威爾將尹麗莎白救回了攔截號，吉布斯在得知杰克落單之後，不得不按照海盜條例選擇了返航。
威爾也在尹麗莎白口中得知，巴博薩這一群海盜要的並不是尹麗莎白的血，而是自己的血。
黑珍珠號很快就追上了攔截號，並對攔截號發動了攻擊。可是攔截號上沒有彈藥，只能將鍋碗瓢盆當成彈藥，塞進炮筒里充當彈藥。
尹麗莎白想了一個辦法，讓右船舷下錨，在被追上的一剎那，放舵急轉，跟黑珍珠號來了個臉對臉對轟。
但是攔截號哪里是黑珍珠號的對手？更何況黑珍珠號上全是活死人，根本就不害怕受傷，攔截號寡不敵眾，最終還是落入了下風，全員被捕。
攔截號也炸成了碎片。
杰克也趁亂從禁閉室里逃了出來，想要搶回那枚金幣，可是卻被巴博薩搶先一步拿到金幣。
威爾也在最後一刻逃出了攔截號，並用自己的性命威脅巴博薩，放尹麗莎白一條生路，巴博薩答應了。
但是巴博薩再一次故技重施，將尹麗莎白和杰克都帶到了當初流放杰克的那座荒島上，逼迫倆人跳海，並再一次當著杰克的面，開走了黑珍珠號。
尹麗莎白一直以為杰克上次逃離荒島，是有什麼與眾不同的辦法，可事實上，杰克是乘坐著私酒販子的船，這才能夠逃離荒島，根本就沒有什麼傳奇故事或者經歷。
得知真相尹麗莎白決定自救，她灌醉杰克，然後將島上所有能燒東西，全都燒掉，讓這些東西焚燒的煙霧，被搜尋自己的海軍發現，然後等著海軍前來救援。
杰克一覺醒來，發現尹麗莎白把整個酒窖里的酒全都燒掉了，氣得差點兒暴走。
但是下一秒，杰克就被打臉了，因為海軍真的來了。
尹麗莎白以答應諾林頓的求婚為條件，請求諾林頓去解救威爾，諾林頓答應了。
威爾也在黑珍珠號上，得知了自己父親被殺的真相。
杰克將諾林頓帶到了那個隱秘的洞口，並要求自己先進去跟海盜談判，並將他們引出來，諾林頓就可以以逸待勞，擊殺那些海盜。諾林頓答應了杰克，但同時也在洞口做了埋伏。
杰克就一個人劃船進入了那個洞穴，找到了巴博薩。
可這個時候，巴博薩正準備處決威爾，用以解除自己身上的詛咒。杰克的到來讓巴博薩很是驚訝，因為這是杰克第二次從荒島上逃離了。
杰克用諾林頓來威脅巴博薩，然後又跟巴博薩表示，要跟他合作，奪下無畏號，這樣一來巴博薩就能自封準將，成為大人物了。
但在奪下無畏號之前，巴博薩還不能血祭威爾，因為海盜們只有靠著活死人的特性，才能夠戰勝無畏號上的海軍們。
但是暗中，杰克卻悄悄的將一枚阿茲泰克金幣藏了起來。
巴博薩被說服了，海盜們憑借著活死人的不死之身，從海底徒步走到了無畏號船底，然後沿著船舷爬上了無畏號，殺了無畏號一個措手不及——因為大量的兵力，都被諾林頓安排在洞口附近埋伏了。
諾林頓發現海盜們偷家，趕緊從洞口撤回來救援無畏號，但是面對這傷不著打不死的海盜，海軍這邊根本就不是對手！
留守在山洞里的杰克，跟巴博薩打了起來。尹麗莎白也趁亂跑到黑珍珠號上，釋放了吉布斯等人。
山洞里，杰克和巴博薩打得不可開交，本來按照巴博薩的設定，杰克不可能是巴博薩的對手，但是杰克先前偷拿了一枚金幣，現在也變成了受詛咒的活死人，巴博薩同樣拿杰克沒有一點兒辦法。
場面就這樣僵持住了，但是這一段打斗真的無比精彩！
月光下，杰克和巴博薩一會兒是血肉之軀，一會兒又呈現出被詛咒的骷髏狀態，特效轉變之流暢，讓全場觀眾都為之驚嘆！
「哇！這一段特效好逼真啊！被月光照耀到地方就是骷髏，沒有被照到的地方就是血肉之軀，隨著角色的打斗，這麼快速的切換下，還有這麼流暢的效果，這一定要給後期加雞腿！」
「泛哥的電影特效，好像都是自家公司做的吧？當初那部動畫電影的時候，我就覺得華夏特效站起來了，現在再看這個真人特效，只能說，泛哥真牛批！」
「我覺得光憑這個特效，就值得回票價了！商業片嘛，就是看大場面，看特效，看主角怎麼虐反派的。雖然這部電影里，虐反派虐得不是太明顯，但是三個主角都很給力啊！」
……
是的，這部電影也稱得上是一部群像戲了，因為光是主角就有三個，反派的存在感也很高，關鍵是特效也全用在反派身上了，林泛飾演的杰克船長，直到電影的末尾了，才沾了一點兒光，蹭了一把特效。
但是三個主角都各有各的魅力，尤其是林泛飾演的杰克船長，看著瘋瘋癲癲的，而且差不多算是全片的搞笑擔當，可到了關鍵時刻，他卻發揮了巨大的作用，也讓他的個人魅力，展現得淋灕盡致！
正如此時此刻，杰克跟威爾甚至都不用任何言語交流，就知悉了對方的想法，並且密切配合起來，擺了巴博薩一道。
威爾用自己的血，解除了金幣的詛咒，而杰克也用當年那把只有一顆子彈的槍，結束了巴博薩的性命。
無畏號上，所有的活死人海盜，身上的詛咒也被同時解除，失去了不死之身的海盜們瞬間束手就擒，海軍們獲得了最終的勝利。
當然，杰克也被諾林頓抓了回去，準備當眾處以絞刑。
關鍵時刻，威爾出現，救了杰克一命，尹麗莎白也趁機助攻，讓杰克趁亂逃走。諾林頓最終也放了杰克一碼，讓他回到了黑珍珠號上。
杰克•斯派羅船長，又將駕駛著他的黑珍珠號，在海上追尋他的自由。
當然，這並不是重點，重點是結尾彩蛋，巴博薩的猴子「杰克」，去到了石箱子那里偷了一枚金幣，變成了不死猴，似乎預示著杰克船長的故事，並沒有就此落下帷幕。
還有更加波瀾壯闊的冒險，正等著他去開啟！