柯南很快發現高大男子進入了米花大飯店301房間，開門的人正是暗夜男爵。柯南剛打算呼叫千鈞，發現胖大嬸文代從另外一個方向走過來，大驚失色。柯南被堵在中間，暗道這次玩完了，再被他們捉住必死無疑，等千鈞趕到只有給自己收尸的份了。柯南躲在花盆後，焦急萬分。突然挨著花盆的房門打開，走出一對母子，母親要出去辦事，交待兒子把門鎖好。這位名叫正男的小孩揮手跟媽媽告別。柯南趁機溜入了正男的房間，躲過一劫。暗夜男責怪文代怎麼這麼慢，文代笑著隨口解釋。
正男翹著腳將門鎖好，發現了房間里喘氣的柯南，大叫，「小偷！」柯南急忙示意噤聲，「我不是壞人，其實我是來追捕藍波星宇宙壞人的宇宙偵探柯南！」正男仔細打量柯南，「亂說，你明明只是個小孩子！」柯南模著頭笑道，「那是為了掩人耳目，我才以小孩子的樣子出現。」正男根本不上當，要求看看柯南的真面目，柯南無奈只好說不行。正男大怒，「你果然是小偷，我要打電話叫警察叔叔來。」柯南一看不好，急忙用變聲器以正男母親的聲音說話，才成功忽悠過去，「嘿嘿，因為我是外星人，所以才能模仿任何人的聲音。」這次正男相信柯南真的是宇宙偵探，羨慕柯南的蝴蝶結很漂亮。
柯南隨後通知千鈞盡快到3樓來，自己決定先冒險進去刺探些情報。柯南先用正男房間的電話叫了東西，然後又借了正男的口香糖，正男奇怪他借口香糖干什麼，柯南想起千鈞的口頭禪，順口說，「這是宇宙偵探柯南的最高機密！」
301房間，服務員推著車送葡萄酒和餐飲過來，文代開門詢問，「奇怪，我們並沒有叫這些東西啊？」服務員疑惑，「剛才確實有電話打過來啊。」暗夜男讓服務員將車推進來，「也好，正好肚子餓了，大家充饑吧。」文代反對無效，暗夜男將服務員趕了出去，「少羅嗦，還不快點滾蛋！」服務員被嚇得夠嗆，「這人好可怕，好像要吃人的樣子。」暗夜男將房門關上，千鈞扮成魯邦隨手帶著一把普通的長劍也出現在走廊。
暗夜男發現房門的鑰匙孔上被粘上了口香糖，露出冷笑，將房門徹底鎖好。文代笑道，「我們先來干一杯吧。」暗夜男爵發出陰森森的笑聲，掏出手槍，「等等，我先向你們介紹另外一個客人。」高大男和文代都莫名其妙，文代隨後反應過來，「你說那小子，躲在餐車中？」文代蹲仔細查看，「搞什麼嘛，根本沒有。」暗夜男爵大笑，「餐車只是用來掩人耳目的，事實上，他躲在這里……」
暗夜男將衣櫃用力拉開，里面露出驚慌失措的柯南。柯南暗叫這下完蛋了，暗夜男爵冷笑著將槍頂在柯南頭上，「嘿嘿，你首先打電話叫服務員送餐，趁我們說話的時候，用口香糖粘在鑰匙孔上，讓自動鎖失效，好讓你外面的幫手能隨時攻進來。再趁我們將注意力放在餐車上時，偷偷潛入躲在衣櫃中。你以為我會上當嗎？實在太小看人了。」柯南惱怒，「少得意了，我還有手表麻醉針……」柯南奇怪手表沒反應，暗夜男爵嘲笑，「別白費心機了，昨天趁你昏迷時，我就把你這個機關手表給破壞了。」說完舉起手槍，「等你到天堂後再後悔低估敵人的下場吧，平成年代的福爾摩斯，工藤新一！」
柯南暗道死定了，千鈞一發之際，房間的門砰地一聲巨響高速飛來，重重拍在暗夜男爵身上。暗夜男慘叫著被擊暈在門下，文代和高大男當場鎮住了，還沒等反應過來，千鈞飛速沖入，運用氣感重拳出擊，打在高大男的頭部，高大男悶哼一聲斷成兩截倒了下去。文代大叫舉槍，千鈞飛身出劍擊飛文代手中的槍，柯南急忙大喊，「留個活口！」千鈞隨手擒拿，扼住文代的咽喉，文代大駭，想要說話，但是根本喘不過氣來，拼命掙扎。柯南松了口氣，危機終于解決了，「千鈞，你怎麼知道我有危險了？」千鈞好笑，「你忘了，你的偵探徽章一直是開著的，里面的動靜我在門口都听到了。」柯南才想起跟千鈞聯絡完後一直忘了關閉徽章了。
文代似乎想要說什麼，二人都沒注意。二人驚奇發現高大男斷成兩截竟然沒有一滴血流出來，柯南急忙上前查看。柯南把高大男的外套解開，驚叫出聲，里面的人竟然是被震暈的阿笠博士，自胸部以上都是道具。千鈞也恍然大悟，他還奇怪這個高大男子怎麼如此不堪一擊呢，原來上面全是假大空啊。千鈞皺眉，「我k，阿笠博士也是黑衣組織的人嗎？我還奇怪今天怎麼也找不到他了，原來是這樣。我們居然被他騙了這麼久，太可惡了！」柯南一臉黑線，「拜托，你動動腦子好不好，阿笠博士如果是敵人，我們早就被殺死n次了！」千鈞一愣，覺得柯南說的有道理，他的記憶碎片里也沒有涉及到阿笠博士是黑暗組織成員的信息。
千鈞將胖胖的文代扔到地上，文代大口喘氣，剛才差點就憋死了。千鈞冷笑，「說出你的名字，組織的基地、目的，包括你知道的一切情報，還有你們怎麼知道江戶川文代是柯南母親的。你如果有半句假話，死肥婆，我會讓你嘗嘗什麼叫做mq十大酷刑！」柯南也確認博士沒有什麼生命危險，抱怨千鈞干嘛這麼大力氣，千鈞也無奈，「當時情況緊急，我以為這個高大男子的戰力最強，所以出手就最重。還好我那一擊打在頭上，否則博士只怕已經骨斷筋折了。博士也真是的，從事這麼危險的活動，不事先跟我們說一聲……」柯南卻覺得事情有些蹊蹺，感覺有些地方不大對勁。
柯南從剛才的餐車上取出一瓶水給文代，文代接過來喝了一大口，終于緩過神來。千鈞也將門移開，暗夜男爵慘兮兮被砸扁在地上，千鈞將他的槍扔給柯南，「這家伙被徹底砸暈了，我倒是很好奇，究竟是誰假扮暗夜男爵？」說著千鈞將暗夜男翻過來，摘下了面具，「這個……那個……柯南，有些不對勁啊，怎麼像是工藤大叔？」柯南也很驚訝，「啊？什麼嘛，這不就是我老爸嗎？」一些想不通的地方現在也徹底明白了，而暗夜男爵本來就是世界首屈一指的推理小說家工藤優作創作的人物。
千鈞有些傻眼了，一種不太好的感覺蔓延上來，「那這個死肥婆是……」柯南也明白過來，文代站起來，「真是的，千鈞，你這個混蛋，居然罵我是死肥婆！我要殺了你！你干嘛用這麼大力氣，我剛才差點沒命，可惡，還打扮成魯邦的樣子來唬人……」文代將頭部的面皮裝飾撕去，露出一幅絕美的容貌，「媽媽！」「有希子大嬸，不不，有希子姐姐……」有希子笑出聲來，「連親生兒子和最好的朋友都看不出破綻來，我真是最好的演員！」柯南徹底明白了，「好哇，你們竟然合起伙來安排這個事件戲弄我……哈，現在嘗到苦頭了吧！」
看著工藤有希子臉色不善，千鈞急忙將工藤優作扶起來，輸入一點生命原力。柯南也將博士放好，用力掐人中，博士迷迷糊糊地醒過來，「哇！魯邦三世！咳咳，我剛才差點被打斷……」工藤優作也慢慢醒過來，千鈞不停向三人鞠躬道歉，有希子噴著口水吼著。千鈞暗自月復誹，真是的，優作大叔搞出這麼大的烏龍來，要是出手再重點後果就不堪設想了。外面的服務人員听到動靜跑過來觀看，看見房門都壞了，里面又是魯邦又是暗夜男爵的，不知道怎麼回事。千鈞急忙過去解釋，「我們正在拍戲，魯邦三世大戰暗夜男爵，不小心把門打壞了，我馬上加倍補償你們飯店的損失。」工作人員這才釋然，千鈞賠償了一大筆錢後大家動身離開，將工藤優作送到康閃診所救治。
淺井成實還是第一次見到大名鼎鼎的工藤夫婦，親自給二人做了檢查，有希子沒什麼大礙，休息幾天就好。工藤優作傷得不輕，但也夠不上重傷，身體有些部位有嚴重擦傷和輕微骨折，經過成實的救治後，再住院休息半個月即可。博士的問題也不大，回家稍事休息2天就行。成實忙乎完了後，問起他們是怎麼受傷的，千鈞只好胡扯，「是車禍意外了，優作大叔被壓倒在最下面，博士被震暈了，有希子姐姐脖頸也受到踫撞……」柯南也讓成實保密，「因為工藤叔叔和阿姨都是名人，不希望有太多的人知道這件事情……」成實點頭表示明白，「保護病人的**本來就是醫生的職責，何況我非常崇拜他們兩個哦！」
下午5點多時，優作徹底恢復過來，成實依然去外面忙乎其他病人的事情。柯南將成實的事情詳細告知了二人，優作和有希子都非常吃驚，他們都沒想到剛才那個溫柔美麗的女醫生竟然是位男子，甚至，剛才有希子見成實在優作身上模來模去還多少有些吃醋呢。千鈞問起他們怎麼突然跑過來搞出這麼大的事情來。有希子才苦笑著將前因後果告訴柯南和千鈞。
原來，工藤夫婦回到日本後，發現新一失蹤了，急忙找到了阿笠博士，知道了新一變小後的詳細情況。工藤優作和有希子、博士就聯手搞出這次的鬧劇，想試試柯南的推理能力如何，有沒有足夠的能力自保。結果非常精彩，柯南成功引開了工藤夫婦，從房子里逃了出來，依照優作留下的線索找到了米花大飯店，還成功地進入房間。
柯南氣呼呼地躺在病房的另一張床上，有希子笑著說，「好啦，別生氣了，爸媽也是擔心你嘛！」優作也笑出聲來，「你唯一失敗的地方就是在飯店房間里被我捉到，這些統統在我的意料之中！還有，你一直沒注意到吧，我那把槍里都是橡皮子彈！」柯南不服氣，「那我當時藏在2樓房間的儲物室里你也知道？」優作自得，「沒錯，你的推理能力勉強及格了，可惜不夠心細，虧我還特意扮成暗夜男爵的樣子。」柯南怒吼，「拜托！我哪有心情陪你們玩這種游戲！當時我差點以為自己死掉了……」
柯南突然笑出聲來，「爸爸，你也有算錯的地方，你沒料到千鈞會突然沖進來救人吧，結果就悲劇了……哈哈……」優作有些氣惱，「其實我故意讓你媽媽留下那個徽章就是讓你聯絡千鈞，在米花飯店時我也猜到你在外面的幫手必定是千鈞無疑。不過，我沒想到千鈞厲害到這種程度，就算是真正的魯邦三世也不過如此吧，我們三個都差點沒命了！」
千鈞哈哈大笑，「在絕對的實力面前一切陰謀詭計都是沒用的……」四個人都汗，優作正色對柯南和千鈞道，「你們這次成功其實完全是僥幸。如果真的是黑衣組織發現你們的秘密，采取的手段就不僅僅是這樣了。千鈞再厲害，人力也終有窮盡，不可能打贏一個龐大的組織，而且一次不成功，還有第二次、第三次……直到你們被他們徹底消減為止。」千鈞和柯南的臉色都凝重起來，二人雖然有些不服氣，但還是承認工藤優作說的不假。一旦柯南的身份暴露，組織一定會雙管齊下，一邊派出大量的殺手纏住頭腦簡單的千鈞，一邊派人去擒拿無力自保的柯南。二人當中只要有一個被擊破，剩下的一個都堅持不了多久。
優作見二人已經明白了問題的嚴重性，「所以你們現在安然無恙的前提都建立在秘密不被發現的基礎上。新一，還是趕快離開這個危險的國家，跟爸爸媽媽到國外去生活吧！這樣組織不會發現你仍然活著的秘密，千鈞和你的朋友們也就不會有危險。」柯南有些撓頭，有希子將柯南抱住，「你爸爸說的沒錯。我們是為了讓你了解到目前的處境有多危險，才自導自演了這出戲。」阿笠博士也點頭，「我也是明白了你父母的苦心，才配合參加的。」工藤優作繼續加把火，「你想要是我是黑衣組織的同黨，你現在早沒命了。」
千鈞反對，「新一，現在大敵當前兵臨城下，我們絕不可以未戰先怯。黑衣組織是非常強大，但也並非真的無敵天下，否則他們早就控制住整個日本了。我們現在有兩個優勢，一個是你變成柯南的秘密他們還不知道，這是我們最大依仗，想想看就算是組織的人也很難相信成年人變小這樣天方夜譚一般的事情吧。另外一個就是黑衣組織終究是非法的，永遠也不可能堂而皇之走在陽光下，行事自然有諸多顧忌。現在秘密調查局依然在努力查找他們，就算一時消滅不了他們，也足以讓組織無法順利擴張。還有，我們跟日本警視廳的關系非常好，隨時可以請求他們的全力幫助，黑衣組織再厲害也終究不敢明目張膽地攻打政府。」
柯南點頭知道千鈞說的不假，有些猶豫。工藤優作坦言，「新一、千鈞，還是太危險了，不管是黑衣組織還是秘密調查局，你們都是最弱的一方，根本無力參加這種高層次的角逐。日本警視廳對這種層次的犯罪沒有什麼太好辦法的。別擔心了，我有朋友在國際刑警組織（聯合國警署）工作，我已經委托他們全力調查黑衣組織，他們也非常重視。新一，等解藥弄到手你的身體就可以恢復了。所以，停止你的偵探游戲吧！」
柯南眼鏡閃過亮光，「不，我自己的事情我自己解決，你們不要插手！」工藤夫婦震驚，柯南大笑，「我是平成年代的福爾摩斯，怎麼可以在面對犯罪分子挑戰的時候臨陣月兌逃！這是我自己的戰斗，我要像福爾摩斯一樣把組織背後的莫里亞蒂抓出來，讓他徹底從世界上消失。我有最好的搭檔幫助，他會全力保護我的安全。而且，我還有無法離開日本的理由！」柯南想起小蘭期盼的樣子，麻美苦苦的守候，怎麼可以辜負她們的情意呢！
有希子非常生氣，極力勸阻，優作嘆了口氣，「算了，就由他去吧。新一，如果身份真的暴露，你要馬上跟我們到國外去，千萬不可再有僥幸心理啊！在這之前，千鈞，新一的安危拜托你了！」千鈞珍重點頭，「放心吧，優作叔叔，有我在，黑衣組織別想傷害到新一！今天這次演習，我也不過用了1%的力量而已！」工藤優作笑著點頭，以為千鈞只是在說大話，卻不知道千鈞第一次如此謙遜。有希子生氣，「老公！」工藤優作突然露出戲謔的笑容，「新一還有無法離開日本的理由啊！」柯南臉紅，「才沒有呢！」有希子也想到了，忍不住笑出聲來。
天色較晚的時候，千鈞開車回家，打手機通知靜楊她們可以回家了，陰陽師的法事做完了。可想而知，回到家的千鈞要面對三個女孩的滔天怒火，「陰陽師？」「鬼呢？」「昨天晚上你在哪里過夜？」千鈞剛想說回橫野家過夜的，小雅微笑，「剛才曉月來電話，說你昨天不在家里。」靜楊見千鈞還在準備撒謊，冷笑，「編，你接著編，博士也說你不在他那里，還說你可能在外面鬼混！」「那個，我去文良家，對對，我昨晚在文良家。」直子好笑，「是嗎？可是雲靈說她昨晚一直和文良在外面同居……」靜楊過去打他一拳，「別裝了，我們都問過了，你的那些狐朋狗友都說昨晚沒見到你！」
千鈞無奈之下只好實話實說，「我昨晚帶著黑閃在外面遛了一夜，真的，這次真沒有撒謊……哎呀……直子你又踩我……小雅別咬啊……」說實話的代價是千鈞被從屋子里趕出來，靜楊嬌斥，「千鈞，你今天晚上帶著黑閃繼續去遛吧！」直子也笑道，「這是我听到的世上最搞笑的謊話了！」小雅也批評，「怎麼撒謊的技巧退步這麼多，說句實話真的那麼難嗎？」千鈞欲哭無淚，這次說的真是實話啊。千鈞撥通由美的電話，然而由美笑著告訴他，「美和子非要今晚跟我同f不可，你改天再來吧。」掛斷電話，千鈞惱怒都是博士報復自己，今天晚上就去他那里對付一夜好了。
毛利偵探事務所，小五郎大驚，「什麼？你要又讓柯南回來住！」文代笑道，「是的，不好意思啊，這個孩子說什麼也不肯離開日本……」毛利偵探黑著臉打斷她，「江戶川太太，這個……」文代笑著拿出一張支票，「這是小南的撫養金和生活費，需要錢的時候就請你隨意動用吧，不用客氣！」大叔接過一看，大喜，「一百萬！」小蘭一愣，「拜托，爸爸，你好好看看，後面還有一個零！」小五郎有點暈了，「哇，是一千萬！」一千萬的生活費相當于七十多萬人民幣，工藤家真有錢。
小五郎的態度立即180度大轉彎，張著嘴大笑，「這麼可愛的孩子住在我家里，我也感到非常榮幸啊！我們都非常喜歡柯南，他住多久都可以！」柯南暗自月復誹，你不是喜歡我，是喜歡錢吧。文代鞠躬，「那小南就麻煩你了。」回過頭，文代抱住柯南交給小蘭，又不顧臉紅的柯南拼命使眼色，仔細叮囑小蘭，「小蘭小姐，這孩子拜托你多照顧了，小南真的很喜歡你啊！」小蘭抱緊柯南，覺得很高興，「真的，我也很喜歡柯南！」事情都交待清楚，文代對柯南擠了擠眼楮，笑著離開了。
大叔拿著支票還處在喜悅中，「干點什麼好呢，這筆錢花完，等再過12個月，還可以向江戶川太太再要一筆……哈哈……」小蘭走過去，將支票奪過來。小五郎大驚，「小蘭，你干什麼啊？」「這張支票由我保管了，以後柯南的生活費我會從里面支取。這麼多錢，足夠柯南上到小學畢業了！你別想拿錢去賭馬……」大叔的美夢瞬間破滅，「小蘭，你有沒有搞錯？我是你爸爸，我有權支配家里的所有收入……」小蘭冷笑，「柯南的生活都是我照顧的，你有關心過他嗎？再說了，我已經過了16歲，是成年人了，當然有權支配這筆錢。」大叔徹底歇菜了，貌似柯南的起居生活全是小蘭負責的，小五郎只好厚著臉皮讓小蘭施舍一點。小蘭實在受不了老爸，答應給老爸十萬作為補償，但不能拿去賭馬喝酒。小五郎覺得太少，小蘭寸步不讓……柯南無語了，大叔你也不至于寒磣到這個地步吧！
一個月後，工藤優作徹底恢復健康，和有希子離開日本，打算去環游世界。成田機場，優作說，「寫了一個月的稿子真是累死了，這次能丟開稿件逃出日本，太有趣了！」有希子擔心新一，優作說他頂不住會向我們哭訴的。柯南為了報復他老爸，用工藤新一的名義通知了所有的編輯部和記者，工藤優作就在日本準備離開。于是準備去旅行的工藤夫婦，被無數的人圍在機場座位上，原因是工藤優作欠稿太多了，「工藤先生，令公子打電話告訴我們你在這里！」「快點交稿吧，你欠我們出版社308頁！」「走開，我先來的！」「拜托，工藤先生！我們整個印刷廠都停工了，就等你的稿件！」……可憐的工藤優作忙得滿頭大汗，有希子被徹底冷落了，「真是的，又被兒子擺了一道！」優作打開電腦忙著碼字，惱怒道，「可惡的臭小子！」柯南卻在小蘭懷里偷著樂，還自得地打哈欠。