此时整个国防军系统在东南与西北两处战场都开始了大战，浩罕国君主穆罕默德·古德亚汗以喀什事件为借口，6月12日调集大军侵入新疆，打算一股作气拿下喀什噶尔、叶尔羌等地，建立所谓的东浩罕省。先期的三千国防军随即进行战斗，接着祁枫命令国防军第7、8、9、10师进入边境作战作为反击，6月28日，双方在亮葛尔西面的一个险要山谷口进行了第一次大战，浩罕近十万骑兵被全部歼灭在山谷出口处，因为地形原因浩罕精锐骑兵限制了展开兵力，在密集冲锋下骑兵只能成为国防军的射杀对象，而大多装备冷兵器的浩罕骑兵在数百米外就被击中，跌落马下，就算不死也被奔腾的马匹踩死了。29日，国防军以微小的代价攻下浩罕国第一座城市：鄂斯。随后向浩罕国首都浩罕城前进，虽然一路上浩罕的贵族们不断组织军队节节抵抗，但在装备精良的国防军面前这些士兵勇则勇矣，但是武器装备的落后不是勇气可以抵消的，每次都是死伤满地后被击溃，甚至全军覆没。
这些抵抗虽然没有给国防军造成多大的伤害，但是一路上的前进速度还是被耽搁了，直到7月16日，五万国防军才逼近浩罕城，国防军的行军速度还是超出了浩罕君臣的想象，本以为会被永远拖在路上的清军半个月就到了眼前，清军强大的武力让他们感到了恐惧。此时浩罕的统治者们终于发现自己之前的行为是多么愚蠢，清军的实力并不是如表面上看到的那么弱，不过现在已经迟了，穆罕默德·古德亚汗立刻发出命令调集周围的军队进入城内防守，等着清军的粮草耗尽之后自己撤走，很快周边的二十万军队进入了浩罕城，随后来到城下的国防军将整个城市包围了。
浩罕城做为首都城市，防卫做得非常到位，修建了高大的城墙，近十米高、四米宽，每个城门上方还有十门火炮，这些火炮都是从邻国购买的铜炮，可以发射实心铁弹、开花弹。不过统治者都是游牧民族出身，在城中并没有存贮多少粮食，而且城中的饮水需要从旁边的河中引入城中，这成为了浩罕城的死穴，本来以为清军远道而来，后期补给并不充足，很快就会退走，没有想到的是清军在城外驻扎了下来，一副长期作战的样子。
看了看浩罕城的城墙和周围的地形，纳兰德与另外三个师长商量之后，按照那忻的意思：先困他们一断时间，将他们的锐气磨一阵子再进攻。派兵把守住不远处的河流，禁止城中的人过去汲水，飞艇开始飞到浩罕城上方侦察城中的情况，将重要的建筑和军队驻地标示出来，为炮兵炮击城内提供参照物。
围城一直持续了十天，7月27日下午13时整，那忻与四位师长商议后示意发起进攻。国防军炮兵首先发威，四个师的炮兵集结在一起，数百门大炮对着浩罕城喷射炙热的炮弹，首先是城墙，接着逐渐向城内延伸，飞艇在天空进行着弹道校正，城中的建筑很快被夷为平地，一些木制结构的房屋被点燃后冒起冲天的黑烟，同时爆炸产生的浓烟很快笼罩了整个城市。此时天气晴朗，无风，浓烟消散的很慢，半个小时后飞艇也看不清下面的建筑了，只能在烟雾中模糊地看到一团一团的火焰，半个小时后停止了炮击，浩罕城的城墙被炸出一段两百多米长的豁口，在指挥官的带领下，国防军小心翼翼地向缺口走去，看到地上到处都是被炸散的碎石，非常不好走。等到国防军进入浩罕城才发现整个城市已经面目全非，到处都是瓦砾，偶尔几个反抗的也被一一射杀。浩罕城如同人间地狱，事后被统计的数据显示整个浩罕城在炮击中被炸死的平民百姓与军队逾十万。
穆罕默德·古德亚汗招集的军队进入浩罕城，但是他并未大量贮备粮食，二十万军队加上八十多万百姓十天时间内需要的各种物质何其多，城市用水都是依靠河流的水，浩罕城与外界的交通被隔绝，物质无法补充，加上城外国防军压境，一时人心惶惶，流言四起，让贵族们心里害怕。不少贵族都在想着早知道会败还不如早早离开这里呢，如今的情况看来自己的财富将要失去了，有些已经开始琢磨着怎么才能在这次大战中保住自己的财富，为谁效命无所谓，毕竟这个世界是强者为尊。
“城破了！清军冲进来了！”在炮声结束后，一时间世界非常寂静，仿佛所有的声音都消失了，这时一个嘶心裂肺的声音喊道。一些冷静的浩罕军官开始整理自己的士兵准备抵抗。豁口处国防军进入了城内，在城墙上的敌人大多被炸死，就是没有死的也是被爆炸声震得耳朵、鼻子流血，身体被气浪刮得满是伤口，鲜血沿着衣服的撕裂处沁出，他们已经没有救治的价值了，所以国防军士兵人道地给了他们一枪，让他们不再受这非人的痛苦。
进城不到五十米，开始有敌人手执刀枪向国防军冲过来，这些人身上沾满了灰尘与木屑，勇敢地冲向国防军，但是他们失望了，被一枪一枪地放倒在地，不甘地躺在地上，弥留之际双眼看着蓝色的天空，两个小时后穆罕默德·古德亚汗宣布投降，城中的枪声立刻少了许多，虽然还有一些顽固份子拒绝投降，但是大多数百姓并不反对投降，他们对于这次战争并不支持，这只是统治阶级支持的战争，他们只关心自己的生活是否会好。足见浩罕国下层百姓与上层贵族之间的关系并不紧密。对于反抗者国防军绝不姑息，一律处死。穆罕默德·古德亚汗的投降，标志着浩罕国的灭亡，从1740年定都浩罕，建立了浩罕汗国，摆月兑了布哈拉汗国的统治到1854年一共存在了114年的时间。消息传到伊犁，祁枫宣布原浩罕国区域成立帕米尔州，首府还定在改过名字的浩罕城，新名帕米尔城，从此这个强盛一时的中亚国家从人们的视线中消失。
占领了浩罕的首都之后国防军开始向各地进攻，不到一个月的时间将整个浩罕国全部纳入新疆统治之下，与从俄国新占的土地连成一片，祁枫从此有了南下印度次大陆的跳板。而一些贵族逃离了浩罕国，进入了俄国境内寻求保护，其中有一个叫阿古柏的小军官。
刘海山带带领自己的150团到达含山后，着手准备一切，在南面较缓而且容易受到攻击的山坡上建筑工事，利用石头修建一些简易碉堡，将一块平地做为炮兵的阵地，然后和士兵们一起等待着太平军的到来。下午天快黑时终于看到了太平军的黄色旗帜，漫延二里多长的队伍，通过望远镜发现这些人都面色疲惫，身上的衣服带有泥土，而且手中拿着的也是大刀长矛，观察了一会发现他们在一块平坦的地上准备休息了，看来今天打不成了。刘海山让士兵们准备吃饭，然后开始休息，注意防潮，南方的天气对于西北来的士兵来说不能适应，天气潮湿、地上一下雨泥泞不堪，一般国防军在睡觉之前喝一碗姜茶防寒还是有用的。一名年轻的士兵问刘海山说：“团长，我们为何不趁此机会打一次反击？”“小家伙，我们要正面打败这些人，让他们知道不是喊几句口号就能打出一片天下的，在他们心里留下国防军不可战胜的阴影，让他们知道战争打的是实力，看看他们，虽然士气还不错，但是装备落后，而且士兵身体疲惫，如此情况之下一旦陷入苦战必将溃败，以后要多用大脑思考，总司令说只有会思考的人才能担任军官。”刘海山笑着拍拍这个年轻小伙子的肩膀说，小伙子叫周远航，今年刚刚十九岁，团长说的话他听的不大懂，抓了抓头上的帽子，眉头皱在一起，“回去休息吧，明天会有大战。”刘海山让周远航回去休息，自己在各个防线上巡查了一遍，看了看暗哨，让他闪注意情况，自己也回去休息了。
石廷柱带着两万人赶到了含山，此时太阳将要落下山，最后一屡阳光快要没入地平线，本想着含山上不会有敌人，自己可以带着兄弟在山上休息一晚，用单筒望远镜向山上望去，发现山上已经有人了，一杆大旗迎风招展，上面一只带着翅膀的老虎在旗帜摆动时腾空欲飞。险要之处有石头垒成的岗位，很多穿着奇怪的人散落在那里，将自己上山的路全部堵死了，看来清军已经知道自己的意图了，只有强攻一途可走。转头看着手下疲惫的样子，石廷柱心软了，刚刚击败清军的江南大营，兄弟们没有好好休息就再次踏上了征程，都很累了，再说今天天色已晚，遂下令扎营休息一晚，好让他们更好地发挥自己的战斗力。
在两千米外寻找了一片平坦土地作为营地，行军时带的帐篷不多，一些人只好在树下面整理出一块干净的地方，将一块破布铺在下面然后和衣躺下，简单吃了几口带的冷饭，喝了几口竹筒中的水睡下了，石廷柱一边安排人在夜里巡视，防止山上的清军偷袭，一边查看休息的情况，休息不好明天无法发挥全部的力气。
七月的天气夜里微微有些凉，夏虫在草丛中鸣叫着，如果没有蚊的话这里是一个绝佳地休息场所，地处长江沿岸的地区有些潮湿，特别是黎明时分，空气中弥漫着淡淡的水汽，打在脸上凉凉的，让人精神一震。不过在这种情况下睡觉的太平军却没有这处感觉，早晨醒来发现自己的衣服一面被打湿了，粘在身上非常不舒服，接着开始生火煮饭，有人在火边烤着自己的衣服，早上八点，石廷柱集结了两万人，由于含山适合展开兵力的地方不多，只好将两万人分成五个部分，在各部将军的带领下准备向山上发起攻击。
第一部四千人呐喊着向山上冲去，只要冲在他们身边清军的火器就没有发挥的余地了，所以他们按照以前的策略开始行动。不过很快他们就失望了，接连不断的枪声从山的隐蔽处响起，身边的人一个个倒在冲锋地路上，不小心就会被带倒，而且冲到一半时天空传来了打雷的声音，很快爆炸声在自己的队伍里响起，很多人被气浪抛飞出去，眼见是活不了了。清军的火器好象有用不完的弹药，这如湘军大部装备的黑火药枪不同，射击后没有大片地烟雾暴露自己的位置，二十分钟后太平军向山下跑去，他们感到了恐惧，不没有看到对方长什么样子自己这边已经倒下了三分之二的人，这仗怎么打？跟谁在打？每个人心里都出现了这个问题，无奈石廷柱只好换一部再次冲锋，情况还是和上次一样，还未看清对方的模样自己已经损失了一半的人，汗水渐渐布满了他人的脸，怎么会这样？这支部队是哪里来的？抹了一把脸上的汗，石廷柱决定自己亲自带着人上，拔出腰刀喊道：“天父在上，保佑得胜。”四千人向山上冲去，周远航看到了冲锋中的石廷柱，这个家伙在冲锋时不断招呼别人进攻，应该是个军官，手里的步枪瞄准了他们头部，“砰”一声清脆地枪响，石廷柱额头上出现了一个小洞，鲜血从里面流出来，石廷柱以右手高举指挥刀，左后招呼士兵前进的姿态定格了，然后向后倒在地上滚了两下停止了，很快石廷柱被杀的消息传开，太平军开始向后跑去，看来主将的死对这些人的打击很大，直接将他们勇气打到零。
后面的将军拦都拦不住，最后只好跟着向后跑去，由于地形的原因，比来时的速度快了不少，很快飞艇向太平军溃退的方向飞去，他们准备再来一次空中突击。而刘海山则拦住了想要追击的国防军，说穷寇勿追，开始指挥士兵打扫战场，毕竟周围还有不少村庄，如果被看到了可能引起不小的恐慌。
身在滁州的富察广当然知道了太平军渡江而来的消息，他直接调两个旅加上五十艘飞艇压到了最大的一股太平军的头上，石达开面对陆空联合突袭，纵然军事指挥能力再高，也不能阻挡太平军溃败的颓势，渡过长江不到两天，再次被打回江南，而此时十万大军只剩下了不到一万，剩下的不是被俘就是死在枪炮之下，还有一部分跳进长江被水溺死，而富察广的部队却只能望江兴叹，无他，北方人无法进行水战。飞艇虽然可能飞过长江但是在没有步兵的情况下，飞艇的作为很小，而且祁枫命令不能将天京给炸坏了，毕竟是一个古老的城市，一定要保护它的原貌，祁枫看到这种情况想，只能让海军出击了，虽然训练时间不长，但是技术的优势可以抵消一部分训练的落后。一份电报发到了海参崴基地。