在明軍連續不斷地追殺下清軍根本沒有喘息重整的機會，甚至喇哈達親自坐鎮的中軍也被潰軍所沖散，將兵們狼奔豕突，到處都是一片亂糟糟的景象。
喇哈達在親兵的護衛下一路飛奔直往北逃去，一切發生的都是那麼快，快到讓喇哈達都來不及反應。
四周全部是潰逃的兵卒們，他整個人仿佛都失去了神采，任由親兵護送著北逃，沒有想過重新組織抵抗，這致使清軍在戰場上最後一線轉大敗為小敗的契機也丟失了。
「完了。」，剛集結完隊伍的色楞看著圍逼過來的明軍中路追殺部隊以及友軍綠營的混亂局面，口中嘆息一聲，對著驚慌的八旗兵丁們下令道︰「將軍大人都跑了，咱們還留在這里干什麼，撤，撤回福州去！」
這一決定得到滿蒙漢三部的一致擁護，眾人護衛著色楞轉進如風，迅速往北邊的福州城撤退。
隨著喇哈達率先撤離戰場，各部清軍主將也相繼做出撤出的命令，靠後點的還能維持著基本陣列後撤，頂在前邊的則充分詮釋了什麼叫做丟盔卸甲，毫無陣型，四散落跑。
清軍或主動或被動地相繼撤至對岸，隨即馬不停蹄地向福州城撤退，這標志著木蘭溪一戰的最終落幕。
明軍的騎兵營一路追擊清軍二十里左右，一路上殺死殺傷無數，馬蹄聲如催命的鐘聲，督促著這些清軍根本不敢暫歇集結，一路慌張地逃回了福州城。
清軍最後一路撤回福州城時數量只剩下了六千左右，其中還有兩千戰力低下的八旗兵，巡撫董國興欲哭無淚，連忙加緊征集城內民壯加固城防，謹防明軍趁機襲擊福州城。
楊彥迪顯然沒有繼續進攻福州的意圖，挾著大勝之威，他帶領西軍加緊進攻興化府，得知福州將軍喇哈達率領的援軍在野戰被人數佔劣的明軍擊敗後，興化府守軍的士氣降到了冰點。
但出人意料地是，興化府知府徐希聖、同知王延慶、通判田浥、莆田縣知縣金皋謝等人態度出奇地一致，大家都選擇了與城共存亡。
與幾位文官不同，興化協防綠營參將羅凱卻是個堅定的投降派，在他的影響下許多軍官士卒皆無戰心，整日鼓噪著早日投降納城，向明軍討個不殺之恩。
面對內部的投降派聲音，徐希聖展示了他的雷霆手段，借著一次議事機會，幾個文官聯手將羅凱在議事堂內砍殺。
徐希聖順勢接管了興化府內千余綠營士卒，將有投降言論的軍官一律免職，替補上那些決心守城的人。
同時他在城中大肆傳播謠言，告知百姓們城外鄭逆已經公開表示了一旦攻破興化府即行屠城劫掠，他通過妖魔化明軍成功激起了城中民眾的抵抗之心。
經過他的這一番整合，興化府暫時做到了軍民一心，面對眾志成城抵抗到底的興化府軍民，楊彥迪眸子中閃過一絲冷冽，「開炮！」
興化府作為一座重要的海防城市防守不可謂不嚴密。
但受偽清遷界禁海令的影響，興化府沿海岸處一片荒蕪，本地的糧食產量嚴重不足，需要靠其他州府乃至外省的糧食支援，如今明軍大舉攻城，眼見著城中的糧食一天比一天少，徐希聖心中愈發焦急。
他的焦急並不能改變什麼，不能改變明軍攻勢日猛的事實，也無法改變興化府內每日傷亡慘重的現狀，更沒法憑空為大軍變出糧食來。
在明軍猛烈的攻勢下，興化府搖搖欲墜。
永歷三十八年臘月十九日，歷史應該銘記這個日子，在明軍持續不斷的攻勢下，興化府正式被攻破。
此時明軍在福建登陸並擊敗喇哈達的消息才剛剛傳到浙江。
杭州城外，姚啟聖和何祐在錢塘江邊進行了數場鏖戰，得益于江面上的炮火支援，明軍總體上佔據著較大優勢。
姚啟聖派人向杭州城內傳信希望杭州的清軍能配合他在城外的軍事行動，里應外合對明軍進行夾擊。
但被明珠以聖上鑾駕在城內，不可冒險為由而拒絕。
姚啟聖無奈只能硬著頭皮頂著明軍江面上的炮火拼力進攻，好在不久之後兩江總督王新命率領的援軍趕到，姚啟聖和王新命一南一北兩個方向將何祐部包夾在錢塘江旁。
王、姚兩位總督試探地協同向明軍發起了幾次進攻，但均被何祐擊退。
又過了幾日，安徽布政使姜葉舟率領的援軍同樣趕到，清軍的軍力達到了四萬人，來來往往的清軍傳令兵策馬奔跑在錢塘江沖擊下形成的平原上，而明軍的探馬哨兵則奮力截殺。
花費了數日互相聯絡商議的三部清軍最終形成了一致的方案，在臘月二十一日清晨，三部一同對明軍大營發動了攻擊。
這次攻擊進行的異乎尋常的順利，往常江面上的大炮聲並未響起，游弋在江面上的明軍水師不知所蹤，而明軍大營的抵抗也十分無力，稀稀拉拉的火銃聲根本無法阻擋清軍攻擊的步伐。
幾部清軍的主帥幾乎是同一時間面色大變，「不好！明軍逃了，快點，催促前線部隊沖上去看看！」，姚啟聖厲聲喝道。
王新命和姜葉舟也下達了同樣的命令，原本還頗為謹慎的清軍一下子放開了手腳，顧不得陣型的嚴密，在幾位主帥的嚴令下，清軍們呼啦一蜂窩地沖向明軍大營。
果然不出姚啟聖所料，佔地極廣的明軍大營稀稀拉拉的只有幾百人，見到清軍沖到近前他們果斷地丟掉了武器抱頭投降。
很快，姚啟聖、王新命、姜葉舟三人在明軍大營順利會師，望著正在接受繩捆索綁的數百明軍，姚啟聖苦笑道︰「讓鄭逆在眼皮子底下跑了是我姚某人之過。」
王新命連忙開解道︰「鄭逆凶頑狡猾，這怎能是姚部院的過錯呢？」
「就是不知鄭逆是退回了東南小島還是尋機另尋他處登陸了？」
姜葉舟這一番話讓姚啟聖和王新命都沉默起來。