全歼英国在上海的军舰之后，邓世泰命令舰队开进上海港口，不过此时的上海港并不是几十年后的那样，只是用一些石块简单修了一下，五千吨以下的船停靠没有问题，一万多吨的战舰无法靠到岸边，只好停要距离码头三十多米远的地方，不过急忙赶到这里的吴健彰立刻安排人疏通航道，将水下的淤泥用小渔船挖出，邓世泰将大部海军官兵留下舰上，自己带着一团海军陆战队跟着吴健彰进入了上海外城，驻进了上海清军临时大营，拒绝了吴健彰给他办的接风宴。
邓世泰第二天就带领海军陆战队小刀会占领的上海县城发起攻击，小刀会众大多装备大刀之类的武器，如何能抵挡装备精良的海军陆战队的进攻，抵挡了一阵后刘丽川、周秀英看到清军火力强大，自己损失严重，决定放弃上海，两人带领会众从西门突围，打算到南京投奔太平军。
邓世泰带兵驻进上海城，将小刀会突围出去的人抛到了一边，也不去抓捕小刀会的余党。接着邓世泰命令海军陆战队重新占领大东门黄浦江边的江海关衙门，驱逐衙门内的外国人，以暂代“护理江南海关道”的身份发布公文，标志着江海关重新控制在朝廷之下。同时命令海军封锁整个上海进出口海路，对外国商船严格检查，对于有鸦片在船上的商人一律抓捕严刑处理，并没收船只及货物，对进出口外国商船征收45%的进口关税，并向英、法、美三国发出公文：所有外国人在上海必须遵守大清律法，否则将按照大清法律进行严办。邓世泰控制上海后的第一时间态度之强硬让英、法、美三国一时无法适应，而且如此强硬地向英国军舰开炮，造成英国驻上海的军舰损失惨重，一时让三国无法模清清政府地想法，而英、法两国在黑海与俄国打得正欢，无法抽调兵力到东方，而两国的印度公司正在应对印度越来越严重地反抗浪潮，一时英国政府只能通过外交解决问题了。
此时上海被邓世泰的海军舰队封锁出口，海军陆战队在内，同时将上海附近的数千绿营被收编，整个上海无人可以压住他，就连江苏巡抚吉尔杭阿都无法向他下达命令。为了军舰在上海有个可以长期停靠的码头，邓世泰发布公文招募百姓修筑上海军港，发出公文第一天就有数千百姓前来，不为别的，就因为军舰是大清的，是保护自己的。第二天邓世泰命令四艘驱逐舰进入长江航道，向南京驶去。阿尔多彦的部队在扬州一直没有动静，一来托明阿手下需要人手，二来长江北岸已经没有了太平军的落脚点。继富察广击败石达开将太平军逼出江北之后，湘军创始人之一的江忠源同庐州南下，7月28日以近三千伤亡为代价攻下江北军事重镇安庆，立刻太平军的外围形势发生了转折，太平军的活动范围被压缩到长江以南、九江以东的区域，向南是江西月复地，江西多山物产并不丰富，而且民风剽悍，清军和地方武装的势力并不弱，向东是浙江，洋人的势力不小，除非万不利己之下才能进入那里，一时间太平军的处境有些不妙。
石达开十万大军几乎全军覆没，在天京城里立刻引起一阵恐慌，同时天京城关闭了所有的城门，所有出城的人都要持有特殊的印信，为了防止清军混进城内为内应，同时加大了城中百姓的控制力度。不过这并不能阻挡百姓们心中的惊慌，自广西起兵以来虽然一路上有大风大浪，但是都安然地过来了，可是自太平军占领武昌之后，军队中携裹了大量地难民，他们跟随太平军只是为了一口饭而已，对于太平天国还没有归属感，此时知道城外清军开始围城，内心中的小算盘开始响了，他们要活命，不能陪着这些造反地人一起死，一个个地开始寻找机会离开天京。在天王府里，在天京城内的各王都聚集在这里，商讨着如何度过建立天国以来最大的危机，石达开向洪秀全建议道：“如今天京处于包围之中，天王何不撤离天京，我们在流动中寻找消灭清妖的机会，这是我们的强项，如果与清妖打消耗战我们不占优势，会吃亏的。”洪秀全道：“天国的子民是天父的孩子，如清妖攻城，必将天兵助也，如果离开天京，我们会陷入被动，而且建立起来的名声也会削弱，坚持一段时间，让外面流动的军队回缓，里外夹击一定可以击败清妖。”由此可见其目光短浅、毫无大局观念。杨秀清也赞成撤离天京，不过洪秀全接下来的态度非常坚绝，石达开等人见无法说服，只好全力防守，并派人向湖口的林绍璋传令让他放弃湖口，带兵回缓天京。
8月2日，四艘驱逐舰到达南京外的江面，封锁了南京北面的出入路径，次日，富察广带领五万大军渡过长江占领南京西不远的当涂县，6日，扬州南下的阿尔多彦大军进入镇江府，汇合了向荣江南大营的剩余部队，完成对南京的包围，8日，两支部队包围南京城。太平军在南京城外部署了大量的部队，不过在国防军强大的炮兵面前一切都是徒劳的，没有深挖堑壕作为掩护，只是利用简单的树木、石块无法抵挡密集地炮击，从早上九点到十一点，两个小时的炮击将近一个月来积蓄地炮弹打出了十分之九，近十万发炮弹狠狠地砸在了南京城外太平军的阵地上，土地被犁了一遍，在土石飞溅之间十几万太平军丢掉了性命，他们都是一些可怜地人。
阿尔多彦的部队在玄武湖炸开一段百米长的城墙，接着近十万军队从这里进入南京城，没有想到如此快就被突破城外防线地杨秀清顾不上慌乱，立刻组织所有的军队准备在城内阻击，城市巷战太平军进行过不少，不过和国防军的对战却是第一次，这些充满了宗教热情地人在现代步枪之下没有一丝还手之力。在天王府附近的反抗最激烈，数万太平军在这里死死地挡在路上，他们呼喊着冲向国防军，在排枪近距离地射击下，冲在最前面的太平军如麦子般整齐地倒在地上，但是后面的人如同没有看到一般，还是向前冲，这些人都是从广西带出来的，他们是太平军中的精锐之士，虽然佩服他们都是勇士，但是却不能手下留情，最终六万多人悲壮地死在了天王府周围，为他们的天国流尽了最后一滴血，整个天王府方圆千米内都是渐渐凝固地鲜血，最后杨秀清、石达开、秦日纲诸王战死，洪秀全保留了作为一国君主的最后一丝颜面，他在国防军将要攻进天王府的时候服毒自杀了，留下了几个不足十岁的儿子和十几位夫人，所有王府里的家眷全部被围在了府里，国防军并没有进入他们的府里，只是在门口派兵守着，防止别人进入。
当太阳快要消失在地平线上时，整个南京城内已经听不到枪声了，黄昏的景色非常美丽，黄红色地云彩点缀在天边，万丈红光将大地染成黄黑色，很快黑色渐渐扩大，渐渐吞噬了整个世界。天国的黄昏虽然凄美，但是非常短暂。紧紧定都天京一年多的太平天国灭亡了，在途中的林绍璋带着部队南下进入江西月复地，其他人有的选择投降，有的选择进入其他省份继续斗争，不过只能是小规模地反抗了，消息很快被钦差托明阿派八百里加急传到京城，京城百官弹冠相庆，天下最大的威胁消除了，天下太平了，咸丰皇帝在宫中举行盛大地宴会宴请百官，一时喜气洋洋。