跟隨水師而來的周大柱和馬惟興，帶著軍隊已經先一步過江去了對岸。林日勝帶著林興珠來見朱由棟，朱由棟見了也十分高興，道︰「林將軍能反正歸明，是我們大明的幸事。」
林興珠道︰「殿下過獎了，罪將愧不敢當啊。當初我們都是延平王的部下，無奈之下降了清，一直都是心中的憾事。今生還能重歸大明，我們今生無憾了。何況現在還能為大明出力，和正是求之不得的事情。」
朱由棟道︰「好，將軍對大明的忠心是天地可鑒。但是接下來還要煩請將軍，帶著水師戰船。護送復明軍的將士去鎮江，由他們攻打鎮江，讓鎮江的清軍，不能估計南京的戰事。」林興珠道︰「殿下放心，我一定安全的護送復明軍的將士到達鎮江。只是不需要我們水師的將士參戰嗎？」
朱由棟道︰「水師的將士當然也要參戰，只是你們的對手不是鎮江清軍，更不用水師將士去攻打鎮江。水師將馬惟興的軍隊安全送到鎮江後，立即封鎖鎮江段的長江。不讓瓜洲的清軍操江水師，沖過水師的防線，攻擊我們攻城的軍隊。然後盡量用炮火，支援馬惟興他們攻打鎮江。」
林興珠道︰「這點殿下不必多慮，現在清廷的操江水師巡撫是朱衣助。這人膽小怕死，當初延平王來攻打南京的時候，他當場就嚇的投降了。也不知道最後是怎麼說的，延平王居然沒有殺他。結果等延平王退走後，奇怪的是，清廷也沒有殺他，依然讓他做這個操江巡撫。」
朱由棟眼見天色漸晚，便對林興珠道︰「水師戰船，在晚上過江沒有什麼困難吧。」林興珠信心滿滿道︰「九江水師要是連這點任務完不成，還如何成為南京的屏障。今晚上要是有一個將士掉進長江，我親手宰了九江水師的這群兔崽子。」
听見林興珠的話，朱由棟笑道︰「好，有林將軍的這句話，這里的三萬復明軍，我可就交給林將軍了。明天一早，要讓大軍全部過江。」正在這時，鎮外一陣嘈雜，原來是胡一青等人終于帶著大軍趕到了。
看著源源不斷的軍隊，朱由棟之前的擔心終于放下了。見朱由棟要去處理現在到達的軍隊，林興珠都︰「殿下的事務繁忙，末將也不在打擾了。我先去督促水師兵將。運兵過江，保證能在上半夜讓軍隊全部過江。」
朱由棟當即道︰「好，那就有勞林將軍， 讓你叔父林日勝也和你一起去吧。」等兩人走後，朱由棟這才找來胡一青等五人。五人一見面就開始請罪了，道︰「殿下，末將等人延誤軍機，請殿下責罰。」
朱由棟揮手道︰「不必過于放在心上，先說說是怎麼回事？」王興道︰「殿下，這些士兵都是清軍俘虜整編，他們的很多在清軍那里養成的習性，都還沒有更改過來。這一路上，總是有這樣那樣的事情，一會兒說的行軍太累，一會兒又說行軍太急。」
朱由棟道︰「這些事情，都不算是大事，但你們有沒有什麼解決辦法？」李如碧道︰「殿下，我們這次的行軍確實有些太急了，特別是最後這兩天，平均每天都要行軍一百三十里以上。軍隊里掉隊非常嚴重，各軍掉隊的人，多達兩千人左右。我們五支軍隊，一共掉隊達到一萬人，幾乎是所有軍隊的兩成了。」
胡一青道︰「短時間想要解決這個問題，估計是不能達到。如果我們的軍隊能有兩個月就的訓練，一定能達到殿下的要求。」朱由棟道︰「我也想要兩個月的時間，但是沒有，一個的時間都沒有。如今王慶帶著兩萬騎兵，正在鳳陽府大戰。還要憑著兩萬人，去阻擋北面來的清兵援軍。」
朱由棟看著長江邊上，依然在不斷等船的軍隊。水師的將士已經打起了火把，整個江邊都亮如白晝。朱由棟道︰「現在我們渡過的每一個時辰，都是我們騎兵將士用命換來的，我們能不珍惜嗎？還有，我們的騎兵整體來說，根本就不能和清軍的騎兵相比。但是他們依然的出擊，就是為了給我們擋住清兵援軍，為我們攻打南京做準備。」
听見這些話後，王興、胡一青等人，都紛紛的低下了頭。朱由棟看著馬寶道︰「馬寶，按說你也是大明的淮國公。對于領兵打仗也是久經陣戰了，怎麼連這點都不懂？我知道，你怕我在乎你曾經投降過吳三桂。但是這不能成為你不作為的理由，在重慶的時候，我是奪了你的兵權。」
朱由棟又對著其他讓人道︰「你們也是一樣，都被奪了兵權。但那是不想讓你們陷入政斗之中去，你們是將軍，是將領，戰場才是你們的歸宿。如果你們因此而變得意志消沉的話，我還怎麼能放心的用你們，再將軍隊交給你們？」
馬寶等人一時間也說不出話來。朱由棟又道︰「這天下依然被滿清佔領，我們需要打的仗還很多。作為將軍，你們能讓天下人信服的，唯有你們的戰功。而不是整天想著怎麼抱怨。這對你們毫無用處。文臣死諫，武將死戰，這是天下至理。」
馬寶等人都有些羞愧，道︰「殿下，，末將等明白了。殿下放心，這次攻打南京，我們一定接近全力，不在做其他什麼想法。」
朱由棟道︰「你們今天能趕到，說明你們還是有能力的。馬寶、李如碧，你們二人不用去南京了，你們明天直接跟著水軍去鎮江。你們要攻下鎮江，然後擋住蘇州和常州的清兵。在我們攻下南京後，立即出兵攻打蘇州等地。」
馬寶和李如碧先是一愣，隨即听見自己是去攻打鎮江。頓時道︰「殿下放心，我們一定拿下鎮江，擋住蘇州方向的清兵。」朱由棟又道︰「好，你們等下先不登船，你們直接坐水師的戰船去鎮江，我在南京城里等你們。」
朱由棟又想王興道︰「那些掉隊的人，都是受傷不能行走的嗎？還是有其他原因的？」王興道︰「大多數士兵，都是受傷不能行走的。但也有一些人是因為我復明軍行軍太苦，而且不能像以前清軍那樣提前發放餉銀。」
王劉倉道︰「其實依我看，最主要的是我們沒有發錢，還不讓他們去搶劫百姓。」朱由棟道︰「那這些人暫時不能要了，他們的心里如今只記得怎麼搶錢，短時間是變不了。我們現在沒有時間去處理他們，先讓收容所里的人將他們給看住。等這次戰事結束後，直接送去雲南，那邊正需要人口。」
隨後朱由棟道︰「你們先去安排大軍休息，然後明天過江後，走溧水攻句容。從南邊攻打南京。這次告訴將士們，攻下南京城後，滿城不封刀。」
听見這話，所有人都驚了。復明軍從成軍以來，從來沒有屠過一座城池。就連當初在重慶，昆明，城里已經多半都是親近清廷的士紳和清軍將士，朱由棟都沒有下令屠城。如今要面臨大明的南都，可以說是江南第一城。崇禎皇帝在煤山自縊後，南京就成了漢人心里的都城。
眼看著就要攻下南京，朱由棟居然下令屠城。這對一直被要求不擾民的復明軍來說，簡直就是破天荒的事情。但是眾人一想，又不覺得奇怪了。就現在滿洲人住的地方，可就是以前的大明皇城。
這就好比平常人家，被人家霸佔了家產。如今主人發達了，要將當初霸佔家產的人趕出來，怎麼也的胖揍一頓。何況這是關于皇家的事，誰要敢動皇帝的東西，還不得誅滅九族啊。怎麼一想，屠殺駐進皇城的滿洲人也是對的。
當下眾人也就不再說話，這時劉震過來道︰「殿下，蔣超將軍的軍隊，已經全部渡過長江了。現在是我們先過江，還是讓王興將軍他們先過江？」朱由棟道︰「還是我們先過江吧，他們已經連續趕路兩天了，讓他們的軍隊先休息一晚。」
然後朱由棟又向王興等三人道︰「今晚先讓軍隊好好休息一下，明天出發後，必須要以最快的速度趕去南京。我知道你們軍隊里，大多是一些清兵，現在能讓他們鼓起士氣的，也就只有錢財。你們可要告訴他們，破滿城後，不封刀。但是必須兩天之內趕到南京城下，我不希望到了南京後，你們依然來找我請罪。」
然後朱由棟便對劉震道︰「走，我們現在就過江去吧。通知已經過江的馬惟興和周大柱，立即率軍先一步出發攻取當涂。我們帶著大軍，隨後就到。」說完，朱由棟便跟同劉震一起趕往江邊。
留下王興等人在原地，王興看著離開的朱由棟等人。皺眉道︰「我們要是等到明天早上再出發，恐怕是追不上殿下他們的速度。我看不如我們今晚不休息，直接讓大軍出發。」
王劉倉道︰「雖然我們知道時間緊迫，但是如今將士們不肯走，也不能再走了，我們該怎麼辦？」胡一青狠狠道︰「我听說當時，苟興旺他們的軍隊也是行軍遲緩，結果殿下逼著在宿松整編後，行軍的速度這才提升起來。」
王興道︰「你的意思是我們現在也整編？可是我們的軍隊，基本上都是清兵俘虜，根本就不能起到彈壓效果。」一旁的李如碧和馬寶也對這個問題發愁，李如碧道︰「是啊，苟興旺軍隊里，有一半都是復明軍調過去的老兵，我們這里面可沒有。」
胡一青道︰「不怕他們都是新兵，經過這一次行軍，我們也知道有些人，確實是願意跟著我們走的。只是一些清軍的老兵油子在里面鬧事，才哄帶著大家都不願意走。殿下說的對，這些人想要短時間改變是不可能的。不光是我們現在沒有這些時間，而且還不能留下來給收攏隊。那樣起不了震懾作用，不如直接來個殺雞儆猴。」
馬寶道︰「對，我們現在已經不再湖廣了，這些兵要是敢跑，他們被清廷抓住了也是死路一條。我們把這些給他們講了，肯定能壓住一部分。我們再拉攏一些願意跟著我們走的人，給他們升官。把那些鬧事的人全部剔出去，這樣我們一定能加快速度。」