈之下親自負責了一小段時間，然後在一次意外的驚喜後，將其移交給當時年方十二歲的「黑狗」孫默，這位沉默寡言的少年也因此成為「四杰」中第一個出頭的，但他的一生卻也因此籠罩上了太多的謎團
除了軍隊本身和情報部門，武器裝備對軍事實力的影響也不可輕估，趙對軍工部門也予以了高度關注。工匠待遇的大幅度提高，和他們內部收入差距的拉開，極大地激發了工匠們工作的熱情，但趙並不滿足。
在他看來大宋的兵器裝備次品率太高了，而且生產速度還是太慢。于是，趙制定了一系列的規章制度，對次品率偏高的兩成工匠予以重罰，在前半年更是每旬都有人被處死
虞允文和高宣等官吏有所不忍，紛紛勸趙手下留情，誰知趙卻反問道，「他們不該死，那使用劣質兵器而枉死的士兵們難道就該死嗎？」，後來他還將此事大肆渲染，借以贏得官兵們的支持，虞允文等人也只得苦笑無語了。
其實趙這樣殘酷，並非是為了現在，對于冷兵器來說，縱使質量稍差也未必不能用，可將來使用火槍大炮之後，這質量若不能保證，炸膛可是會死人的！而且若是因此令槍炮手心生畏懼而不敢裝足發射藥，那宋軍縱使大面積裝備火器，也只是浪費金錢而已
等到工匠們漸漸適應了嚴酷的制度後，趙又在軍工部門推廣分工協作，卻遇到了一個大難題。
中國古代雖然從秦始皇開始便統一了度量衡，但由于官僚制度的長期影響，中國人在工作時普遍不夠認真，再加上官僚制度下工匠們干起活來缺乏嚴格監督，自然就更加隨便，在這種情況下精確的度量工具在中國幾乎是鳳毛麟角。以最常見的直尺為例，同樣尺寸的兩把尺子，長度竟然可以相差接近一成，難怪趙前世的歷史學家們對于宋尺的長度，一直爭議很大了。
趙絕不能容忍這種情形繼續下去，但要想改變這一切，首先得度量衡實現精確化。
在趙想來，宋朝時期只需定準長度、角度、重量即可，而硬度標準目前還沒那個條件制定，溫度計也不是那麼容易就能制造出來的，光真空管的制作就令趙束手無策，至于其他的大多數計量單位都可以根據精確的長度、角度和重量單位推算出來，所以倒不必專門花工夫。
標準尺長定為多少並不重要，只要不太離譜就行，關鍵是那把標尺必須穩定可靠。為此趙試驗了多種合金，找出了不易銹蝕而且熱脹冷縮比例最小的一種鑄成了三把金屬直尺，並將其中之一拿出作為淮西境內所有直尺的標準參照。
趙甚至還規定，在一年之內，淮西境內所有的直尺都必須送到合肥接受鑒定，並印上合格標識，若在交易中使用沒有合格標識的直尺，其主人將受到欺詐罪的指控。而重量的標準樣品則要簡單得多，只需具有足夠的硬度和不易銹蝕即可，但推廣的速度卻反而不如長度更快，因為樣品的數量多太多了
不過，硬件再好，若軟件過不了關，一樣歇菜。而對軍隊來說，最重要的軟件，自然是軍事制度，尤其是賞罰與用人制度。趙借鑒前人（還有後人）的經驗教訓，在近千年後再次力推商鞅當年極力倡導的「尚首功」理念。
不過，考慮到歷史上秦軍因為過于重視斬首數而常有殺良冒功的行為，而令秦軍得到了「虎狼之師」的惡名，使得統一天下的難度大大增加，趙並沒有完全套用秦國的軍功制度。
趙認為，在戰術上來看，比起殺死多少敵人，部隊是否很好地完成了分派給他們的任務更為重要。
舉一個極端的例子，若一千人堅守城隘，將兩萬敵軍拖住，為本軍主力殲滅另外一萬敵軍贏得了時間，他們的功勞難道比本軍主力的將士們小嗎？可是按照首級記功制度，他們將一個首級都沒有，所以後世再沒采用秦制也並非全無道理。
趙既然意識到這一點，自然要多加斟酌，最後他規定只有主將下達相關命令，首級才計入功勛，大多數情況下則以任務完成情況作為評判的主要標準，而且首級只在戰後由專門的輔兵割去，然後平均分給完成任務的部隊。
而對于任務功勛，趙采取了對其分級的做法，至于具體內容則要不時請教吳璘和「二王」等宿將。（事實上趙到現在為止作出的幾乎所有決定，無不是與這些內行討論之後的結果，但偶爾他也會一意孤行，一則是他基于前世記憶，確是十拿九穩，二則是他也藉此凸顯自己才是淮西真正的領袖。）不過對于南宋軍隊普遍擅長的攻城戰與守城戰，趙卻有著一些獨特的想法
南宋軍隊在攻城方面還是比較強的，畢竟大宋科技領先于世界，史書上宋軍的戰績也多以攻克某某城池來表示，殺敵人數則往往語焉不詳，即使有記載也大多混亂不堪。
但將攻佔城池作為大功，卻產生出了一個近乎于「黑色幽默」的現象，在紹興十年以及後來的數次（含滅金之戰）北伐中，宋軍無不是開始勢如破竹，但最後還是乖乖地將所有新佔土地吐了出來，灰溜溜地撤回國內，甚至連百姓都沒有**多少。這種典型的無用功，卻成了很多將軍或文臣的晉身之階，實在是太可笑了。
所以趙規定，攻佔的土地城池，必須置于我軍控制下超過一年，才能算作功勛，這樣一來大將們對于北伐也會更慎重一些。免得總在實力不足時就急吼吼地出擊，結果反而一次次地徒耗國力，到了真正有機會收復失地時卻沒那個實力了
守城就更是宋軍的強項，像趙立、陳規都是其中的翹楚。守城的價值一般來說，主要有兩個方面，一是牽扯住敵軍主力，以配合我方主力實現戰略意圖；二是保衛當地百姓的生命財產不受敵人殺掠。至于殺傷敵軍有生力量，除了個別情況，一般來說是遠不能和野戰相比的。
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