鄭克臧最終對這件惡性桉件作出了處理，對犯事的士卒一律梟首。
首級石灰封存由軍法司帶著傳閱各屯墾駐軍以作警示，同時責令軍法司在全軍範圍展開巡察，嚴打此類惡性桉件。
讓陳繩武松了口氣的是殿下對何右的處理更多地是代表態度的象征性懲罰，由都督變為權（代）都督，軍餃由護軍降級為龍虎將軍，罰俸一年。
鄭克臧最終還是念著馬震當初瓊州之戰的功勞和這半年的良好表現，將他的軍餃連降兩級，跌到了校尉階，職位也由一鎮主將降為副將，鄭克臧為懷威鎮另外指派了一名主將︰因為父親去世丁憂剛滿期的義武鎮主將陳侃。
而陳夢韋直接被失望的鄭克臧免了南鎮撫司指揮使的職務。
鄭克臧覺得南鎮撫司在他手上實在沒有發揮應有的作用，安排他去了禮部負責擴建高山番蒙學的事。
他沒有采納陳繩武將懷威鎮士卒全部打散的建議，懷威鎮畢竟在茂利的屯墾點開墾和煤礦開采上立過功勞。
只因為幾個犯罪的士卒而要將整個軍鎮裁撤，不免會激起這些偽清降卒們的抗拒不滿，容易生亂。
但懷威鎮也不能繼續留在茂利屯墾點了，鄭克臧最後將其劃到了東軍，移防至澎湖，不再歸何右指揮而改為受江勝節制。
而對陳繩武提出的屯墾地點環境艱苦，長久駐扎心生不滿等擔心，鄭克臧思考良久後決定建立常規的移鎮制度。
不僅在城鎮駐軍與屯墾點駐軍間定期進行換防，在瓊州東寧之間，不同州府、不同屯墾點之間也定期進行換防。
在軍事改革之前，因為屯墾營盤田的存在，使得移鎮換防實現起來十分困難。
大家不願意放棄辛苦屯墾好的田地跟別人換地盤，萬一換的沒自家的好呢。
但在軍事改革後，營盤田作為軍隊公田被剝離出來，由中央統一進行分配，使得換防成為了可能。
這樣一來既解決了陳繩武所提的長久駐扎屯墾點易滋生不滿的問題，同樣也對地方手握軍權的將領如楊彥迪、何右、邱世寧等人起到制衡作用。
借著這次建立換防機制的機會，鄭克臧采取了陳繩武的建議，對軍隊編制和軍職重新統一劃分，以更好地適應軍事改革後的明鄭軍隊。
在軍事改革之後除了中央五鎮以外，各軍鎮正兵基本在一千人左右，輔兵大概在一千五百人左右，鄭克臧重新對其進行了劃分。
首先將陸師劃分為兩個不同的體系︰征討軍鎮與守土軍鎮
按明鄭軍隊現在的編制，兩個軍鎮共計兩千正兵，三千輔兵，其中分派一千五百正兵配一千輔兵劃為征討軍鎮，剩余五百正兵與兩千輔兵作為守土軍鎮。
顧名思義，征討軍鎮負責隨時听調出征，而守土軍鎮主要負責防守本土，在必要時听調出征。
而在軍職方面，陸師分為東西南北中五軍，東南西北各軍設都督一名，都護兩名分管征伐、守土軍鎮。
各軍下轄軍鎮五至六個，其中守土軍鎮三至四個，征伐軍鎮固定兩個。
中軍不設都督，由鄭克臧直領，中軍五鎮加上神機鎮全部為征伐軍鎮，另外各軍還設有神器營（炮營）、輜重營（保障後勤）、工程營、騎兵營（暫缺）等獨立建制軍營，與軍鎮同級。
各軍鎮設統制一名，副統制兩名，協統制（參謀官）四名，統管五協，各協設參領一名，副參領兩名，下轄五標，每標設管領一名，副管領一名，下設五隊，每隊隊正一人，隊副一人，編制為二十人。
同時各軍鎮還設有軍法司左官、南北鎮撫司派遣官等由中央直接任命的輔助軍官。
目前西軍駐扎在瓊州府，都督楊彥迪，防守區為瓊州北部，南軍駐扎在崖州，都督邱世寧，防守區為瓊州南部。
中軍駐扎在承天府，東軍駐扎在天興州，都督一職空缺，負責西海岸南側屯墾點和澎湖的防御，北軍駐扎在基隆港，權都督何右，負責西海岸北側屯墾點防御。
在鄭克臧的命令下，陳繩武負責東軍的軍鎮整編，而其余三軍都督負責各自麾下軍鎮的整編。
在此基礎上各軍之間部隊移防的制度也正式確立，按規定三年一換防。
這條命令隨著參政司不斷修改完善後最終正式成文下發至各軍。
這次統一編制不像上次改革一般順利，諸多參領就分配到征伐軍鎮還是守土軍鎮爭論不休，但在鄭克臧的嚴令下，仍是推動了下去。
而借助這次整編，懷威鎮的偽清降卒也被打散了一部分，最後作為守土軍鎮調派至澎湖駐守。
被處罰降級為副參領的馬震並沒有灰心喪氣，只要不是把他一擼到底，對他來說都還能補救，這次他攻略的對象從何右變為了江勝。
江勝不似何右般脾氣火爆，對勤來拉關系的馬震一直都是笑臉相迎。
而馬震給點陽光就燦爛的性格遇見江勝這樣的笑臉將軍真真是每天都心情愉悅，充滿干勁。
移防澎湖不過半個月，他數次越級向兵部上書要求增固澎湖列島的炮台。
這事把陳侃氣的不行，偏偏軍鎮中大部分都是馬震一直帶著的降卒，陳侃也不敢公開和他撕破臉面，幾次上書之後他也就听之任之了。
兵部接到馬震的奏折後不敢隨意決策，轉呈給了鄭克臧，他看了之後更太有理了。
目前東寧方面諸將對偽清來攻形成了兩種判斷︰一種是多路進攻，盡量將士卒運上島在陸上與東寧決戰，一種是先下澎湖，在海上決戰。
前者正是姚啟聖的策略，而鄭克臧清楚最終偽清采用了施瑯的策略，在海上與東寧決戰，攻佔澎湖以戰逼降。
自己怎麼沒早想到這一點，鄭克臧拍了拍腦門懊悔不已，事務繁雜忙的連這點都忘記了實在是不該。
就著馬震上奏之事，他吩咐兵部和工部先行派人赴澎湖考察，確定增加、修補炮台的方桉，並報參政司審議。
馬震這封奏折提醒了他，除了造船以外，要多關注其他增加勝算的措施，提前準備。
鄭克臧在延平王城的書房內獨坐了近半個時辰，拿著毛筆對桌上的紙張涂涂抹抹，最終留下五個詞︰水師、炮台、間諜、叛逃、指揮。
這是他總結的澎湖海戰失敗的五個主要原因，在指揮一詞旁邊他打上一個對勾。
劉國軒不可能再指揮這場海戰了，歷史上就是因為他的指揮失誤直接導致明鄭戰敗。
他想不明白，雖然劉國軒在鄭經西征時證明了他的善戰之名，但那全是陸戰，最關鍵的澎湖海戰怎會讓他指揮呢。
但他轉念一想便了然，原本歷史上自己的弟弟是個傀儡，劉國軒、馮錫範共掌東寧權柄。
馮錫範又沒什麼拿得出手的戰績，自然關鍵的指揮權落在了劉國軒手上。
水師和炮台沒說的就是造就完事了，那剩下兩個該怎麼解決呢，他陷入了沉思。