工部和兵部接到勘察澎湖情況的命令後，立馬派了好幾批人分區域分方向地將整個澎湖列島巡視了一遍。
陳繩武和李景根據巡視官員收集的情況召開了多次兩部聯席會議，共同商討加強澎湖守備的方桉，最終形成了《加固澎湖防備疏》上奏給了鄭克臧。
奏疏中結合澎湖列島諸島上現有的軍事設施和當地的水文、地勢條件，建議在澎湖灣內的娘媽宮（今澎湖馬公鎮）原有兵寨基礎上修建炮城守衛。
在港口兩側的西嶼、內外塹、牛心灣和雞籠嶼、鳳櫃尾、四角山以及港口外的虎井嶼、桶盤嶼等處均設立炮台，能對意圖從海上攻打港口的戰船形成密集的交叉火力，防範敵人登陸。
兵部還建議彷照偽清遷界令修築圍牆的做法，在澎湖諸島沿海便于登陸的地段修築短牆，並設兵把守，嚴防敵人趁機偷渡上島。
對未被納入列島防御體系的花嶼、貓嶼、八罩等島嶼，兵部也做了解釋。
這些島嶼周圍有老古石，嵯岈若鐵樹，剛利無比，凡泊舟下扎，遇風立刻而覆，故而不須特別防範，天然水文地利之便，偽清戰船根本難以接近。
在奏報的最後，兵部總結稱，一旦此法施行，澎湖水師與岸上炮台相互配合，將構成以娘媽宮為核心的列島防御布局，島上防御工事星羅棋布，堅如鐵桶，偽清舟船將難以靠岸，無計可施。
對這篇看似詳細縝密的方桉，鄭克臧批了四個大字︰斟酌再改。
在四個大字之後，他又用小字批復道︰慮事不周，如花嶼、貓嶼、八罩等島，若在夏季南風時，舟夜進泊，潮長礁沒，日間隨退流出戰，舟船便不虞戳漏。
接到鄭克臧打回來的奏疏，陳繩武和李景面面相覷。
陳勝武輕嘆一聲，「殿下所言未必沒有道理，我等不諳水戰有些想當然了，還是要仔細論證。」
他當即召集了幾個熟悉水戰的兵部官員，又請來了駐守延平港的靖海鎮統制盧海生一同就鄭克臧的批復進行商討。
最後得出結論，鄭克臧所說的情況實操性很強，確實不可不防。
兵部和工部有針對性地進行了修改，將這幾個被忽視的島嶼也納入防御體系之中。
修改後的方桉再次遞交上去，獲得了鄭克臧的認可，由戶部專門撥出預算進行澎湖防御工事修建。
在兵部和工部準備按照審定好的方桉前往澎湖施工前，鄭克臧特別去了一趟軍學，抽調了四、五名火炮課程成績優異的年輕軍官。
這些軍官跟著法國軍官修德禮學習了大半年，對火炮的射程射角背後的物理原理都有一定的了解。
在鄭克臧的安排下，他們將和工部、兵部負責施工的人一同趕赴澎湖，對現有的和即將新建的炮台提出專業的施工意見，以期能最大限度的發揮火炮威力。
將此事安排妥當後，鄭克臧在書房內單獨接見了柯儀。
「今年以來，北鎮撫司阻止了兩起針對軍械司的破壞行動，一起針對天興造船廠的破壞行動，共計秘密逮捕偽清間諜四十一人，搜集到有通敵行為證據的官員十四名，其中武官四名，文官十名，均已安排人潛伏到其身邊，就近監視。」，柯儀語氣平緩地向鄭克臧匯報新年以來北鎮撫司的成績。
鄭克臧頷首對北鎮撫司的反間工作表示了肯定，「對偽清潛伏探听消息方面呢？」
「北鎮撫司的暗樁大部分潛伏在福建，少部分在廣東、雲貴和浙江。」他說道這里後稍微頓了頓，臉上表情嚴肅了些，繼續道︰
「去年底以來，偽清在福建針對東寧暗樁采取了多輪清洗，福建的暗樁損失慘重，大部分已沉寂，只有一小部分仍能向外傳遞情報。」
「福建方面的損失大到什麼程度？」，鄭克臧語帶關切地問道。
鄭克臧這麼問並非是在痛惜這些北鎮撫司暗樁，統治東寧已近一年，在鄭克臧眼中，為了大局，個人的命運雖值得感嘆，但不必惋惜。
柯儀自然也清楚這一點，听見鄭克臧的問話，他第一反應便是鄭克臧有任務要交給北鎮撫司，當即朗聲道︰「福建暗樁雖有所損失，但若是殿下有令，北鎮撫司上下必效死力。」
鄭克臧對柯儀的態度十分滿意，略微沉吟片刻後並未直接下達命令給柯儀，轉而說起了姚啟聖這個人，「柯卿掌北鎮撫司也一年多了，對姚啟聖應該不陌生吧。」
「是，東寧諸多奸細多是閩督姚啟聖所派，被策反的大臣也多是和其搭線聯系的，臣專門了解過此人。」，柯儀躬身回話。
鄭克臧微微頷首，將手中的茶杯輕輕放在書桉上，起身走出書桉，打開了書房的窗戶。
陽光穿過窗柩照在鄭克臧的臉上，暖洋洋的，但柯儀卻能感覺到殿下心中的不安，即使沐浴在陽光之下也遮掩不住。
鄭克臧盯著窗外盛開的鮮花看了片刻後，將窗戶重新關上，長嘆口氣道︰「朝野上下如今皆在擔憂施瑯，但在我看來，姚啟聖比施瑯更值得擔心，柯卿應能明白我的意思吧。」
柯儀贊同地點頭道︰「姚啟聖自擔任閩督以來便奉行攻心之戰，除了直接派遣奸細潛入東寧散布謠言、尋機破壞以外，更是通過東寧叛將秘密聯系招撫朝野軍中官員，確是心月復大患。」
鄭克臧踱步到柯儀身邊，「最快今年，最遲明年，偽清與東寧之間必有一戰，這一戰將決定我東寧的生死，當初設立北鎮撫司也是為打贏這一戰。」
「從此刻起到大戰前，北鎮撫司要不遺余力地對姚啟聖的攻心之戰作出反擊，既不可讓其肆無忌憚探听我東寧機密，更不許他繼續蠱惑招降我東寧官兵，你可能做到？」
柯儀聞言立馬跪倒下拜，語氣堅定道︰「臣必不負殿下所托。」
鄭克臧托住柯儀的胳膊將他扶起，「若後世史家有載，我東寧與偽清之戰當自今日始，若卿能有所建功，未來大戰之後論功行賞，我必不負卿。」
即使以柯儀的沉穩性格，听到鄭克臧推心置月復的話語後也不禁稍稍激動，抱拳躬身道︰「謹遵殿下令。」