就在這時，一道鐳射光線擊中了正向維奇里安號彈射出去的烏賊炸彈，將它擊爆在空中。
射出這道鐳射光線的，並不是錫安的戰艦，而是一架從後面迅速追上機械烏賊的梭型飛行器。
這架飛行器與錫安的氣墊飛行戰艦並沒有相似之處，行動方式卻也與機械烏賊那違反物理規則的游動方式不同。
飛行器的尾部和兩側有著數個噴射出淡藍火焰的推進器，推動著飛行器迅速趕上機械烏賊，一陣交錯的鐳射光線從飛行器的前端射出，極短的時間內，就將十幾個機械烏賊全部打爆。
干掉機械烏賊後，飛行器在維奇里安號的旁邊停了下來，飛行器的側邊，一道艙門打開，從里面跳出兩個人來。
如果墨菲斯此時看到這兩個人，一定能夠認出來，駭然正是在遭遇了母體的戰斗天使後與他們失散的連冰和克莉斯汀娜！
進入維奇里安號迅速搜尋一番，連冰並沒有找到自己的目標，那個被史密斯附體的班尼已經不知去向。
找不到史密斯附體的班尼，連冰並不停留，迅速返回梭型飛行器。
梅羅紋奇和佩瑟芬竟然也在飛行器中，連冰上了飛行器就對著他們道︰「還剩下多少時間？」
飛行器中間的位置，一座大樓的立體虛影上方，一串數字正在倒數，上面的數字已經只剩下不到三百，並且正以每秒一下的速度在減少著。
「還剩下四分鐘的時間，是立刻返回母體，還是繼續尋找史密斯？」佩瑟芬看了數字一眼，對連冰道。
「他走不遠，一定還在附近，四分鐘，應該夠了！」
此時的克莉斯汀娜已經將特警的核心代碼破譯成功，並擁有了他在母體的接入權限，自身的防火牆再次升級，因此，連冰才決定向史密斯下手。
不過在母體中，史密斯的蹤影難尋，這個變異的電腦人好似憑空消失了一般，即使有著梅羅紋奇的幫助，也發現不了他的蛛絲馬跡。
連冰仔細的回想之後，終于記起了維奇里安號發生的事情，不過梅羅紋奇控制的機械體卻也找不到這搜戰艦的位置。
在矩陣地下通道搜尋了數小時的時間，依然無果，直到被史密斯附體的班尼打開的維奇里安號的訊號，想引來機械烏賊的時候，才讓梅羅紋奇找到了位置。
于是，連冰和梅羅紋奇四人乘坐的梭型飛行器才能恰好趕在機械烏賊之前，找到維奇里安號。
「找到了，在前面一公里處！」在雷達掃描出來的立體影像上，前方的通道里，一個人影正在往深處走去。
估算維奇里安號與這個人影之間的距離，以及時間進行計算，梅羅紋奇很快得出，這個人影就是他們要尋找的目標。
不用分說，梭型飛行器速度開到最快，數十秒的時間久追上了史密斯附體的班尼，隨後兩束鐳射攻擊從梭型飛行器前端發出，直接將班尼的兩腿射斷。
幾根機械臂從梭型飛行器上探出，直接鉗住沒有抵抗能力的班尼，將他拉進了飛行器中。
于此同時，飛行器猛的轉向，以超快的速度向著地面沖去，返回機器城。
「只有一分鐘了！梅羅紋奇，開啟進入母體通信中樞的通道！」時間緊迫，連冰看著倒數的時間只剩下六十多秒，跳下飛行器，抓起班尼，拉著克莉斯汀娜就撞進了機器城中他們出來時的接入室。
將班尼迅速固定在金屬座椅上，用神經元接入設備將他接入機器城，連冰和克莉斯汀娜也重新連上數據鏈路，意識與機器城的主數據端口聯通，渾身發出金色的光芒，直接進入了虛擬空間中史密斯的身體。
連冰神經元運算能力提升到極限，同時向史密斯的程序代碼進行入侵破譯，加上梅羅紋奇掌控的矩陣運算資源，即使是史密斯已經是集合非法程序源代碼衍生出的與尼奧完全不同的另一個極致，也無法抗衡。
「主腦，成功了，我已經完全破譯和掌握了他的核心代碼和運作機制！」克莉斯汀娜興奮的道。
「克莉斯汀娜，干的不錯。」連冰說完，心中卻在疑惑，自己做了這麼多的事情，早就打亂了劇情，甚至是干掉了史密斯的分身，奇跡之門居然還是沒有獎勵提示，實在是有些不合常理了。
不過現在也不是糾結的時刻，時間又過去了半分多鐘，而離尼奧進入代碼之源的時間僅僅剩下了不到三十秒！
「母體通信中樞的通路已經連通，快點進去。」介于矩陣與母體之間的機器城虛擬空間中，梅羅紋奇拉開了一扇門，對連冰催促道。
母體，由于連冰和梅羅紋奇阻止了史密斯附體的班尼，維奇里安號的泰倫和他的船員因此躲過了死亡的命運，代碼之源所處大樓的備用電源被成功炸毀，崔尼蒂也躲過了差點被特警殺死的命運。
一個不大不小的變化，足以改變尼奧的最初選擇，只是此時的尼奧並不知道，他已經因為連冰的原因，而不需要在拯救崔尼蒂還是人類的未來之間進行抉擇。
母體的通信中樞中，尼奧和制匙人進入其中，白色的走廊通道，牆壁上無數的房門，似曾相識的感覺，讓尼奧覺得就如同會見先知時守護天使帶他走過的的通道一般。
忽然，無數的史密斯從牆壁兩旁的房門中沖的出來！
制匙人見狀，拿出一串鑰匙，打開一道房門鑽了進去，尼奧卻被無數的史密斯攔住，月兌不開身。
就在這時，牆壁上的一道房門被推開，連冰和克莉斯汀娜也進入了這里，看著無數的史密斯，連冰眉頭微皺。
通道的另一端，一個房門再次打開，制匙人出現在里面，正要向尼奧招手，卻忽然看見多出來的連冰和克莉斯汀娜，楞在了那里。
連冰卻不顧他的神色，與克莉斯汀娜一起，直接撞開無數的史密斯，順帶拉上尼奧，直接向著制匙人所在的房門沖了上去。
兩個史密斯拔出手槍，制匙人此時也顧不上許多，趕緊關上房門。
槍聲響起，在關上房門的瞬間，子彈射穿了房門，在與外界通道的連接完全斷開之前，講制匙人打成了篩子。
代表這個通道的房門被關閉，制匙人從脖子上拔下項鏈掛著的鑰匙，在連冰的神經元意識能力的眼中那個，此時的制匙人的核心代碼已經轉移到了那把鑰匙中。
原來，制匙人的核心代碼才是真正代碼之源的進入密碼！
不過，這時連冰卻不關心制匙人的死活，而是對克里斯汀娜道︰「下手！」
克里斯汀娜聞言，猛的伸出手來鉗住尼奧的雙臂，一種金色的流質隨著克里斯汀娜抓住尼奧的手臂上，向這他全身蔓延上去。
「史密斯……為什麼……」尼奧遭到突然襲擊，只來得及說出幾個字，整個身體就幾乎被金色的流質完全覆蓋。
這些金色的流質其實就是克里斯汀娜的入侵數據流，入侵解析和掌握了史密斯核心代碼後，用于史密斯與尼奧救世主代碼赫然相反的核心代碼進行中和。
源自克里斯汀娜的金色入侵數據流，眼看就要將尼奧完全覆蓋，一旦完成，尼奧就將徹底的沒有還手之力，然而，救世主尼奧的核心代碼以及在母體的權限，似乎比此時克里斯汀娜掌握的還要強大，居然並沒有完全被中和掉。
就在只差一點的時候，金色的數據流竟然開始逆流，連冰眉頭一皺，不敢怠慢，立刻加入了對尼奧的壓制，身上綻放出金色的光芒，與克里斯汀娜的金色數據流合一，再次將尼奧壓制下去。
在克里斯汀娜的感覺中，對尼奧的入侵中和似乎過了很久，其實也才僅僅數秒而已，有了連冰的幫助，克里斯汀娜終于完全中和了尼奧的核心代碼，並掌握了這個由所有非法程序衍生的最高形態。
「尼奧，抱歉了，為了獲得大量的功勛點和降臨劇情，就必須干掉你，擁有了你和史密斯的核心代碼，雖然沒有矩陣的權限可以刪除點史密斯，不過卻能讓設計師妥協，甚至得以月兌離程序虛擬空間，完全打亂劇情，所以，你只好去死了！」連冰心中暗道一聲，雖然干掉了尼奧還是沒收到奇跡之門的提示，不過現在已經事已至此，也只能繼續下去！
心下想著，手上卻是不停，拿過制匙人手中的鑰匙，插入了代碼之源的大門。
一陣白色的光芒過後，連冰和克里斯汀娜的眼前出現了一個布滿屏幕的房間，設計師坐在沙發上轉了過來，筆挺的白色西裝，滿頭的白發梳理的井井有條，精神抖擻，高高在上的神情，讓人忽視他形象的年齡。
見到進來的不是救世主尼奧，而是連冰和克里斯汀娜，卻半點也不見異色︰「不論你們是怎麼來到這里，作為非法程序的你們，既然敢進入代碼之源，就一定掌握了與我抗衡的能力。」