安豐一帶的善後工作終于全部完成了，朱治回到舒縣沒呆兩天，便動身前往曲阿軍中了，盡管如此，孫翊還是成功卸下了肩上的擔子，好好的松了一口氣。
接替孫翊的是魯肅，擔任皖城縣令的三年，他除了治理地方，還兼管潛山鐵礦的開采和軍械的打造，雖然事務繁忙，但卻樣樣都經營得井井有條，深得孫策器重。安豐一戰，他統率兩萬民兵作為朱治的後援，一樣將任務完成得相當出色。在朱治的極力保薦下，孫策最終決定由他全權負責廬江一境的大小軍政事務。
而魯肅剛剛上任，江夏的一次兵變，將一個重大的抉擇便擺在了他的面前。
原來，黃祖死後，其舊部蘇飛率軍歸降劉備，而劉備大將關羽傲慢無禮，漸漸激怒了一同歸降的甘寧和丁奉。
建安元年九月，甘寧。丁奉率本部兩千水軍趁夜突襲關羽部大營，燒毀其糧草輜重無數，隨後反出江夏，順流東下尋陽，向守將程普請降，程普不敢擅作主張，星夜傳書舒縣，請新近掌事的魯肅定奪。
由于吸取了不久前面臨兩線作戰窘境的教訓，魯肅認為，在孫氏徹底平定吳會前，應該盡量避免與荊州方面發生沖突。而甘寧、丁奉反出江夏，已經是公然與江夏太守劉備為敵，自己若是接納他們，豈不是也就挑明了是站在劉備的對立面了麼？從戰略面來看，接受甘寧、丁奉的投降顯然並不明智。
而孫翊得知此事後，卻認為應該接受甘寧和丁奉的投降，這里面有他與甘寧交情的原因，但更重要的還是孫翊認為即使接受了他們的投降，劉備也絕無可能在短期內對孫氏用兵，原因很簡單，他剛剛奪取江夏沒幾個月，根基尚且不穩，哪里還有閑暇東顧？而等到孫策奪取江東全境後，為了全據長江，必然要西進攻打荊襄，這就決定了和劉備早晚有一戰，既然如此，又何必畏首畏尾，不敢接受白白送上門來的兩員大將和幾千人馬呢？
二人為此爭執不下，最終只好派人前往曲阿請孫策定奪，孫翊心中暗喜︰甘寧對大哥有恩，又是徐舟的結義兄弟，以大哥的性格，莫說是得罪劉備，就算是得罪劉表和曹操，也會接納他的！
果然，不久，孫策便回書支持納降，以甘寧為奮威校尉，丁奉為揚武校尉，率本部水軍屯于臨湖，授以拱衛舒縣之重任，以示信任。同時，孫策也在書中盛贊魯肅盡忠職守、堅持己見，特賜錦緞百匹、美酒十壇，以資嘉獎。
孫翊本來打算到臨湖去一趟，找甘寧敘敘舊，但由于那段時間他正忙著研究手頭的東西，最終還是打消了這個念頭。
龍王崗一戰，改造後的鴛鴦陣大顯神威，以兩百縣兵擊潰了三千水賊，讓孫翊大大的吃了一驚，這才意識到，原來穿越者這個外掛真的可以起到如此令人難以置信的作用！
從那個時候起，除了處理雜務，孫翊幾乎將所有時間都放在了研究軍陣上，一方面針對在龍王崗之戰中暴露出來的一些問題，對鴛鴦陣進行了相應的新改造；而另一方面，孫翊將研究的重點，放在了新軍陣的開發上。
南方一帶，水系發達，丘陵起伏，在這樣的地形中，鴛鴦陣這類攻守兼備的小型陣勢很吃得開，然而要爭霸天下的話，將來必然會面臨與北方大規模騎兵部隊的交鋒，北方大部分地區地形平坦開闊，在這樣的情況下若是再用鴛鴦陣對敵，無以是自取滅亡。
歷史上，孫氏數次意圖挺進中原，都無功而返，這與缺乏有效的對抗北方騎兵的戰法有不小的關聯。而孫翊的目的，便是研究出一種能夠有效克制騎兵的新型軍陣！
不過，孫翊在穿越前並不是軍事專家，只是一個普普通通的現代青年而已，因為喜歡戚繼光，讀過不少關于他的傳記，這才對鴛鴦陣略有所知，但對于其他軍陣，卻是一竅不通。
有了改進鴛鴦陣的經驗，孫翊首先想到的是借鑒，不過騎兵出現已經整整一千多年了，到這個時代為止，卻仍然還沒有一種有效的方法能使步兵在野戰中正面擊敗騎兵。
幾年前，袁紹的大將鞠義曾經以先登營八百精銳步兵大破公孫瓚的白馬義從，不過這場戰役在很大程度上要歸因于公孫瓚的大意輕敵，若是排除了這個因素，恐怕雙方勝負最多只在五五之間。
在嘗試了無數種陣勢，進行了無數次推演之後，孫翊不得不感嘆︰看來，要想找到一種行之有效的方法，注定會有一條漫長的探索之路！
就在孫翊為鑽研新的軍陣而大傷腦筋的時候，孫策在曲阿一帶的戰事卻因為一個偶然的機會而有了轉機。
十月，太史慈、馮則引軍至孫策軍寨前搦戰，黃忠出戰太史慈，二將斗有三十余合，黃忠馬失前蹄，翻身墜地，本以為必死，卻不料太史慈不願趁人之危，要其換馬再戰，二將又戰百余合不分勝負，各自罷兵回營。
周瑜在陣中見此情形，授黃忠以秘計。次日，黃忠出陣，約太史慈陣前相談，互有敬重之意。劉繇听聞此事，又憶起昨日情形，漸生猜忌。
再二日，黃忠遣心月復一名攜帶密函潛入劉繇大營，被劉繇士兵拿住，將密函呈交劉繇，不想竟是黃忠約定太史慈舉火為內應，襲殺劉繇！劉繇覽畢怒不可遏，派兵將太史慈綁至轅門問斬，小將馮則仰慕太史慈，率本部五百精兵造反，救下太史慈，于寨內一番廝殺，卻寡不敵眾，漸漸勢危。
就在此時，孫策率軍殺至，劉繇軍猝不及防，大潰，棄營奔逃。孫策追殺十余里，斬首數千，降者萬余，太史慈、馮則亦率本部人馬歸降，孫策趁勢攻佔曲阿。
數日後，曲阿水賊蔣欽、周泰、凌操率部曲數千投奔，一同帶來的還有劉繇的人頭。孫策大喜，于曲阿縣城大犒三軍！
經此一役，孫策攻滅揚州刺史劉繇，盡得其糧草輜重，又收編新軍無數，實力暴增，威震江東。
嚴白虎本欲坐收漁利，見此形勢，心不自安，乃使其弟嚴輿與孫策議和于毗陵。嚴輿在軍中素有勇名，雖受兄命，卻不服孫策，席間妄言欲與孫策平分江東，被孫策斬于當場！
嚴輿既死，嚴白虎悲怒交加，盡起大軍萬余與孫策決戰于無錫，大敗，南奔會稽，投靠王朗。孫策乘勝進軍，佔據吳郡全境，以朱治為吳郡太守。
孫策大軍所到之處，對豪門大族多行安撫，丹陽、吳郡境內，大姓豪族漸漸歸心，四方豪杰紛紛歸附。
十一月，山陰豪族孫、彭兩家聯合，率家兵數千發動暴亂，攻陷會稽太守府，生擒王朗、嚴白虎，舉郡請降于孫策。