哲宗趙煦不滿司馬光的「以母改子」，不滿高太後寵臣對他的冷落，更不滿高太後對他的種種壓抑，因此非常仇視那些反對新法的人。他想對父親盡孝，一心一意要恢復神宗時的新法。 侍郎蘇轍上奏反對，哲宗看完奏章，勃然大怒道︰「蘇轍敢把先帝比為漢武嗎？」說完，就要逐走蘇轍。蘇轍下殿待罪，眾臣不敢相救。
範純仁從容說道︰「漢武帝雄才大略，史家並無貶詞。蘇轍引比先帝，不為謗。陛下剛剛親政，對待大臣，也不應當像奴僕一般，任意呵斥。」這時，有一個人奏道︰「先帝的法度，都被司馬光、蘇轍等人損壞殆盡。」範純仁一看，正是新任尚書左丞鄧潤甫，抗聲說道︰「這話說錯了。法度本沒有弊端，有弊端就必須改。」
哲宗說道︰「秦皇、漢武，自古以來就被人一起譏諷譏。」純仁便接奏道︰「蘇轍所論，是指時事，並不是指人品。」哲宗顏色少緩，于是不再說話，當即退朝。蘇轍之前時曾經依附呂大防，與範純仁的意見很多不合，到了此時，才對範純仁謝道︰「你是佛地位中人，蘇轍仰仗你包涵很久了。」範純仁道︰「公事公言，我知有公，不知有私。」蘇轍又道謝而退。次日，哲宗下詔降蘇轍官職，出知汝州。
等到進士對策的時候，考官評閱甲乙，上第多主張元祐之法。經楊畏又重新審定，全部移到下等，把贊成熙豐的策議，拔為上等。第一名是畢漸，自此紹述兩字，傳遍中外。曾布被任命為翰林學士，張商英為右正言。不久，哲宗任命章惇為尚書左僕射，兼門下侍郎。
章惇既然為相，當即貶蘇軾為英州知州，又安置于惠州。罷免了翰林學士範祖禹，出知陝州。範純仁當然不安，上章求去，也被出知潁昌府。
哲宗又召蔡京為戶部尚書，王安石女婿蔡卞為國史修撰，林希為中書舍人，黃履為御史中丞。元豐末年，黃履曾任中丞，與蔡確、章惇、邢恕相交不錯。章惇與蔡確有所嫌隙，即遣邢恕告訴黃履。黃履盡力解釋，不遺余力。因被劉安世劾奏，降級外調。章惇得志，立即引用。
當由曾布上疏，請恢復先帝的政事，下詔改元，表示決心。哲宗準奏，即于元祐九年四月，改稱紹聖元年。于是恢復了免役法，免行錢、保甲法，罷除了十科舉士法，令進士專習經義，除王氏字說禁令。黃履、張商英、上官均、來之邵等人，乘勢彈劾司馬光、呂公著等妄改成制，叛道悖理。章惇、蔡卞還請求挖掘司馬光、呂公著的墓冢。
這時， 大名府知府許將剛好任尚書左丞，哲宗問他有關掘墓之事。許將說道︰「掘墓不是什麼好事，請陛下三思！」哲宗這才沒有同意，但是追奪了司馬光、呂公著的贈謚。哲宗又貶呂大防為秘書監，劉摯為光祿卿，蘇轍為少府監，並分司南京。章惇又列舉了文彥博等人的罪狀，共三十人，請求全部貶去嶺南。
呂大防字微仲，京兆府藍田人 。呂大防進士及第之後，任馮翊主簿、永壽縣令。永壽縣沒有井，人們要到很遠的山谷去汲水。呂大防巡行近境，得到二泉，打算疏導而使之進入永壽縣。因地勢高低不平，眾人懷疑沒有成功的道理。呂大防采用《考工》中的水地置泉法來使水平，不到十天，果然疏導為渠。百姓依賴，號稱「呂公泉」。
不久，呂大防遷任著作佐郎、知青城縣。以前，祭田粟米用大斗收進，用公斗放出，獲三倍之利。百姓雖然不滿，但不敢上訴。呂大防開始均定放出納進以平均其值，此事轉傳給宋仁宗。宋仁宗下詔立定法禁，命一路全輸送租給官府，用概器給還。青城縣外控汶川，與西夏相接。呂大防佔據要地設置巡邏，秘密設防，禁止上山砍柴采摘，以嚴障礙屏蔽。韓絳鎮守蜀州，稱呂大防有佐輔帝王創業治國的才能，入朝暫代鹽鐵判官。
宋英宗即皇帝位後，呂大防改任太常博士。內廷出示呂大防與範純仁的姓名，任命他為監察御史里行。呂大防首先說道︰「紀綱賞罰，不適合天下希望的有五件事︰進用大臣但權不歸皇帝。大臣疲倦年老但不能按時引退。外國傲慢但不挑選將帥。提出建議的臣子對朝政闕失有所裨益，但執政大臣壓制他。疆場左右大臣，有敗事卻被獎賞，推薦官員卻獲罪的。」
他又說道︰「富弼有腳病請求解除重要的行政職務，十幾次上奏章卻不被接納。張吳奎有三年守喪期，又以其子召他回朝，又再次派使臣召他。程戡因年老不能守邊辭謝，擔心死在邊塞上，請求罷免回家，也不答應。陛下想要盡君臣的本分，使病者得以休息，守喪者得以終喪，老者得以盡其余年，那麼進退盡禮，何必過分虛飾，使得他們的誠心，不得自達呢？」
同年，京師發大水，呂大防說道︰「雨水之患，至于進入宮城房舍，殺人害物，這是因陰陽不和而發生的災害。」即陳述八件事︰皇帝的威嚴沒有樹立，臣權太盛，邪議冒犯正義，私恩妨害公正，遼、夏聯合謀劃，盜賊橫行，群情失職，刑罰有失公平。
恰逢執政大臣討論濮王稱考，呂大防說道︰「先帝起用陛下為皇子，住在宮中。憑幾之命，已發而未盡的言論就在耳邊。皇天後土，實在知其所托。假使先帝不死，陛下還是皇子。那麼安懿稱伯，在義理上沒有疑問。難道能夠生前作為兒子，死後而背叛嗎？大概人君即皇帝位的初始，應有至公大義壓服天下，以結交人心。大臣想要加王以非正統稱號，使陛下顧戀私恩而違背公義，這不是結交天下人心的辦法。」奏章幾十次上呈，結果出知休寧縣。
熙寧四年，他任延州知州。呂大防開始打算在黃河外荒堆砦築城，眾人認為不可防守。呂大防就留戍兵修建堡壘屏障，有不听從的斬首示眾。恰逢環慶兵亂，韓絳被貶官，呂大防也落職知制誥，以太常博士
的身份知臨江軍。幾個月後，移知華州。
華山發生崩塌，泥石從山下傾注渭河，被害的人很多。呂大防上奏分條陳述，援引經典質以史實，以驗當時之事，說道︰「‘畏懼天的威嚴，于時保之。’這是先王所以興盛的原因‘;我生不有命在天’，這是後來王者所以敗壞的原因。希望仰承天威，俯身斟酌時事的變化，替社稷至為計議。」被任命為龍圖閣待制、秦州知州。
宋哲宗即皇帝位，高太後召呂大防為翰林學士、權開封府。有僧人欺騙百姓騙取資財，因而訴訟到朝廷。驗證得到實情，命令拘系成立獄案，就在僧人住所施以杖刑，其他懷藏奸心的人都逃走。
呂大防曾奉命相伴遼國的使者，遼國使者狡黠，說話很多涉及到朝廷。呂大防秘密揭發他的隱秘之事，詰問遼國使者說道︰「北朝考試進士《至心獨運賦》，不知此題出自什麼書？」使者倉猝驚詫，不能對答，從此不敢再口出傲慢之詞，
元祐元年(，他被授予尚書右丞，進中書侍郎，封汲郡公。西邊停止打仗，青唐羌認為中國怯懦，派大將鬼章青宜結進犯邊境。呂大防命洮州眾將乘機致討，活捉了鬼章青宜結。元祐三年，呂公著年老致仕。高太後想要把他留在京城開封 親手寫信密訪至于四五次，越級提拔呂大防為尚書左僕射兼門下侍郎，提舉修撰《神宗實錄》。
呂大防見宋哲宗年紀日大，每天以進學為急務，請敕令講讀官取宋仁宗御書解釋呈上，放在宋哲宗座位右邊。又摘錄乾興以來足以作為勸戒的四十一事，分為上下兩篇，標題叫《仁祖聖學》，使宋哲宗有欣慕不滿足的想法。呂大防因為極力反對新法深得高太後欣賞。高太後一死，他自然失寵。
這時，李清臣說道︰「變更先帝法度，雖說不能無罪。這些人大多是累朝元老，如果依從章惇的話，恐怕大過駭然听聞，應當從寬為是！」哲宗點頭贊同。原來李清臣本想當宰相，但是章惇被起用，相位被他奪去，心有不甘，所以故意反對章惇。哲宗于是頒詔道︰「大臣朋黨，司馬光以下，各以輕重議罰，余者不問，特此布告天下。」
章惇又舉薦呂惠卿，哲宗命他知大名府，章惇不以為然。監察御史常安民上奏道︰「北都重鎮，呂惠卿不能勝任。試想呂惠卿由王安石舉薦，後來他竟然背背叛了王安石。待友如此，事君可知。今已頒詔命，他必來請對，入見陛下。臣估計他將泣述先帝，感動陛下，希望留京。」哲宗也似信非信。
呂惠卿到京，果然請對，果然述先朝之事，作疼哭涕泣之狀，哲宗正色不答。呂惠卿只好辭退，出京赴任。章惇听說了此事，暗中怨恨常安民。剛好常安民又彈劾蔡京、張商英，接連上奏。最後竟然斥責章惇專權培植黨羽，乞求收回權柄，以抑制奸臣。