穩固了邊疆之後，朱顯波有借機將各行省布政使和各軍鎮總兵輪換，或平調或升任中央官職。其中變化最大的是杭州知府楊一鵬升任浙江布政使。在朱顯波心里地方大員，尤其是軍政一把手不能長期在一個地方呆著，不然很容易滋生腐敗和結黨營私。
安排了國內的軍政大事，朱顯波覺得自己終于可以抽身前往東南亞了，前文講過東南亞的重要性。而朱顯波一心想打造一個海權帝國，東南亞必須牢牢的掌握在大明手中，成為大明的後花園。但根據錦衣衛的情報，西班牙和荷蘭人並未完全從東南亞撤出，大明艦隊的巡邏也只能停留在港口層面，又是馬尼拉和爪哇國，西班牙的殖民力量似乎在加強。
所以朱顯波很想親自去看看，同時也了解下海戰實況，為將來肯能的大海決戰做充足的準備。于是命皇後周濤監國，政務院會議由每五天一次改為每十天一次。這樣也減少周濤上朝的時間，以便騰出時間教育孩子們。對于皇後監國，大臣們雖然有不同意見，好在各部機制完善，而且有五年規劃大綱指導，不遇到緊急事情不需要請示，倒也能勉強接受。
軍事準備方面對艦隊重新進行了船只和艦隊劃分，戚宏亮任南巡總指揮和朱顯波等一起駐遠洋艦隊，遠洋艦隊以‘天津’號為旗艦，穆友前任遠洋艦隊司令。除‘天津號’外，艦隊還有其他9艘普通戰艦，全員五千五百人，其中水師五千，五百禁軍、錦衣衛和伺候皇上的宮女、太監已經特種部隊和佔地醫療隊同行。
傷不起帶北海艦隊駐扎長崎，主要目的還是為了監控日本全海。龍康仔帶東海艦隊駐扎廣州，為接任北海艦隊和遠洋艦隊做準備。
臨行前，禮部尚書王誠恩將南洋諸國的情況呈給朱顯波，朱顯波不看不知道，一看嚇一跳，原來這些明明是一直臣服于大明的屬國，卻面臨著各種勢力的威脅。
「回皇上，目前南洋的主要政權有緬甸（阿瓦王朝）；爪哇（馬打蘭王國）；亞齊（在今天的印尼境內）；暹羅（阿瑜陀耶王朝）；米南加保（在今天的馬來西亞境內）；柔佛（在今天的馬來西亞境內）；老撾（瀾滄王朝）；萬丹（在今天的印尼境內）；望加錫（在今天的印尼境內）。」
「此外，還有一些夾在大國之間的附屬國或者小國，例如景棟（在今天的緬甸境內）、清邁、蘭那泰（在今天的泰國境內）、吉打、吉蘭丹、巴塔尼、玻璃市和丁加奴（在今天的馬拉西亞境內）、巴鄰龐、佔碑、馬辰（在今天的印尼境內）、文萊等等。西方建立的勢力主要有︰葡屬馬六甲；葡屬帝汶；西屬馬尼拉；荷屬巴達維亞；荷屬帝汶。」
「這麼說來，馬六甲和澳門一樣在葡萄牙人手中，那台海艦隊怎麼找機會不攻佔呢？葡萄牙和西班牙人怎麼也不反對大明巡航呢。」
「應該是葡萄牙願意講和，並未阻攔我大明艦隊巡邏。另外，葡萄牙人也有意與我大明聯手對付荷蘭人。」
「這個要好好的加以利用，這樣你們禮部這次也派員參見南巡吧。」
「微臣遵旨。」
「還有，朕這次想到瑤姬同去，她跟朕提了很多次。朝廷的事情你要多加操心，替薛相等人分憂。」
「請皇上放心，這是為臣的本分。」
而王瑤姬听說朱顯波終于同意帶自己出去南洋，高興得一點不像個大家閨秀，當著孩子的面抱著朱顯波一頓猛親。
「注意形象，孩子還小，你打算帶他一起去還是獨自留在宮里啊？」
「這個……」
「你看你怎麼做人母親的啊，真要好好跟皇後學學。」
「是！」
「周皇後要管好幾個孩子呢，朝封暫時就送到姥爺家去吧。我叫內務府將每月的開銷按時送過去。」
「哎，朝封要是再大點就好了，帶他一起多好啊。」
「海上環境惡劣，風浪太大，還是听真的。另外醫療隊的鐘雪也跟真去。」
「皇上……」
「你看你，朕就是要提醒你，你已經是娘娘了。鐘雪是個江湖人士，性格直爽剛烈，朕希望你倆能成為好朋友，而不是向薛美琳那樣，知道嗎？」
「知道啦，臣妾不會壞你們的好事的。」
「還說知道了。她要帶醫療隊。朕也不能把太醫院搬到船上去啊，所以她們醫療隊很重要。」
交代完王瑤姬，又讓王永勝按安排太醫院兩名太醫隨行，王永勝知道皇上也要帶自己出海，既激動又害怕。激動的是鄭和創下的豐功偉業，自己作為太監雖然不能親自帶隊，但總算能見著大海了；害怕的是大海上有妖怪或者自己暈船。
當然最高興的還要屬鐘雪了，以前在艦隊里整天面對那些臭男人，雖說自己待遇不差，可是沒一個看得順心的。朱顯波還非交代自己要把這些姐妹的大事給解決了。這回終于有機會賴在皇上身邊了，其實醫療隊也沒啥讓她操心的。只是不習慣後宮的禁錮生活才不願意進宮。
南巡船隊，一路從天津出發，沿沂州、杭州、泉州南下。
可剛到廣州就接到馬尼拉華人來求救，西班牙人來之前中國商販已經和菲律賓人打過好幾世紀的交道了，與中國的貿易和華工涌入也對西班牙殖民地的初期發展起了巨大作用，可隨著在菲華人數量的增長，西班牙人對其漸漸產生了恐懼和敵意。並對其推行迫害政策，稱中國人為桑雷人。
1603年「第一次中國人叛亂（起義）」，兩萬多華人被西班牙人屠殺，「第二次中國人叛亂」發生在1639年11月，始于中國居民與中國海盜聯合試圖攻佔馬尼拉，但謀事不密只得倉促戰斗。其實就算是策劃在周密，沒有武器還是白瞎，斧頭終究斗不過洋槍。
戰斗局面對中國人很不利，西班牙人已經打算在當地再次展開屠殺華人的行動。這還了得，當初應該果斷的將東南亞的西方殖民勢力清理出去的，朱顯波有點為自己的動作遲緩後悔了，既然自己到了廣州就不能不管。
「皇上，要不您在廣州稍事休息，臣等帶艦隊趕去馬尼拉。」戚宏亮和穆友前都擔心皇上不習慣海戰。
「海外華人也是大明百姓，朕的子民啊。既然來了，朕怎麼可能臨陣退縮。通知各艦隊重新分配任務。這一次務必完全佔領馬尼拉。」
于是令龍康仔從呂宋島東面登陸，自己則率船隊火速趕往馬尼拉，一場救援行動即將展開。同時讓禮部另行坐船聯絡南部的棉蘭老島和蘇祿群島穆斯林勢力準備合圍馬尼拉。在菲律賓人眼里，中國人也許就是隔壁鄰居或者表親，這西班牙、荷蘭人則是強盜、土匪，有本質的區別，朱顯波不會一切可以團結利用的人。
艦隊在東南亞巡航了這麼久一直未曾與西班牙公開開戰，這次總算逮著機會了。而且東南亞的華人越來越多，朱顯波感覺自己的壓力也越來越打，需要盡快的整合東南亞，驅逐西方殖民勢力才有華人的好日子啊。
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