趙佶雖然疏遠了王仔昔，卻又來了一個王仔昔第二。此人比王仔昔還要刁狡，被趙佶寵信了五、六年，這人就是溫州人林靈素。林靈素家世寒微，從小就入佛門做童子，因為嗜酒不守戒律，遭到寺里僧人的鞭打，憤怒離去。後來，他往來于淮、泗之間。靠在寺廟里乞食度日，經常受到僧人的欺負。
他後來成了蘇軾的書童，蘇軾問他的志向，林靈素笑著回答道︰「生封侯，死立廟，未為貴也。封侯虛名，廟食不離下鬼。願作神仙，予之志也。」離開蘇軾後，他加入了道教，遠游四川。在這里，他聲稱得到了仙人趙升的傳授，習得了五雷之法。趙升來頭不小，是祖天師張道陵最得力的兩個弟子之一。有趙升的悉心教誨，林靈素道法一日千里。
趙佶夜里夢到東華帝君召見于游神霄宮，醒來之後，覺得非常奇異，于是命令道士徐知常講解游訪神霄宮的事跡。這徐知常是著名的道教畫家，善寫文章，但對于神霄宮素不知曉，只好告假。徐知常為此愁眉不展，有人告訴他道︰「道堂來了一個溫州林道士， 多次談及神霄，並在牆壁間題《神霄詩》。」得到此消息，徐知常大吃一驚，他對林道士早有耳聞，馬上奏報趙佶。
趙佶當即召見林靈素，問道︰「你有何法術？」他回答道︰「臣上知天宮，中識人間，下知地府。天有九霄，神霄為最高，其治曰府。神霄玉清王者，就是上帝長子玉清王，降生南方，號稱長生大帝君，就是陛下。次子號青華帝君，降生東方，攝領東北。陛下能體天行道，上帝自然眷顧，寧有親為父子，不關痛癢麼？」
趙佶驚喜道︰「這話可是真的？」林靈素道︰「臣怎敢欺騙陛下？陛下如果不是帝子降生，哪能貴為天子？就是臣今日得見陛下，也是有一脈相連。臣本是仙府散卿，姓褚名慧。因陛下臨凡御世，所以臣也隨著降臨凡間，來輔陛下宰治。」
趙佶听了這話，即命林靈素起身，賜令他在一旁坐下，問答了一番。當時正當盛暑的時候，宮中特別炎熱，趙佶出外居在水殿，還是覺得很熱，于是命林靈素作法求雨。林靈素道︰「近日天意主旱，不能得雨。但陛下連日苦熱，待臣去天閽，借來一甘霖，為陛下暫時致涼。」
趙佶問道︰「先生既然已經轉為凡胎，難道還能升天嗎？」林靈素說道︰「體重不能上升，魂輕可以駕虛，臣自有法處置。」說完，就退入齋宮，小臥了一會，又起身入奏道︰「四瀆神祇，均奉上帝誥敕，一律封閉。唯黃河尚有路可通，但只能少借涓流，不能及遠。」
趙佶說道︰「無論有多少，只要能得小雨，也可清涼。」林靈素奉命，就在水殿門下，披發仗劍，望空拜禱，口中喃喃誦咒，左手五指捏訣，裝作了一小時。果然黑雲四集，蔽日成陰，他向空中撒手，但听得隆隆聲響，震雷甫應，大雨立下，約有三五刻時候，雨即停止。水殿中的炎熱，已減去一半。趙佶驚異不已，有中使入報，內門以外，
並無雨點。
趙佶于是以他為神，賜號金門羽客、通真達靈元妙先生，並賜金牌，可以隨時出入皇宮大內。政和五年，趙佶又修築通真宮，賜給林靈素居住。
趙佶後來又做了一個奇怪的夢，夢中太上老君對他說道︰「你的宿命，便是要光大道教！」趙佶把這個夢告訴了林靈素。林靈素微笑著听趙佶說完，就告訴趙佶道︰「陛下本來就是神宵玉清王下凡，號長生大帝君。自然肩負著光大道門的責任！」
林靈素還說趙佶的寵妃劉氏為九華玉真安妃，寵臣蔡京是左元仙伯，一眾大臣都有相應仙號。趙佶大喜，封自己做了「教主道君皇帝」。從此道教成了國教。林靈素根據情勢，說蔡京是天上神仙下界，但是內心對蔡京並不感冒。
他在太清樓下侍宴，看到羅列著蘇東坡、黃庭堅、秦觀等人的元祐黨碑，當即稽首下拜。趙佶感到奇怪，問他這是什麼緣故？林靈素說道︰「這碑上之人都是天上星宿，不可冒犯神仙。」還即席作了首詩︰「蘇黃不作文章客，童蔡翻為社稷臣。三十年來無定論，不知奸黨是何人。」趙佶听了，隨即下詔毀掉石碑，並把這首詩轉給蔡京。
元祐黨碑正是蔡京的杰作，更何況林靈素詩中有譏刺之意。這種打臉的行為，蔡京自然「是可忍孰不可忍」，從此對林靈素恨之入骨。
趙佶又采納林靈素的建議，新建寶菉宮、 太乙西宮、建仁濟亭施符水，開神霄寶菉壇。趙佶還詔命天下的天寧觀改為神霄玉清萬壽宮，沒有道觀的用寺廟代替。並設長生大帝君、青華大帝君像。
京城神霄宮建成後，趙佶率蔡京和群臣慶賀。早齋罷，趙佶引百官游觀，忽然吟出一上聯︰宣德五門來萬國。蔡京等沉思許久，不能回答。趙佶就問林靈素道︰「你能對否?」林靈素應聲而答道︰「神霄一府總諸天。」趙佶大喜。
林靈素遵趙佶的聖旨修道書，改正諸家醮儀，校對《仇丹經靈篇》，刪修注解。每遇初七日，他就升座，座下都是宰執百官、三衙親王中貴，觀看的人眾多，他講說《三洞道經》。京城士民由此開始信奉道教，林靈素出盡風頭，蔡京等失盡面子。
蔡京根本不被林靈素放在眼里。比蔡京更有來頭的佛祖、菩薩，林靈素也沒當回事。他獲得趙佶的信任後，便一力攛掇趙佶滅掉佛教。道教教主趙佶在他的慫恿之下，悍然決定滅佛，下令將佛教納入道教，佛祖改稱為天尊，羅漢、菩薩改稱為大士。和尚改稱為德士，尼姑改稱為女德。佛教不能作為一個獨立宗教存在，傳播了近千年的佛教，差一點因為林靈素泄憤而亡。
林靈素在得勢之時，門徒達到上萬人，他是道教神霄派的創教祖師之一，被趙佶稱為聰明神仙。
趙佶曾經對林靈素說道︰「朕昔日到青華帝君處，獲言改除魔髡，這是何意？」林靈素于是說是佛教害道，當今雖不可滅，合當
改正。此事卻惹怒了皇太子，于是上殿和林靈素爭論，皇太子命令胡僧十二人、五台山僧人道堅等二人與林靈素斗法。結果僧人大敗，情願戴冠執簡。太子乞求趙佶饒恕僧人，趙佶下旨釋放胡僧。但道堅和尚是中國人，把其押送到開封府，刺面發配到開寶寺。
第二年，京師大旱。 趙佶命林靈素祈雨，沒有應驗。蔡京趁機向皇帝進言治其罪，趙佶秘密告訴林靈素道︰「朕諸事都听從卿的建議，你須祈求三日大雨，用來堵塞大臣對你的誹謗。」
林靈素急召建昌軍南豐道士王文卿，他是神霄甲子之神兼雨部。王文卿到後，執簡敕水，果然下雨三日。趙佶賞賜王文卿，敕加凝神殿侍宸。林靈素則益受趙佶眷顧，權勢日益強大。
通真宮內有一室，是林靈素入靜之所，常年封鎖，即使趙佶來了也不讓進去。蔡京派遣人暗中探訪，據說室內有黃羅大帳、金龍朱紅椅桌、金龍香爐等物。蔡京上奏趙佶，請趙佶親自去察看。趙佶臨幸通真宮，帶蔡京一同到達，命林靈素打開鎖，進入室內。里面卻是粉壁明窗，椅桌二只而已，別無他物。蔡京恐慌，急忙伏地謝罪。林靈素明白這是蔡京在處心積慮構陷自己。
宣和元年三月，京師大水臨城。趙佶詔令林靈素登城治水。詔令發出後，水勢並未消退。林靈素回奏皇帝道︰「並非臣不能治水。一者此事乃天道，二者此洪水因太子而來，須令太子祭拜，相信可以退水」。趙佶于是派太子登上城樓，賜御香，設四拜。恰好水退下四丈，夜里洪水退盡，京城百姓都敬仰太子的聖德。此後，林靈素上表乞請退職還鄉，趙佶不允。
九月，有人向趙佶進言，說林靈素妄言遷都，妖惑聖聰，改除釋教，毀謗大臣。林靈素听了大笑，知道是蔡京作祟，于是招諸弟子和監宮官吏說道︰「皇帝前後宣賜給我的物品大約值三百擔，自去年用千字文字號封銷，記錄分明，絲毫未用，可以交回宮中。」然後，林靈素走出通真宮，離開京城，只帶了些衣被。趙佶宣喚，他也不回來。趙佶只好賜他居溫州道觀。
林靈素到達溫州，他的弟子張如晦也辭官隨他而來。宣和二年八月的一天，林靈素突然攜帶上表拜見太守，求他上交給皇帝。然後和州官、親族、鄰里訣別道︰「塵世不可久戀，況且大禍將至，我當盡快辭世。」
在十五日月圓夜，林靈素對弟子張如晦說道︰」我的法門只傳授給你，尚有六印九符並六丁妙用神機，全部授予你，世代只傳一人，不可輕泄。另有七寶素珠一串，如果皇帝來取，給他便是。你將來當是朝廷全節大忠臣，今日師徒分別，他時神霄宮再會。「于是羽化而去。
林靈素生前在城南山選好墳址，告知張如晦︰「可挖掘五尺深的墓穴，見到龜蛇便下葬。」張如晦遵照師命，墓穴挖掘到五尺深，並未見到龜蛇，于是繼續挖，直到深不可視，只好下葬。