清廷的這些動作，當然逃不過華東政*府在北京布置的情報網絡。在這幾年的時間里，華東政*府己在北京布置了龐大而嚴密的情報網絡，可以說在北京城里發生的一切事情，也包括皇宮里的事情，都逃不過華東政*府的耳目。而且清廷的保密水平太低太差，僅僅是被華東政*府北京辦事處收買的太監就不少于20人，因此清延的一切事務，幾乎是完全對華東政*府透明。可以說清廷的任何決策剛一作出，最多兩個小時以後，青島方面就能夠收到了。
而清廷所做的逃跑的準備，包括在皇宮里準備好的馬車，在頤和園布置接應的軍隊等等事情，也早就傳到了青島，對華東政*府來說，如果慈禧、光緒逃到南方，是肯定對自己最不利的結果，因為慈禧、光緒代表著清廷的正統，一但逃到南方，加上又有各國的支持，很有可能會在短時間內整合好南方的地方勢力，和華東政*府相抗衡。雖然就算是整個南方統一起來，也不可能是華東政*府的對手，但也比一盤散沙，各自為戰的南方要難以對付得多，需要華東政*府消耗更多的精力、人力、物力、財力。于是行政院也指令軍委和安全部合作，全力阻止慈禧、光緒南逃，哪怕是在戰場上擊斃兩人，也比放他們逃到南方要好。
接到了行政院的命令之後，軍委和安全部也立刻著手開始制定相應計劃，安全部主要負責監視皇宮的動態，提供情報支持，而阻止慈禧、光緒南逃，還是要靠軍隊。
華東政*府在北京東的火車站有駐軍，駐守了1個營的軍隊，加上後勤人員，大約900人左右，雖然在建立這個營地時，留出了較大的余地，但最多也只能再增加1個營的軍隊。可用的軍隊數量大約在1500人左右。因此軍委決定，起用特種部隊來執行這個任務。
人民軍成立特種部隊，是在遠東戰爭之前開始，在遠東戰爭中也參戰了。不過在大規模戰爭中，特種部隊能發揮的作用有限，而且當時特種部隊剛成立不久，訓練不足，實戰經驗也有限，因此沒有派遣特種部隊執行突襲、斬首，敵後作戰等難度較大的作戰任務，而是從事偵察、探路，收集戰場情報等相對比較簡單的工作，當然如果條件合適，也會進行一些小規模的戰斗，以實戰來煆練隊伍，並積累經驗。而在遠東戰爭之後，特種部隊也根據戰場的實際情兄，進行針對性的訓練。
而這一次阻止慈禧、光緒南逃任務，而且只能依靠北京駐軍的情況下，顯然是特種部隊是最適合執行的部隊，早在天津談判之前，兩個特種部隊大隊，共計約840余人，己分批進駐北京駐軍的營地里，並且開始熟悉地形，道路等前期準備工作，而且特種部隊使用的武器彈藥也都陸續運入。
軍委也制定了三個作戰計劃︰
計劃一是在戰爭時期，搶在慈禧、光緒撤出北京之前，由特種部隊發動進攻，搶佔皇宮，抓捕慈禧、光緒，然後在皇宮中固守待援，等著主力部隊攻入北京支援。
這個計劃的優點在于戰斗的突然性，也就是以迅雷不及掩耳之勢，直搗皇宮，抓捕慈禧、光緒，有很大的成功機率；而缺點在于，北京城內外的駐守軍隊大約有6-7萬左右，北京城內的駐軍約在3萬左右，特種部隊的戰斗力雖強，但只靠800多名戰士，也難以敵擋得了這麼多清軍，如果主力部隊不能極時的趕到，並攻入北京，特種部隊將會陷入苦戰，甚致是傷亡重大，另外在北京城內，由其是在皇宮里作戰，對平民和北京的古建築的傷害都很大。
計劃二是在慈禧、光緒撤出北京之後，進入頤和園之前，在中途設伏攔截，抓捕或在擊斃慈禧、光緒之後，可以迅速的撤出戰場，利用特種部隊擅長野外作戰的優勢，和清軍周旋。
這個計劃的優點是特種部隊的作戰空間、回旋余地都變大了，可打就打，不能打就跑，這樣的作戰方式更能發揮特種部隊的作戰優勢，而且在北京城外作戰，也不必擔心對平民和北京的古建築的傷害，可以放開手腳來打；而缺點在于對情報的要求更高，因為從慈禧、光緒撤出北京，到進入頤和園之間，時間不會太長，如果不能極時的得到情報，很有可能會錯過攔截的時機。
計劃三是在慈禧、光緒進入頤和園之後，出兵攻擊頤和園，就在頤和園抓捕或在擊斃慈禧、光緒，或者是圍困頤和園，等著大部隊趕到。
這個計劃的優點仍然是在城外作戰，作戰空間、回旋余地大，而且頤和園的駐軍遠比北京要少，以特種部隊的戰斗力，還是有相當大的把握；但缺點也十分明顯，首先是頤和園也是極具價值的皇家園林，一但受戰火損傷，也是極大損失，而且頤和園的範圍太大，只靠800多人的特種部隊，基本不可能完全圍困，只能守住幾個關建節點，但這樣一來，就給清軍留下了不小的空間，有一定的機率是能夠突圍成功的。
在這三個作戰計劃之中，參謀部和特種部隊的指揮部進行了反復研究和比較，還組織了幾次推演，最終確定優先選擇第二計劃，第三計劃做為備選，而放棄第一計劃，同時又和安全部協商，對第二計劃進行了一定的修訂，即可以在從北京到頤和園之前準備幾個臨時據點，讓部隊先進駐臨時據點，這樣也可以增加攔截的成功率。
當然除了阻止慈禧、光緒出逃之外，在正面戰場上，華東政*府也完全做好了戰斗的準備。這次作戰，將投入3個野戰軍，共計約13萬兵力，分別從東、南、西三個方向，對北京城區進行合圍。
東面由中部軍區第11野戰軍負責，從天津出擊，沿津京鐵路前進，直搗北京；南面由西南軍區第12野戰軍負責，由河北順德府出擊，沿正定府、保定府、涿州一線，一路北進，在北京與11野戰軍匯合，對北京形成合擊之勢；西面由西北軍區第5野戰軍負責，由潞安府出擊，沿太行山一東麓進擊，攻佔宣化府，切斷北京與山西之間的聯系，阻止從北京向山西逃撤。
東北軍區按兵不動，負責監視俄軍的動向，因為這時間俄國顯得十分活躍，因此有必要防著俄國一手。
另外在南方，華東政*府也有軍事行動，這條戰線將由海軍陸戰隊和東南軍區第9野戰軍負責，沿長江逆游而上，進攻武昌府，並進而佔領湖北省的長江以南地區。海軍陸戰隊負責進攻武昌府的登陸作戰，第9野戰軍負責隨後攻佔湖北省的長江以南地區的任務。
現在華東政*府和清廷的東南地方勢力是以長江為界，華東政*府佔據長江以北及太倉州和松江府兩地，清廷的東南地方勢力佔據長江以南的地區。而且這一次作戰的目標是攻佔北京，滅亡清廷，統一北方，南方地區並不在這一次的作戰計劃之中。
但南方遲早也是要佔領的，華東政*府不可能接受以長江為界的南北分治，因此軍委認為，這一次作戰，在南方也應搞點動靜出來，至少在長江以南的地區佔據幾個要點，一是打破清廷的東南地方大員們南北分治的幻想；二是為將來華東政*府向南方進軍時，在江南地區有幾個可靠的支點，不必再進行渡江作戰。
軍委選擇的目標是武昌和南京，這是長江沿線上兩個最重要的城市，一但華東政*府控制了這兩個城市，再加上己在華東政*府手里的太倉州、松江府，三點聯成一線，華東政*府將可以徹底控制長江的中下游江段。
軍委將這個作戰計劃提交給行政院，而經過慎重的考慮之後，行政院基本認同這個計劃，但認為南京是袁世凱的地盤，現在華東政*府和袁世凱的關系還不錯，暫時也沒有必要破壞，因此將南京從這次的作戰的目標中刪除，只留下武昌府，同時決定將作戰範圍擴大到湖北省的長江以南地區。
因為這次作戰的主要目地是在長江以南的地區佔據幾個要點，為將來華東政*府向南方進軍作準備，佔領了湖北省的長江以南地區，也基本達到這個目標，佔不佔領南京，作用並不是太大，而且湖北省位于長江中段，東鄰安徽，西連四川，西北與陝西接壤，南接江西、湖南，北與河南毗鄰。自古以來就是東西南北的折沖要路，戰略重地，因此佔領了湖北省全境，可以作為華東政*府將來向南方進軍的總基地。
另外在張之洞任總督的時候，曾興建了一大批近代工礦企業及學校，雖然在華東政*府看來，水平十分落後，但在整個中國來說，己算是很先進，至少也能算有一定的近代工業、教育基礎，還是有很大的價值。
現任的湖廣總督是趙爾巽，湖北巡撫是端方，華東政*府和他們可沒什麼交情，因此攻佔湖北省也完全沒有什麼顧忌的，可以放手去做。