朱由棟一听，更加火起。自己跟他們這里說江南士紳的事情呢。猛然又冒出當年流寇的事情了，朱由棟立即道︰「是嗎？要是翻這種舊賬，那可有的說咯。要不是當年你東林黨再朝中挑起黨爭，會讓國事糜爛嗎？要不是遼東滿清作亂，會讓天下稅賦加重嗎？要不是江南偷逃稅賦嚴重，讓朝廷陷入無錢無糧的地步，朝廷會向百姓加征三餉嗎？」
朱由棟越說越氣，道︰「要不是你們這些混賬，擅自裁撤親軍錦衣衛，會讓天下月兌離能掌控嗎？當時居然還厚著臉皮，天天報喜不報憂，只顧著蒙蔽皇上。要不是你們這些蛀蟲自己不願意出錢，異想天開的要裁撤驛站，會導致天下驛路不通嗎？也造就了一個李自成出來，這天下也不至于糜爛到這樣的地步。」
朱由棟由于太過激動，口水幾乎都噴在了錢謙益的臉上，但是錢謙益也不敢去察。朱由棟還在說道︰「你們好好的想一想，弘光朝廷的時候，滿清都已經南下了。要不是你們整天還顧著爭權奪利，還在為該不該滅虜搖擺不定。會有現在這樣的局面嗎？」
朱由棟直起身來，道︰「你們仔細的想想，自從弘光元年以後，這天下還在堅持抗清的都是些什麼人？在東南抗清的是曾經淪為海盜的鄭成功，西南抗清的是張獻忠的部下，在湖廣，夔東，廣西抗清的是李自成的部隊。你們呢？你們這些忠臣呢？你們做了什麼？」
最後朱由棟幾乎是吼出來的，扶綱，張煌言都低下了頭。錢謙益更是一句話都不敢說。朱由棟道︰「你們忙著在黨爭，爭正統，爭名分。這些事情，我本來都不想拿出來說的，我怕丟人。丟咱們大明的這些忠臣的臉，我說起來丟覺得臊的慌，不知道這些忠臣們，他們是什麼感受。」
扶綱和張煌言也站不住了，忙跪下道︰「殿下息怒，這都是臣等無能，不能為朝廷排憂解難。以至于讓天下動蕩不安，朝廷幾番遷播。我們也覺得十分慚愧，恨不能早日將滿清趕出中原，換天下一個太平。」
朱由棟道︰「都起來吧，我說的不是你們。今天也不想和你們，在這里翻這些舊賬。我們雖然不說，但是天下總有那麼一些人，整天沽名釣譽。看誰都不是，就他是對的，是聖人。」
張煌言道︰「此等沽名釣譽之徒，當然不是大明需要的。可是也不能因為這些，就直接將江南的士紳，全部看做是不忠不義之徒。關于江南清欠的事情，還請殿下三思，然後再做決斷。」
朱由棟一揮手道︰「關于江南士紳清欠的事情，你們都不要管了。這件事情，不會有什麼改變的。以前我大明善待士人，給了他們無數的優待。可是他們不思報國，反而是千方百計的擾亂大明稅收。」
扶綱道︰「殿下，就算有人不思為朝廷解憂，但如此一來，將所有人都一棍打死，對于那些有心報國的人，豈不是太不公平了。」朱由棟看了扶綱一眼，道︰「公平？什麼是公平？扶閣老，你陪著永歷皇上四處逃竄的時候，他們在江南喝著美酒，唱著小曲。那時候，閣老你覺得公平嗎？」
扶綱道︰「殿下，他們不是朝廷的官員，當然不能與朝廷共患難。臣雖然跟著朝廷
，經歷無數艱難，但是臣一點都不絕的苦。」朱由棟道︰「扶綱老不覺苦，那是閣老高義。」
朱由棟又對張煌言道︰「蒼水，當你告別家人親朋，獨自舍去親情為大明奔走的時候。他們有沒有半分為你說過，有沒有照顧過你的親人家眷？難道他們就公平了嗎啊？這些年來，你拋家棄子，時刻都有被滿清殺害的可能。可是這些人呢？背靠滿清，高官厚祿，依然高歌艷舞。這樣就公平了？」
張煌言道︰「殿下，我們不求有什麼回報，只要能光復大明就好了。再說了，我們都是一心為朝廷，想要光復大明，沒想過這些。」朱由棟道︰「你們不想，但是我要想。你們為大明拋頭顱，灑熱血，不能讓大明的忠臣就這麼白白的受罪。」
見兩人還要再說，朱由棟打斷道︰「好了，你們不要說了。至于那些士紳們是什麼德行，我很清楚。難道你們不說，我就不知道？就算是這次清欠，他們依然不會有什麼損傷，也不會出多少銀子。依然使勁的搜刮普通百姓，自己還撈的盆滿缽滿。」
扶綱道︰「既然殿下知道，為什麼還不先停下來呢？等天下太平了，再讓可靠官吏去清丈田地，然後在讓這些士紳交銀子出來。」朱由棟道︰「不用等，他們想的好，我不會讓他們如意的，他們做的事情，沒有任何理由可以不交稅銀。這件事情，你們都不要管，誰也不許來說情。」
然後又對著錢謙益道︰「特別是你，有人來拜訪你，就好言勸慰著。誰也不要給準信，等我安排好了，再好好收拾他們。還有，從今天起，凡是關于朝廷政令，還有絕對，出來必要通知的人，誰也不許泄露半句。誰要是不遵守，我有辦法讓他明白後果。就算是必須要通知的人，也要交代清楚，不準泄露出去。」
三人對望一眼，都紛紛答應道︰「殿下放心，我們一定遵守。」朱由棟道︰「好了，蒼水，你是工部尚書。關于修路的事情，你也要督促去來。不要只是派一些門面官員去指揮，盡量派明白的人去督促。這次修路不光要開山，還要架橋。所以你要尋找有架橋經驗的人，多加請教才是。」
張煌言不明白朱由棟為什麼對修路如此看重，只顧以來，官道都是地方官的事情。朝廷一般注重的都是清理運河，疏通黃河，還沒听說古誰去修理道路的。當即道︰「殿下，這修馳道的事情，讓地方官吏去督促就好了。朝廷去坐這樣的事，是不是有些畫蛇添足了。」
朱由棟道︰「讓工部去修路，當然不是只為了修路。我會讓很多工匠參與進來，能用火藥開山的，就直接用火藥。該架設橋梁的就架設橋梁。這也是為了大明，等到我大明到處都有如此寬敞的馳道，我們的軍隊也能迅速的去到任何地方，那害怕有敵人來犯嗎？」
張煌言不明白朱由棟為什麼如此熱衷于這些，但是朱由棟也沒有解釋。扶綱道︰「殿下，現在朝廷已經光復了很多地方了。何不趁此機會，開科舉，選天下士子入朝治理國家。」
朱由棟道︰「扶閣老說的對，這事可以準備了。扶閣老帶著禮部的人，去準備科舉的事宜，等擬定了章程後，在通知天下士子赴考就是。」朱
由棟看了一下眾人，道︰「對了，朝廷組建，幾位堂倌卻各有所在。朝中如今六部尚書，只有四位在。最重要的吏部和兵部，都領軍在外。督察院，大理寺，國子監，翰林院這些機構，在重慶的時候，都沒有組建。」
扶綱道︰「殿下說的是，現在殿下光復南京，朝廷的體制也該建立了。」朱由棟道︰「你們各自手下的人，都自己去組建，我先不多做安排。等組建好了，然後就是按吏部考核來，不人勝任的，我絕對不會留。」
听見朱由棟將全力下放，扶綱和張煌言都十分高興，畢竟這是朱由棟信任自己。同樣錢謙益也覺得自己得個好官職，如今大明這里，可沒有多少官員，怎麼也不會漏了自己。
但是接下來朱由棟的話，卻有些出人意料了。朱由棟道︰「你們在任用人員的時候，只要是參加過滿清科舉的，都必須報給我批準後，才可任用。另外，我地方擴充太快，很多地方都來不及任命官吏。」
扶綱道︰「殿下放心，我們盡快選出官員，讓他們盡快赴任。」朱由棟道︰「其他的先不管，湖廣等地，接下來將是恢復生產的重要地方。將南江知縣李叢調任荊州知府，璧山縣令萬興隆調任岳州府知府。讓他們盡快到任，然後配合朝廷尋來的土豆，盡快的在湖廣恢復生產。」
對于朱由棟這樣提拔四川官員，扶綱和張煌言都沒有意義，畢竟這些人都已經跟隨朱由棟很久了。朱由棟又道︰「由于晉王一直領兵，現在也沒辦法顧忌朝廷，當初給了一個兵部尚書。後來領軍也沒有多加處理朝廷政事，我看就調重慶知府彭振翮入朝，擔任兵部侍郎，主兵部尚書事。」
張煌言道︰「殿下，重慶知府彭振翮的官聲，在重慶確實不錯。但是他並不懂兵事，貿然讓他來主持朝廷兵部事宜，怕有些不妥啊。」朱由棟道︰「沒事，以後朝廷兵部，主官的是全國兵力輜重，督促各地軍需儲備。對于兵力調動，還有軍隊指揮，讓大都督府管轄就是。」
扶綱一听，忙道︰「殿下，這不和朝廷體制啊，如果讓大都督府主管軍隊調動和指揮。這樣一來，朝廷兵權，豈不是劃出了朝廷之外？」朱由棟道︰「對，以後主戰的軍隊，都不歸朝廷管轄。直接由大都督府管轄，然後由我親自調配，朝廷兵部能指揮的是各地省道州府的駐守軍隊。」
朱由棟繼續解釋道︰「任何一地有戰事起，所有的軍隊，都歸主戰將領指揮。主戰指揮將領，只听命于大都督府的調遣，地方任何人不得對軍事行動做出干預。」錢謙益道︰「殿下，這樣一來，軍隊豈不是干預了地方政事了。」
朱由棟道︰「軍隊當然不能干預地方政事，也不得插手地方政事。地方駐守軍隊，平時接受布政使和兵部的指揮，負責地方治安，剿匪。當地方駐守軍隊不能剿滅的時候，在上報朝廷。然後由大都督府調集軍隊在進行剿滅。」
朱由棟見眾人不明白，朱由棟道︰「也就是以後大都督府，負責所有的主戰軍隊。兵部負責地方駐守軍隊。看你們也不明白，主戰軍隊以後改稱野戰軍隊，負責抵御外敵，保護國家邊疆。這樣的軍隊，只歸大都督府調動。」