在贏得了橘子聯盟勝利者杯後，小智他們決定在柑橘島休息一晚上，第二天再回真新鎮
小智回到神奇寶貝中心後把皮丘從小建那里接了回來，並重新交換了神奇寶貝，現在小智帶的神奇寶貝皮丘吉利蛋大比比鳥大鐵甲暴龍和乘龍，其他的都傳送回大木博士研究所了zxsm
晚上，在小智他們都睡著的時候，突然有人叫醒了小智
「超夢艾怎麼了？」小智揉了揉眼楮看著把自己叫醒的超夢問道
「出來一下，有點事要告訴你」，超夢通過心電感應對小智說道，小智也穿好衣服跟著超夢到了外面的草地上
「什麼事翱」小智坐好後就問道
「我感覺到了有幾個強大的能量在那里」，超夢指著小智的手表說道
「強大的能量？」小智一邊問著一邊納悶的點開了手表，出現了虛擬的屏幕，「哪里翱」小智一邊翻著一邊不解的繼續說著
「那里，我感到有好幾個不比我弱的能量」，超夢指著屏幕上的‘神奇寶貝’一項說道，而超夢平時就住在那里的
「這是……」，小智疑惑的點開了‘神奇寶貝’那一項，出現在小智眼前的不再是只有超夢和問號了，而是有好多的神奇寶貝，「是我曾經在游戲中收服的神奇寶貝，從1號一直到649號，而且還不乏閃光（因為xy還沒有公布所有的精靈，所以這里先暫時寫到649，等xy出來後，會改的，之前的章節也會隨著xy公布的時候有所更改的）」，小智看到所有的神奇寶貝後，非常的激動，小智又點開神奇寶貝蛋存儲箱，里面滿滿的都是神奇寶貝蛋，然後小智小心的選擇了一只神奇寶貝，出來的是一只狩獵球，「出來吧，百變怪」，沒錯，小智拿出的是一只閃光的滿級百變怪，而之所以拿這只是因為，小智有好多的神奇寶貝都是通過它來生蛋的
「你好艾百變怪」，小智高興的和百變怪打招呼說，而百變怪也高興的爬上了小智的肩膀
「超夢，可以听一下我的故事嗎？」小智看著一旁的超夢說道，「我其實不是這個世界的人」，看到超夢點了點頭，小智于是繼續說道，「在我以前的世界，神奇寶貝只是游戲和動漫中的，而我現在的身份也只是動漫中的主人翁，我以前很喜歡神奇寶貝，而這些就是我以前的伙伴」，小智指著百變怪說道，「也許你不太懂是什麼意思，不過現在我已經融入這個世界了，你只要相信我會更加的喜歡神奇寶貝就行了」，小智最後對超夢說道
「真是不明白你說的是什麼，不過也不管了，既然已經跟著你了，就只好支持你了」，超夢隨後說道
「對了，超夢，它們是什麼時候出現的」，這時小智問出了一直困擾他的問題
「就在你接過勝利者杯的獎杯時，它們就突然出現了」，超夢回答小智說
「在那個時候艾難道是我把關東聯盟和橘子聯盟都打贏了後，終于到達可以使用它們的訓練家等級了嗎」，小智突然想到，也只有這個可能了，反正不管怎樣，這些神奇寶貝可以跟隨自己了，不過在這里對戰還是收服新的神奇寶貝比較好，畢竟滿級的神奇寶貝去和人家打有點太欺負人，而且也沒什麼樂趣了
「好了，我要回去了」，超夢說完就消失了，而小智也被百變怪收了回去，回房間睡覺了
「小智，我們要怎麼回去啊」，第二天早上起床後，小霞對小智問道，畢竟一切都結束了，總不能在接著乘著乘龍慢慢的回去吧，那時間也太長了
「到凸橙島去坐回真新鎮的聯絡船就可以了」，小智隨後回答說
「我們趕緊走吧」，而小建則是急著見大木博士，于是催促說
「出來吧，乘龍」，隨後小智就派出了乘龍，「乘龍，拜托你載我們去凸橙島」，小智隨後說道，而乘龍也非常高興的回應的叫著，大家就乘著乘龍出發了
不過當大家到達凸橙島的時候，認識了強哥，並且知道這個島已經到處都是頑皮彈了，而強哥則是被聘請來的地鼠訓練家，在知道了聯絡船只能在頑皮彈事情解決之後才能開之後，小智他們只好幫忙了，而這個過程中火箭隊照樣來搗蛋了，不過在強哥的三地鼠和小智的大鐵甲暴龍的幫忙下再次無功而返了，傍晚時分，頑皮彈們終于在地鼠的工作下全部轉移到了凸橙島後方的草原，去好好的生活了，而這座島上的人也回來了，小智他們告別了強哥，順利的搭上了會真新鎮的聯絡船
「是真新鎮耶，我們終于回來了」，第二天，下了聯絡船後小智一行人終于走到了真新鎮，看著前方的真新鎮，小智激動的說
「皮丘~」，而皮丘也非常高興的叫著
「你看，波克基古，是不是很懷念啊」，小霞也對飛走旁邊的波克基古說道
「叫古~」，波克基古也開心的叫道
「大木研究所就在這個地方艾可以見到大木博士了，我好期待啊」，而小建則是興奮的說道，「我得把這些要請他看的報告先準備一下，要選那一本呢，又不能請他全部看」，小建突然坐在地上，拿出一摞又一摞的筆記本翻著說道
「我想，到家里以後再選吧」，小智看著忙著的小建非常不好意思的打斷他說道
「就是艾小智的媽媽也在家里等不及了」，小霞這時也說道，不過她好像還沒意識到這次是見家長耶，雖然上次在亞細亞島見過，不過那次因為大木博士走的急，沒有說上什麼話
「對艾真是抱歉」，小建抱歉的說道，隨後大家就一起向小智的家走去了
「我回來了」，小智推開自己家的們喊道
「歡迎回來」，不過從里面傳來的不是小智媽媽的聲音，而是一個男生的聲音，小智當然知道是小剛回來了
「艾小剛？」小智他們走進里屋後，小霞就看到小剛正穿著圍裙干活呢
「小智小霞艾好久不見了」，小剛回答小霞說道，「波克基古好嗎？乖啊」，小剛又對著波克基古說道
「說什麼乖乖艾你為什麼會出現在這個地方？」小霞繼續問道
「你就是小建啊」，不過小剛對著一旁的小建說道
「你好，請多指教」，小建禮貌的打招呼說
「小剛，最近過的還好嗎？」小智這時和小剛打招呼說
「還可以吧，你看，我的小磁怪已經進化成三合一磁怪了」，小剛這時指著飛走一旁的三合一磁怪說道
「小剛，你還沒有回答我你為什麼會在這里？」小霞顯然還是沒有知道小剛為什麼在這里，于是繼續問道，「還有內木博士怎麼樣了？」小霞終于問到了小剛的痛處了，然後就看到小剛毫無元氣的躺在地上蜷縮著一直重復說「拜托你不要再問了」
「看來是被甩了」，小霞看到小剛這個情況就知道了結果，于是說道
「翱」而小建則是不解
「他常斥樣子」，小霞無奈的說道
「艾你們回來了」，「帕里」，這時從門口傳來了小智的媽媽和吸盤魔偶的聲音
「我回來了」，小智高興的說道
「歡迎回家」，小智的媽媽開心的說道
「小霞，你好不好」，小智的媽媽繼續說道
「我很好」，小霞開心的回答說
「哦，這是……」，小智的媽媽指著波克基古問道
「這是波克基古，是波克比進化了」，小霞回答說
「艾原來進化了，波克基古，好不好啊」，小智的媽媽繼續說道，「對了，小霞，小智已經告訴我你們的事了，以後小智就拜托你了」，這時小智的媽媽對小霞說道
「哪里，是小智在照顧我了」，小霞听完後，紅著臉不好意思的說道
「艾小建啊」，這時小智的媽媽看到了小建，對小建說道
「伯母，請多指教」，小建說道
「伯母，為什麼小剛會在這里啊」，這時小霞小聲的問道
「那是在一個悶熱的傍晚，我和吸盤魔偶去買菜，回來的時候踫到了消瘦的小剛，每次問他怎麼了，就會出現剛才那個樣子，不過在家里和吸盤魔偶做家務後，他逐漸的恢復了」，小智的媽媽解釋說
「原來還發生過那種事」，小霞恍然大悟的說道
「庭院一定要交給我打掃」，這時小剛跑到庭院和吸盤魔偶強掃帚說道
「小剛他老是和吸盤魔偶吵架」，小智的媽媽看著他們說道
「小剛，我們去大木博士研究所吧」，小智這時趕緊對小剛說道
「好艾我們快去吧」，而小建听到要去研究所了，激動的說道，小剛也停下了和吸盤魔偶爭掃帚了，走了過來
「媽，這是我打贏橘子聯盟勝利者杯獲得的獎杯」，小智拿出獎杯遞給了媽媽說道
「太厲害了，媽媽好高興啊」，小智的媽媽高興的接過了獎杯，「家里剛好少了一個啞鈴，這下子湊成一對了」，不過下一句就讓所有的人都摔倒了
「媽媽」，小智無奈的說道
「好了，開玩笑的，我會好好保管的」，小智的媽媽一邊說道一邊把獎杯放到了櫥窗了，旁邊是小智得到的石英大會冠軍的獎杯和八個徽章及神奇寶貝鑒定考的徽章
「這是徽章」，小智把橘子聯盟的四個徽章又遞給了媽媽說道
「好好好」，小智的媽媽很開心的把徽章擺在了勝利者杯獎杯的周圍
「媽，我要去大木博士那里把gs球交給他」，小智隨後又拿出gs球對媽媽說道
「那我要做一大桌的大餐，好好的慶祝一下」，小智的媽媽這時說道
「那我們走了」，小智他們四人和媽媽說再見後就向大木博士研究所前進了
「博士，在嗎？」進了大木博士研究所後小智喊道
「是小智回來了啊」，大木博士從里屋出來後看到小智說道，「這是？」看出了飛著的波克基古後，大木博士來精神的說道
「是波克比進化後的波克基古」，小霞解釋說
「原來進化後會飛了」，大木博士立刻說道
「大木博士，很高興見到你」，而小建則是激動的說道
「博士，這是gs球」，小智拿出gs球遞給了大木博士
「哦，就是這個艾今天晚上我就拿它研究看看」，大木博士一邊把gs球放到架子上一邊說道
「博士收藏的寶貝球好多啊」，看到滿滿架子的神奇寶貝球，小建說道
「這些都是真新鎮出去旅行的訓練家所寄放的，好了帶他們參觀參觀吧」，大木博士隨後說道
「艾怎麼了，地震了嗎？」到了後院後地面突然開始震動了起來，小霞立刻問道
「那些是……」，小建這時指著遠方跑過來的大量的神奇寶貝問道
「那些都是我的神奇寶貝」，小智則是高興的說道，「大家也出來吧」，隨後小智放出了攜帶的吉利蛋，大比比鳥大鐵甲暴龍和乘龍
「大家過的還好嗎？」小智高興的跑上去和所有的神奇寶貝打招呼說
「小智的神奇寶貝好多啊」，小建看著小智和神奇寶貝說道，「那是……」，小建這時指著其中的一些神奇寶貝問道
「哦，那是刺龍王龍電擊魔獸和鴨嘴焰龍，都是關東沒有的神奇寶貝哦」，大木博士走過來介紹說，而且頗為自豪
「原來小智有兩只哈克龍艾好厲害啊」，小建看到了哈克龍後說道，「那是……」，這時小建又指著那邊說道
「是化石翼龍鐮刀盔和多刺菊石獸，是已經滅絕的化石神奇寶貝」，這次是小剛說道
「小智的那條大岩蛇好大啊」，小建看到了和巨大暴鯉龍比肩的大岩蛇說道
「是啊」，小霞也很自豪的說道
「這是神奇寶貝和訓練家的友好相處，一定要畫下了」，小建隨後拿出畫板說道，然後就開始畫小智和小智的神奇寶貝們
「啊」，就在小建認真的畫畫的時候，大木博士過去了，小建看到大木博士後緊張的說
「你畫的不錯」，大木博士則是說道
「我有些報告，想請博士看看，大木博士，無論如何，你一定要看那些報告啊」，小建對大木博士說道
「當然可以，我很樂意的」，大木博士笑著說道
「以後會有很多的時間的，小建，也不用急在這一時吧」，小智和神奇寶貝們交流完感情後走過來說道
「是啊」，小剛也隨後說道
「說的也對，你可以住在這里哦」，大木博士也對小建說道
「真的，這真是太好了」，小建立刻高興的說道
「對了，小智，我想讓我的海刺龍進化成刺龍王，看到你的刺龍王，我覺得好帥啊」，這時小霞對小智說道
「那正好，我的鐵甲暴龍也需要進化」，小智也對小霞說道，「我們去通信機器那里吧」，小智說完就和大家一起回到了屋子了
「出來吧，鐵甲暴龍」，小智把大鐵甲暴龍放了出來，「小霞，把海刺龍也放出來吧」，小智又對小霞說道
「好，海刺龍，出來吧」，小霞也派出了海刺龍
小智拿出保護甲給鐵甲暴龍攜帶了，又給海刺龍攜帶了龍鱗，隨後收回了他們，把寶貝球放到了機器上，按了按鈕後，兩只寶貝球就交換了
「小霞，這是你的寶貝球」，小智拿起了兩只寶貝球，並把裝著海刺龍的寶貝球遞給了小霞
「出來吧，海刺龍」，小霞高興的把海刺龍放了出來，然後海刺龍就開始發出白光，進化成了刺龍王，「刺龍王，太好了」，然後小霞就興奮地抱著刺龍王說道
「鐵甲暴龍，你也出來吧」，小智這邊也放出了通信了的鐵甲暴龍，也順利的進化成了超鐵暴龍
「艾又是關東沒有的神奇寶貝」，大木博士看到超鐵暴龍後立刻說道
「怎麼回事？」就在這時地面又開始晃動了，小建問道
「你們快看外面」，小剛指著窗戶說道，然後大家就看到了研究所被帳篷包圍了起來
「這里到底發生什麼事了？」出了屋子後，大木博士不解的說道
「哈哈哈哈，…………（火箭隊經典台詞）」
「火箭隊，你們好啊」，小智友好的打招呼說
「哇，太懷念了他們那套登場台詞」，小剛這時感慨的說
「研究所的所有神奇寶貝我們都要帶走了（喵）」，武藏和喵喵同時說道
「你們剛好可以和我剛進化的神奇寶貝打一架，超鐵暴龍決定是你了」，小智派出了剛進化的大超鐵暴龍
「好，我也來，去吧，蚊香蛙」，小霞也想參戰，「可達鴨，我不是叫你了」，可達鴨又自己登場了，小霞無奈的說，「那就你去吧」
「大舌頭，你上吧」，武藏派出了大舌頭
「去吧，大食花」，小次郎也派出了大食花，「艾不是我，不是我」，小次郎又被大食花給吃了
「大舌頭，給我舌忝到它」，武藏指著超鐵暴龍說道
「超鐵暴龍，岩石封閉」，小智則是樣超鐵暴龍使用了岩石封閉，大量的岩石向大舌頭砸了過去，大舌頭的舌頭也被擋了下來
「大食花給我去咬它」，小次郎這邊也下令攻擊可達鴨
「快出來了，快出來了」，小霞看著大食花咬著可達鴨的頭，而可達鴨開始出現頭痛的表情後說道，「可達鴨，使用石化功」，小霞對可達鴨下令說，而可達鴨閉上了眼楮後，突然睜了開來，並且發出藍色的光芒，大食花不能動了
「可達鴨，使用念力」，小霞繼續對可達鴨下令說，然後大食花就被扔飛了出去
「可達鴨，你還是可以的」，小霞看到大食花飛走後過去高興的對恢復的可達鴨說道，可是可達鴨只是歪著頭
「超鐵暴龍，使用尖石攻擊」，而小智這邊也對超鐵暴龍下令攻擊了，被封住的大舌頭被尖石攻擊打飛了
「今天的戰斗不止有神奇寶貝還有秘密武器啊喵」，這時喵喵說道
「說的對，去吧，去吧」，武藏和小次郎拿出了好多的圓環向小智他們這邊扔了過來
「比比鳥，使用龍卷風」，而小智當然知道這些圓環是綁人的，所以對著在外面的大比比鳥說道，比比鳥的一個龍卷風就把圓環都吹跑了，而火箭隊也沒有幸免，乘著龍卷風飛走了，「好討厭的感覺啊」
「大家都沒事吧」，火箭隊飛走後，小智問道
「沒事」，大家回答說
「小智，你還是這麼的厲害啊」，就在這時一個穿著遮住臉和身體的斗篷的男生帶著一只尼多後出現了
「你是……」，小剛好奇的問道
「小茂」，男生把斗篷甩掉後，小霞說道
「這只尼多後的發育狀態很好耶」，而小建則是跑過去觀察尼多後說道
「那是因為小茂在這段時間內進行了很多的特訓，並且很用心的培養神奇寶貝啊」，大木博士解釋說
「小智，我一直以趕超你為目標而努力的訓練著，現在我要向你挑戰」，這時小茂對著小智說道
「那好吧」，小智答應了比賽，「我的神奇寶貝是比比鳥」，小智派出了大比比鳥
「原來如此艾是一只大的比比鳥艾去吧，我的好搭檔」，小茂派出的是伊布
「比比鳥，使用羽毛舞」，小智還是使用了現在關東的訓練家不知道的羽毛舞絕招
「這是……」，小茂也不懂，「伊布，使用減半反射」，不過他以為這是攻擊絕招，所以就讓伊布使用了減半反射，不過很顯然沒有用
「羽毛舞不是攻擊絕招，減半反射是沒有用的」，小智解釋說，「比比鳥，使用飛沙腳」，小智繼續使用輔助技能
「伊布，使用影子分身」，而小茂則是讓伊布使用了影子分身，飛沙腳只是攻擊到了一個影子
「比比鳥，使用龍卷風」，這個時候當時是使用大範圍攻擊全體了，巨大的龍卷風把所有的伊布都卷了進去，影子都消失了，真的伊布被甩了出去
「伊布，加油艾使用猛撞」，小茂繼續下令說
「比比鳥，使用高速移動躲開」，看著向這邊沖過來的伊布，小智下令說，而比比鳥也很迅速的躲開了伊布的攻擊
「比比鳥，使用龍卷風」，小智下令攻擊了，伊布嬌小的身軀怎麼可能躲開大比比鳥使用的巨大龍卷風呢，又被擊中了
「伊布，不能輸，使用火箭頭槌」，小茂看起來要一招定勝負了
「比比鳥，使用龍卷風」，而小智繼續使用龍卷風攻擊，伊布這次撞進了龍卷風里面，被轉的昏了過去
「伊布無法戰斗，比比鳥獲勝，這場比賽是小智獲勝」，臨時充當裁判的小剛宣布了結果
「伊布，回來吧」，小茂收回了伊布，「沒想到，我修行了這麼久還是沒有打贏你，不過我是不會放棄的，下次我會更強，來打敗你的」，小茂說完就離開了
「比~」，就在這時比比鳥叫了一聲，開始發出白光，進化成了大比雕
「太好了，比雕」，小智高興的說道
在告別了大木博士後，小智小霞和小剛就向小智的家去了，而小建則是留在了研究所，小智的橘子群島旅行結束了，接下來是一段時間的休息了，小智的下一個聯盟將會很快的進行了
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