有人的地方就有江湖，有江湖的存在就少不了是非紛爭，而是非紛爭的結果就是剪不斷、理還亂的恩怨情仇。︰江湖之中，門派林立，農工士商，魚目混珠。
江湖到底是什麼，其實就是黑社會。一小撮人控制一個地盤形成一個門派，各個門派相互爭斗、勾結、擴張，相對于朝廷體制來說，就稱之為江湖。
江湖的地盤與各國朝廷的勢力範圍是完全重疊的，普天之下莫非王土，江湖兒女的最終的身份依然是各國皇帝的子民。四國中，各國對于門派這種民間團體既縱容又打壓，底限是不得影響皇權的統治。
各個門派對朝廷的態度也沒有太大的異議，因為每個人都明白「先有國而後有家」的道理。然而，江湖畢竟是江湖，只有在江湖中才能更加理解「適者生存」的殘酷現實。
數百年間，江湖中各大門派不斷地洗牌，優勝劣汰。時勢造英雄，一代代的武林英杰則推動著江湖的進程，譜寫著相對于朝廷皇權的英雄史詩。
江湖這里沒有史官，只有實力和傾倒在實力之下的崇拜者。崇拜者再以不可遏止的虔誠迅速傳播目視耳聞的英雄事跡，一夜風卷江湖。
延熹十七年間，一向籍籍無名的百草門因為一位俊秀邪魅的少年而響徹江湖。百草門創立時間不過百年，創立人身份隱秘，從不以真面目示人。
據傳言，百草門的第一代門主並無立派之雄心，常年在空蟬山中隱居，妙手仁心，醫術高明。在行醫期間，門主收納了十幾名少年弟子，而後諄諄教導，悉心栽培。
不過十年，弟子們皆能以仁心仁術行走于天下，治病救人，廣收贊譽。有人問弟子們的出身，這是當時的流行病，其中一位弟子隨口稱自己來自「百草門」，百草門自此問世。
既然百草門已成為門派中的一個，被弟子尊為「門主」的師父只好為百草門確立了幾項簡單的門規，其中有一個特殊的規定︰百草門弟子不得依附于朝廷，不得與皇室相關聯。
門主又嚴戒弟子︰為醫者以百草為藥，只能行醫治病，施術救人，而不得與權力陰謀糾葛，將其淪為殺人工具，違令者可逐出門派。
百草門在江湖中一直平穩無波地存在著，弟子們遵從師訓，致力于醫術精進和草藥煉制之中，與其他門派沒有太多的交往。
百草門在武林中盛傳有三項絕技︰輕功、點穴和解毒，都是師門不傳之秘。對百草門來說，這三種本領都是行醫人必須具備的本領，攀高采藥需要輕身功夫，認準穴位可以行針施灸，解毒亦為救人的重要技能。
然而，有的人很容易陷入偏執，這種人大多極為聰明。代真和代曼是百草門第四代中最為出類拔萃的弟子，這一對師兄妹自幼對各類草藥的性能了如指掌。
兩個人從小在一起生活學習，相互切磋也相互競爭。師兄代真慢慢地迷上了制毒，號稱「醫不活」，師妹代曼針對師兄的毒藥一一化解，被江湖人稱之為「毒不死」。
這時的百草門已經成為名副其實的江湖門派，在第三代門主「逍遙生」歐陽和的經營下，不再單純以行醫治病行走江湖。
代真是歐陽和最為喜歡也最為得意的弟子，也是百草門中呼聲最高的門主繼任人。然而，代真沉迷于毒藥後，每每傷人，已經嚴重違反了百草門的門規，最終被驅除門牆，成為江湖中的一個浪人。
歐陽和死後，代曼成為百草門第四代門主，她對師兄代真的偏執十分痛恨。兩個人本來一起拜師，又一起長大，早已兩情相悅，只等著成年之後拜天地，結鸞儔，笑傲江湖。
誰知，代真那年從衛國歸來後，把一切注意力全部集中在毒藥煉制上，不惜拿活人做他的實驗品。代曼始終不知道師兄在衛國遭遇了什麼事情，多次苦口婆心地規勸，但代真始終置之不理。無奈，代曼只好集中精神，利用師門所學，將師兄研制的毒藥一一化解。
師兄妹窮盡一生相互比試，誰也不肯認輸，比著比著，較量的範圍逐漸擴大。代真被趕出百草門後，浪跡江湖，無意中救下良國古劍山莊的少公子唐子墨。古劍山莊號稱「天下第一莊」，因收藏百柄古劍和「天下第一劍術」而著稱。
古劍山莊莊主唐庭桓膝下有四個兒子，最小的兒子唐子墨相貌俊美，精靈古怪。子墨的母親只是唐庭桓的一個侍妾，因天生麗質而備受寵愛。子墨四歲時，目睹了大娘下藥害死自己的母親，發誓長大後一定要為母親報仇。
大哥、二哥都是大娘嫡出的孩子，他們從小就得到唐家劍法的真傳，是天下第一莊名正言順的繼承人，除非他唐子墨有過人的天分和超人的毅力，才有可能越過哥哥們為母親報仇雪恨。
小小的唐子墨很快就理清了其中的利害關系，決心學習其他門派的技藝以達成自己的願望。精明的大娘看出了唐子墨眼中的仇恨，多次欲將這個孩子置于死地，最後一次被代真巧遇施救。
唐子墨非要拜代真為師，寧死不願再回到古劍山莊。代真也十分喜歡唐子墨的聰明靈秀，覺得兩個人有師徒的緣分。
這邊代真剛收下弟子，代曼在百草門已經得到了消息，並掌握了關于唐子墨生平的所有信息。唐子墨也確實沒有給師父丟臉，不到兩年，便能為代真獨當一面。
代曼不願意服輸，醫藥上如是，尋找徒弟繼承衣缽亦如是。她千覓萬尋地找到了一個得意弟子，而後傾囊教授，但徒弟的皇室身份卻與百草門的門規相抵觸。猶豫再三，實在舍不得徒兒的聰明和天分，因此只好權且回避