楊太後不久去世，被謚為恭聖仁烈。賈貴妃得以專寵，其弟弟名叫賈似道，素來行為不檢點，卻得為籍田令。賈似道每日里縱游青樓女子家，入夜就遨游湖上。趙昀曾經憑高眺望，看見西湖中燈火輝煌，便對左右道︰「想必又是賈似道在狎游。」次日，派人一問，果然如此。
趙昀于是令京尹史岩之去告戒賈似道，史岩之奏道︰「賈似道落拓不羈，原是少年習氣，但是他才可大用，陛下不應拘以小節。」趙昀信以為真，自此有用賈似道的意思。賈貴妃之外，還有宮人閻氏也被封為婉容，美艷不亞于賈女，得以並寵後宮，與內侍董宋臣等人表里用事，因此真、魏二賢，勸趙昀遠離。
趙昀當下升真德秀為參知政事，真德秀此時已經患病，屢次辭職，于是改授資政殿學士，提舉萬壽宮，不久去世。趙昀追贈他為光祿大夫，謚號文忠。真德秀病逝，與他同時的名士，只剩下一個魏了翁。魏了翁字華父，號鶴山，邛州蒲江人。
魏了翁生于淳熙五年六月，少年時聰穎絕悟。他才幾歲，便跟隨兄長一起進入學堂讀書，儼然一副成人模樣。年紀稍長，魏了翁就能日讀千余言，過目不忘，鄉里稱他為神童。十五歲，他撰寫的《韓愈論》，文章抑揚頓挫，頗有大家之風。
慶元五年，魏了翁中進士第三名。當時忌諱談「道學」，魏了翁卻在策論中提及。及第後，魏了翁被授劍南西川節度判官廳公事，他在任上盡心公事。開禧元年，他被召試學士院。當時韓侂冑謀劃北伐，魏了翁上言，以「國家紀綱不立，國是不定，風俗苟偷，邊備廢弛，財用凋耗，人才衰弱」、「金地廣勢強，未可卒圖，求其在我，未見可以勝人之實」為由，認為當務之急在于「內修」。此論一出，眾人大驚。魏了翁于是被改任秘書省正字。監察御史徐柟彈劾魏了翁「對策狂妄」，但韓侂冑沒有再做處置。
次年，魏了翁升秘書省校書郎。他以父母年老為由辭任，外放嘉定任知府。他在赴任途中到達江陵時，四川宣撫副使吳曦叛宋降金，魏了翁因此沒能到任。安丙、李好義、楊巨源等誅殺吳曦、平定叛亂後，魏了翁在赴任途中收到免職命令，于是奉雙親回蒲江故里。史彌遠秘密殺害韓侂冑後，劉爚建議史彌遠崇奉理學、起用理學名士以美化形象。朝廷于是收召諸賢，魏了翁也在收召之列。
嘉定元年，史彌遠入相，專理國事。魏了翁從一開始就覺察到史彌遠「收召諸賢」的用意，因而力辭詔命。不久他父親去世，魏了翁解官守喪，于邛州西白鶴岡下建成鶴山書院，著書立說，授徒傳道，宣揚理學，因此蜀地百姓都知曉朱熹的義理學說。魏了翁守喪期滿，任漢州知州。在任上，魏了翁減免百姓欠繳的賦稅，但因其轄區內出現橋毀傷及人命的事故，被降授宮觀使閑職。數月之後，魏了翁被任命為眉州知州。
作為理學家的魏了翁見到朱熹、張栻均已賜謚，次年春以周敦頤曾任本路合州的官職為由，奏請為周敦頤賜謚，同時也為程顥、程頤請謚。在魏了翁的一再奏請下，朝廷這才特賜周敦頤謚「元」、程顥謚「純」、程頤謚「正」。魏了翁進一步為張載請謚，並請將四人從祀孔廟，朝廷隨後又特賜張載謚「明」，但沒有同意將四人從祀于孔廟。如此一來，極大地提高了理學派聲望，為以後理學取得獨尊的地位奠定了基礎。
嘉定九年，魏了翁一度以路級監司官代理本路的遂寧府知府。嘉定十四年，朝廷提升魏了翁任潼川路提點刑獄公事。在這十五年期間，他歷任轉運判官、直秘閣官、秘書監官等職務。治績大著，有口皆碑。趙昀即位後，時事多變。魏了翁積憂成疾，三次上奏要求隱退，都沒有被批準，還出任起居郎。那時，因「雷聲非時」認為異常，趙昀心神不定。魏了翁入對，闡述理學與政見，指出「心」的作用。並為趙昀謀求久安長治計策，勸他公正听取不同意見和一視同仁地看待人與事。
被廢黜為濟王的趙竑暴死，因為趙昀是由史彌遠擅自扶立，而原皇子趙竑則是被矯詔廢掉。史彌遠一直視趙竑為眼中釘，所以負責治喪的官員行事潦草，下葬的儀式也不符合規格，一時流言四起。魏了翁每每請見趙昀，都進諫請他寬宥人倫，厚葬趙竑，從而平息傳言。朝中大臣只有魏了翁與洪咨夔、胡夢昱、張忠恕引經據典，直言諍諫，而魏了翁更是憤懣以病請辭。
右正言李知孝彈劾胡夢昱，使其被貶嶺南，魏了翁為其餞別。李知孝便指責魏了翁首倡異論，準備上書彈劾，史彌遠卻特別表示寬容。沒過兩天，諫議大夫朱端常便彈劾他欺世盜名、朋邪謗國。朝廷便把魏了翁削官三等，貶到靖州居住。不久，魏了翁再入朝，史彌遠想要拉攏，他不與苟同。于是魏了翁一直按部就班地升遷，並未官居要職。在三年時間里，他的足跡遍及大江南北。魏了翁勤勞恭謹，全身心傳授理學知識，並著《九經要義》，總共二百六十三卷。
紹定四年，魏了翁復職，主管武夷山沖佑觀。後來升任寶章閣待制、潼川路安撫使、瀘州知州。瀘州是一個大藩，控制邊境的面積達兩千里，但是武備不修，城廓廢弛。魏了翁于是奏請修繕瀘州的城樓、垣牆和雉堞，並增置軍械，訓練盾牌手，申明軍紀，興辦學校，豁免欠稅，恢復社倉，修建義冢，修辦養濟院。他上任只有幾個月，就出現了百廢俱興的局面。
史彌遠死後，趙昀親政，魏了翁被提升為華文閣待制，賞賜了金帶。入朝以來，魏了翁見一些高官顯貴大權獨攬，擅廢法紀，目無綱常，致使政權腐敗，不可救藥。他疾惡如仇，還在應詔赴任途中，給趙昀上疏道︰「時政有十弊，建議恢復歷來好的傳統，以表新興之大為。」他的整頓朝政十項建議，論述萬余言，引事實，切時弊，辯是
非，講利害。趙昀讀畢，深受啟發和震動，手拿奏章舉讀成誦。從此，舊典章都得到了恢復。
端平元年十月，魏了翁任禮部尚書兼直學士院。他忠于職守，縱論政事，體察民情，訪問人才，召從臣集議，事情做得認真、扎實，不負眾望。回朝六個月，他前後共上奏二十多章，全是當務之急。趙昀想讓魏了翁參與共商國家政事，嫉妒他的人卻合伙竭力排斥，使他不能安心在職。
魏了翁因為熟知兵書、兵法，量力國家，又被任為端明殿學士，參預機要工作、撰寫文書等，任同簽書樞密院事。十二月，他督視江淮京湖軍馬。正值蒙古軍犯境，戰事失利，朝廷驚慌，趙昀憂慮。一次例行朝拜結束後，趙昀面贈魏了翁一首親筆書寫的唐人嚴武詩︰「昨夜秋風入漢關，朔雲邊月滿西山。更催飛將追驕虜，莫遣沙場匹馬還。」和「鶴山書院」四個大字，並贈金帶鞍馬，又命宰相、重臣關外設宴餞行。
魏了翁掌管邊關兵馬戰事後，以吳潛為參謀官，趙善潮、馬光祖為參議官，重申軍規，嚴明軍紀，並身先士卒，加強練兵，一時軍力大增。他提醒將帥要加強警戒並調遣增援部隊，安撫為國捐軀的士卒，罷免貪生怕死的將領，及時向趙昀奏明邊防十件事。
端平三年正月，魏了翁被召回，任簽書樞密院事。在赴邊關奏事時，因病提出辭呈。那些存心排擠魏了翁的人早在那里窺視，並蠢蠢欲動。他們趁機推波助瀾，又大造輿論，于是魏了翁又被召回，這些都不是趙昀的本意。魏了翁要求回歸故里，趙昀不肯，便改任資政殿學士。
趙昀又召崔與之參政，崔與之曾經為四川制置使。朝廷召他為禮部尚書，他竟乞求回廣州，不肯受命，自此屢詔不起。此時粵東摧鋒軍作亂，朝廷詔授他為安撫使。摧鋒軍被調到建康駐守，長達四年。撤離衛戍後，沒有過五嶺，又在江西逗留了四年。這支部隊轉戰各地，所向披靡。但是幕府不上報他們的功勞，駐守期滿，又不讓他們回廣東。
摧鋒軍于是在端平二年七月，發動兵變。叛軍由曾忠帶領自江西經梅州返粵，焚惠陽，長驅至廣州府城，知廣州府連夜逃遁。崔與之當時在家閑居，見事態嚴重，便率領民兵，帶病登上城樓與叛軍相見，查問叛亂原因。叛軍一見，立即拜伏于城下，說明兵變緣由。崔與之派弟子李昴英、楊汪中坐吊籃從城牆上縋下，到叛軍中曉之以逆順禍福道理，宣諭允許叛軍自新。叛軍大部分人歸家散去，曾忠帶少數人退踞端州。
朝廷得知廣東出事，任命崔與之為廣東經略安撫使兼知廣州。崔與之臨危受命，在家中理政，命提刑彭鉉暗中討捕殘余叛軍。受調的各路軍隊會合，崔與之指揮他們合圍叛軍，並且對叛軍進行政治瓦解，使叛軍盡數投降。崔與之僅將曾忠等幾名首領以軍法處死，降兵分散編入各軍，兵變平息。