就在这时，一道镭射光线击中了正向维奇里安号弹射出去的乌贼炸弹，将它击爆在空中。
射出这道镭射光线的，并不是锡安的战舰，而是一架从后面迅速追上机械乌贼的梭型飞行器。
这架飞行器与锡安的气垫飞行战舰并没有相似之处，行动方式却也与机械乌贼那违反物理规则的游动方式不同。
飞行器的尾部和两侧有着数个喷射出淡蓝火焰的推进器，推动着飞行器迅速赶上机械乌贼，一阵交错的镭射光线从飞行器的前端射出，极短的时间内，就将十几个机械乌贼全部打爆。
干掉机械乌贼后，飞行器在维奇里安号的旁边停了下来，飞行器的侧边，一道舱门打开，从里面跳出两个人来。
如果墨菲斯此时看到这两个人，一定能够认出来，骇然正是在遭遇了母体的战斗天使后与他们失散的连冰和克莉斯汀娜！
进入维奇里安号迅速搜寻一番，连冰并没有找到自己的目标，那个被史密斯附体的班尼已经不知去向。
找不到史密斯附体的班尼，连冰并不停留，迅速返回梭型飞行器。
梅罗纹奇和佩瑟芬竟然也在飞行器中，连冰上了飞行器就对着他们道：“还剩下多少时间？”
飞行器中间的位置，一座大楼的立体虚影上方，一串数字正在倒数，上面的数字已经只剩下不到三百，并且正以每秒一下的速度在减少着。
“还剩下四分钟的时间，是立刻返回母体，还是继续寻找史密斯？”佩瑟芬看了数字一眼，对连冰道。
“他走不远，一定还在附近，四分钟，应该够了！”
此时的克莉斯汀娜已经将特警的核心代码破译成功，并拥有了他在母体的接入权限，自身的防火墙再次升级，因此，连冰才决定向史密斯下手。
不过在母体中，史密斯的踪影难寻，这个变异的电脑人好似凭空消失了一般，即使有着梅罗纹奇的帮助，也发现不了他的蛛丝马迹。
连冰仔细的回想之后，终于记起了维奇里安号发生的事情，不过梅罗纹奇控制的机械体却也找不到这搜战舰的位置。
在矩阵地下通道搜寻了数小时的时间，依然无果，直到被史密斯附体的班尼打开的维奇里安号的讯号，想引来机械乌贼的时候，才让梅罗纹奇找到了位置。
于是，连冰和梅罗纹奇四人乘坐的梭型飞行器才能恰好赶在机械乌贼之前，找到维奇里安号。
“找到了，在前面一公里处！”在雷达扫描出来的立体影像上，前方的通道里，一个人影正在往深处走去。
估算维奇里安号与这个人影之间的距离，以及时间进行计算，梅罗纹奇很快得出，这个人影就是他们要寻找的目标。
不用分说，梭型飞行器速度开到最快，数十秒的时间久追上了史密斯附体的班尼，随后两束镭射攻击从梭型飞行器前端发出，直接将班尼的两腿射断。
几根机械臂从梭型飞行器上探出，直接钳住没有抵抗能力的班尼，将他拉进了飞行器中。
于此同时，飞行器猛的转向，以超快的速度向着地面冲去，返回机器城。
“只有一分钟了！梅罗纹奇，开启进入母体通信中枢的通道！”时间紧迫，连冰看着倒数的时间只剩下六十多秒，跳下飞行器，抓起班尼，拉着克莉斯汀娜就撞进了机器城中他们出来时的接入室。
将班尼迅速固定在金属座椅上，用神经元接入设备将他接入机器城，连冰和克莉斯汀娜也重新连上数据链路，意识与机器城的主数据端口联通，浑身发出金色的光芒，直接进入了虚拟空间中史密斯的身体。
连冰神经元运算能力提升到极限，同时向史密斯的程序代码进行入侵破译，加上梅罗纹奇掌控的矩阵运算资源，即使是史密斯已经是集合非法程序源代码衍生出的与尼奥完全不同的另一个极致，也无法抗衡。
“主脑，成功了，我已经完全破译和掌握了他的核心代码和运作机制！”克莉斯汀娜兴奋的道。
“克莉斯汀娜，干的不错。”连冰说完，心中却在疑惑，自己做了这么多的事情，早就打乱了剧情，甚至是干掉了史密斯的分身，奇迹之门居然还是没有奖励提示，实在是有些不合常理了。
不过现在也不是纠结的时刻，时间又过去了半分多钟，而离尼奥进入代码之源的时间仅仅剩下了不到三十秒！
“母体通信中枢的通路已经连通，快点进去。”介于矩阵与母体之间的机器城虚拟空间中，梅罗纹奇拉开了一扇门，对连冰催促道。
母体，由于连冰和梅罗纹奇阻止了史密斯附体的班尼，维奇里安号的泰伦和他的船员因此躲过了死亡的命运，代码之源所处大楼的备用电源被成功炸毁，崔尼蒂也躲过了差点被特警杀死的命运。
一个不大不小的变化，足以改变尼奥的最初选择，只是此时的尼奥并不知道，他已经因为连冰的原因，而不需要在拯救崔尼蒂还是人类的未来之间进行抉择。
母体的通信中枢中，尼奥和制匙人进入其中，白色的走廊通道，墙壁上无数的房门，似曾相识的感觉，让尼奥觉得就如同会见先知时守护天使带他走过的的通道一般。
忽然，无数的史密斯从墙壁两旁的房门中冲的出来！
制匙人见状，拿出一串钥匙，打开一道房门钻了进去，尼奥却被无数的史密斯拦住，月兑不开身。
就在这时，墙壁上的一道房门被推开，连冰和克莉斯汀娜也进入了这里，看着无数的史密斯，连冰眉头微皱。
通道的另一端，一个房门再次打开，制匙人出现在里面，正要向尼奥招手，却忽然看见多出来的连冰和克莉斯汀娜，楞在了那里。
连冰却不顾他的神色，与克莉斯汀娜一起，直接撞开无数的史密斯，顺带拉上尼奥，直接向着制匙人所在的房门冲了上去。
两个史密斯拔出手枪，制匙人此时也顾不上许多，赶紧关上房门。
枪声响起，在关上房门的瞬间，子弹射穿了房门，在与外界通道的连接完全断开之前，讲制匙人打成了筛子。
代表这个通道的房门被关闭，制匙人从脖子上拔下项链挂着的钥匙，在连冰的神经元意识能力的眼中那个，此时的制匙人的核心代码已经转移到了那把钥匙中。
原来，制匙人的核心代码才是真正代码之源的进入密码！
不过，这时连冰却不关心制匙人的死活，而是对克里斯汀娜道：“下手！”
克里斯汀娜闻言，猛的伸出手来钳住尼奥的双臂，一种金色的流质随着克里斯汀娜抓住尼奥的手臂上，向这他全身蔓延上去。
“史密斯……为什么……”尼奥遭到突然袭击，只来得及说出几个字，整个身体就几乎被金色的流质完全覆盖。
这些金色的流质其实就是克里斯汀娜的入侵数据流，入侵解析和掌握了史密斯核心代码后，用于史密斯与尼奥救世主代码赫然相反的核心代码进行中和。
源自克里斯汀娜的金色入侵数据流，眼看就要将尼奥完全覆盖，一旦完成，尼奥就将彻底的没有还手之力，然而，救世主尼奥的核心代码以及在母体的权限，似乎比此时克里斯汀娜掌握的还要强大，居然并没有完全被中和掉。
就在只差一点的时候，金色的数据流竟然开始逆流，连冰眉头一皱，不敢怠慢，立刻加入了对尼奥的压制，身上绽放出金色的光芒，与克里斯汀娜的金色数据流合一，再次将尼奥压制下去。
在克里斯汀娜的感觉中，对尼奥的入侵中和似乎过了很久，其实也才仅仅数秒而已，有了连冰的帮助，克里斯汀娜终于完全中和了尼奥的核心代码，并掌握了这个由所有非法程序衍生的最高形态。
“尼奥，抱歉了，为了获得大量的功勋点和降临剧情，就必须干掉你，拥有了你和史密斯的核心代码，虽然没有矩阵的权限可以删除点史密斯，不过却能让设计师妥协，甚至得以月兑离程序虚拟空间，完全打乱剧情，所以，你只好去死了！”连冰心中暗道一声，虽然干掉了尼奥还是没收到奇迹之门的提示，不过现在已经事已至此，也只能继续下去！
心下想着，手上却是不停，拿过制匙人手中的钥匙，插入了代码之源的大门。
一阵白色的光芒过后，连冰和克里斯汀娜的眼前出现了一个布满屏幕的房间，设计师坐在沙发上转了过来，笔挺的白色西装，满头的白发梳理的井井有条，精神抖擞，高高在上的神情，让人忽视他形象的年龄。
见到进来的不是救世主尼奥，而是连冰和克里斯汀娜，却半点也不见异色：“不论你们是怎么来到这里，作为非法程序的你们，既然敢进入代码之源，就一定掌握了与我抗衡的能力。”