清點攻下上僥城的戰果，共計俘虜奉德軍士兵25000余人，另外還有10余名在兵變中僥幸逃月兌性命的日本軍官，再加上在前期戰斗中擊斃的奉德軍士兵，因此全殲經過浙江省的奉德軍這個目標，可以算是基本實現了。另外還發現了福田正齊等軍官的尸體。雖然在人民軍進城後，奉德軍的士兵基本都棄械投降，但因為己經開戰了，因此只能按俘虜處理，而不能享受歸降的待遇。而被俘的日本軍官將在華東政*府的軍事法庭上受審。
而人民軍自身的傷亡並不多，加上前期的戰斗，也只陣亡不到200名士兵，還有300余名士兵受傷。不過在清點戰果時，還統計出在這2、3天的兵變中，城中死亡了約6000余名居民，另外還清理出了搶劫到的大量物品錢財。
上僥不是大城市，城區內的人口在50萬左右，因此死亡了6000余居民，也是一個相當驚人的數字，由其是這些居民並不是死于戰火，而是死于軍隊的暴亂。也引起了人民軍的憤怒。
人民軍軍紀嚴明，秋毫無犯，己是眾所周知的事情，而且經過政治教育的人民軍士兵，已將保護民眾視為軍隊的職責之一，盡管現在上僥還不是華東政*府的地方，但在華東政*府的教育中，只要是中國的地方，都會是華東政*府的領地，現在不是，將來也會是，只要是中國人，也都是自己的同胞，因此看到奉德軍的暴行，自然是讓人民軍的官兵義憤填膺。
不過人民軍不能處理這件事情，只能上報給軍委，再由軍委轉報給行政院決議。
而上僥事件上報到行政院，出現了三種意見，有人主張認為應該對奉德軍進行清算，將有過搶掠殺人行為的奉德軍進行嚴懲；但也有人認為奉德軍不是人民軍，不能用人民軍的軍紀標準去要求奉德軍的士兵，盡管奉德軍是在開戰之後投降的，但畢竟沒有負隅頑抗，而且自古以來都是殺俘不祥的，如果在投降之後仍然遭到清算，以後華東政*府揮軍南下時，其他各勢力的軍隊就只能和人民軍頑抗到底了；當然還有人認為上僥本來是袁世凱的地盤，而且這次華東政*府出兵，只是殲滅奉德軍以表示自己的態度，也不打算佔領袁世凱的地盤，因此不如交給袁世凱處理。
行政院經過討論之後認為，首先不能交給袁世凱處理，因為如果要袁世凱處理，就必須將所有俘虜都交給袁世凱，這無疑會大大增強了袁世凱的實力。而在嚴懲和放過之間，行政院最終選擇了嚴懲，行政院認為嚴懲有搶掠殺人行為的奉德軍士兵，並不是殺俘、也不是清算，而是對他們所犯的搶劫殺害平民罪行的懲罰，這樣對上僥的民眾也有一個交待，同時也能為華東政*府爭取民心。只要是民心所向，就算其他各勢力的軍隊和人民軍頑抗到底，也不足為慮。
于是軍委下令，要求第19野戰軍對所有俘虜的奉德軍士兵進行審查，有殺人行為的奉德軍士兵執行槍決，有搶劫行為的奉德軍士兵，則按情節輕重進行懲處，同時行政院還專門成立調查小組，趕赴上僥，協助調查。
在一個多月後，被確認有殺人行為的奉德軍士兵共計有1200余人，參與搶劫行為的奉德軍士兵則多達萬人，而確認有殺人行為的奉德軍士兵在上僥公開執行槍決，居民都可以到刑場觀看；而參與搶劫行為的奉德軍士兵則被處以5-10年不等的監禁勞役時間。被奉德軍士兵搶劫的物資錢財，以及繳獲的部份奉德軍的糧食物資也都分發給上僥的居民，然後才從上僥撤軍。
而在人民軍從上僥撤離時，上僥的居民紛紛自發的出門相送，有的還痛哭流涕，希望人民軍能夠留下來。袁世凱得知以後，也不由長嘆一氣，華東政*府收買民心，果然是有一套。換了自己，決不會對俘虜的奉德軍士兵進行清算，而是將他們打散之後編入自己的軍隊，以擴大自己的實力，畢競這些俘虜本來就軍人，根本不用怎麼訓練，就可以有戰斗力。當然華東政*府現在家大業大，也看不上這些俘虜的士兵。
不過這些都是後話了，就在人民軍攻佔上僥，全殲上僥的奉德軍時，在福建戰場上，人民軍己連續攻佔了福寧府、建寧府、延平府、福州府、永春州等地，而袁軍也趁機攻佔了汀州府、龍岩州，還有第一次南方戰爭就佔領的邵武府；而奉德朝廷只剩下泉州府、興化府、彰州府，總面積約1.6萬平方公里，幾乎可以說是名存實亡了。
而這時距離奉德軍從浙江進入江西，攻取上僥，僅僅只有12天的時間，華東政*府就完成了對奉德朝廷的報復，並且攻佔了差不多4成左右的福建省。
其實華東政*府出兵之後，日本政*府就知道事情不妙，山本義真、福田正齊、三浦建太郎這幾個人也太大的膽子了，競然去惹華東政*府，這不是找死嗎！不過日本政*府自然不敢出兵福建，只能請英法等國進行調停。
這時英法等國也是相當惱火，因為他們都很清楚，華東政*府是決不可忍下這一囗氣的，說不定就會以這個借口，佔領福建，但現在責怪日本己經沒有意義了，只能盡力的調停，因此英法等國的駐青島領事也頻頻和外事委溝通，表示願意調停華東政*府和奉德朝廷之間的矛盾，停止戰爭。
而華東政*府討論之後，認為現在華東政*府並沒有大舉南下的計劃，只是奉德朝廷的作死行為，迫使華東政*府必須以強硬的姿態應對，而到了現在這一步，也差不多可以交待過去了，如果徹底滅掉了奉德朝廷，最大的受益者其實是袁世凱，可以全無後顧之憂的與德佑朝廷對抗，這無疑將大大增加了袁世凱的勝算。
因此在這個時候接受英法等國的調停，讓奉德朝廷還保留一點力量，對袁世凱多少也有一些牽制，而且日本也不會坐視奉德朝廷被滅掉。
于是華東政*府提出兩個條件，一是必須將肇事者交由華東政*府處置；二是嚴禁日本軍隊進入福建。否則華東政*府將繼續進軍，徹底消滅奉德朝廷。
到了這一步，日本政*府也沒有別的選擇，而且還有英法等國對日本政*府施壓，因此只能答應下來。不過就在這時，山本義真、三浦建太郎為首的，在奉德朝廷的16名主要的軍官全部剖月復自殺謝罪。
原來日本政*府明白，這次事件的肇事者就是在奉德朝廷的日本軍官，但如果將這些人都交給華東政*府治罪，那麼日本政*府必將威名掃地，無論是在國內還是國外，都無法立足，因此日本政*府責令陸軍參謀部，對以山本義真、三浦建太郎為首的，在奉德朝廷的日本軍官發出了一份措詞極為嚴厲的問責令，要求他們為這次事件負責。
山本義真、三浦建太郎接到問責令之後也就明白了，這就是參謀部要他們自殺謝罪，不過到了這一步，這些人也有這個思想準備，畢竟把福建的局面弄成這個樣子，確實是這些人的責任，因此也只能自殺，才能向日本政*府謝罪，而這些人自殺了，也就不用交給華東政*府治罪了，相信華東政*府也沒有拿尸體出氣的打算，這樣也就能移保住日本政*府的面子。
果然，知道日本軍官全部自殺，華東政*方面也有些佩服日本人的狠勁，16個人一起剖月復自殺，這可不是一般的狠勁，而人死了自然也就不再追究了，反正宣稱這些日本人畏罪自殺也能交待得過去，因此在確認了尸體之後，華東政*府也就沒有再追究。
而人民軍停止了進攻，可約束不了袁世凱，僅剩泉州府、興化府、彰州府的奉德朝廷肯定是不可能抵擋得住袁軍的進攻，必須要有外援才行。雖然和華東政*府達成的協議，日本軍隊進入福建，但日本政*府還是找到了其中的空子，就是調台彎人組成的軍隊進入福建，協助奉德朝廷抵御袁軍的進攻。這樣華東政*府也就沒有話說了。
其實華東政*府是有意留下這個漏洞，因為現在還不能讓奉德朝廷滅亡，因此留下這個漏洞，讓日本可以保住奉德朝廷現有的少許地盤，從而達到牽制袁世凱的目地。
結果日本迅速從台彎運來了3個旅團，分別駐守泉州府、興化府、彰州府，而這一來如果要向奉德朝廷發動進攻，就必須增加兵力，袁世凱思考再三之後，終于決定放棄進攻奉德朝廷，因為現在奉德朝廷也就只剩下這麼一點地方，就算是佔領了也作用不大，不值投入太大，而且現在袁世凱與德佑朝廷的戰爭己進入關建時刻，不容分散精力，因此袁世凱給王士珍下令，讓他停止進攻德佑朝廷，守好汀州府、龍岩州、邵武府等地。