頓時警報和雪片一樣，報入了京城。太宰王黼卻因為朝廷正準備整師北伐，無暇顧及這些小寇，于是把警奏擱起，並不上報。後來淮南發運使陳遘直接上奏給趙佶，請求朝廷調禁兵及鼎、澧的槍牌手兼程趕往鎮壓，防止方臘勢力擴大，趙佶才知道了此事。趙佶大驚，急忙召集重臣商議，決定暫時停止北伐，準備南征。
趙佶于是命童貫為江、淮、荊、浙宣撫使，譚稹為兩湖制置使，王稟為統制，分別率領所部南下討伐方臘。王稟字正臣，是王摶的七世孫，汴京人。他本是行伍出身，宣和元年，就官至婺州觀察使，步軍都虞候。次年，他被改任統制。
趙佶又因為陳遘在疏中，說浙兵沒有用，必須調集外軍，才能迅速平定方臘。因此趙佶又調陝西六路精兵，同時南征。于是邊將辛興忠、楊惟忠統熙河兵，劉鎮統涇原兵，楊可世、趙明統環慶兵，黃迪統鄜延兵，馬公直統秦鳳兵，冀景統河東兵，一共是六路兵馬，都歸都統制劉延慶節制。總計內外各軍，調往東南的，約有十五萬人。這些軍隊陸續南下，自然要費些時需日。等童貫到了金陵的時候，已是宣和三年正月。
這時方臘已經攻克婺州，又佔領了衢州。衢州守將彭汝方被生擒，隨即被殺。不久，方臘又攻陷了處州，縉雲尉詹良臣率領數十人出戰，不敵被擒，也被殺死。接著方臘令杭州守將方七佛引眾六萬，陷崇德縣，轉攻秀州。方七佛算是方臘麾下第一大將，身材魁梧，性情彪悍，善使大刀，作戰勇猛。
秀州統軍王子武召集兵民，登城奮力抵御，才力保秀州城不失。童貫留下偏將鎮守金陵，他自己來到鎮江。听說秀州被圍，童貫急忙傳令王稟趕去增援。剛好這時熙河的將領辛興宗、楊惟忠也領兵到來，于是兩路夾攻方七佛。方七佛支持不住，只好退走，秀州解圍。方臘東攻不成，于是轉向西邊。方臘接連攻克了寧國、旌德諸縣，官軍被他牽制，只得分軍西援，一時顧不到浙西。
與此同時， 淮南又有一人造反，此人就是宋江。宋江聚集了三十六人，佔據梁山泊，舉旗造反。接著他率眾攻打河朔、京東東路，轉戰 于青、齊之間，攻陷十余郡城池，他們懲治貪官，殺富濟貧，聲勢日盛。
亳州知州侯蒙上奏趙佶道︰「宋江橫行齊、魏，才必過人。現在清溪盜起，不如赦他前罪，令南討方臘，將功贖罪。」趙佶很以為是，想調侯蒙任東平府，去招降宋江。偏偏詔命剛下，侯蒙病重不能赴任，不久身亡，于是招撫之事，成了虛話。京東各軍，幾次進剿，反被殺得七零八落，大敗而回。
趙佶得報，命歙州知州曾孝蘊率軍前去征討。宋江避開鋒芒，親自從青州率眾南下沂州，與宋軍周旋一年多。不久，宋江攻下淮陽軍，接著由沭陽乘船進抵海州。海州知州張叔夜派遣使者，探察宋江所部動向，得知宋江乘著十多只大船徑
奔海濱。張叔夜召募敢死士數千人設下埋伏，準備迎戰。
卻說宋江帶領麾下數千人，徑奔海州。剛好遇到商船十多只，停泊在岸邊，被宋江等一聲吆喝，跳到船上。船中人有的被殺，有的跳水自盡。宋江一伙留下水手不殺，叫他們照常行駛，只是須听宋江指揮，不得有違。一船被擄，其余各船逃避不及，一齊被他劫住。
宋江命水手轉而南行，到了海州附近。忽然見有水上的巡巡邏士卒，駕著小舟，聚集在左右，有盤查大船的意思。宋江瞧著，恐怕露出破綻，不如先下手為強，于是一聲號令，驅逐這些船只。這些巡邏的船只船慌忙逃向海邊。宋江率船前進，來到海邊，只見四面蘆葦叢集，飄颯有聲。
有人對宋江說道︰「對面恐怕有埋伏，不應再前進。」宋江聞言，急命退回。沒走多遠，果然看見蘆葦叢中，突然沖出許多兵船，前來截擊。那些巡邏船也分成兩堆，圍了過來。宋江麾眾抵御，邊戰邊退。不料官軍船里，搬出許多火物，對著宋江手下各船，陸續拋來。霎時間，各船起火，火勢沖天。
宋江連聲叫苦，只得指揮麾下，一面撲火，一面射箭，沖開一條血路，向大海中奔去。此外各船，倉猝中不及施救，船中的大小頭目，有的泅水逃逸月兌，有的恃勇殺出。剩下一大半，被官軍捉住。宋江逃了數十里，見後面已無官軍，才敢暫時停下。接著，張叔夜派人來勸降，宋江此時已經沒有多少部下，只得接受招安。
張叔夜將招降宋江的事情，上奏朝廷。朝廷認為海州已經無事，就將叔夜調任濟南府。宋江接受招安之後，奉張叔夜的命令，帶著一百多人，趕赴江南。他們來到時，熙河前軍統領辛興宗等人正在浙西境內的江漲橋，與方七佛等苦戰。兩邊相持不下，宋江麾眾沖殺，把方軍驅退。宋江當下遇著王稟，連忙呈上張叔夜的手書。王稟看完，便道︰「既然是張知州令你到此，就留在營中，靜候差遣！」
次日黎明，王稟傳命飽餐，約好時辰一同進軍，大眾遵令而行。不久已至辰牌，官軍拔寨而進，直搗杭州城下。方七佛開城挑戰，宋江麾下戰士，奮勇殺出，攪入方七佛陣中。王稟也驅軍殺上，方七佛遮攔不住，麾軍退回。 雙方在杭州惡戰多日，宋江麾下死傷慘重。不過，總算最終，攻克了杭州，方七佛帶著少數部下逃走。
不久，辛興宗、楊惟忠等到了杭州，王稟迎入城內。王稟報告破城情形， 于是水陸大舉，向睦州進發。方臘聞報，不覺大驚失色，急急退回清溪。方臘部下的精銳，大多在杭州。此次杭州丟失，傷亡慘重，方臘自然心驚。西路一帶，也紛紛解體。
環慶將領楊可世，從涇縣過石壁隘，斬殺了三千多人，攻克旌德縣。涇原將領劉鎮在烏村灣，打敗方臘軍，奪取了寧國縣。六路都統制劉延慶，又從江東進入宣州，與楊可世、
劉鎮二軍會合，一同攻打歙州，歙州的方臘麾下聞風而逃。
這時候的杭州這邊的官軍，也連克富陽、新城、桐廬各縣，直逼睦州。睦州的方臘軍隊開城出戰，王稟當先驅殺，辛興宗、楊惟忠等人分兩翼夾擊。方臘的軍隊被殺得落花流水，棄城而逃。各路官軍陸續得勝，于是想會合全師，協攻清溪。
不料霍城這邊，突然冒出一個人，叫著裘道人，起兵響應方臘。他率部接連攻克東陽、義烏、武義、浦江、金華及新昌、剡溪、仙居諸縣。于是台州、越州一帶，方臘軍聲勢再震。還有衢州方臘多殘部，也進逼信州。官軍不得不分兵援救，因此方臘得以勉強堅守。
童貫見各軍已經逼近清溪，不能再退，于是上奏請求再調援兵。趙佶因此又派遣內官梁昶，監鄜延將劉光世率兵一千八百余人，去討伐衢州、信州的方臘麾下史珪。劉光世字平叔，保安軍人，鎮海節度使劉延慶次子。監河東將領張思正，率兵二千六百余人，去討伐台州、越州的關弼，監涇原將領姚平仲，率兵三千九百余人，去討伐浙東方臘殘部。
劉光世來到衢州，方臘的大將鄭魔王披發仗劍，率部出城迎戰。他的手下也都是五顏六色的怪飾，好象出來的是一群妖魔。官兵們見狀，不免有些心驚膽顫，漸漸退後。劉光世毅然下令道︰「他這是假術騙人，毫無法力，眾將士盡可向前殺入。就算使他有妖術，本統領自能破他，不必驚懼。」將士聞令，各放膽前進，刀槍並舉，沖入敵陣。
果然敵眾不值一戰，踫著槍就倒地，挨了刀就斷頭。鄭魔王回馬就揍，被劉光世連發二箭，迭中項領，忍不住痛，猝然暈倒，官軍趕了過去，立刻擒住。他的部下見鄭魔王被擒，因此不敢入城，四散逃去。
劉光世于是麾兵入城，接著收復龍游、蘭溪、婺州。姚平仲也收復了浦江縣，張思正收復仙居、剡溪、新昌等縣。王稟因此專攻清溪，方臘于是從清溪奔回幫源峒。王稟直入清溪，發檄召集各軍一同攻打方臘。于是劉鎮、楊可世、馬公直等從西路進軍，王稟、辛興宗、楊惟忠、黃迪等從東路進軍。官兵前後夾攻，錦旗遮天。
方臘率眾佔據幫源峒，以岩為屋，分作三窟。個洞口甚很窄，派人守住，有一夫當關「萬夫莫開的形勢。官兵于是縱火，燒進了峒口。方臘麾下扼守不住，只好退去，官兵們鼓噪而進。進入峒中，頓時豁然開朗。只是路徑復雜，不知方臘去向。逼問抓到的方臘麾下，他們死也不肯供出方臘住處。
官兵們自然不甘心，于是沿路搜縮，陸續剿殺。但是斬殺了一萬多人，依然不知道方臘的下落。這時，有一個小校，挺身而出，帶領幾個人，悄悄來到溪谷中。他們遇到了一個村婦，就打听方臘的所在。沒有想到這個村婦居然知道，並指明了行徑。