根據之前已經確定的平假名，再補充其他的，加上推測，燭台下的暗號就是螺旋槳，指的是那架模型飛機。柯南又補充了部分信息，「看螺旋槳。」元太道，「飛機的暗號畫在螺旋槳上面。」螺旋槳上的確畫有暗號，光彥和元太合作，用剛才的方法，如法炮制，得出螺旋槳的暗號，「看油畫。」柯南終于明白了，「原來這些暗號，全部是別墅的某一樣東西，前面再加一個看字。就是說跟著這個提示，可以找到某樣東西。是個用暗號才能找到的某樣隱藏起來的東西。」千鈞已經哈欠連連，「果然，破解暗號不是我的長項。」
偵探團大喜，「真的嗎？」他們仿佛看到金山銀海。元太大叫，「讓我們把暗號解開，然後獲得寶藏吧！」幾個孩子一起舉手歡呼。博士低聲問道，「喂，這里真的藏有寶藏嗎？」柯南嗯了一聲，「雖然不知道是不是寶藏，不過這里一定隱藏著什麼東西。」千鈞走進里面房間，「我太困了，你們慢慢找吧，我去那張床上睡一覺，找到了謎底喊我一聲就行。」柯南譏諷，「你真是的，這麼有意義的挑戰性活動，你卻一點興趣也沒有。」千鈞道，「嗦，我又不是你！」
柯南領著偵探團繼續找暗號，步美解讀了碟子的暗號，「看花瓶。」元太解讀了法文字典的暗號，「看暖爐。」光彥解讀了機關人偶的暗號，「看酒杯。」柯南在紙上畫起來暗號與平假名音圖表的對應關系，「到目前為止，知道的文字有17個，其他空白部分要用其他圖案來推理。」文乃好奇，「你在寫什麼？」柯南遞給大家看，「這是暗號的解讀表。」步美接過來，「哇，好棒啊！」
柯南道，「這樣看，就可以發現，太陽、星星、月亮這5個圖案分別代表aiueo(やゆよりれ)各段，然後它們根據同一規則，橫向變化。例如太陽和星星，它們周圍尖尖的部分是按照順時針順序逐一減少，而月亮也按照順時針方向缺角。至于圖形右下角的黑點，只是圖形不夠用才加上去的。」阿笠大叫，「納利霍德（原來如此）！」柯南在上面填充，「然後利用這個解讀表，把所有暗號解讀出來，就是這個樣子！」
大家看過去，按照柯南畫的順序，碟子（看花瓶）——花瓶（看燭台）——燭台（看螺旋槳）——螺旋槳（看油畫）——油畫（看唱片）——唱片（看人偶）——人偶（看酒杯）——酒杯（看撲克牌）——撲克牌（看法文詞典）——詞典（看暖爐）——暖爐。文乃喜道，「柯南真棒！」孩子們大叫，「是暖爐！」元太道，「那寶藏就是藏在暖爐里面了！」大家跑到暖爐前面，元太向里望去，「什麼也沒有啊！」文乃看見了，「看，有暗號，刻在暖爐里面的地板上。」柯南急忙讓步美把暗號解讀表拿過來，步美拿過來遞給柯南。
柯南按照解讀表解出暗號後有些吃驚。元太問道，「喂，是什麼意思啊？」光彥道，「快點說啊！」步美和文乃也連聲催促，博士也好奇，「別賣關子了！」柯南慢慢道，「看碟子。」孩子們一起大叫起來，博士道，「碟子？是最初那個碟子嗎？」元太道，「什麼嘛，這樣不就又回到原點了嗎？」光彥道，「我們被這些暗號給耍了。」文乃道，「是循環啊！」步美失望，「不會吧？」博士也很郁悶，「討厭的惡作劇啊！」
柯南不信，「惡作劇？怎麼可能呢？會有人使用這種可能解不開的復雜暗號，搞惡作劇嗎？但是照著暗號來看，確實是這樣。難道這個解讀表有什麼地方弄錯了嗎？不可能啊，一定有什麼東西沒發現。這些暗號順序中，一定有什麼真正的含義。」外面有個凶相畢露的男子，在陰森森地向房間里窺視。阿笠道，「沒辦法，在警察來之前，大家先把東西放回原來的位置吧。」孩子們很沮喪，只好照辦。柯南還在思索，「如果照著前面的順序，把碟子、花瓶的第一個字連起來的話……這是什麼東西啊？看都看不懂。」
步美和文乃把碟子、花瓶、燭台依次放回原位。柯南猛然想到，「難道是英文嗎？還是不可能。」文乃問起飛機是放在哪里的，步美記得是在寢室里面。博士道，「原來是放在花瓶旁邊的，後來是我拿到寢室去的。」文乃就把飛機放回了花瓶旁邊。柯南還在試探，「英文、法文、德文……沒有一個像樣的，還是沒有頭緒。」步美把人偶放在了壁櫥里面。博士道，「柯南，你也來幫幫忙吧，不要坐在房間中央。」柯南問道，「博士，撲克牌原來也是這房間里面的吧？」博士道，「原來放在時鐘的下面，我就拿來用了。」
柯南道，「這麼說的話，畫有暗號的東西，原來都在這間房間里。等等，如果按照順序將它們串聯起來的話……連線剛好集中在房間中央的一點上。難怪步美和文乃一直在我身邊走來走去。奇怪了，房間的中央就是這里啊！但是一點可疑的地方都沒有。不在地板上的話……」柯南抬頭仰望，天花板上面是個吊燈，而且有溝槽。柯南立即把千鈞叫醒了，千鈞起來，「暗號解開了？」柯南道，「快點過來，需要你幫忙。」
千鈞來到外面，柯南指示，「看到上面吊燈的那個溝槽了嗎？你抓住吊燈的下面，轉動一下試試。」千鈞點頭，伸出手臂，剛剛夠到吊燈下面的鐵鉤，用力慢慢轉動，溝槽與吊燈下面吻合時，發出鏗鏘的聲音，隨後別墅發出了奇怪的巨大響聲。孩子們也都很吃驚，「怎麼了？」「到底發生什麼事情了？」千鈞皺眉，「二樓好像有什麼東西掉下來了。」柯南帶頭向上跑，「去看看！」大家緊跟而上。千鈞落在後面，他這次發現了，有個男子在窗戶外窺伺。
柯南帶頭來到樓上，步美道，「沒有東西掉下來啊！」柯南回憶位置，「房間的正上方是……這個房間！」推開門，柯南吃了一驚。後面元太問道，「怎麼了，柯南？」帶著鎖鏈的樓梯搭在房間里面。步美叫道，「房間里竟然有樓梯！」柯南道，「原來如此，我明白了。那個暗號是暗示天花板正中央的吊燈上有機關。也就是指這個隱藏的樓梯。」阿笠道，「我听說伯父喜歡這種機關，想不到竟然真的有這種東西。」元太大喜，「難道寶藏就在樓梯的上面？」柯南笑道，「嗯，上面肯定隱藏了什麼東西。」元太帶頭沖上去，「太好了，走吧！」
來到上面，漆黑一片，元太嚷嚷奇怪，文乃說太黑了，步美也道，「什麼都看不見。」博士找到了窗戶的位置，打開窗戶，亮光照射進來。柯南發現，地上有雕刻過的幾枚一元硬幣散落，還有一些畫油畫的顏料。步美隱約看到桌子上似乎有什麼東西，元太喜道，「是寶藏嗎？」4人興沖沖地走過去，看到東西卻嚇得魂不附體，癱倒在地。柯南疑惑，「怎麼了？」幾個人結巴，「骷……」柯南抱怨，「什麼啊？說清楚一點嘛！」步美尖叫出聲，「是骷髏！」柯南和博士一起叫起來，「什麼？」
二人走過來，柯南上前檢查，那是個死人趴在桌上，已經變成了骷髏，但頭發還在，頭下壓著日月星的暗號圖紙，似乎是未完的信。阿笠博士驚疑，「這人是誰啊？」柯南道，「我不是說過嗎？這里住著一位手指靈活的老人。刻一元硬幣和畫暗號的人，一定是他。」博士問道，「他是被殺的嗎？」柯南搖頭，「不，他是在寫信給你姑姑的時候去世的。」柯南找到了小藥瓶，「他的心髒似乎不大好。」博士奇怪，「但是他為什麼會在這個房間里呢？知道這里的應該只有伯父和姑姑才對。」
柯南道，「應該還有一個人吧。你伯父去世前曾經出現在這里的人物。」博士一愣，「伯父去世前？咦，那個畫家？」柯南道，「對，暖爐旁邊你伯父和姑姑的畫像，就是畫那幅畫的畫家。我想他大概是在畫畫時，听你伯父提起過這個房間的事情吧。」博士問道，「但他為什麼要住在這里呢？而且還要用暗號寫信寄給姑姑。」柯南在房間找到了一樣東西，扔給博士，「我想大概是因為這個吧。」博士接過來，這是一個類似于方磚的東西，「這是……20元美鈔的模板！假鈔！」
柯南道，「對，大概是受人委托制作的，但是後來可能良心不安，便和模板一起消失，為了躲避某個人才偷偷住在這里的。之所以寫信給你姑姑，是想感謝她讓他能住在這里。會用暗號，是不想讓別人知道他躲在這里。」博士道，「那麼，姑姑所說的偷信的那個人……」柯南道，「對，應該就是制造偽鈔的委托人，也是將博士藏起來的玩具破壞的人。」樓梯上傳來沉重的腳步聲，一個中年男子走上來，「高明，完全正確！」孩子們大驚，急忙躲在柯南後面。
男子名叫奧田倫明，渾身殺氣，留著短須，右手持槍，「好不容易找到他，以為可以得到那個模板，沒想到里面竟然是玩具。所以我把它們給割爛了。因為我听說他和別墅的主人很熟，所以一直懷疑他還躲在這里，就跑過來看看。沒想到還有這個秘密房間。謝謝你們這些小孩了！」柯南惱怒，準備反擊。奧田舉槍準備射擊，一道亮光閃過，奧田的手槍一分為二，奧田被重重擊倒在地上。千鈞出現在身後，右手所持，正是七夕劍。千鈞笑道，「這就叫做螳螂捕蟬黃雀在後！笨蛋匪徒！」
孩子們一起歡呼起來，柯南松了口氣。奧田沒有想殺人，主要擔心開槍打中模板會造成損壞，當然，他一旦拿到模板後，絕對會殺人滅口的。奧田掙扎問道，「你什麼時候跟在我身後的？」千鈞道，「從機關觸動後，我一直就跟在你後面，就像你跟在孩子們後面一樣。」奧田震驚，「怎麼可能？我一點也沒有察覺。」千鈞搞怪笑道，「因為我會隱身術，哈哈……現在報警，然後送他去警視廳吧！」柯南卻知道了這家伙的名字，「奧田倫明先生，你找這個模板很多年了吧？」奧田驚異，「你怎麼會知道我的名字？」
柯南笑道，「是這位畫家告訴我的。」奧田納悶，「他已經是尸體了，怎麼會呢？」孩子們害怕起來，以為真有亡靈。博士問道，「你怎麼知道他的真名的？」柯南道，「是畫家那封寫了一半的信，里面的暗號所寫的。[我不想把這件藝術品交給奧田倫明]。」千鈞已經用繩子將奧田牢牢捆住，「原來如此。」博士道，「畫家是想把這個假鈔模板交給姑姑保管，才留下表明自己藏身別墅的暗號。」千鈞問道，「你姑姑現在人呢？」博士有些遺憾，「去年去世了，享年76歲。而且還一直單身呢。」
柯南掀開了畫家身側的畫像，畫面上是個美麗的女子，正是阿笠定子的畫像。千鈞感嘆，「說不定不只是為了答謝她而已吧！」柯南也贊同，「也許就是在畫像時，他們彼此相愛了吧。這可惜這份愛，他們一直保存在心里，都沒有講出來。」博士納悶，「啊？」柯南道，「沒什麼了。他們都不在了，這些都無法推測了。千鈞，快報警吧！」
兩個小時後，佐藤、高木警官等人帶隊趕到，逮捕了奧田倫明。簡單做完筆錄後，千鈞和阿笠博士帶著少年偵探團踏上歸途。由于太困了，孩子們都在車上呼呼大睡，柯南也哈欠連連。博士還是不大明白，「你爸爸說的那句話，[博士就像太陽一樣]。之後有一段時間他都叫我太陽博士。」柯南撇嘴，「什麼嘛，原來是這件事。那只是比喻而已，比喻！好玩罷了。」博士疑惑，「比喻？」柯南拿出那張暗號表，「用它來拼寫博士的名字……你看，[阿笠]全是太陽！」博士哈哈大笑，「原來如此！太好玩了！我是太陽博士！」
尾聲，奧田倫明因強迫他人制作偽鈔、非法持槍等一系列罪行，被法庭判處15年徒刑。少年偵探團因破獲該起假鈔案件，警視廳給以c級獎勵。說起阿笠定子與畫家的純美愛情，靜楊、直子、小雅等人都感動萬分，同時也為他們最終沒有結合而感到遺憾。
灰原卻對柯南帶回來的日月星暗號有些興趣，還夸獎了柯南幾句，繼而嘲諷博士，「外人住在自家別墅好多年，都沒發現，你可真夠大條的。」阿笠博士尷尬，「我平時又不怎麼去，怎麼能怪我呢？」千鈞笑道，「博士繼承一棟50年不能動的別墅，已經夠郁悶了，怎麼會關注里面的情況呢？」灰原莞爾，「等50年滿後，別墅卻不得不重建了。」博士郁悶，「誰說不是呢？姑姑讓人住在里面，卻一直沒有告訴我。」梅琴感慨，「也許她不想博士知道那個秘密吧！而且還把這個秘密隱藏到了過世，那份真情超越了生死時間啊！」