弘光五年七月一日，田雄、郭虎等部收复平凉府城，平凉顺军被迫退往瓦亭关方向；但田雄等部得势不饶人，继续向顺军施加压力，迫使顺军放弃了瓦亭关、固原州城，逃亡了安定、陇西一线；得知顺军主力放弃固原西逃后，原守备环县、西安所、平虏所、甘州所、镇戎所、隆德县、静宁州的顺军纷纷向当面明军投降，于是原顺军控制的平凉全境、庆阳一部都落入了明军之手，顺军的地盘再度萎缩。
在平凉与庆阳全部光复的同时，从榆林方向出击的马得功、李成栋等部攻入宁夏后卫，并于此后的十五天内攻入了宁夏卫和宁夏中卫。
由于宁夏卫辖下是陕西有数丰饶之地，也是顺军目前极少数能提供大量粮草的物资供应地，因此，为了守备宁夏卫、灵州所等地，顺军调集了近三万部队加以防御；但因为顺军士气低落，不敢出城野战，只能眼睁睁的看着明军收割即将成熟的麦子和其他农作物；而坐视明军在城下为所欲为的结果又导致了守城顺军士气的进一步跌落。
故而僵持到了当年的八月中旬，彻底断粮的顺军宁夏守军便纷纷向当面明军投降，至于依旧忠于李自成或者说知道投降后也没有好果子吃的某些顺军将领则率部主动突围，并在付出较大代价后，逃到了临洮府境内。
眼见得明军已经从三面包围了巩昌府，并即将发起巩昌战役，因此目前力量已经严重削弱的李自成，不敢在巩昌与明军硬拼——一旦顺军主力投入巩昌方向，难保宁夏明军不会避实击虚，抄袭巩昌方向的临洮——便主动把巩昌的刘宗敏部撤到了临洮府城狄道，并于稍后，进一步撤到了兰州。
虽然黄得功部此时已经与经由祁山道及玉垒关方向进攻的川中明军实现了汇合，但由于控制区太多，且有不少残匪需要清剿，且粮道太过漫长的原因，所以在夺取狄道后，明军也不得不停下了脚步······
“陛下，这是军机处就司礼监草案所做的修订，还请陛下审阅！”
朱由崧接过马士英提交的文件，一边翻看，一边对马士英言道：“具体说一说吧！”
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马士英便向朱由崧解说道：“军机处商议后，觉得司礼监草案中，对吏部、刑部、户部、礼部、太仆寺、鸿胪寺、大理寺、詹事府、翰林院的改制并无太多问题，可以完全依照司礼监方案执行；太医署这边，军机处以为应该置于太常寺之下，其他也别无问题；工部改制虽然有所争议，但加强对各项工程的专项管理和财务监督是有必要的，因此也可以根据司礼监方案执行；唯有兵部、都察院、六科和钦天监的改制颇有些不妥当！”
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太医署作为二级机构置于太常寺之下，是没什么问题的，但朱由崧最关心的兵部改革却被军机处否定了，朱由崧显然是有些失望，所以他不接话，只是听着马士英解释。
只见马士英向朱由崧说明道：“虽然根据司礼监的方案，兵部可以从人事、财务两方面制约大都督府，但乱兵一起，自然能从地方上获得钱财，所以，臣等以为，大都督府调动兵马需要得到兵部副署，而在地方，巡抚、总督应该有指挥边军提督、内镇总兵官的权利。”
朱由崧的目光落在了孙传庭的脸上，孙传庭便出列言道：“陛下，臣是支持司礼监草案的，只是吏科这边明确反对，所以，军机处内部不能一致，便由张尚书搞了个折中方案！”
朱由崧知道文官集团是不会轻易放弃兵权的，所以也不是很吃惊军机处的态度，只是问马士英道：“马先生是什么态度？”
马士英虽然承诺要当弘光朝的严嵩，但也顶不住文官集团的压力，所以，犹豫了一会，他回复道：“臣以为吏科的担心是有道理的，虽然大都督府是辅助陛下指挥天下兵马，但万一今后天子年幼或病弱，有乱臣贼子借皇权之名义行事的话，没有制约是很危险的。”
朱由崧身边的司礼监秉笔、中官监掌印段炜一听不干了，马士英的话分明是在说司礼监会假借皇权调用兵马行不轨之事嘛，所以他挺身而出，质问马士英道：“马老先生，兵危战险、稍加犹豫就会失去战机，若是大都督府调兵之权非要兵部副署才能施行，那万一兵部内部意见不一，迟迟不肯副署，延误战机算谁的？”
如果大都督府一请兵部就同意副署，那跟盖印机器没什么两样，实际是失去了监督和制衡大都督府的意义，但如果大都督府请示后，兵部拿捏，始终不能副署，那导致前线失利，兵部能不能承担这个责任呢？
马士英答道：“段公公此言差矣，虽然前线形势瞬息万变，但消息从前线传到京师是需要时间的，该耽误的已经耽误了，断不会因为一两天发生不测的！”
现在的通讯手段非常落后，消息传递有延迟，所以在外人看来，兵部多权衡两天也无关紧要。
朱由崧却抓住了内中的实质：“军机处的意思，朕明白了，大都督府不应该是辅弼皇帝指挥军队的机构，而是应该做出兵部的参谋单位！”
朱由崧的话音虽然不高，但内中的含意极为深刻，以至于在场的军机处官员全部跪倒在地：“臣等不敢窥视陛下大权！只是为了保证军队不为野心家控制！”
朱由崧反问道：“司马懿算文臣还是武将？”
王灿成抗言道：“陛下此言不妥，会使天下士子寒心的······”
不待王灿成继续说下去，朱由崧断然打断道：“兵权怕只是第一步吧，周召共和才是卿等目的吧？‘为天下之大害者,君而已矣’，卿等是这个意思吧！”
虽然本时空中黄宗羲还没有写成《明夷待访录》，但黄宗羲关于“君为民害”的思想早在弘光初年就已经在江南士林中流传了，所以，朱由崧才会咬死了某些人“非君”及妄图侵夺帝王大权。
马士英、孙传庭等人立刻跪拜下来：“臣等绝无此等大不敬的念头！”