1998年的鐘聲敲響，新的輪回時間出現，所有人都在走向未知的命運。千鈞和文良一起到警視廳遞交警方特別協助人員的去年總結。高木警官幫著二人處理完那些手續後，笑道，「我今天跟你們介紹個新同事，是我的搭檔，千葉警官！」胖胖的千葉警官上前，「你們好！我早就听高木說過，你們曾經多次幫助我們警方破案。」千鈞和文良一起回禮，千鈞暗道，千葉警官也終于來了，目暮的班底人馬都到齊了。
不在場證明，暗號，作案手法，教義，一個充滿神秘的黑暗組織，也再次伸出了魔手。柯南跟隨毛利和小蘭來四菱銀行辦事，毛利小五郎想要把去年的帳清一下。柯南拿著一本推理書坐在椅子上，猛然抬頭看見銀行的辦事員，竟然是失蹤許久的廣田雅美。雅美低頭看了看手表，似乎有些焦急。柯南疑惑，她怎麼到這里來了？隨後，柯南用耳環手機通知了千鈞，「我找到了廣田雅美了，她就在四菱銀行上班……」千鈞激動萬分，「好，她終于出現了，真是的，我馬上過去。」千鈞對雅美一直有一種親近感，雅美出獄後不辭而別，讓他非常難受。現在，突然有了消息，千鈞的心情可想而知。
這時，小蘭從後面走過來，「讓你久等了，柯南。」柯南問偵探費都存進去了嗎？小五郎搖著存折哈哈大笑，「而且還匯入一大筆哦！匯款的數量多得把存折都打滿了，哈哈……」柯南驚嘆，「太好了！那我們找個地方吃完午飯再回去吧。」小五郎點頭，「好吧，我已經好久沒有在中午好好大喝一頓了！」小蘭立即給興奮狀態的毛利潑了冷水，叉腰怒吼，「我們現在談得是午飯！」毛利不屑搖頭，「我現在得去換一張新的存折了。」柯南汗，「真是受不了這個酒鬼！」
毛利看到戴眼鏡的廣田雅美，大喜過望，「美人！這位小姐，要麻煩你一下，請你幫我把這本存折，另外換一本新的。」雅美被嚇了一跳，這才發現毛利早就不記得自己了，其實也難怪，上次的事情都過去n個月了，小五郎又神經大條，雅美當時委托案件時也是化妝，所以沒有認出來。雅美擔心被識破，「這位先生，實在抱歉，請你到那里取一張號碼牌後，輪到你的號碼，再來辦理吧。」小五郎有些尷尬，「看來要排隊才能辦理啊！小姐，請你等我一下，我會馬上回來。」說完，小五郎匆忙跑去取號碼牌。
雅美低頭看表，柯南走過來，「雅美姐姐，你怎麼了？」雅美吃了一驚，「原來是柯南啊！」柯南問她為什麼從一開始就一直看手表，雅美笑道，「因為現在業務有點忙碌，我想知道還要多久才到中午。」說完雅美站起來，跟柯南說再見，匆忙離去了。柯南疑惑，小蘭低聲問，「她是誰啊？怎麼看起來有些眼熟？柯南，你認識她？」柯南點頭，「她是廣田雅美小姐，千鈞哥哥的紅顏知己，小蘭姐姐，你忘了嗎？我剛才問了其他人員，雅美小姐是最近不久才到這家銀行工作的。她平常待人很親切的。」
小蘭想起來了，「原來是她，我記得她曾經委托爸爸找人，那件案子結束入獄6個月後被釋放了。」旁邊傳來小五郎的驚叫聲，「不見了！那位美麗的小姐怎麼不在了？怎麼會這樣？」看著小五郎的丑態，柯南和小蘭覺得非常尷尬，色字當頭居然連自己的委托人都忘記了。小五郎還要排隊辦手續，柯南隨口說要去外面活動一下。小蘭叮囑他在外面要小心車子，柯南答應一聲，抱著滑板離去。
柯南走到四菱銀行停車場，听到里面傳來奇怪聲音，緊接著傳來一聲槍響和玻璃破碎的聲音，柯南大驚，急忙跑過去，躲在一輛汽車後觀察。原來是有搶匪來搶劫銀行的運鈔車。歹徒有2人，其中一人手持散彈槍，另外一人好像是手槍，正威脅著運鈔人員搬運鈔票。另外負責保護運鈔車的警務人員倒在地上，不知死活。柯南離得太遠，有些地方看不清楚。
柯南拿出偵探徽章，低聲呼叫千鈞，「快點，這里發生搶劫案了！」千鈞正在開車來的路上，文良就坐在旁邊。千鈞苦笑，「可惡，現在的罪犯都瘋了，怎麼動不動就去搶銀行！」文良急道，「你快點開，我們過去將他們抓住，又是一件大功！」
柯南剛剛放下徽章，身後傳來小蘭的聲音，「柯南，你在這里干什麼？」柯南大驚，發現毛利父女站在自己身後，搶匪也听到了聲音，臉色大變。毛利以為柯南在惡作劇，「好了，我們回去了。」這時，搶匪突然上車開車逃跑，那名岸井警衛大聲呼救，「快幫忙啊，強盜啊！」那輛車飛速駛過，小五郎急忙拉住小蘭躲開，「八嘎，這輛車搞什麼？」柯南大吼，「他們是搶運鈔車的搶匪！小蘭姐姐，你快去打電話報警！好像還有人受傷了，快去叫救護車。」說完話，柯南放下滑板追了出去，小蘭阻止不及。
毛利立即吩咐小蘭通知銀行的人，他去看那兩個受傷的警衛。搶匪的車飛速奔馳，柯南急追，「可惡，這什麼速度啊！我根本追不上，能跟著已經是全力了。千鈞，怎麼還沒有到啊！」千鈞很不幸，車被堵在路上了，他和文良氣得大吼大叫。隨後，搶匪的車不顧火車即將駛來，強行通過平交道，柯南緊跟其後，飛躍環狀線，結果失敗跌落在地，「可惡，被他們逃掉了。」
目暮警官、高木警官、千葉警官帶隊很快趕到了被搶現場，警察們開始調查取證。千鈞和文良也在平交道附近追上了柯南，可惜，已經失去了搶匪的蹤跡。三人無奈，先回銀行去跟目暮他們會合。這次被搶的金額高達十億，是從總行那里要分給分行的錢，全部被搶光了。柯南將搶匪的車號告訴了高木警官，高木馬上通知交通課的宮本由美等人立即開始排查。目暮發愁，「搶匪是兩名手持槍械的蒙面歹徒啊！」
千鈞去銀行里打听廣田雅美的事情，同事們說她離開後就沒有回來。千鈞只好悻悻出來，听取千葉警官的調查情況。那兩名受傷的警衛分別叫做小山和村田，都沒有什麼大礙。岸井警衛描述了整個過程，運鈔車到了的時候，他們打算按照計劃將現金搬下來，一聲槍響，打碎了防彈玻璃。岸井大驚失色，呼救外面的小山和村田，可惜沒有回應。岸井被歹徒用槍指著，他以為外面的人都遇害了，只好將門打開。
柯南卻有些疑惑，他記得當時听到槍聲後，他馬上就跑了過去，可是當時歹徒已經在搬運鈔票了，岸井應該沒有時間呼叫駕駛員和其他警衛才對。岸井向千葉告白，「警官先生，你應該能理解我吧，我當時也是出于無奈啊！」柯南突然插話，聲稱岸井叔叔的運氣不是一般的好，千鈞問他為什麼這麼說，柯南冷笑，「運鈔車裝的都是沒辦法看到里面的黑色霧玻璃，歹徒在看不到里面的狀況下開槍，不但沒有打到這位叔叔，還剛好打進裝零錢的袋子里面，讓子彈不會到處亂彈。不是岸井叔叔的運氣太好，就是他們事先已經知道那個袋子放在什麼位置。」
岸井听完頭上都是汗，千鈞點頭，「這家伙的確可疑。」文良也認為沒錯，岸井辯解，「你們在胡說什麼？真的不關我的事情。」這個推理，只是一個可能，千葉也沒往心里去。這時候，千鈞突然看見廣田雅美回來了，也沒有心情陪千葉調查案子了。銀行支店長見到雅美非常生氣，「這麼重要的時刻，你到底上哪里了？」
雅美低頭道歉，說自己換班出去吃午飯了。支店長抱怨，「現在的年輕女孩還真是的，你看看現在是幾點鐘了？難道說你的手表壞了嗎？」千鈞進去勸解，支店長認識千鈞，立即陪起笑臉。千鈞應付幾句，將雅美帶出來，「放心好了，大不了不在這里干了，回頭我給你介紹個更好的工作。」柯南想起雅美的前科，覺得還有一種可能。
高木警官匆匆進來報告，交通課已經找到了疑似搶匪的車輛，車子被扔在地奮河的河岸上，也就是tr線的鐵橋旁邊。目暮邀請大家一起過去看看，千鈞有很多話想單獨跟雅美說，雅美見他有事，「你先去忙吧，正好我也有些事情去處理。」千鈞有些不放心，雅美笑著將自己的住址告訴了千鈞，「你可以隨時去找我，我這次不會不辭而別的。」千鈞這才釋然，跟著大家一起前往車輛現場。
小蘭打算帶柯南回去，發現柯南又跑掉不見了，氣得叉腰大罵柯南。柯南跟著千鈞、文良他們也到了現場。現場的車輛上沒有找到任何指紋，車上有鋁合金的空箱子五個，明顯是用來裝錢的，上面也沒有指紋。另外，歹徒還留下2件關鍵的證物，是用過的面罩和手套，但是這些東西沒辦法檢驗指紋。柯南從千鈞身後跑過來，從鑒識手里奪過物證觀看，小五郎火大，「我不是先讓你跟小蘭回家了嗎？」
柯南弱弱說，「先不說這個，叔叔，你看面罩上好像沾了東西。」大家都是一愣，發現面罩下方的確沾了粉紅色的印記，千鈞疑惑，「這個好像是嘴唇上的口紅。」柯南有些想不通，從袋子里取出面罩翻看，證實了自己的懷疑，但立即被小五郎痛扁，「痛什麼痛啊，這麼重要的證物你拿去干什麼？你今天有完沒完？千鈞，你把這個小鬼看好了，真是的！」柯南被直接扔了出去，千鈞急忙將其接住，問柯南發現了什麼。
之後，這件案子開始以單純的搶劫案開始調查。但柯南覺得這件案子絕不是單純的搶劫案。柯南雖然說出了自己有不好的預感，但千鈞有些心不在焉。他在忙著廣田雅美的事情，顯然雅美的工作保不住了，他跟雅美和好後，就幫著雅美找新的工作。但雅美也總是心事重重，總是想辦法將千鈞刻意支開。千鈞幾次詢問，都被她擋了回去。千鈞見她心情郁郁，也不敢逼得太緊。
某個雨夜，從溫泉洗浴歸來的岸井警衛，看見後面開過一輛黑色的保時捷。車窗打開了，里面露出伏特加邪惡的笑容，以及黑洞洞的槍口。岸井臉色大變，幾聲槍響，岸井倒地身亡。車子飛速開走了。當夜，另外一名搶匪貝冢司郎也在家里被殺，凶手留下一支口紅。警方不久後就發現，搶匪都被殺死了。那個名叫貝冢司郎的搶匪，原本是個賽車手，所以開車那麼快，柯南那天怎麼也追不上。
警方從貝冢司郎家里搜出了銀行的草圖，以及運鈔車的時間表，還有就是筆記本上的逃亡路線圖。所有的搶匪都是被一把槍所殺，另外一個被殺的人就是岸井。警方由此推斷岸井就是搶匪的內應。岸井平時好賭，欠了一大筆債，那天他是專門負責為搶匪打開運鈔車車庫的。因為運鈔車的門，是不能從外面打開的。目暮認為，他們是被另外的歹徒殺死的，毛利認為有這種可能，但關鍵是那些錢現在還沒有找到，那個人很可能想要獨吞，所以將其他人都殺死滅口。目暮警官听取了大家的意見，正在向著這個方向調查。小五郎很是自信，「抓到這個歹徒只是時間的問題。」
小蘭問老爸為何這麼肯定，小五郎解釋，警方從貝冢的房間里，發現了一支粉紅色的口紅。經過鑒定，這支口紅與面罩上的口紅是同一支。目暮警官他們驚奇發現，這個口紅跟銀行的櫃台小姐廣田雅美用的是同一支口紅，這是通過千鈞和雅美的同事那里證實的。盡管千鈞堅持這件事應該與雅美沒關系，但目暮等人都已經知道千鈞與雅美的關系有些非比尋常，千葉懷疑二人有一腿，文良也覺得千鈞與雅美走得太近了，因此大家都認為千鈞的心情可以理解。