石亨本來因為違犯了軍法被削職，是于謙請求明代宗寬恕了他，讓他總理十營兵，但因為害怕于謙不敢放肆，也不喜歡于謙。
德勝門一仗的勝利，石亨的功勞並不比于謙大，而得到世襲侯爵，內心有愧，于是上書推薦于謙的兒子于冕。
明代宗下詔讓他到京師，于謙推辭，明代宗不準，于謙說︰
「國家多事的時候，臣子在道義上不應該顧及個人的恩德，而且石亨身為大將，沒有听說他舉薦一位隱士，提拔一個兵卒，以補益軍隊國家。
而只是推薦了我的兒子，這能得到公眾的認可嗎？我對于軍功，極力杜絕僥幸，絕對不敢用兒子來濫領功勞。」
石亨更是又愧又恨，都督張輒因為征苗時不守律令，被于謙彈劾，和內侍曹吉祥等都一向恨于謙。
公元1457年，明代宗朱祁鈺病重，正月壬午，石亨和曹吉祥、徐有貞迎接英宗恢復了帝位，宣諭朝臣以後，立即把于謙和大學士王文逮捕入獄。
誣陷于謙等和黃囗制造不軌言論，又和太監王誠、舒良、張永、王勤等策劃迎接冊立襄王，石亨等拿定這個說法，唆使科道官上奏。
都御史蕭維禎審判定罪，坐以謀反，判處死刑，王文忍受不了這種誣陷，急于爭辯，于謙笑著說︰
「這是石亨他們的意思罷了，分辯有什麼用處？」
奏疏上呈後，英宗還有些猶豫，說︰
「于謙是有功勞的。」
徐有貞進言說︰
「不殺于謙，復闢這件事就成了出師無名。」
明英宗的主意便拿定了，正月二十三日，于謙被押往崇文門外，就在這座他曾拼死保衛的城池前，得到了他最後的結局——斬決。
史載︰天下冤之！遂溪的教諭吾豫說于謙的罪應該滅族，于謙所推薦的各文武大臣都應該處死。
刑部堅持原判這才停止了，千戶白琦又請求寫上他的罪行，刻板印刷在全國公布。
政治上，于謙敢于為民請命，嚴懲作奸犯科權貴，而受到排擠打擊。
人家當官前呼後擁，盡顯官威，于謙當官便服一套，瘦馬一匹，同僚並不以其為謙虛清廉，卻說他壞了官場規矩。
軍事上，于謙主張兵貴在精，將貴謀勇，用兵貴在臨機應變，提倡「將士相習」，「管軍者知軍士之強弱，為兵者知將帥之號令」，所創團營之制，對明朝兵制影響很大。
文學上，于謙詩作歸隱情懷的表達與慷慨悲涼的風貌預示了詩壇風氣的轉向。
在台閣體流行的高峰期，文人們是忌諱表達激烈的情懷與悲傷的情感的，從而保持了其創作風格的雍容，以便發揮其鳴盛的政治作用。
思想上，于謙重名節，輕名利，重成仁，輕殺身，重社稷，輕君王。
于謙一生都在家里恭恭敬敬地供奉文天祥的遺像和牌位，就像供奉自己于家的祖先一樣，甚至比供奉自家的祖先還要虔誠。
據傳于謙出生前的那個晚上，他的父親于仁做一個夢，夢見一個緋袍金襆的神對他說︰
我感動于你們于家對我的供奉，也感動于你們于家一門忠義，所以我文天祥打算轉世投胎，來做你們于家的子嗣。
于仁听了這話大吃一驚，趕快口稱遜謝，說不敢當，但夢中那位金神說完轉眼就不見了。
于仁醒來不久，于謙就出生了，而于仁之所以給孩子起名叫「謙」，就是「以志夢中遜謝之意」，就是說對于文丞相的盛意，他心里還一直惴惴受之不安。
于謙自從土木之變以後，發誓不和敵人共生存，經常住在值班的地方不回家。
于謙一向有痰癥病，明代宗派太監興安、舒良輪流前往探望，听說他的衣服、用具過于簡單，下詔令宮中造了賜給他，所賜東西甚至連醋菜都有了。
于謙又親自到萬歲山，砍竹取汁賜給他，有人說明代宗太過寵愛于謙，興安等說︰
「他日夜為國分憂，不問家產，如果他去了，讓朝廷到那里還能找到這樣的人？」
到抄家的時候，于謙家里沒有多余的錢財，只有正屋關鎖得嚴嚴實實，打開來看，只有朱祁鈺賜給的蟒袍、劍器。
于謙死的那天，陰雲密布，全國的人都認為他是冤枉的，有一個叫朵兒的指揮，本來出自曹吉祥的部下，他把酒潑在于謙死的地方，慟哭。
曹吉祥發怒，鞭打他，第二天，他還是照樣潑酒在地表示祭奠，都督同知陳逵被于謙的忠義感動，收斂了他的尸體。
過了一年，于謙的養子于康將其歸葬于杭州西湖南面的三台山麓，陳逵是六合人，曾被推舉為有將領之才，是從李時勉門下舉薦的。
皇太後開始時不知道于謙的死，听說以後，嘆息哀悼了幾天，英宗也後悔了。
于謙已死，由石亨的黨羽陳汝言任兵部尚書，不到一年，所干的壞事敗露，貪贓累計巨萬，明英宗召大臣進去看，鐵青著臉說︰
「于謙在景泰朝受重用，死時沒有多余的錢財，陳汝言為什麼會有這樣多？」
石亨低著頭不能回答，不久邊境有警，明英宗滿面愁容，恭順侯吳瑾在旁邊侍候，進諫說︰
「如果于謙在，一定不會讓敵人這樣。」
明英宗無言以對，這一年，徐有貞被石亨中傷，充軍到金齒口，又過了幾年，石亨亦被捕入獄，死于獄中。
曹吉祥謀反，被滅族，于謙事情得以真相大白，明憲宗成化初年，將于冕赦免回來，他上疏申訴冤枉，得以恢復于謙的官職，賜祭，誥文里說︰
「當國家多難的時候，保衛社稷使其沒有危險，獨自堅持公道，被權臣奸臣共同嫉妒，先帝在時已經知道他的冤，而朕實在憐惜他的忠誠。」
這誥文在全國各地傳頌，公元1489年，采納了給事中孫需的意見，追贈于謙為特進光祿大夫、柱國、太傅，謚號肅愍，賜在墓建祠堂，題為「旌功」，由地方有關部門年節拜祭。
公元1590年，于謙改謚為忠肅，杭州、河南、山西都是歷代奉拜祭祀不止。
公元1751年，乾隆帝南巡，為于謙題寫匾額「丹心抗節」。