在聯盟尚未建立之初。
人類把寶可夢稱為魔獸，把那些和寶可夢結伴而行的人類統稱為御魔師。
各國為爭奪有限的資源，紛爭不斷。
而那些強大的御魔使卻是可以決定戰爭走向的戰略級武器。
同一時期，氣候宜人的關都地區，因為柑果球（原始精靈球）的出現，誕生了一種名為訓練家的職業，與只能操縱一到兩只寶可夢的御魔使不同，訓練家可以操縱多只寶可夢，實力自然也就更加強大。
百年後，關都地區的訓練家數量暴增，這股勢力逐漸壯大起來。
無法忍受戰爭的訓練家們決定聯合起來，建立名為石英聯盟的政權，掃平亂世。
而後，隨著大量訓練有素的訓練家登上戰場，不到百年時間，石英聯盟就先後消滅城都、豐緣、神奧、合眾等地區的國家，並在各地建立了對應的子聯盟。
但此時，多年征戰也使得聯盟內部也迎來了最虛弱的時期，加之，聯盟一方面要維護統治，防止舊勢力卷土重來，另一方面，又要探索野外，直面野生寶可夢對城市的進攻。
所以，訓練家的人數驟降。
在這樣的大背景下，聯盟不得不通過了《十歲成年法案》，試圖以這樣的方式，為各地的戰場輸送新鮮血液。
直到本書故事開始的50年前，聯盟才穩住了局面，成為了當今世界獨一檔的龐然大物。
但是，人類與寶可夢應該保持怎樣的關系，人類該如何處理自然環境和城市建設之間的矛盾，仍是聯盟學者爭論不休、聯盟內部有待探索的世紀難題。
直到故事開始的30年前。
聯盟建立了國際刑警部、監察部、醫療部、警局、精靈中心、道館等機構。
此時，盤踞在各地的舊勢力已被國際刑警部的各級搜查官、國際刑警連根拔除，甚至連灰都沒有留下。
聯盟終于可以把所有的注意力集中在處理野生寶可夢的問題上了。
同一時期，主角的姥爺恩接受理事會（聯盟內部最高權力機構）的指派，前往阿羅拉地區調查一種奇特的寶可夢（究極異獸），失蹤。（究極大都市，存活。）
也就是說，主角母親雅歌女士，在很小的時候就失去了父親。
十幾年後，雅歌又在叔叔的介紹下，和同為國際刑警的蘇行結婚，一年後，蘇行在雅歌懷孕期間，接到任務離去。
（原本，蘇行已經完成了任務，但是在離開前遇到了雅歌父親恩的隊友，得知恩在掩護戰友撤退時，不慎落入了究極之洞，隨後，蘇行決定追查恩的下落，卻不幸遇到了成群的究極異獸，被它們逼入了究極之洞，來到了核污染嚴重的時空，死亡。）
就這樣，蘇行也一去不返。
眼瞅著自己的孩子越長越大，雅歌擔心自己最後的希望兒子也像父親和丈夫那樣，也像那些在旅途中失去生命的孩子一樣，一去不返。
于是，她將兒子交給鄰居照顧，她自己一個人則前往玉虹大學求學，試圖通過系統化的學習，尋找提高訓練家野外生存能力的方法。
進入學校後，雅歌發現自己的學習天賦並不是很好，但她沒有忘記她是母親，為了自己的孩子可以活著，從那以後，她每天只睡四個小時，每當鬧鈴響起的時候，她就像听到了戰歌一樣，起床，前往教室听課，去圖書館查閱資料、在講座中與寶可夢博士交流。
雅歌就像是一塊海綿，吸收著學術氛圍最好的玉虹大學的先進知識。
（現代精靈球，就是這所學校教授的發明，同時，精英階層很多都是這座學校的校友。）
兩年後，終于，她找到了解決的辦法，那就是通過研究、記錄寶可夢的習性，系統化地編寫一部告訴孩子們哪些精靈危險、那些精靈友善的寶可夢圖鑒。
她相信隨著圖鑒的誕生，隨著孩子們對寶可夢習性熟悉，他們在野外的生存率一定會大大提高。
但這無疑是一個浩大的工程。
恰好，時任冠軍（各地最強訓練家）的大木雪成因為兒子的死亡痛苦不已，他也決心尋找一種能保證訓練家野外安全的方法。
二者在某次講座上，相見恨晚，一拍即合。
這之後，大木雪成放棄了冠軍之位，帶雅歌回到了他的家鄉真新鎮，並在這里建立了大木研究所。
冠軍的人脈是恐怖的。
源源不斷的寶可夢資料，從各地傳來。
大木博士、雅歌以及他們的助手沒日沒夜地整合著各種毫無關聯的情報，以期早點使圖鑒投入使用。
在雅歌看來，一切都在朝著好的方向發展。
但她不知道的是，鄰居並不像他們表現得那樣熱情、善良，年幼的主角蘇白住進他們家中後，被他們強迫勞動、毆打虐待，吃不飽，穿不暖，過著無比絕望的日子。
再加上，通訊不便，使用信件權力又被鄰居牢牢握在了手中。
年幼的蘇白幾乎看不到任何希望。
終于，又是一次無情的毒打後，9歲的主角穿著單薄的衣服，趁著男主人酒醉之際，逃離了這里。
在他跑到樹林中，即將昏倒的時候，被剛好路過的火箭隊成員救下，而後，蘇白加入了火箭隊。
盡管火箭隊是關都地區近幾年剛崛起的地下勢力之一，盡管火箭隊的首領板木似乎有著不可告人的秘密，但在這里，蘇白可以吃飽，可以穿暖，可以與同齡的伙伴一起玩耍，他體會到了前所未有的溫暖，所以，他並不在意自己現在正在做什麼。
但是，好景不長。
在某次和盜獵團的火拼中，蘇白不幸死亡。
幾天後，雅歌得到了火箭隊的通知，猶如五雷轟頂，強行振作起來後，她匆匆告別了大木博士，前往火箭隊所在的常青市，去見兒子。
從火箭隊手中得到被冰封的兒子遺體後，她帶著兒子來到了紫苑鎮。
這里住著雅歌在玉虹大學讀書時認識的同學，富士博士，這個男人現在主要從事思維數據化，以及克隆方面的研究。
思維走向極端的雅歌，將最後的希望寄托在了他身上
但遺憾的是，死而復生這種事，富士博士目前根本做不到。
但是家境優渥、學識過人的富士博士，卻給雅歌指了另一條路，他說，某些傳說寶可夢擁有讓人死而復生的能力，希望雅歌可以去嘗試一下。
于是，走投無路的雅歌听信富士博士的話，在將兒子的遺體交給富士博士保存後，她離開了，踏上了找回兒子的旅途。
（關聯事件︰常青森林的雪拉比、世界樹的夢幻、卡洛斯地區的哲爾尼亞斯，反轉世界的騎拉帝納。）
（騎拉帝納事件中，雅歌為了保護被銀河團毀掉白金寶珠騎拉帝納，避免反轉世界破碎從而影響到現實世界，甘願獻出自己的生命，成為了第二顆白金寶珠，幫助騎拉帝納趕走了銀河團。）
……
多年後。
現實世界。
一個嬰兒在深紅區D市的孤兒院門口憑空誕生。
（世界觀參考了污白大大的全職藝術家，是一個高度統一的多民族國家，現在正致力于研究如何探索外太空、創造新能源等事宜，七大區的順序按照彩虹色排列。）
幾年後，這個孩子被一對善良的夫妻收養，悉心照顧，撫養成人。
某一天，精靈世界，貪玩的夢幻突然想起，多年前，它受一位母親的幫助，恢復了元氣，事後，它決定幫對方實現一個心願，只是那時的它處于虛弱狀態，超能力不夠，導致那個孩子出現了異世界。
現在是時候將，那個孩子接回來了。
………………
開篇，蹭寶可夢25周年發布會的熱度，簡單描述現實世界，穿越。
穿越的節點，是寶可夢劇場版《超夢的逆襲》的開篇，地點在火箭隊位于新島的研究所，以富士博士為首的研究員正在進行一項計劃——最強兵器計劃（即通過夢幻的睫毛化石克隆超夢。）
而這個時候，主角在寶可夢世界的身體，剛好被富士博士帶到了這里，這個男人試圖用夢幻的基因影響主角，幫助他回復生機。
隨後，主角穿越，直面被超夢「核爆」的危險。
新島事件後，主角被迫加入了聞訊趕來的火箭隊。
與此同時，現實世界中的人類被抹去了所有與寶可夢相關的記憶。
當天夜里，一家名為寶可夢聯社的游戲公司悄然注冊。
（起因是，神獸們對精靈世界人類將它們視作工具、武器的行為不滿，決定連通兩個世界，一邊讓現實世界的人類以玩游戲的方式體驗寶可夢世界，樹立和寶可夢和諧共存的意識，一邊讓現實世界的人類見證寶可夢世界人類因無視寶可夢的感受和寶可夢對立而走向毀滅，為將來寶可夢們進入現實世界埋下引子。）
幾個月後，游戲先導PV發布。
引起了社會的廣泛關注和熱議。
年底，關都資料片發布，在深紅地區，率先開啟刪檔測試。
……
反派線︰
板木出身于商賈人家。
母親是一家跨地區公司的社長。
玉虹大學畢業後，訓練家天賦千年難遇的板木響應老師橘子婆婆的號召，加入了國際刑警隊，成為了一名國際警察。
盡管工作後，他經歷了很多事，也深切體會到了現實的殘酷，但身為斗士的他，依舊斗志昂揚，對創造一個好美世界的追求保有無限熱情。
某一天，他的隊長恩接到調查究極異獸的任務，暫時退出了小隊（因為恩不想帶著這些前途光明的年輕人冒險）。
兩個月後，傳來噩耗，恩失蹤了。
在往日的生活工作中，恩宛如慈父，于是板木帶著其他隊員廣美、阿桔、凱特找到了理事會會長，請求他們前去搜尋恩的下落，但是會長拒絕了他們，並下令他們趕忙狩獵園區，支援當地的護林員，營救要員。
雖然很不甘心，但是他們也沒有辦法，只能前往狩獵園區支援
事後，四人這才知道，所謂的要員不過是會長一無是處的兒子罷了。
被理事會假公濟私地擺了一道，他們已然失去了最佳的救援時間。
板木對此懷恨在心，第一次動搖了自己的意志。
多年後，板木晉升為搜查官。
負責追蹤一伙專門買賣寶可夢的盜獵團的蹤跡，歷經波折，板木小隊為對方設好了局。
盜獵團潰逃之際，板木讓廣美、阿桔、凱特、剛加入的馬志士追蹤那些小嘍嘍，而他自己則去追蹤盜獵團首領特洛斯。
以他的實力，對方根本沒有反抗的可能。
但是，趕巧的是，追擊的過程中，特洛斯派出紐拉，殘忍地殺害了一名女性護林員和她的寶可夢毒粉蛾，見護林員的小女兒（朵迷諾）縮在一旁的灌木叢中瑟瑟發抖，剛有了孩子的板木放棄了追擊，決定先安置這個孩子，防止意外的發生。
特洛斯得以順利逃月兌。
多年後，依靠販賣寶可夢器官賺得盆滿缽滿的特洛斯決定改頭換面，迎接新的生活。
但是在做整容手術之前，他還有恩怨了結。
于是，他花錢雇佣記者從國際刑警部要來了板木的小隊資料。
隨後他以自己的替身和自己所在的整個盜獵團成員為誘餌，布置了陷阱，引誘板木小隊前來，而他則偷偷來到了板木家中，殘忍的殺害了板木的妻子，並將板木的兒子帶走，扔到了城都地區犯罪率最高的小鎮，只有被板木妻子藏在在床底下的朵迷諾躲過了一劫。
總之那一晚過後。
懷揣夢想的斗士，失去了斗志。（板木）
熱愛生活的母親，失去了生命。（廣美，主角同伴富林多的母親）
喜歡微笑的年長者，失去了表情管理能力。（凱特，娜姿的父親，而娜姿也因為小時候，無論做什麼都看不到父親的笑容，變得格外恐怖。）
保守傳統的忍者，失去了生育能力。（阿桔，阿桔只有一個女兒，但是他想要一個兒子，特洛斯事件後，他遷怒于自己的女兒，對她不再關心。）
只有剛加入的馬志士，逃過一劫。
一個月後，板木等人相繼退出了國際刑警隊。
意識到釀成悲劇不只是邪惡狡猾的敵人，更是這個逼人太甚的時代，板木決心將世界推倒重來。
（百年前，十歲成年法案通過後，意味著十歲的孩子就要承擔法律責任和沉重的稅務，所以，很多走投無路的窮苦人只能選擇加入當地的盜獵組織，通過捕殺、販賣寶可夢，謀利繳稅。）
于是，他來到常青市，建立了地面系道館，同時接過了火箭隊（Team Rocket）的大權，將火箭隊的性質從「幫助員工致富」變成了「 Raid Oy（襲擊城市） Knock out（打垮他們），Evil Tusks（邪惡獠牙）」。
並在暗中積蓄力量。
終有一天，他要讓這個世界變得像新生兒一樣，如他失蹤的孩子那樣干淨純粹。
最終戰被主角擊敗後，阪木認同了主角的羈絆決定、並會改變人生的理念，最後解散了火箭隊。
主角人設︰
是一個經常把「我一直承受著我這個年齡不該有的帥氣，心好累」、「我也曾和你一樣苦惱，直到我坦然接受了自己的帥」之類自戀的話掛在嘴邊，但是卻長著一張無法讓人反駁的帥臉的大學生。
主角在現實世界是，寶可夢系列游戲的高玩，世界賽常年前八的選手。
擁有現實記憶，在常青森林事件後，從富士博士那里得到了原本的記憶，對比溫柔耐心的養父母，他對不負責任的父母本能地感受到了厭惡。
因為夢幻基因的緣故，他的體質格外夸張，在拉姆達（重要角色）的魔鬼特訓下，成為了沒有弱點的頂級特工。
「既然無法解決敵人的寶可夢，那就率先解決敵人本身。」
中期，被玩家戲稱，人形寶可夢。
核心賣點︰
主角穿越到寶可夢游戲世界（只是他以為的），成為了NPC，起初，抱著玩游戲的想法，被旁人視作克隆體的他忽視了很多，也很自私自利，但是後來隨著和同伴、寶可夢之間羈絆的增加，逐漸變成了一個有擔當的青年領袖。
利用人設制造對立面。
之後再通過寶可夢聯社發布的人物傳記，在玩家面前，進行反轉洗白，或者加深恨意、或者加深喜愛程度，讓玩家更加認同寶可夢世界。
金手指︰
主角穿越的節點，精靈世界還沒有圖鑒，憑借豐富的游戲知識，主角在選擇精靈時，在進行寶可夢研究時，擁有得天獨厚的優勢，獲得了許多人的賞識。
游戲面板︰每日任務（價值不高的道具），限時任務（精良的道具），主線任務（專長），氪金商店（寶可夢食物）
主線推進的動力︰
母親線和冠軍線。
主角的性格變化︰
從自私到富有正義，從傲慢（玩家帶來的）到溫和（意識到了這個世界的真實），從對父母的恨，到明白他們的苦衷。
主角的身份變化︰
火箭隊特工——寶可夢初級搜查官（火箭隊安插在聯盟的臥底）、研究員、戰斗工廠知識胸章的守擂者——寶可夢高級搜查官、聯盟冠軍、寶可夢博士。
主角的寶可夢︰
堅果啞鈴（草鋼）︰
明明是個肉盾，最開始卻是一個非常怕疼的愛哭鬼，後來在主角的教導下，變成了「陽光大男孩」（老蔭庇）喜歡布置陷阱，對敵。
一開始，是火箭隊內部沒有人要的寶可夢（因為火箭隊會向正式成員提供拉達、超音蝠、臭臭泥等寶可夢的訓練方法，面對陌生的種子鐵球，沒有願意擔風險。）後來，被主角選中，撿了大漏。
為了回報主角的認可，是隊伍中最努力的存在，是基石，萬年守護在蘇白身前。
大嘴娃︰
事業心。
繼承了祖輩風速狗和紐拉的火系天賦、冰系天賦，但是自身卻因為這兩股互相沖突的能量變得格外脆弱，性格獨立，十分要強。
幫助火箭隊整合地下勢力後，從板木那里獲得了最後一份夢幻的基因培養液，打破了自身種族值的限制。
卡洛斯無限能源事件後，擁有了超級進化石。
究極大都市事件後，擁有了超進化的能力，依靠多長出來的嘴，徹底解決火冰屬性能力沖突的問題，實力突飛猛進，一躍成為主角隊伍中的核心。
帝王拿波︰
身體對比其他同類，顯得特別嬌小，也因此和它們格格不入，喜歡讀書，文化人兒。
無限能源事件中，為救主角，被死亡之翼打中，石化。
後來，主角帶著石化的小企鵝游歷卡洛斯地區，半年後，他在一片密林中遇到了哲爾尼亞斯，因為主角的母親曾有恩于哲爾尼亞斯，再加上，主角一路上幫助寶可夢的行為，它為主角恢復了小企鵝的活力。
小企鵝和主角一行在黃昏下，深情相擁。
路卡利歐︰
喜歡用特殊招式進行遠程進攻的它，在拳拳到肉的家族中倍受冷遇。
當時，蘇白被板木（當時還是關都地區的道館館主，並未和聯盟撕破臉皮）舉薦，成為寶可夢搜查官（臥底），為了監督他，聯盟的議員亞玄，將這個利歐路送到了蘇白身邊。
但是沒多久，被蘇白的理念（支持它走遠程路線，還美其名曰，不想當法師的利歐路不是好戰士）和正義之心影響，成了用來大狗的肉包子，一去不返。
因為被同類經常鄙視，產生了心魔，無法進化，但是再戰反轉世界事件中，為了保護主角，憤然進化，打破了僵局。
席多藍恩︰
天生三只腳，殘缺的身體，讓它在席多藍恩的群體中，倍受寵愛。
休閑區火山事件後，經歷了一場惡戰的它決定告別同伴，走去舒適區，和蘇白看看外面的世界。
堅韌的性格，喜歡曬太陽，帶幼體寶可夢，但是戰斗時，會變得格外凶悍。
洛托姆︰
森之洋館事件中，主角幫助護林員擊敗銀河團，入隊。
有禮貌的話嘮。
和圖鑒融合。