小五郎推理，那天雅美用吃午飯當借口離開銀行，繞到門後，也加入了搶劫之中。小蘭問，「為什麼銀行職員要搶錢？」小五郎也感到很奇怪，不明白為什麼。以雅美和千鈞的關系，真要需要錢，大可去找千鈞借。在案件發生後，雅美就主動辭去了銀行的工作，而且是早上遞出的辭呈。讓警方更懷疑的是，雅美到這家銀行上班也不過才半年的時間，柯南道，「如此說來，她是為了犯案先去打探狀況的，這麼想比較自然吧。」小五郎點頭，「就是這麼回事。」
柯南認為毛利和目暮的推理大致沒有問題，但其中還有幾個疑點。而千鈞在這天也不知道跑到哪里去了，很可能是去找雅美求證了。柯南思索，一個縝密的歹徒會把自己的口紅丟到案發現場嗎？花了半年的時間打探銀行的狀況會敗在這一舉動上嗎？而且面罩上沾到口紅的位置不對，似乎太低了。那里不是嘴巴，反而像是下巴的位置。
如果雅美戴過那個面罩，上面應該有雅美的化妝品味道，可是上面根本沒有。柯南覺得千鈞應該也發現了這兩個破綻，獨自去找雅美求證了。換句話說，犯下這個案子的歹徒另有其人，想把所有的罪名都推到有前科的雅美身上。柯南覺得不妙，隱約覺得要出事，匆匆離開偵探事務所。小蘭驚叫，「你要去哪里啊？」小五郎不屑，「不用管，這個小鬼又要去胡鬧！」
柯南很快用毛利的聲音打電話到警視廳，從目暮警官那里要來了廣田雅美的住址。目暮說他們已經搜查過了，但還是告訴了地址。柯南很快來到雅美所住的公寓，503號房間。柯南听千鈞提到過，雅美的鑰匙放在門前不遠處的花盆下面。柯南找了一下，順利找到了那把鑰匙。柯南進入後，發現雅美的房間非常整潔干淨。柯南有些著急，他認為雅美可能已經危在旦夕了，偏偏千鈞突然聯系不上了。柯南從雅美家的插座後面找出了一把保管箱的鑰匙，「這恐怕是雅美藏被搶現金的地方。」柯南發覺不對勁，後面突然出現一個靚麗的人影，將柯南打倒在地。
雅美低身撿起鑰匙，轉身向外走，柯南努力想爬起來，「不可以去，雅美小姐！」雅美轉過頭來，柯南這才發現雅美的真實容貌，是那樣的美麗漂亮、氣質俱佳，難怪千鈞那麼喜歡她。柯南忍著痛，「去了的話，會被殺的。你如果出事，千鈞一定會非常難過的。」雅美露出淒然的表情，「我知道，對不起了，柯南。見到千鈞，替我說聲對不起，我辜負了他的一番情意，如果真的有來生，我願意用一切來報答他。」說完話，雅美走了出去，柯南想要阻止，卻是動不了了。等柯南恢復過來，追出門口，已經失去了雅美的蹤跡。
柯南趴在5樓的樓梯欄桿上，看見雅美上了一輛紅色的汽車。柯南急忙用彈弓將信號器射了出去，粘在車後，柯南大喜，打開追蹤眼鏡利用滑板進行追逐。柯南覺得雅美好像又被什麼人給利用了，「不過，後面的黑幕到底是誰？」黃昏時分，雅美將車開到一間倉庫附近，周圍好像也沒什麼人。雅美下車，掏出一把手槍，毅然走進了前面的倉庫，「你們在哪里，快點給我出來！」
琴酒的聲音從門口傳來，「辛苦了，廣田雅美！不，宮野明美！」他的身邊站著的赫然是獰笑的伏特加。明美咬牙，「我可以問一個問題嗎？你們為什麼要殺他們？」二人一起大笑，琴酒哼了一聲，「這就是我們一貫的作風。好了，你可以把錢交過來了。」雅美道，「錢不在這里，我把它放到另外的地方了。」伏特加大怒，明美提出要求，「在這之前，我的妹妹，先把我的妹妹帶過來。我們是事先約好的，這工作結束後，你說過讓我們姐妹月兌離組織的。」
琴酒冷笑，「你真是個白痴女人，這是根本不可能的。怪不得找個男朋友，都是fbi的人，那些虛情假意竟然把你迷倒了。」明美也隱約知道這件事情，眼里都悲傷，「他至少不是個壞人。」伏特加大笑，「那個家伙本來就是有女人的，為了接近組織才刻意跟你交往的。」琴酒打斷伏特加，「不要跟她說這些廢話了。你妹妹在組織里算是頭腦頂尖的人，她跟你完全不一樣，組織非常需要她這樣的人。」
明美這才知道，她又被騙了，「那你們一開始就……」二人一起大笑，琴酒掏出手槍，「快點，這是最後的機會。快說錢在哪里？」明美也舉起手槍，「你太天真了。殺了我，你永遠別想知道錢在哪里。」琴酒冷笑，「我看天真的是你吧！我早就猜到你把錢放入了托管保險箱。而且，我也說過，這是你最後的機會。」「砰」槍響了，明美倒在血泊中。伏特加低身從明美身上取出鑰匙，可是外面也傳來慘叫聲和槍聲。琴酒和伏特加都是一愣，「怎麼回事？」二人來到外面，一個黑衣手下跑過來，「不好了，龍魂使者突然殺過來了，大家抵擋不住了。」
伏特加大怒，「你們不是警戒了很遠的距離嗎？」手下驚駭，「最外面的人都突然無聲無息地被做掉了。」琴酒立刻明白了，「他听到槍聲，所以改偷襲潛入為強攻了！」伏特加火大，「對方只有一個人，難道你們都是紙糊的嗎？」話音剛落，就傳來清脆的槍聲和嘎然而止慘叫聲，潛伏的2個狙擊手一個頭部開花，一個頭顱飛到空中，血濺三尺。死神貼飛速而至，情人槍響，剛才報告的黑衣人無聲無息倒在地上。琴酒和伏特加依靠本能，立即感覺到危險，一起開槍的同時，向兩邊閃避，「砰」地一聲伏特加倒在血泊中。琴酒大駭，急忙隨手扔出一個閃光彈和煙霧彈，扶起伏特加向後避去。
龍魂使者的視線受到了影響，追來的子彈打掉了琴酒的帽子，另一發子彈擊中了琴酒的大腿，一向殺人如麻的琴酒第一次感覺到了死神的逼近。手持紅色瀝血劍的千鈞剛剛越過煙霧，就感覺到危險，2個狙擊手出現在附近，一男一女，黃色頭發的女子是基安蒂（基安蒂是一種意大利基安蒂地區的世界馳名的紅葡萄酒），蘑菇頭，左眼下畫著一只蝴蝶翅膀。戴帽子的男子是科恩，臉色陰沉。二人同時在遠處開槍，千鈞閃身躲過子彈，瀝血劍彈飛另一顆子彈，並用特制的手槍開槍反擊。基安蒂和科恩的狙擊鏡被瞬間擊碎，二人大驚，如果不是他們的鏡子是特制，剛才的子彈就會打入眼里丟掉性命。二人立即分別扶著琴酒和伏特加退入密道。
千鈞心里充滿怒火，這次他沒有保留實力，快速追至，但是一些嘍拼命阻擋，耽誤了一點時間。琴酒咬牙，發動了遙控爆炸裝置，這是用來在緊急時刻徹底摧毀秘密聯絡站的辦法。整個倉庫周圍的建築都發出驚天動地的爆炸，火焰熊熊燃燒。四人驚魂未定，沿密道逃了出來，剛出密道，伏特加大吼，「快炸掉密道！」轟地一聲，整個密道也被摧毀，四人一起躺在地上喘氣。基安蒂驚駭，「那人還是人嗎？怎麼可能做到？」科恩也後怕不已，「要不是有這條密道，我們早就被他殺死了。」伏特加哀嘆，「我們那些身經百戰的部下全都完了！」琴酒忍住腿上疼痛，「我們必須馬上轉移，龍魂使者如果沒被炸死，肯定會追來。」
伏特加有些不信，「這麼巨大的爆炸，怎麼可能不死？」基安蒂和科恩也贊成伏特加的看法，琴酒搖頭，「如果是普通人，自然是必死無疑。但對方是超級戰士，被炸死的可能最多只有50%。再說，這麼大動靜，秘密調查局的人肯定會被驚動。」三人都明白了，「可惡的山本一夫，怎麼總是陰魂不散地追著我們！」黑暗組織最近已經很久沒有這樣的大行動了，就是被秘密調查局打壓的結果，沒想到這次剛剛開始有所動作，就出了這麼大的事情。組織恐怕又不得不潛伏很長一段時間了。
千鈞根本不懼怕那些爆炸，他完全可以順著密道以土系力量追上黑暗二人組，但他更擔心雅美的安全。他的記憶碎片沒有基安蒂和科恩的印象，因為他們在原著劇情里出場次數較少，千鈞只是覺得這個兩個狙擊手比較厲害些罷了。在火中千鈞闖入倉庫，發現雅美已經被燒傷，身體也中槍了。千鈞大驚失色，上前仔細查看，還好，還有一絲微弱的氣息。千鈞立即將生命原力打入雅美體內，然後飛速撤退。沒有什麼事情，比朋友的生命更重要，千鈞暗道，「琴酒、伏特加，我就先留著你們這2條小命，下次絕對讓你們下地獄！」不過，走的時候，千鈞將雅美身上的衣服和東西都扔到了倉庫里，他要讓所有人都認為雅美已經葬身在這里。
柯南追到不遠處時，突然發現發信器失去訊號了，緊接著就听到遠處傳來的爆炸聲，熊熊的烈火在黃昏下格外耀眼。柯南整個驚呆了，這麼大的手筆，難道是自己一直追尋的黑暗組織嗎？秘密調查局的人馬率先趕到，隨後警方、消防隊的各路人也陸續來到。連毛利父女也聞訊趕來，所有人都被爆炸和大火嚇住了。等到烈火撲滅，拆彈組確認沒有危險後，大家才進去開始調查取證。
很快，大家一致認為，廣田雅美卷入了地下組織的暗戰，被炸得粉身碎骨，連衣服都被燒得只有一點痕跡。經過最後見過她的柯南辨認，的確是雅美身上的衣服。警方又找到了一些雅美的其他物品，其中有她房間的鑰匙。但是，雅美帶走的那個托管鑰匙卻不見了。柯南還記得那個鑰匙號，警方立即派人去那里埋伏，但始終沒有等到人來取。後來，發現箱子里面是空的。
山本一夫這次沒有親自來，原來他有任務去廣島調查另外一個地下組織了。秘密調查局的臨時負責人就跟目暮警官商量，調查火並組織的事情轉交給調查局，警方負責追繳銀行失竊的錢幣。目暮警官猶豫一下，答應下來。這時，千鈞開車從遠處趕到現場，「目暮警官，我找到那些錢了，雅美小姐是清白的！」目暮警官等人詢問，千鈞聲稱自己在米花車站的保險箱里找到那筆錢，現在就放在自己車上。柯南也說出了嫁禍雅美的破綻，目暮和毛利等人這才明白過來，「看來，他們是想嫁禍給有前科的廣田雅美，在這里殺她滅口。不過，好像隨後，發生了火並……」
最後，警方以歹徒火並中殺死了無辜的雅美結案，被搶的現金也安全收回。整件案子看上去結束了，但柯南認為事情絕沒有那麼簡單，秘密調查局涉及到的案子都是那種非常恐怖的驚天大案，弄不好就與黑暗組織有關。千鈞坐在地上，放聲大哭，小蘭在旁邊低聲安慰，心里也充滿了傷感。大家的心里也都不好受，千鈞剛剛與雅美重逢，緊接著就是生離死別。後來，還是佐藤通知了由美，由美開車將失魂落魄的千鈞送回了家里。
當天晚上，秘密調查局就開始代號為「追兔」的行動，琴酒的那些死去的手下還是留下了一些蛛絲馬跡。這天晚上，整個東京很多地方都發生了激戰，黑暗組織的部分秘密聯絡站和據點被徹底摧毀。琴酒反應很快，大部分人員順利撤離了，也有部分情報人員被擊斃和捕獲，不過，那些人都知道的有限。對于這些損失琴酒雖然覺得有些可惜，但並不在乎，真正讓他心疼的是，是被龍魂使者殺死的那些直系部下，他們可都是百戰精英，那不是一朝一夕能再補充上來的。這些人的損失，也直接影響到琴酒在組織中的地位，組織的boss對琴酒這次的失敗非常惱火，勒令他反省，這幾個月都不準有任何行動。