轉劇情
第1集
標題︰偽ベソ平和c.e.70年，追求政治經濟獨立的plant以「染血的情人節」事件為契機，與地球聯合之間正式爆發了武裝沖突。擁有ms的zaft軍在各地都對聯合軍取得了壓倒性的勝利，使得各方原先「地球軍將會以數量優勢取得勝利」的預測徹底落空了。11個月過去了，戰局依然呈現膠著狀態。基拉大和是在中立國奧布的資源衛星赫利奧波利斯上生活的一名普通的工業專科學校的學生。某一天，在前往研究室的時候，基拉被卷入了zaft軍奪取高達的作戰之中。利用突襲所產生的混亂，zaft軍很快奪取了5架高達中的3架。此時，正在尋找避難場所的基拉偶然發現了剩下的兩架高達，而前來奪取高達的zaft軍人之一，竟是他幼時的好友阿斯蘭?薩拉。
第2集
標題︰ガソ名ゾヮ⑦Фу基拉與地球聯合軍的軍官瑪琉一起乘上唯一未被奪走的強襲高達，離開了陷入爆炸之中的工場。但是，zaft軍的ms正守候在工場外面。負傷的瑪琉無法操作強襲高達，危急時刻，基拉代替瑪琉開始駕駛強襲高達，並修正了高達的操作系統。潛在能力被解放出來的強襲高達輕而易舉地擊破了zaft軍的ms。然而，危機解除後，基拉和他的朋友們卻被瑪琉以涉及軍事機密而「挾持」。同一時刻，前來接收高達的大天使號的殘余人員在娜塔爾少尉的帶領下，啟動了大天使號；得知消息的穆也回到了赫利奧波利斯的內部對大天使號進行援護。大天使號與zaft軍就在殖民地衛星的內部展開了激戰。
第3集
標題︰崩?ソ大地在與zaft軍的拉烏激戰的時候，基拉駕駛強襲高達將赫利奧波利斯的壁轟開了一個大洞。驚訝于強襲高達的威力的拉烏選擇了撤退。吉良等人登上了大天使號。正當眾人驚詫于駕駛強襲高達的基拉只是個孩子的時候，穆看出了基拉是調整者。感覺到高達的威脅的拉烏選擇了再度攻擊大天使號，阿斯蘭也駕駛著剛強奪來的聖盾高達隨隊一同出擊。由于操作系統被基拉修改過，其他人根本無法駕駛強襲高達。隨著敵人的臨近，已決定不再駕駛高達的基拉不得不再度出擊。基拉與阿斯蘭，曾經的朋友在戰場上再次相逢。激烈的戰斗中，早已傷痕累累的赫利奧波利斯開始解體。
第4集
標題︰Дユя⑦Ьь⑦帶著赫利奧波利斯解體時逃出的一艘救生艙，基拉回到了大天使號上，吉良等人的同學芙蕾也在這艘救生艙里。大天使號選擇前往友軍的軍事衛星阿爾特彌斯要塞；但這個行動被拉烏識破，並針對大天使號的路線立下了行動方案。作為友人，阿斯蘭一心希望基拉能回到調整者這邊來，因此對于拉烏的質問，他的回答是將說服基拉。被識破計劃的大天使號遭到拉烏隊的夾擊。為了減輕基拉的負擔，多爾等人志願來到艦橋協助瑪琉等人工作。被朋友們的行動及穆的言語所觸動的基拉，決定繼續駕駛強襲高達作戰。
第5集
標題︰иラユИЁиЬФヨ⑦在強襲高達面前出現的是被奪走的四架高達。混戰中，先行出擊的穆出其不意地襲擊了zaft軍的威薩利烏斯號，但伊扎克和迪亞克無視撤退命令，繼續攻擊基拉。能量消耗嚴重的強襲高達解除了相轉移裝甲，危急中，聖盾高達變形為ma形態強行將強襲高達帶走。在穆的援護下，強襲高達利用換裝補充了能量，艱苦地將伊扎克等人擊退。
第6集
標題︰消りペヮ⑦Фу艱難地擺月兌了zaft軍的追擊的大天使號逃入阿爾特彌斯要塞，然而在這里等待著他們的是友軍士兵的槍口。雖然同在地球聯合內，但瑪琉等人所屬的是大西洋聯邦，而阿爾特彌斯要塞則是歐亞聯邦的勢力範圍。想要獲取高達的機密的阿爾特彌斯要塞司令加爾西亞軟禁了大天使號上的成員。克魯澤隊的尼科爾利用自己駕駛的迅雷高達特有的「海市蜃樓系統」破壞了阿爾特彌斯要塞的全周圍光波防御帶發生系統，基拉趁隙駕駛強襲高達出來迎戰。但決戰高達及暴風高達此時已開始對要塞展開攻擊。在大天使號逃離之後，曾經夸稱「難攻不落」的阿爾特彌斯要塞開始崩壞。
第7集
標題︰宇宙ソ傷跡利用zaft軍攻擊阿爾特彌斯要塞的間隙，大天使號暫時逃離了克魯澤隊的攻擊。然而艦內卻出現了物資嚴重不足的新情況，為了解決這一問題，穆提出了利用位于碎石帶上的廢棄艦船上的物資的方案。另一方面，返回plant述職的拉烏和阿斯蘭，在國防委員長帕特利克?薩拉的指使下片面陳述了赫利奧波利斯事件。plant最高評議會內，強硬派勢力開始抬頭。為從「尤尼烏斯7」的殘骸中搬運物資的多爾等人擔當哨戒任務的吉良遭遇了一架偵察型金。為了保護多爾等人，吉良將偵察型金擊毀。在現場還發現了一艘救生艙，基拉將其帶回到大天使號上。
第8集
標題︰敵軍ソ歌?在救生艙里的人是plant最高評議會議長西格爾?克萊恩的女兒、阿斯蘭的未婚妻拉克絲?克萊恩。天真爛漫的拉克絲即使在敵對方的大天使號上也沒有絲毫的不安感，而對拉克絲抱有敵意的也僅有芙蕾一人。作為拉克絲的未婚夫，在威薩利烏斯號的維修期間進行短暫休整的阿斯蘭因拉克絲失蹤一事被緊急隨隊派往碎石帶進行搜索。而此時的大天使號，也與第八艦隊的先遣隊聯系上了。
第9集
標題︰消りサゆゑ光盼望已久的救援即將到來的消息使大天使號艦內一片輕松。芙蕾的父親，地球聯合外務次官喬治?阿爾斯塔也隨先遣隊一同前來。但就在兩方匯合之際，克魯澤隊對先遣隊和大天使號發動了攻擊。芙蕾劫持了處于被軟禁狀態的拉克絲來到艦橋上，希望以拉克絲為質換得父親的安全，但就在此時喬治?阿爾斯塔所乘坐的「蒙哥馬利」號被擊沉。在先遣隊全滅、大天使號也岌岌可危的情況下，娜塔爾以拉克絲為人質，對克魯澤隊通訊，要求停火。
第10集
標題︰分ギホギ道因顧忌到拉克絲的人身安全，克魯澤隊停止了對大天使號的攻擊。芙蕾將父親的死歸咎于基拉不肯全力作戰。基拉與被軟禁的拉克絲相遇，言談之中自然而然地回憶起了阿斯蘭。得知兩人關系的基拉決意將拉克絲送回plant。通過塞等人的幫助，基拉駕駛著強襲高達將拉克絲還給了阿斯蘭。真正的訣別之後，被命運捉弄的兩人走上了截然不同的道路。
第11集
標題︰目?バペ刃為了完成和朋友們的約定，基拉回到了大天使號上，並就私自放走拉克絲一事而受審。因其並非正式軍人，所以僅僅被要求反省便算完事。芙蕾听到奪走父親生命的聖盾高達的駕駛員竟是基拉的好朋友，但她一反常態，為自己先前的表現向基拉道了歉，並開始主動接近基拉。
第12集
標題︰ияユソ選?大天使號終于與地球聯合軍的第八艦隊匯合了。瑪琉就基拉為保護大天使號所做的一切而向其道謝。第八艦隊的哈爾巴頓提督親自來到大天使號上與老部下瑪琉見面，然後命令大天使號前往位于阿拉斯加的地球聯合軍的本部。其間，娜塔爾關于強行留下基拉的主張被哈爾巴頓駁回。塞等人從娜塔爾那里收到了退伍許可證，然而此時芙蕾卻突然提出志願參軍。吃驚的塞等人撕掉了自己的退伍許可證，決心留在大天使號上盡一分力。在月兌出用艦船前，朋友們將基拉的退伍許可證給了他，並且告之自己決心留下來。此時警報聲響起，總合了戰力的克魯澤隊再度全力襲來。基拉的腦海中浮現起瑪琉、哈爾巴頓以及避難的小女孩的話，放棄了自己的退伍許可證，回到強襲高達上待機。
第13集
標題︰宇宙ズ降ペ星位于地球軌道上的第八艦隊開始了與克魯澤隊壯絕的會戰。在數量上佔絕對優勢的聯合軍艦隊被擁有4架高達的克魯澤隊打得毫無還手之力。大天使號緊急向地球降落，為了守護大天使號，基拉決定出擊。在掩護大天使號的同時，哈爾巴頓提督所在的旗艦與zaft軍的卡莫夫艦同歸于盡。戰斗中，一直以來所保護的難民們所乘坐的救生船就在基拉的眼前被擊毀。以第八艦隊的重大犧牲為代價，大天使號終于降落到地球上。
第14集
標題︰果サウスわ時ソ中ザ在與第八艦隊決戰的前夜，拉烏在威薩利烏斯號自己的房間里回顧了自赫利奧波利斯遇襲以來的所有事情，並且提到了喬治?格雷恩第一個調整者。喬治?格雷恩是在受精卵階段接受了人為遺傳因子操作而誕生的人，因此無論是智力還是身體，他都比一般人更加優秀，所取得的成就也令普通人望塵莫及。在乘坐自行設計的宇宙船執行木星探測任務的時候，喬治?格雷恩公布了自己出生的秘密。隨著調整者的逐漸增多，其與自然人的沖突也愈演愈烈，喬治?格雷恩本人也死于自然人的暗殺。
第15集
標題︰ガホキホソ孤獨為了救起在突入大氣圈時因與決戰高達戰斗而偏離了降落軌道的強襲高達，大天使號不得不修正了自己的航向，降落在位于zaft軍勢力範圍之內的非洲。得救的基拉由于戰斗及突入大氣層時所受的傷害而發起了高熱。芙蕾意外地承擔起了照顧基拉的責任。受到嚴重刺激的基拉在芙蕾的安慰下，精神漸漸地平復下來，兩人的距離也慢慢地縮小了。抵抗組織「光明沙漠」的成員卡嘉莉發現了為了去阿拉斯加而在沙漠中前行的大天使號。
第16集
標題︰燃りペ砂塵非洲沙漠中，大天使號遭到有著「沙漠之虎」稱號的安迪?巴爾特菲爾德所率部隊的夜襲。基拉駕駛強襲高達出擊，但由于不習慣在沙漠中進行戰斗而一度陷入了苦戰之中。就在這時，抵抗組織「光明沙漠」向大天使號伸出了援助的手，將巴爾特菲爾德隊的ms引入了地雷陣，擊退了敵人。
第17集
標題︰ロヮэ再ヂ依靠抵抗組織「光明沙漠」的幫助，大天使號艱難地打退了巴爾特菲爾德隊的猛攻。在與大天使號合流的「光明沙漠」的成員之中，基拉意外地發現了曾在赫利奧波利斯有過一面之緣的少女卡嘉莉。從「光明沙漠」的領導人塞布那里，瑪琉等人得知了聯合軍的維多利亞基地已經陷落的消息。目前唯一的方案，便是從紅海經印度洋、太平洋到達阿拉斯加。然而前進道路上最大的障礙，便是由「沙漠之虎」所率領的zaft軍。巴爾特菲爾德隊計劃對「光明沙漠」實施報復性攻擊。另一方面，大天使號上的眾人迎來了短暫的休息。正準備對強襲高達進行調整的基拉被卷入了塞和芙蕾的爭吵之中，芙蕾並且公然宣布了自己與基拉的關系。面對塞的詰問，基拉爆發了。這時，巴爾特菲爾德隊正式對「光明沙漠」所居住的村莊發動了攻擊。
第18集
標題︰нユдЧヱ在事先進行過通告之後，巴爾特菲爾德隊以彈藥和糧食為目標對「光明沙漠」所居住的村莊發動了攻擊。在得知消息趕過去救援的穆及「光明沙漠」成員到達村莊的時候，巴爾特菲爾德隊早已揚長而去。憤怒的「光明沙漠」的成員對巴爾特菲爾德隊實行了追擊，但由于實力過于懸殊，反使自己陷入了危機之中。基拉駕駛強襲高達趕到，擊退了巴爾特菲爾德隊。
第19集
標題︰宿敵ソ牙為了補充匱乏的物資，基拉和卡嘉莉等人潛入了zaft軍基地所在的巴拉迪亞的市場。兩人偶然與「沙漠之虎」安迪?巴爾特菲爾德相見，並卷入激進組織「藍色波斯菊」對「沙漠之虎」的暗殺行動之中。由于基拉和卡嘉莉遲遲不歸，大天使號被籠罩在不安的氣氛當中。格納庫內，塞試圖強行啟動強襲高達，但他的努力卻終告失敗。
第20集
標題︰れクビろス日ズ按照事先的約定，阿斯蘭來到拉克絲的家中作客。兩人談到了基拉，阿斯蘭得知基拉依舊保留著自己送給他的小鳥，心情郁郁不樂。在plant最高評議會上，穩健派和強硬派對采用繼續戰爭還是共存的不同手段展開了激烈的爭吵。另一方面，大天使號擬訂了強行突破「沙漠之虎」部隊的作戰計劃。
第21集
標題︰砂塵ソ果サ伊扎克與迪亞克在直布羅陀基地與「沙漠之虎」部隊合流。大天使號與巴爾特菲爾德隊開始決戰，駕駛強襲高達的基拉也與安迪?巴爾特菲爾德交上了手。為了扭轉不利的局面，卡嘉莉駕駛空中霸王出擊。一番激戰過後，安迪?巴爾特菲爾德被重傷。
第22集
標題︰紅ズ染ネペ海大天使號離開了光明沙漠，駛入紅海。基拉擊退了zaft古恩的進攻。
第23集
標題︰運命ソ出會ゆ大天使號艱苦地打退了莫拉希姆隊的進攻，然而莫拉希姆隊依舊鍥而不舍地對大天使號實行追擊。卡嘉莉再度駕駛空中霸王出擊。與此同時，和尼高爾一起降落到直布羅陀基地的阿斯蘭被任命為薩拉隊的隊長，承擔起指揮對大天使號作戰的重任。阿斯蘭乘坐輸送機到卡奔塔利亞基地領取ms母艦，正巧被因機體中彈而偏離作戰區域的卡嘉莉發現。小戰過後，兩人同時落到一個無人島上。
第24集
標題︰二人クんソ?爭卡嘉莉駕駛的空中霸王與阿斯蘭所乘坐輸送機同時被擊落，兩人降落在同一個無人島上。在沙灘上遇到阿斯蘭的卡嘉莉被阿斯蘭以武力制服。由于電波障礙嚴重，兩人都無法與各自的部隊取得聯系，只得在小島上度過了一夜。另一方面，基拉也在不停地尋找著卡嘉莉。天明的時候，兩人分別被各自的部隊救起。
第25集
標題︰平和ソ國大天使號與追擊的薩拉隊展開了激戰，由于作戰地點十分靠近中立國奧布的近海領域，因此雙方同時受到奧布軍的警告。卡嘉莉表明了自己是奧布公主的身份，幾乎被大破的大天使號進入了奧布的基地，薩拉隊被迫撤退。奧布的領導人烏茲米?納拉?阿斯哈向瑪琉等人表明了願意向大天使號提供協助的態度；但作為交換條件，奧布必須得到強襲高達的戰斗數據，以及基拉必須到曙光社進行技術支持。
第26集
標題︰х?ф⑦Ь總集編。並添加了對五部集體的資料說明。
第27集
標題︰果サスわ輪舞薩拉隊一行四人借著奧布內部親plant派的幫助秘密潛入了奧布。與奧布達成協議的大天使號開始在奧布的基地中進行修理工作；另一方面，曙光社的技術主任艾莉卡開始解析強襲高達的戰斗數據。基拉來到曙光社，不但見到了曙光社正為奧布開發的m1astray，還遇上了卡嘉莉。艾莉卡要求基拉協助曙光社開發m1astray的操作系統。
第28集
標題︰ワь瑪琉向塞、多爾等人宣布了可以在軍隊本部與家人會面的消息。除了芙蕾之外，眾人都十分興奮。在基拉調試m1astray系統的閑暇里，卡嘉莉向基拉談起了自己加入抵抗組織的原因。塞等人和父母見了面。不願意見到父母的基拉在大天使號內等待著芙蕾，此舉卻被芙蕾認為基拉是在同情她，失態的芙蕾撕開了基拉心底的傷痕。基拉的父母單獨與烏茲米?納拉?阿斯哈會面，言談之中竟然牽涉著基拉出生的秘密。基拉成功地完成了改良m1astray系統的任務；之後，在調整強襲高達時，阿斯蘭送給基拉的機械鳥突然飛走。追尋著機械鳥來到基地操場上的基拉意外地發現了秘密潛入的阿斯蘭。
第29集
標題︰イクバソ楔修理完畢的大天使號即將從奧布的基地中出發。原本想與大天使號一起行動的卡嘉莉被父親的話所觸動，留在了奧布。在烏茲米、基拉的父母以及卡嘉莉等人的送別下，大天使號終于出發。阿斯蘭判斷出大天使號的行進路線，並在大天使號的必經之路上設伏。雙方在公海展開了激戰，依靠強襲高達的三種裝備，基拉在與薩拉隊四機的戰斗中佔了上風。為了掩護阿斯蘭，迅雷高達被使用劍裝備的強襲高達攔腰砍中，尼高爾戰死。
第30集
標題︰閃光ソ刻迅雷高達被擊破後，薩拉隊不得已撤退。勝利歸來的基拉受到整備班的祝賀，但他本人卻因為殺人以及與阿斯蘭的關系而無法釋懷。另一方面，薩拉隊的三人也因尼高爾的死而陷入痛苦之中，特別是阿斯蘭無法原諒尼高爾因自己的錯誤而戰死，決意殺掉基拉為尼高爾報仇。薩拉隊再度對大天使號發動了攻擊。強襲高達、空中霸王一號機與聖盾高達、決戰高達和暴風高達開始了慘烈的戰斗。混戰中，大天使號遭受重創，多爾駕駛空中霸王二號機出擊。被穆擊落的迪亞克向大天使號投降。趕去支援基拉的多爾被阿斯蘭擊墜。憤怒的基拉和阿斯蘭均發動了seed模式。一番死斗之後，阿斯蘭啟動了聖盾高達的自爆裝置並月兌出，強襲高達和聖盾高達同歸于盡。
第31集
標題︰慟哭ソ空大天使號剛剛擺月兌了薩拉隊的糾纏，卻又被奧斯曼隊追擊。在戰力嚴重缺損的情況下，瑪琉不得已放棄了對強襲高達和空中霸王二號機的搜尋救援工作，下令撤退。接受大天使號救援請求的奧布軍在基拉與阿斯蘭激戰的地方救起了阿斯蘭，並移交給zaft軍。被瑪爾基奧導師救起的基拉在拉克絲家里蘇醒過來。
第32集
標題︰約束ソ地ズ大天使號終于到達了阿拉斯加，但卻被命令在艦內待機。克魯澤告訴逐漸恢復的阿斯蘭，他因出色的表現而將被授予星雲勛章。塞一直安慰著因多爾在戰斗中失蹤痛苦的米麗亞莉雅。大天使號的醫務室里，米麗亞莉雅對冷嘲熱諷的迪亞克舉起了刀，被剛剛進來的塞攔住；隨後而來的芙蕾對迪亞克開槍，卻因被米麗亞莉雅撲住而射偏。
第33集
標題︰?ソ胎動以維利亞姆?薩扎蘭德上校為首，地球聯合軍軍令部開始對大天使號上的指揮人員進行審議。另一方面，養傷中的基拉得到了拉克絲的精心照顧。雖然肯定了大天使號的戰績，但薩扎蘭德上校認為瑪琉對此前一系列的事態應負相當的責任。查問會結束後，薩扎蘭德還下達了穆、娜塔爾和芙蕾的轉屬命令。為了接受星雲勛章，阿斯蘭從地球乘坐穿梭機返回plant。
第34集
標題︰ネスゥウソ先ズ穆、娜塔爾和芙蕾三人告別了大天使號。隨後大天使號接到命令，由第八艦隊轉屬阿拉斯加守備軍第五護衛隊。由帕特利克?薩拉親自發布命令，zaft軍發動了spitbreak作戰。然而其目標卻並非原先的巴拿馬，而是地球聯合軍總部所在的阿拉斯加。在聯合軍主力全往巴拿馬布防的情況下，作為守備隊的大天使號不得不出擊迎戰。正在拉克絲家里休養的基拉得知了spitbreak作戰發動的消息，為大天使號上的友人們擔心不已。侵入聯合軍總部的克魯澤遇到了尚未離開的芙蕾。听到克魯澤的聲音，芙蕾的眼前出現了父親的幻覺。克魯澤將芙蕾擊昏並帶走。拉克絲領著基拉來到自由高達的格納倉庫。帶著拉克絲的期盼，基拉駕駛著自由高達離開了plant。依靠著自由高達的強大力量，基拉輕易擊破了兩架攔截的ms，卻與剛從地球返回的阿斯蘭失之交臂。
第35集
標題︰舞ゆ降ベペ?「真?spitbreak作戰」進行中。雖然zaft軍取得了壓倒性的優勢，但由于聯合軍的頑強抵抗所造成的傷亡也不少。克魯澤、穆和娜塔爾得知了聯合軍真正的作戰計劃，即以阿拉斯加基地為誘餌，把zaft軍吸引到這里，然後使用半徑為10千米的破壞武器「獨眼巨人」予其毀滅性的打擊。穆返回到大天使號上，並將聯合軍的真意告訴了瑪琉等人。瑪琉決定撤出戰場。然而，大天使號正被密密麻麻的zaft部隊重重包圍著。千鈞一發之際，駕駛自由高達的基拉趕到，為大天使號解了圍。基拉將通過瑪琉得知的聯合軍的作戰方案，于是通告了正在交戰的雙方，並勸雙方停止交戰，迅速撤離阿拉斯加基地。「獨眼巨人」系統啟動，並造成了巨大的破壞。「spitbreak作戰」失敗的消息傳到了剛剛回到plant的阿斯蘭耳中，同時，他還得知了「在拉克絲的幫助下，新ms被奪取」的消息。
第36集
標題︰正義ソ名ソパシズ由于「spitbreak作戰」的失敗及自由高達被奪取，plant陷入一片混亂之中。plant最高評議會議長帕特利克?薩拉命令剛回到plant的阿斯蘭去搜索自由高達被盜的協力人拉克絲。另一方面，與大天使號合流的基拉與眾人商討今後的出路。因為大天使號是未經許可私自撤離戰場，所以返回聯合軍的話肯定會以敵前逃亡罪被拘捕，還不如流亡到奧布。阿斯蘭終于找到了拉克絲，然而對于拉克絲「戰斗的意義」的疑問，他卻無以為答。被拉克絲告知基拉在地球上，阿斯蘭駕駛著正義高達開始出擊。
第37集
標題︰神ソゆろォグ大天使號到達奧布，然而卻無法自由行動。奧布原代表烏茲米?納拉?阿斯哈接到了地球聯合「若不協力則視為敵對行為」的威脅。在地球聯合軍的另一處重要據點巴拿馬，于「spitbreak作戰」中遭受嚴重失敗的zaft軍卷土重來，想要破壞巴拿馬的質量加速機（massdriver）；聯合軍方面則投入了量產型msgat－01strikedagger以對抗，但在zaft軍的超級武器「貢格尼爾」（這個名稱來源于北歐神話中主神奧丁所使用的長矛）面前幾無抵抗之力。奧布將回收修復後的強襲高達轉交給了大天使號，換成可由自然人進行操作的操作系統之後，配給了穆駕駛。
第38集
標題︰決意ソ炮火巴拿馬之戰的結果是聯合軍高層（不如說是大西洋聯邦的人更合適）萬萬沒有想到的，焦慮的他們派藍色波斯菊的總帥穆爾塔?阿茲拉艾爾率領太平洋艦隊前往討伐「非我即敵」的奧布。隨同他們前往的除了量產型ms外，還有最新的三部gat系列高達。聯合軍的太平洋艦隊兵臨城下，一直保持中立的奧布不得不準備開戰。大天使號決定幫助奧布抵抗聯合軍的技工，因此基拉駕駛的自由高達和穆駕駛的強襲高達與奧布的m1astray一起並肩作戰。眾人陷入了與無視光束攻擊的禁斷高達、強力的接近戰型強奪高達以及高火力的災厄高達的苦戰之中。而在這時，前來援助基拉等人的，是阿斯蘭駕駛的正義高達和被釋放的迪亞克駕駛的暴風高達。
第39集
標題︰ヤЗь⑦在阿斯蘭及迪亞克的幫助下，基拉等人擊退了駕駛三部最新的gat系列高達的克羅特、夏尼和奧爾加，聯合軍太平洋艦隊也因此被迫撤退。原來克羅特等三人並非像基拉那樣天生具有ms機師的稟賦，而是要借助藥物人為地獲得操縱ms的能力，所以實際上也是一種「強化人」（boostedman）。另一方面，基拉和阿斯蘭這對好朋友終于可以笑顏相對，站到一條戰線上來。而此時的聯合軍太平洋艦隊重整了態勢，以駕駛高達的克羅特三人為核心，再度來襲。
第40集
標題︰?ソ宇宙(ガヘ)デ聯合軍太平洋艦隊再度對奧布發起攻擊。戰斗越發激烈，奧布本土岌岌可危，隨時都有可能陷落。奧布原代表烏茲米再三權衡後，決定放棄奧布本土。奧布的殘存部隊集中在宇宙艦草剃號及大天使號上，預備由質量加速機上向宇宙發進。在基拉和阿斯蘭兩人的聯手通力支援下，草剃號和大天使號成功地擺月兌了太平洋艦隊的攻擊，自大氣圈月兌出。臨行前，卡嘉莉終于知道了自己和基拉的兄妹關系。目送草剃號和大天使號離開後，仍留在奧布的烏茲米按下按鈕，進行了壯絕的自爆。
第41集
標題︰フホペ世界月兌離了大氣圈的草剃號和大天使號準備前往位于l4的廢棄了的殖民衛星群。在plant，帕特利克?薩拉的肅正行動仍在繼續；而克萊茵派也針鋒相對地在地下持續進行著反戰宣傳。一直追求以和平方式來解決爭端的前最高評議會議長西格爾?克萊茵在肅正行動中被射殺。芙蕾與克魯澤和伊扎克一起返回plant。聯合軍在奪回了維多利亞基地的質量加速機之後，為追擊大天使號而向宇宙發進。卡嘉莉向基拉告知了兩人的雙胞胎關系；阿斯蘭想回到plant，再次與父親好好談一談。另一方面，娜塔爾前往月面基地就任大天使級二號艦主天使號（dominion）的艦長，軍餃也晉升為少校。
第42集
標題︰ьヱЗ出?阿斯蘭前往zaft的宇宙要塞「雅金?杜埃」與父親見面，但帕特利克?薩拉「這場戰爭的目的就是為了滅絕自然人」的回答讓阿斯蘭徹底死了心。為了從阿斯蘭那里獲取自由高達與正義高達的所在，帕特利克將阿斯蘭拘禁起來；得知消息的拉克絲等人立即開始行動起來。將月兌出的阿斯蘭收容的，是以拉克絲為指揮官的zaft軍的新造戰艦「永恆號」，而艦長正是安德魯?巴特菲爾德。向宇宙要塞「雅金?杜埃」發進的永恆號遭到了zaft軍追擊隊的攻擊。危急時刻，駕駛自由高達的基拉出現，解救了永恆號。草剃號、大天使號和永恆號在l4的殖民衛星「門德爾」會合了。安迪、拉克絲這些「克萊茵派」的人，也與大天使號的眾人再度見面。
第43集
標題︰立グゾクろペパソ得到zaft軍正在向大天使號駐留的l4殖民衛星群發進的消息後，藍色波斯菊的總帥穆爾塔?阿茲拉艾爾帶著三架高達來到主天使號上，準備搶先一步對大天使號發動攻擊。另一方面，正在追擊永恆號途中的克魯澤，似乎對門德爾這個地方十分的熟悉。主天使號對大天使號、永恆號及草剃號所在的門德爾發動了突襲。除了未完成最終調試的永恆號之外，大天使號和草剃號先後出動迎戰。雙方交戰之前，娜塔爾向大天使號表明了自己的身份，勸眾人投降並表示願意在軍事法**作證；但被瑪琉婉言謝絕。在娜塔爾的出色指揮下，大天使號被打得毫無還手之力，草剃號也被牽制住無法行動。克魯澤隊于此時趕到。看著正在交戰的雙方，克魯澤決定帶著伊扎克秘密潛入門德爾。感應到克魯澤的存在的穆也和迪亞克回到了殖民衛星。前去幫助大天使號的基拉，自己也陷入了極其嚴重的境地。
第44集
標題︰螺旋ソ邂逅危急時刻，基拉和阿斯蘭先後爆發了種能力，將不利局面扳了過來；克羅特等三人被打得一敗涂地，機體能量逐漸見底；與此同時，草剃號也擺月兌了牽制，前來協助大天使號。見勢不妙的娜塔爾當機立斷，下令撤退。另一方面，穆和迪亞克在殖民衛星內部遇上了秘密潛入的克魯澤和伊扎克，四人捉對展開了激烈的ms戰。得知駕駛暴風高達的對方正是迪亞克的伊扎克大吃一驚，而迪亞克也要求和伊扎克談一談。發覺穆和迪亞克仍未歸來的基拉也前往殖民衛星內部，正好救下了被克魯澤擊傷的穆。在克魯澤的有意帶領下，穆和基拉來到了研究所內部。在研究所里，克魯澤不僅說出這里就是基拉的出生地，而且還透露出一個驚天的秘密……
第45集
標題︰開ゑ扉在殖民衛星門德爾的研究所內部，穆和基拉兩人因克魯澤說出的沖擊性的事實而受到極大的震撼︰原來基拉是雙胞胎中唯一被進行遺傳基因操作而在人工**里成功出生的新人類；而克魯澤竟然是穆的父親阿爾塔?佛拉達的克隆體；克魯澤的最終目的，則是終結這個充斥著**的世界。穆和基拉留在了研究所里；克魯澤則返回了威薩利烏斯號上。克羅特等三人恢復過來後，主天使號再度對大天使號發動了攻擊；而強襲、暴風和自由三架高達均未返回的大天使號，只得由正義高達獨自應戰。另一方面，返回到威薩利烏斯號上的克魯澤，將「打開門的鑰匙」托付給了芙蕾之後，開始向大天使號發動攻擊。
第46集
標題︰ギネウゆソ場所戰斗中，芙蕾帶著「打開門的鑰匙」乘上救生艙離開了威薩利烏斯號，並發出了救命信號。听到芙蕾的聲音後，基拉迅即趕往救生艙，但卻為三個強化人所阻攔，救生艙被主天使號回收成功。終于得到了「打開門的鑰匙」里關于「中子干擾消除器」的情報，阿茲拉艾爾不禁大喜過望。遭到主天使號和zaft艦隊夾擊的大天使號等三艘戰艦突破了zaft艦隊的阻擊。草剃號和永恆號向zaft的旗艦威薩利烏斯號合力發動了攻擊。在曾經的部下阿斯蘭和迪亞克的敬禮中，亞迪斯艦長和威薩利烏斯號永遠地消失在漆黑的宇宙之中。由于主天使號的三個強化人都達到了活動的界限，zaft方面也失去了旗艦威薩利烏斯號，大天使號等終于在激戰中得以生還，但受傷醒來的基拉卻因未能救出芙蕾而十分愧疚，在拉克絲的膝上痛哭不已。
第47集
標題︰?夢ゾ再ヂ得到了「中子干擾消除器」的情報的主天使號暫時撤離了戰斗，向月球方向撤退，準備用核武器來壓制新人類。然後，從月面基地發進的地球聯合軍第六、第七艦隊帶著裝備了「中子干擾消除器」的核彈頭向zaft軍的宇宙要塞「博亞茲」進軍。沒有料想到地球方面會擁有「中子干擾消除器」的zaft軍被打得大敗。醉心于「博亞茲」的勝利的地球聯合軍，更進一步地向plant本國發射了核彈，幸好被駕駛自由高達和正義高達的基拉和阿斯蘭聯手阻止。焦慮不已的帕特利克?薩拉生怕「染血的情人節」的悲劇再現，決定對地球聯合軍的艦隊使用zaft方面的核武器「genesis（創世紀）」。
第48集
標題︰怒ベソ日zaft軍的秘密武器「創世紀」所放出的γ射線肆意地射向地球聯合軍的宇宙艦隊，地球聯合軍傷亡慘重。雖然深為「創世紀」的恐怖所震撼，藍色波斯菊的盟主阿茲拉艾爾卻主張繼續攻擊。在彼此的兵器的恐怖和被煽動的戰意驅動下，地球聯合軍和zaft軍開始向你死我活的戰場發進。另一方面，基拉等人為了阻止核武器和創世紀繼續造成破壞，決定介入地球聯合軍和zaft軍的死斗。最終之戰的序幕，即將拉開。
第49集
標題︰終末ソ光「創世紀」發動了第二波攻擊，直接摧毀了月面基地，從月面基地出發的地球聯合軍艦隊也被全滅。斷絕了後路和援軍的主天使號在阿茲拉艾爾的堅持下只得孤軍奮戰。在激烈的戰斗中，m1astray小隊成員大半陣亡，使得卡嘉莉的種能力覺醒；禁斷高達和災厄高達相繼被趕來協助的決戰高達和正義高達擊毀；穆所駕駛的強襲高達在與克魯澤駕駛的神翼高達的對決中受損，不得不暫時撤回大天使號。大天使號和主天使號仍然在持續地互相攻擊。娜塔爾不願意再繼續這種毫無意義的戰斗，在阿茲拉艾爾舉槍威脅下仍然下令全員棄船，結果自己被阿茲拉艾爾射殺。阿茲拉艾爾單獨對大天使號發動了最後的進攻，穆駕駛強襲高達為大天使號擋住了這致命的一擊，自己卻壯烈犧牲。萬分痛苦的瑪琉下令擊毀了主天使號。
第50集
標題︰終マヘスゆ明日デ感應到克魯澤的存在的基拉駕駛著自由高達與天命高達開始了死斗。混戰中，迪亞克所駕駛的暴風高達被天命高達的浮游炮擊中；駕駛決戰高達的伊扎克前來援救，卻被強奪高達所阻擊。決戰高達使用了暴風高達的大型光束炮，將無論是機體還是機師都到達極限的強奪高達擊毀，克羅特戰死。在與克魯澤的死斗中，基拉處于一邊倒的不利局面，流星系統也被擊毀。就在這時，基拉突然發現了逃生艇上的芙蕾，當兩人行將見面時，逃生艇被神翼高達的浮游炮擊毀，芙蕾死亡。草剃號和永恆號同時向創世紀開火，但由于相轉移裝甲的保護，創世紀安然無恙。阿斯蘭和卡嘉莉決定進入雅金?杜埃要塞內部來破壞創世紀。陷入瘋狂的帕特利克?薩拉將創世紀的下一個目標定為北美大陸的華盛頓，並開槍打傷了勸阻他的部下，最後被部下射殺。雅金?杜埃的自爆系統被啟動，然而自爆程序上還連帶著創世紀的發射命令。阿斯蘭決定以一己的犧牲讓正義高達在雅金?杜埃內部自爆來阻止創世紀的發射，卻被卡嘉莉勸阻。基拉與克魯澤的死斗也終于到了最後。神意高達的駕駛艙遭到自由高達光束劍的直擊，克魯澤死亡。雅金?杜埃發生爆炸，創世紀同時發射，神意高達首當其沖，自由高達也被波及。plant臨時最高評議會發布了停戰通告，戰爭終于結束。劫後余生的阿斯蘭和卡嘉莉相擁而泣。在從大天使號上飛出的機械鳥的帶領下，阿斯蘭和卡嘉莉找到了飄浮在宇宙中的基拉。
seed完結