與稅務事務爭紛的同時，在軍事上，清廷于1905年9月底由軍諮處出面通告各省督撫，擬派參謀官到各省督理軍務，統一整合全國軍事力量。海軍處也電令駐軍艦沒有海軍處命令，不得擅離駐地。
這些謀奪劉飛揚系軍權的政策，遭到以直隸總督劉洪恩、東北三省總督林鎮偉為首的新軍將領的強烈抵制與反對。
直隸總督劉洪恩這樣表達他的反對意見︰「軍政權限分析宜加慎重，••••••軍事一項，宜勿奪督撫其統屬之權，以資調遣。東北總督林鎮偉以「督撫若失軍事實權，即將無從負疆圻任，軍事統率只應由主將負責，已應對突發之變。」為由反對中央決策。
此後中央和地方的矛盾一直升級。兩江總督陳其昌首先致電軍諮府，聲稱︰如果實行軍諮使監視各省軍務而不受督撫節制，那就請朝廷將督撫一律裁撤，否則不予承認。
除了劉飛揚系的官員，兩廣、陝甘總督及山東、陝西、四川、貴州等省巡撫，「因同病之故，乃相憐相親」，以「一人之力不足與中央抗，思互相聯合，以為與中央爭持之基礎」，聯合電駁，抵制了朝庭的軍事統籌計劃。
客觀地說，朝庭在實行改革的過程中，要削弱督撫財兵兩權，收歸中央，不能無端的說它說是反動之舉，作為後起國家的中央政府，要實現經濟崛起、發展憲政，沒有中央集權、沒有政治體制的現代化是不可能實現的。從經濟角度看，適當加強中央集權，改變畫地為牢的地方封建主義，有利于打破地方保護的閉鎖格局，對于促進資本主義工商業的發展是必不可少的步驟。
朝庭四分五裂的局面如果不能得到及時遏制，對外既不能有效抵御外國侵略者，對內又不能維護帝國穩定。加強中央集權是振興國力、轉弱為強的重要步驟，政啟由此著手，本不為錯，集權行為是和立憲結合在一起的，本來順理成章。但政啟初上台，不顧立足未穩，清庭統治集團內部矛盾尖銳，在這個時候這種情況下，即急急忙忙的想加強中央集權，削減地方勢力反而是不可行的。
由于社會矛盾的復雜性，問題不是那麼簡單了。過多地削弱督撫的權力，過急地追求高度的中央集權，不僅激化了中央與地方的矛盾，為改革制造了更多的阻力，挫傷了地方督撫的積極性、增加其離心力，而且還可能造成了省一級行政的真空地帶，使較小的暴力沖突演變成革命成為可能。
這個時候清庭其實面臨著兩難的抉擇︰要實現君主立憲制，就必須加強中央權威，削弱地方督撫權力，但是稍有不慎，就有可能觸怒地方官員，在空前的政治危機下，一旦造成地方督撫行政管控能力下降，就會導致防衛空虛，使「反政府」力量哄然而起。
其實除了從自身利益出發的地方督撫們，許多開明人士都看到了朝庭措施的失誤，也有人對此可能造成的危害性和難以操作性進行了提前的警告。當時的立憲輿論也並非對中央所采取的舉措一概不解，《京報》評論說︰「度支部現在清理財政，各省督撫大員多懷疑懼，而澤貝子（度支部尚書載澤）百折不回，務期得收成效，昨聞各督撫及司道之條陳財政者，已多至百余起，惟其中各懷私見，恐難實行。」
清王朝發跡崛起于中國東北的白山黑水之間，經過二百多年當它走到歷史盡頭的那一刻，大清皇帝不但未能力挽狂瀾，反而讓帝國在他手中更快的消亡。
政啟也許從來沒有從手里的最高權柄中享受到權力的樂趣，兩年的權力巔峰生活在他看來「如臨深淵，如履薄冰」，被迫退出權力舞台之後他如釋重負，說了這樣一句饒有意味的話︰「這回總算可以回去抱孩子了。」
正因為歷經兩個半世紀的王朝在他執政時期消亡，所以後世的評論對這位政啟皇帝是相當苛刻的。很多人認為政啟連其祖宗的成功經驗也沒有吸取，未像康熙殺鰲拜那樣干得果斷利落。殊不知政啟已經不是傳統的專制皇族，而是一位多多少少吸收了西方文明的開明專制者。雖然為了完成中央集權，或者出于私心，他是多麼想除掉劉飛揚這樣一個尾大不掉的權臣，雖然張之洞、奕劻等大臣「不可殺」的諫言起了很大的作用，但是不但京師周邊省份駐扎的都是劉飛揚的軍隊，而且在京師之內，劉飛揚的軍隊也不比皇帝控制的軍隊弱。
並且政啟從當政的第一天起就試圖把自己塑造成為一個寬容大度、開明革新且手段強悍的改革者形象，這不單是政治性的作秀，也是政啟本人的內心訴求。後來流亡國外的溥儀曾惋惜地說︰政啟執政兩年其中沒有殺掉劉飛揚是「最根本的失敗」。這恰恰從另一個側面說明在政治上比及他的父親更顯幼稚，這是由于他在新政的年代里尚為出生，不能體會到當時疾風驟雨的政治環境下更需必要的政治藝術。
政啟心有余，力不足，智不逮也。
傳統中國的專制文化一向強調「普天之下，莫非王土；率土之濱，莫非王臣」的政治倫理，然而，正當清王朝最需要權威的階段，卻沒有了真正的權威。
清末新政過程中，中央與地方關系直到帝國消亡之時仍舊沒有得到解決，甚至可以說，正是這層矛盾的嚴重性，才導致了帝國的迅速崩潰。
而清末督撫除了已結成一體的劉飛揚系的官員，其它的地方督撫生存在夾縫中，他們的權力不僅受到「中央集權」的剝奪、削弱，同時還受到省咨議局及在「地方自治」中膨脹起來的地方紳權的掣肘和控制，他們往往受到上下夾擊、月復背鉗制，不要說此時多數督撫已與清廷離心離德，即便依舊忠心耿耿，手中財權、兵權兩空，要「維護地方治安」、捍衛清庭的統治地位也早無能為力了。
正因為如此，劉飛揚一呼聲「反」後，眾督撫或者協同劉飛揚共逼權貴讓出政權，或者棄地而逃，或者轉向革命方面，沒有出現真正為帝國政府盡忠到底的督撫。
第二百二十二章離心
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