站在城牆上，看著逐漸遠去的復明軍，朱由棟感嘆道︰「這還是第一次沒有隨軍出征。」朱由棟身邊的袁廓宇道︰「侯爺恐怕再想隨軍出征，可就不容易了。」朱由棟嘆道︰「是啊，現在後方一堆的事情，總要去處理。」
朱由棟說完，又看了下跪在城牆上的俘虜，這些都是被俘虜的一些大員，如洪承疇，多尼，羅可鐸等人。朱由棟走了過去，向多尼道︰「看你的樣子很悲憤啊。」多尼憤怒的看著朱由棟沒有說話。
城下被殺的就有接近一萬的滿洲青壯，這些可都是真正的滿洲人啊。當初入關的滿洲人總共也就二十萬左右，還包括了其中的婦孺兒童。這一萬青壯對漢人不算什麼，但是對于滿洲人來說，可就傷筋動骨了。
朱由棟見多尼不說話，接著道︰「你現在覺得憤怒也沒什麼，我以後還會殺更多的滿洲人。哦對了，我在貴陽也殺了兩千瓖紅旗，在平夷所又殺了兩千瓖黃旗。在勝境關呢，估計也殺的有四千左右的正藍旗滿洲人。後來在響水關外，更是斬殺了一萬左右的滿洲八旗。這樣算下來，你帶進雲貴的滿洲八旗，怕是死的差不多了吧。如今又被我在昆明斬殺了這一萬人，前前後後這殺的不下三萬真滿洲八旗了。」
看著面前趾高氣揚的朱由棟，多尼等人更是咬牙切齒，但他們現在是俘虜，就算再怎麼怒不可遏，也拿朱由棟沒有辦法。朱由棟見狀笑道︰「不知道當初你們對漢人進行屠殺的時候，有沒有想過有報應的一天呢？」
多尼等人只是怒目而視，眼中盡是無盡的怒火。朱由棟就是要這樣，讓他們也同樣感受同胞被屠殺的感受。朱由棟走道洪承疇面前，這時的洪承疇已經是六十六歲的老頭，加上這段時間被關在牢里，整個人的神情萎靡不少。
朱由棟見了洪承疇的樣子，道︰「洪總督，還記得當年那句‘我大明的洪亨九’嗎？」可能是朱由棟的聲音有些小，洪承疇並沒有听清楚朱由棟的話。洪承疇本來已經給清廷上奏疏說自己有眼疾，听力也不行了，乞求歸養。
洪承疇見有人走到自己面前，抬頭一看，居然是個年輕人，二十來歲。這幾天洪承疇過的並不好，今天又在這城牆上跪了一上午。現在抬頭一看，眯著眼楮盯了半天才有些清醒的道︰「閣下是何人？你所領軍隊是那一支？如果能投降我大清，相信當今皇上的聖明，定能讓你榮華富貴一身。」
朱由棟一听，頓時大怒，喝道︰「好你個數典忘祖的畜生，就算是已經淪為階下囚了，還不忘為你滿洲的主子拉攏招降。」朱由棟突然想起一件傳言來，據說當年洪承疇之所以會降清，全是因為大玉兒，也就是如今的孝莊出賣色相勾引了洪承疇。
朱由棟突然有些惡趣道︰「洪承疇，你當初真的因為孝莊勾引才投降的嗎？」旁邊的多尼等人，听了朱由棟的話頓時都高聲怒罵朱由棟，指責他侮辱孝莊名聲，壞大清的朝廷威嚴。
朱由棟一听，頓時好笑道︰「我反的就是你們滿清，怎麼罵不得嗎？那好，既然你們如此想要隱瞞。我還要專門找人來出書，讓他們來寫寫孝莊的風流韻事。加上現在洪承疇也在，正好以他自述的口吻說出去，那不是更加有趣。」
在一旁的袁廓宇一听，立即道︰「侯爺這想法好，洪承疇等人一直宣傳說清廷尊儒重道，想用天下正統來蠱惑民眾。如今我們用同樣的方法來揭露他們蠻夷的根本，這對我們抗清也是大有幫助。」
朱由棟道︰「這個想法好啊，他們天天說自己是正統，全然忘記了自己根本就是蠻夷做派。這些投降清廷的敗類，就是自願墮落成為蠻夷的漢奸。」袁廓宇道︰「是的，滿清居然還出現了太後改嫁，給皇帝找個繼父的事。這些可都是蠻夷才會有
的，簡直就是毫無禮義廉恥。」
朱由棟道︰「正好，萬年策似乎很喜歡攻擊他人的做派，就讓他來做這事。」洪承疇這時稍微清醒一點，見袁廓宇居然已經投降了，頓時罵道︰「袁廓宇，你這個賣祖求榮的奸賊，你出賣大清，你不得好死。」
袁廓宇見洪承疇居然這時候，還對自己出言不遜，當即道︰「好你個洪老狗，你背叛大明，背叛漢人。你才不得好死，你還記得你返回泉州，你自己的老母都不認你，你又何面目存活于世。你簡直就是豬狗不如，死了都是天厭地棄的東西。」
朱由棟也不想听袁廓宇和洪承疇兩人互扯，道︰「好了，這幾人全部押回四川，現在還不能讓他們，就這麼簡簡單單的死了。我要當著全天下人的面，將他們千刀萬剮，來祭奠那些為我漢人拋頭顱，灑熱血的漢家男兒。」
復明軍該出征的已經全部都離開了昆明，現在昆明外面有民壯再清理被屠殺的八旗士兵。人頭全部被掛在了昆明城的四周，整個昆明城的城牆上，密密麻麻的都是清兵的人頭。
張佐宸來找朱由棟道︰「侯爺，你將清軍的俘虜全部殺了，鼓舞士氣，這我沒話說。但是將他們的人頭，全部掛在昆明城牆上，這是不是顯了我大明王師太過殺戮。」
朱由棟道︰「不用怕，你以雲南巡撫的名義，出一份告示。將這些清軍在雲南犯下的罪孽，全部羅列出來，張貼于四處城門，讓軍士每天宣讀。還要隊雲南各府縣，都要發出告示，讓他們宣揚清軍的殘暴。」
張佐宸道︰「侯爺是想借此宣揚清軍的殘暴，好讓本地的土人靠向我大明？」朱由棟道︰「是的，還有雲南也要和貴州一樣，繼續引導和鼓勵土人改為漢人，同漢人混居。只要他們從山里出來，能和漢人混居幾代人後，他們也就和漢人沒有絲毫區別了。」
張佐宸道︰「侯爺這是不是有些操之過急了，現在清軍還有二十幾萬的軍隊在雲南。我們現在這樣一來，恐怕會損害很多土司的權益，他們到時候不會願意配合我們。」
朱由棟道︰「我反而覺得正是時候，現在清軍的二十萬大軍無糧。必定會對這些土人多方搶奪，這對他們來說已經是損害很多了，如今我們只是讓他們出山。我們就讓他們和漢人一樣，公平的自由買賣，耕田種地。這對土人百姓來說，絕對是一個大好的消息。加上清軍打擊了那些土司力量，也讓這些土人百姓對清軍產生了很大的恨意，我們這時候出手，比任何時候都合適，我會讓軍隊這邊配合你們。」
張佐宸道︰「既然侯爺已經決定了，我也沒什麼好說的。只是侯爺現在返回四川，怕是有些不妥吧，如果雲南的清軍被消滅，我們應該盡快出兵緬甸救回皇上。侯爺確返回了四川，到時候這大軍調動怎麼辦？」
朱由棟道︰「這個我也想到了，如果我們將雲南的清軍消滅後。估計晉王他們，也會迫不及待的去接回皇上。雲南有沒有我在影響都不大，我們畢竟離邊境還有些距離，加上我們大軍打敗清軍後，肯定也會損傷不少。估計到時後，我們的軍隊也只能為晉王他們打打幫手。反而是四川各地雖然被佔領了，但當時急著想要進入雲貴，四川並沒有組建有效的地方官府，去治理地方，所以現在才急著回去。如果我們盡快的組織好地方官府，將會耽誤了四川的春種，我們大軍的糧草可就越發的艱難了。」
張佐宸道︰「也對，四川自古就是天府之國，如今雲貴川三省，也就四川能大量出糧。」朱由棟道︰「正是如此，所以四川的這次春種更加不能出什麼差錯，我必須回去主持。」
張佐宸道:「那也行，侯爺回川後，雲南的地方上該如何呢？」朱由棟道︰「我讓
馬自德听從張閣老的調遣，由他組建雲南巡撫的標營，下轄兩千人。至于軍隊方面，現在大軍都在雲南，這到不用考慮。等到他們需要離開雲南的時候，在另外派人在雲南組建地方駐軍吧。」
張佐宸道︰「好，既然侯爺已經考慮的周到了，我也就不多說了。」朱由棟道︰「只是這雲南的民生方面，還要閣老多費心，對土人當以招撫為主。但是也不能慣著他們，有不願意出山的，可以強行圍剿。然後將這些人全部遷去四川，四川被清兵禍害，現在是千里無人煙。」
張佐宸道︰「這些我明白，我一定配合軍隊方面，盡快讓雲南安定下來。」朱由棟道︰「至于自願去四川的人，巡撫衙門也要贈與路資，幫助他們去四川。等到可以的時候，我會讓內地的漢人多遷一些到雲南，這樣一來，保證雲南少些邊禍。」
張佐宸道︰「侯爺考慮的長遠，就依侯爺的。」朱由棟道︰「對了，萬年策來找閣老了嗎？」
張佐宸笑道︰「當然來來了，其實萬年策還是有些學問，也是能干事的人。只是這人太過于功利，所以侯爺看著就不喜歡罷了。我安排他為雲南布政使參議，也算是為我分擔一些，怎麼侯爺覺得不妥嗎？」
朱由棟道︰「到也沒什麼不妥，只是我想他去做另外的事。」隨後朱由棟將準備讓萬年策，專門去寫一些打擊清廷威信的書籍的事講了出來。張佐宸一听，笑道︰「侯爺這有些大才小用了，讓他去做這事有些屈才，我看還是讓他就在雲南布政使衙門吧。關于侯爺想要寫東西的想法，我給侯爺推薦一個人。」
朱由棟道︰「什麼人？」張佐宸道︰「原清廷的雲南按察副使李本晟」朱由棟奇道︰「李本深，不是被處死了嗎？他是武將，怎麼成了文臣。」
張佐宸笑道︰「不是原貴州總兵李本深，是另外一人，他之前為廣西蒼梧道僉事，今年二月才升調為雲南的按察副使的。」
朱由棟道︰「說起來他到時文官，但是他願意為大明出力？如今這投降了滿清的官，可各個都對清廷的忠心耿耿啊。」張佐宸道︰「不怕，他剛被押回昆明，就被林壯將軍，綁在了巡撫衙門前的柱子上，曬了三天。現在是一點脾氣都沒有，只要侯爺一聲令下，我估計他能把他們家八輩子的事都說出來。」
朱由棟笑道︰「看來什麼忠心在刑罰面前都一文不值啊。」然後朱由棟站起來道︰「好了，既然雲南的事情交代清楚了，我也準備返回四川了，既然閣老推薦了李本晟，那就讓他來吧，至于萬年策就讓他幫著閣老。」
張佐宸道︰「好，那些被俘的滿清大員，侯爺怎麼處置？」朱由棟道︰「先帶回四川去，把他們留在雲南，反而不放心了，畢竟現在雲南軍隊里清廷的降軍太多了。」
朱由棟將雲南的事情安排一通後，第二天就帶著三衛騎兵，自己的三千侍衛，帶著清廷的重要俘虜，取道返回貴陽。在過貴陽的時候，朱由棟又對貴州的軍隊做了一番調整。
將李廷明等人的軍隊，整編為第十五軍，以李廷明為指揮使，楊冬，王劉倉為衛總兵。這也是第一個從清軍投降過來的指揮使，當李廷明知道自己被任命為指揮使的時候，特意的跑道朱由棟面前，重重的給朱由棟磕了一個頭。
朱由棟見狀道︰「起來吧，只要你們是真心為我大明出力，我朱由棟不會虧待你們。不管你是清廷的降將，還是什麼，都是一樣的。」
李廷明頓時表示，要為朱由棟生死相隨。隨後朱由棟讓李廷明將改編的軍隊，駐扎到普安州一帶，防守勝境關。並派兵南下攻佔廣西的安隆司，與雲南的廣南府連成一片，防止清軍反攻雲南和突進貴州。