當小智、小霞、小剛三人跑到憤怒之湖旁邊時，紅色暴鯉龍已經被漁網給兜住電暈，任由船只在湖面上拖行。
小霞擔心地說道:「那只暴鯉龍已經暈過去了！」
這時，眼尖的小剛，發現了同樣被捕捉網兜住拖行的小次郎三人，說道:
「你們看，那不是武藏他們嗎？」
小智直接丟出了精靈球:
「總之，我們必須救出暴鯉龍才可以，小鋸鱷，就決定用你了！」
雖然他平時了莽撞一些，但在關鍵時刻，總是會做最應該做的事情。
「哇力~哇力~」
個性活潑的小鋸鱷出現在了岸邊，四處蹦跳。
小智急忙命令道:「小鋸鱷，拜托你去把暴鯉龍救出來！」
「哇力~哇力~」
五短身材的小鋸鱷直接跳進了水里，朝著暴鯉龍游去。
「雖然我很怕暴鯉龍，但是也只好幫到底了！」
小霞也拿出精靈球拋了出去:「去吧，蚊香蛙！」
撲通~
蚊香蛙也跳入水中，飛速地朝抓住暴鯉龍的大網游去。
最後，兩只精靈同時抵達了捕捉網旁邊，用手抓住捕捉網進行拉扯。
喵喵有氣無力地說道:「它們是•••小鬼頭的精靈，難道是來救我們的嗎？」
此時，拉扯不動網子的小鋸鱷靈機一動，直接用嘴咬了起來，卻意外咬中了武藏的頭發。
疼得武藏大喊:「好痛，好痛啊，咬到我了，咬到我的頭發了！」
而這些，都被已經登上甲板的火箭隊眾人看得一清二楚。
辰己模了模下巴，心中暗道:
讓他們折騰到這個份上差不多也夠了，再繼續下去，萬一網子真破了還挺麻煩的，而且，英雄的角色是留給渡的，這些小孩子還是乖乖扮演被救的落難人士吧！
「席拉奴博士，使用進化波。」
席拉奴博士點了點頭，拿出一個傳呼機喊道:「我是席拉奴，照射進化促進電波！」
火箭隊基地的研究人員頓時開始了行動，校準方位，發射電波。
很快，小鋸鱷和蚊香蛙便松開了雙手，栽楞地浮在了湖水上面。
「突然有種不可思議的感覺，喵！」
捕捉網中的喵喵也暈了過去，任由小次郎與武藏急切地推動也無濟于事。
「這到底是怎麼一回事啊！」
對于小鋸鱷再次的昏迷，小智不由得有些無力。
小剛連忙提醒道:「總之，先把它們兩個收起來吧！」
小智和小霞都點點頭，用精靈球收起了各自的精靈。
而這個時候，小智肩膀上的皮卡丘和小霞懷里的波克比也都受到了進化波的影響，再次萎靡不振了起來。
但還沒等他們多想，三個飛來的鋼環已經將他們給捆了起來。
桐木和一個火箭隊小兵劃著皮艇靠岸，辰己大聲地邪笑著:
「你們三個，居然還有膽量回來，可惜，被你們知道了太多秘密，我是不可能放過你們的！」
小智三人咬牙切齒，但隨後便被帶回了火箭隊基地，關押在了牢房里面。
而在小智三人被關起來後，辰己先是吩咐又回到餐桌上大吃特吃的小次郎三人留守基地，然後便組織起了火箭隊的撤退工作。
研究資料，連帶著席拉奴博士和桐木，以及辰己自身，直接乘坐直升機撤退。
那些科研人員，還有火箭隊小兵則乘坐卡車，立刻進行轉移。
至于小次郎三人的安危，根本不用擔心，辰己絲毫暗害的想法都沒有，之所以被辰己留下，只不過是為了做戲做全套而已。
小次郎——某個暗中支持火箭隊的家族財團的唯一繼承人。
武藏——前任火箭隊首領(現任火箭隊首領阪木媽媽)親信的女兒。
喵喵——目前發現的，世界上唯一一只會說人話的精靈。
雖然阪木老大有交代，不用管他們三個的身份，把他們當普通的火箭隊成員來看就行，也一直都這麼放養他們三個。
但是，誰信呢？沒有誰信。
當火箭隊內的某個小派系暗戳戳想對這三人動手，結果才剛試探了一下，便從上到下全被滅口後，再也沒有一個知情者敢信阪木的這番話。
在火箭隊的人撤離後，小智三人不甘地在牢房里大喊:「放我們出去！」
「把我們放出去！」
他們的聲音，直接把原本昏迷的皮卡丘和波克比給吵醒了過來。
小智頓時喜出望外，讓皮卡丘用電擊把牢門打開，但是，進化波的傷害還有殘留，皮卡丘還無法使用技能。
這時，武藏和小次郎小人得志般走了過來。
他們早就听到三人呼喊的聲音了，而後，武藏與小次郎一拍即合，決定要把皮卡丘單獨抓出來獻給阪木老大。
至于喵喵，它因為吃飽喝足，還有進化波的部分殘余作用，正躺著睡覺呢！
武藏洋洋得意:「小鬼頭，現在落到我們手里了吧！」
小次郎更是旋轉著鑰匙:「我們現在要把皮卡丘抓走，獻給老大！」
小智氣憤地大喊:「我不會讓你們把皮卡丘抓走的！」
「那可由不得你。」
武藏直接掏出鑰匙打開牢門走了進去，並放出了她的阿柏怪，讓它用毒針恐嚇了小智三人一波。
「皮卡丘，我們就帶走了！」
武藏拿出辰己交給她的，控制箍住小智三人和皮卡丘、波克比的鋼圈控制器，對著皮卡丘按了下去。
結果，不止是皮卡丘的鋼圈，所有的鋼圈都打開了，小智三人當場愣住，隨後看向武藏。
武藏只覺得滿滿的尷尬，于是用手揪住小次郎的衣服不停搖晃:「為什麼會全部一起打開呢，小次郎，這到底是怎麼一回事！」
小次郎很是無辜:「你問我，我也不知道啊！」
小智心想，管他三七二十一，現在是好機會，直接召喚出了火球鼠，讓火球鼠用煙幕掩護，逃了出去，還用鋼圈把小次郎他們給箍住了。
不過，小智他們忘記了從武藏手里拿走遙控器，所以，武藏和小次郎，還有阿柏怪和趁亂溜出來的果然翁很快就掙月兌了出來。
武藏和小次郎大喊著:「不要跑！」，追了出去，連帶著喚醒了睡得正香的喵喵，喵喵也跟著追了出去。
當武藏命令阿柏怪用毒針封路，然後用捆綁
把小智三人抓住時，發現情況似乎出了點意外的渡正好趕了過來。
快龍一發龍之波動將阿柏怪擊退，渡則穿著一身火箭隊制服從他開的吉普車里走了出來。
在火箭隊三人問起渡的身份時，渡一掀衣服，來了波秒換裝，強調了一遍他精靈搜查官的身份，然後讓快龍用龍卷風把小次郎三人卷走，帶到了距離憤怒之湖較遠的森林里。
接著，小智三人便開始道歉，說給渡帶來麻煩的時候，渡則一臉寬宏大量地說沒關系，能理解他們的心情。
「這個地方，絕不能讓它有再使用的機會，快龍，使用破壞死光！」
轟轟轟的光柱掃射中，憤怒湖邊的火箭隊基地坍塌了，而渡則開著吉普車，載著小智三人離開，朝著與辰己約定好的卡吉鎮方向前進。
而卡吉鎮這邊，桐木和席拉奴已經從直升機上下來，換乘到了一輛汽車中先行離開。
辰己本人則留了下來，呆在用網子打撈暴鯉龍的兩架直升機的其中一架上，他還需要陪渡演最後一場戲。
在快要接近卡吉鎮的時候，渡暗暗接通了與辰己傳呼機，又飛速掛斷。
而辰己在得到渡的信號後，也是配合地讓直升機從天上栽下來，掉進河里，令暴鯉龍月兌逃。
暴鯉龍立刻沿著河水奔走，並時不時地發射破壞死光，攻擊岸邊的建築。
接著，駕駛著吉普車的渡和小智等人便發現了暴鯉龍，小智更是焦急地跑下車，沿著河岸追逐著暴鯉龍，試圖勸解它。
但一點作用也沒起到，辰己也適時地出現，放出他的大嘴雀，與渡演戲，並派出其他手下將暴鯉龍從河里拖上岸。
渡當然是果斷地讓快龍跟大嘴雀打了起來，並讓小智等人去解救暴鯉龍。
很快，小智便追上了那些火箭隊小兵，將他們打跑，結果小次郎三人又出現了。
等到小智再次將小次郎三人打跑後，暴鯉龍已經是怒不可遏了，沿著河岸飛速游動。
小智三人當然趕忙去阻止，結果，徹底激怒了這只紅色暴鯉龍，失去理智的它哪里還顧得上渡的命令，直接朝著小智三人吐出一口破壞死光。
但在千鈞一發之際，早就听到這邊動靜的柳伯出手了。
他的白海獅直接用急凍光線將破壞死光反到了暴鯉龍身上，周圍的河水都被白海獅的急凍光線給凍成了冰塊。
柳伯緩步走了過來，勸誡地說道:「想跟精靈成為好朋友嗎？人類和精靈是不可能成為朋友的！」
小智反駁道:「不可能，這種事•••」
立刻被柳伯給打斷了:「你還不明白嗎？小鬼，你的這種想法已經給周圍的人們帶來危機了！」
小智還想再說什麼，但暴鯉龍已經轉身離開，他也只能急忙跟上。
在經過柳伯身邊時，兩人的眼神一陣交集。
而暴鯉龍離開後，便遇到了趕來的渡和他的快龍，暴鯉龍怒氣再漲，朝著渡便吐出破壞死光。
「快龍，給它一點教訓！」
藍色的電磁波從快龍的觸角上發射而出，與暴鯉龍的破壞死光瘋狂對撞。
這時，小智三人趕了過來，小智急忙說道:「渡先生，請阻止快龍的攻擊好嗎？」
「恕難從命。」
渡淡淡說道，隨後又解釋了一句:「因為要解救它，只有這一個辦法了！」
片刻後，紅色暴鯉龍倒下了，渡丟出收服它的精靈球將它收了起來，向小智等人保證，這條暴鯉龍以後會是他最好的伙伴，然後便離開了。
小智也算是理解了渡的行為，只是，他心中仍是有些不解。
人類和精靈真的沒辦法和諧相處嗎？如果讓這條暴鯉龍回歸自然，它應該也不會繼續搞破壞的吧！
但很快，小智便想起了之前暴鯉龍用破壞死光攻擊他的那一幕，還有路過的不知名老伯的話。
心中不由得質疑起了自己，難道，是我錯了嗎？
而另一邊，與席拉奴博士一同坐在汽車上的桐木，已經離火箭隊基地越來越近了。