李明勛是不是開導自己，西蒙斯等人不太清楚，但是最終東南變亂卻是戲劇性收場的，按照安全局的情報，在沈廷揚原封不動傳達了李明勛的話後，鄭成功氣急敗壞，但是這個識時務的國姓爺可不敢挑釁李明勛親手制定的規則，因此只得按照命令，交出金、廈二島。
鄭成功一面派人悄悄聯絡施瑯軍中的監軍和周氏兄弟，一面派遣大軍南下金夏清剿叛逆，可最終的結局是，施瑯殺了鄭成功的監軍，直接向漳、泉一帶的滿清軍隊投降，引滿清軍入廈門、金門，幸好島上的守軍多與滿清有血海深仇，而短短一個月的時間，施瑯也沒有掌握這支軍隊，在周瑞兄弟的率領下守軍竭力對抗，只是福建沿海，水師以施瑯部為首，金夏守軍只得固守，而鄭成功率水師來援，最終結局也只是撤出島上軍民，返回了舟山，金、廈二島落入了滿清手中。
毫無疑問的是，鄭成功要為金、廈二島的失陷負責，因為他根本沒有為這二島與清軍死戰的計劃，鄭成功知道，守住二島最終也是要交給鄭彩，這種沒好處的事他可不會去做。
施瑯的叛變讓東南變亂戛然而止，金夏易手的責任再難怪罪到鄭成功的頭上，在鄭成功的宣傳里，施瑯本就是叛逆小人，蒙蔽了國姓爺，早前就可能投靠了滿清，借助南下金夏的機會，故意火並，意圖挑起國姓與鄭藩、合眾國的內戰，其心可誅，國姓更是公告天下，必要誅殺此獠。
東南變亂導致合眾國的東南藩鎮盟友的地位變的岌岌可危，舟山藩鎮此刻有陸師沒有水師，而鄭藩有水師沒有陸師，雖然鄭彩提議舟山各藩鎮一起出兵收復金、廈，日後共享福建沿海，但是被舟山藩鎮拒絕了，鄭成功鐵血專權，鄭彩心胸狹隘，都是容不得人的，這些軍閥不想在這二人下听令，自然也不會幫助鄭藩，一時間，這群盟友沒了根據之地，只能等著兩廣會戰後，听李明勛安排了。
兩廣會戰從永歷七年的十月中旬一直打到了永歷八年的二月上旬，一開始勝利的進軍在東南亂起之後戛然而止，畢竟有三萬盟軍因為東南變亂而無心作戰，雖然他們不承擔主要作戰任務，但老家失陷讓軍心大損，在很長一段時間里，清軍與盟軍在深圳大營鏖戰不休，雙方誰也奈何不了誰。
而這段時間也給了合眾國集結兵力的時間，當舟山的消息傳到香港，李明勛的第一道命令就是堅持收復兩廣的政策不動搖，他深刻的意識到，合眾國還不具備同時解決兩廣和東南沿海兩場戰爭的能力，兩頭顧及，兩頭可能都不討好，與那些只顧著走私賺錢的東南藩鎮相比，奪取兩廣培養瓊藩和晉藩兩大盟友更具有價值。
在三個月的時間里，李明勛從調來北洋戰區陸軍第二師的一個步兵旅和一個騎兵團，加強兩廣戰場，並且把剛剛完成整編的陸戰隊第一旅從台灣調集到兩廣，如此，盟軍又相當于多了一個陸軍師的兵力，大規模的進攻從二月中旬開始，李明勛誓言要在廣東濕熱的夏季到來之前結束主要戰事，這樣可保證秋季稻可以順利播種產出，今年瓊、晉二藩可以順利收到秋稅。
盟軍曾經試圖阻止混編步隊一點點的啃下深圳大營，披了兩層甲的西營老兵，手持手榴彈和手槍的擲彈兵，懂的爆破、格斗和槍法的戰斗工兵，另有輕榴彈炮和獵兵的支援，這樣的進攻步隊在清掃戰壕的過程中發揮了重要作用，在塹壕戰中，雙方的傷亡比率一直在六比一以上，但實際上，並不超過三比一。
塹壕戰開始之後，臨時制造的爆炸物、鐵蒺藜、毒煙彈和竹簽子，一系列惡毒的陷阱設置在了清軍壕溝之中，從戰場上下來的士兵飽受毒煙彈里的巴豆、砒霜，竹簽子、鐵蒺藜上沾染的馬糞馬尿和被鐵釘、碎石撕開傷口的傷害，許多人因為內傷、外傷死在了後方野戰醫院的帳篷里，塹壕戰形成了以命換命的局面，當清軍把綠營兵和民夫頂在前面的時候，李明勛和李定國知道，這種戰爭要停止了。
塹壕戰結束，想要改變兩廣會戰的面貌，就要開戰登陸作戰，一把利刃直刺滿清心髒，這也是兩廣會戰的備用計劃，負責此次計劃的是陸戰隊司令烏穆，他指揮一支戰列艦分隊，陸戰隊第一旅和南方戰區水師，瓊藩水師黃蜚部和鄭藩水師予以配合，而他們的對手有清軍平藩麾下南頭總兵許龍部，和廣東水師總兵張國勛部。
與原本的歷史不同，廣東海域因為合眾國的介入一向平靜，從沈猶龍時代起，合眾國就致力于在清剿珠三角的水賊、海匪，這一行動在李成棟入主廣東時候達到了高潮，後李成棟反正，雙方都是沒有停下，等到平、靖二藩進入廣東時，已經沒有多少海賊投靠其作為水師了，許龍算是‘碩果僅存’的廣東海盜之一，投了尚可喜成為了南頭總兵，駐扎深圳河以北的新安一帶，也合眾國水師交戰不斷，但兩廣會戰一開始，便是去了虎門做縮頭烏龜，與廣東水師總兵張國勛抱團取暖。
尚可喜與耿繼茂掌握廣東，知道合眾國水師的厲害，又苦于自己水師不強，因此在珠江航道大修炮台工事，珠三角深處以海珠石、海印石炮台為主，兩座炮台夾擊航道，封鎖珠江，保護廣州雄城，而外圍的防御則只到虎門一帶，出了虎門，便是寬闊的伶仃洋，是用炮台守不住的。
珠江口是中國為數不多的航運便利區，但那是對于小帆船或者槳帆船來說，對于動輒幾百上千噸的大海船來說，珠江航道一點不友好，即便是珠江口的伶仃洋，長久以來，也只有夏季三四個月的西南季風期才能進入，這也是葡萄牙人選擇澳門，而不是航道更深處據點的原因，澳門雖然淤積嚴重，但好歹處于外圍，西南與東北季風季都有進出的時間窗口，但虎門就不同了，如果是葡萄牙人或者其他什麼勢力攻打虎門，也只能是六月到八月之間進行，否則光是在珠江航道上就能撞個頭破血流。
合眾國不同，自從香港開埠之後，就沒有停止過對于珠江航道的勘探和記錄，香港港開埠，大噸位的商船都是要通過劃槳船的拖拽進入商港，現如今，幾乎可以自由通行了。
東北季風盛行，進入珠江口不能走主航道，而是要走擔干-大嶼山航道，風向東北偏北，漲潮時分，艦隊旗艦青龍號駛入了擔干水道，這是海軍熟悉的水道，順風換舷之後，于一日之後進入伶仃島一帶躲避夜里凜冽的海風，此番出征虎門，共有戰列艦兩艘，加萊賽和加列槳帆戰艦二十四艘，其余都是武裝運輸船，陸戰隊乘坐的是戧風能力更好的亞哈特船，而明軍各藩水師就各有不同了，沙船、廣船和亞哈特船齊備，而到了香港海域，會有屬于鄭藩、瓊藩和南方戰區的艦隊加入，多是快蟹、長龍和舢板這類小船，在伶仃洋里，這些小船才是攻防的主力。
在經過深圳河口的新安縣的時候，由戰列艦青龍號和呂宋號，加萊賽槳帆戰艦響尾蛇、蝮蛇、眼鏡蛇、五步蛇共四艘船組成的炮擊艦隊襲擊了當地的南頭水師營，南頭水師營駐扎在東莞千戶所城，其實就是新安縣城，當然，水師營的大部分艦船和官兵已經去了虎門，留在此地是協助定藩守軍，廣西提督線國安駐扎此地，新安一帶有定藩麾下藩下兵、綠營一萬三千余，防備的就是合眾國登陸，而炮擊艦隊也炮擊水師營，也是為了讓清軍以為合眾國軍會在此地登陸。
炮擊從下午開始，一直持續到了晚上，期間發起了一次佯裝登陸，將縣城里的清軍騙出了城，戰列艦火炮甲板上的二十四磅和三十二磅火炮使用全威力藥包開火，讓清軍體驗了一把什麼叫做海軍重炮。
炮擊結束後，趁夜艦隊繼續北上，夜幕之中，清軍沒有看到規模龐大的登陸艦隊，線國安向深圳大營的博洛報捷，稱擊退島夷登陸，斬首十余，然後把殘留的水師營士兵砍了十幾個送去了博洛營中。
一直到槳帆艦隊突襲了虎門廣東水師營和南頭水師營的水師戰船之後，清軍上下才知道，盟軍此次目標是虎門。
虎門海防體系是尚可喜請了洋夷打造的，大部分是澳門的葡萄牙人，葡萄牙人在這場戰爭中兩面討好，官方為平、靖二藩操持走私和海貿，也曾為永歷政權招募兵馬，晉藩麾下有一支華人營，稱為費雷拉營，便是當初澳門為永歷政權招募的，起先歸瞿式耜指揮，瞿式耜死後，輾轉落入了李定國手中，也是李定國麾下唯一一個純火器營，費雷拉只是叫了個葡萄牙名字，實際上是信奉了天主教的華人。
虎門總口在冬季枯水季也有近十里寬，清軍在虎門總口兩側修築有大角和沙角兩座炮台，大角在航道之西，沙角在東，雖然裝配了鑄造的紅夷大炮，有些甚至達到了五六千斤，但有效射程都不會超過三里，所以無法封鎖航道，這兩座炮台也只是為了預警和前期拖延時間，預警卻是達到了，但拖延時間沒有，海軍對這里的情報很全面，戰列艦分隊、槳帆艦隊和內河艦隊依次通過虎門總口，而由鄭藩出擊佔領了兩處炮台，大角炮台佔領後，直接被炸毀，只是在沙角炮台留了上千兵馬防備後路。
兩處炮台的戰斗還沒有結束，海軍就觸踫到了清軍虎門防御體系的主要據點上下橫檔島，這是珠江主航道中央的島嶼，距離東西岸都不足一千五百米，上橫檔島上的橫檔山修築有炮壘，而山下還要稜堡炮台，負責封鎖全航道，而下橫檔山修築的工事是為上橫檔山主要塞做掩護的，這套防御體系有大小火炮七十二門，用來封鎖航道的多是重炮。
虎門城則在航道東側的島嶼上，東西各有一座炮台，東西各有一座炮台協防，再往深處的獅子洋則有航道中的大虎炮台，只是其位置偏遠，無法和前面的炮台相互配合，除了炮台之外，清軍還用鐵鎖橫江，尤其是橫檔與虎門之間的主航道，那道鐵鎖長達兩千米，鎖扣用直徑三厘米粗的精鐵條鍛造而成，整條鐵鎖像小孩兒的大腿粗細，極難破壞。
這套防御體系所有炮加起來超過了兩百門，其中重炮是本地自己鑄造，用于防備登陸的輕炮則走私自荷蘭、英國和佛郎機，然而這套體系並非沒有缺點，其中最大的了漏洞還是在于航道之中的橫江鐵鎖，這道鐵鎖可以讓盟軍大船無法逆流北上，也組織了清軍水師南下支援。
這導致，下橫檔島和威遠炮台只能憑借自己的力量應對了。
下橫檔島上沒有海防炮台，只有應對步兵的小炮，戰列艦直逼下橫檔島，而陸戰隊則在島嶼西側展開，西側的航道較淺，冬季水位低，所以鐵鎖的威力更大，導致除了舢板之外，根本不能通行，戰列艦在這里展開，可以避免遭遇清軍水師，也避開了上橫檔島的炮台。
陸戰隊派遣了兩個連進攻，掩護的火炮卻多大一百二十門，相當于三個人就得到兩門火炮掩護，下橫檔島上的守軍是廣東水師綠營四百多人，還有十幾個漢藩兵監軍，島上那些土木工事根本擋不住重炮，在炮擊中雞飛狗跳，四散而逃，有些丟盔棄甲游泳去了北面的上橫檔島，有些砍了漢藩的腦袋主動投降，請求饒命的，陸戰隊沒開幾槍便是佔據了這座島，然後運輸了重炮上岸，掩護攻擊上橫檔島。