當日永歷是準備撤往四川的，結果半道上突然說要去緬甸，加上馬吉翔等人為非作歹，挑動孫崇雅和楊武劫掠隨行大臣。扶綱等人覺得朝廷無望，便散入民間，各自逃生去了。
扶綱返回了都勻老家，鄭逢元在永昌府的永平附近寶台山出家，陳起相和姜之璉也分別隱匿于民間。如今雲南光復，張佐宸又派人四處尋找，既然得到消息也都返回昆明。
這時一見李定國也帶著大軍回來，幾人見面不由的都是淚流滿面，恍如隔世。李定國拉起扶綱的手道︰「當日不見了大學士，我這心里頓時就慌了神，後來怎麼找也沒找到大學士，還以為大學士已經。」說著李定國已經是淚流滿面了。
扶綱來了昆明已經有幾日了，和眾人見面也都會提及當時那個危急時刻。幾天下來，扶綱的心里，已經好轉了不少。現在見李定國傷心，反倒安慰起來，道︰「晉王不要傷心，如今我們有再次相會，還有如此好的時機，我們越發該互相勉勵，共同完成抗清大業。」
李定國一邊擦著眼淚道︰「是啊，大學士說的對，我們當振作起來。」張佐宸也過來道︰「大家都先進城吧，如今既然大家都見到了，往後說話的時間還多的是，也不急著這一會兒。」
眾人听了張佐宸的話，頓時都勉強露出了笑容，然後一同進入了昆明。念在李定國等人一路勞累，其他人都沒有打擾，軍隊被安置在了城外。一夜無話，第二天，張佐宸才召集所有的人，當眾宣布了朱由棟邀請所有人去重慶的消息。
李定國等人到了昆明後，才知道復明軍幾路大軍出發，如今雲南的清軍已經基本被消滅光了。只有少量的漢軍八旗逃進山里，想要去緬甸和吳三桂等人匯合。
其他各路大軍也都戰果斐然，廣南，臨安等府的大軍都已經開始往昆明撤退了，只有郝永忠的大軍如今還駐扎在景東府，王興去了永昌府駐扎。另外就是滇西大理和麗江的軍隊，還沒有調動。
景東，元江，臨安等地，不管是召集回來的大明軍隊，還是投降的清軍。都將全部返回昆明，然後再等朱由棟調遣。張佐宸說這些，當然也是說給返回昆明的文武官員听的。如今昆明的文武官員聚集，私下來相互串聯的事情也就不可避免。這些事情，張佐宸現在也是十分清楚，明面上復明軍的軍情司可是在昆明駐有分部的。
軍情司的情報，作為雲南的一把手，張佐宸還是有權利調閱的。至于還有沒有其他的情報機構，張佐宸就不知道了。既然之前張佐宸就知道朱由棟的想法，當然也想要保全這些文武官員，可不想在這皇權過渡的時候，還讓這些官員被清洗一部分。
但是張佐宸又不能明說，只好借著這些情報，告訴這些人，你們不要太過明目張膽。如今的朱由棟可是在昆明場外屠殺過幾萬降軍的人，不是那些在深宮里長大的大明先帝。
不管昆明的這些文武官員有沒有听進去，二月初一這天，朱由棟已經傳來通知，聚集在昆明的所有文武官員，全部前往重慶。李定國等人的軍隊，讓李定國自己挑選將領統領軍隊，讓李定國，白文選等人一起去重慶。
當張佐宸把朱由棟的消息公布後，所有人都明白，
這是朱由棟要準備監國了。現在大家都知道永歷已經遇害，朱由棟又是宗室，他現在監國也很恰當。
唯獨原戶部尚書龔彝，當時听見永歷被害的消息時，他正在元江聯絡舊部。想要去緬甸救回永歷，在知道永歷被殺後，以頭搶地，哭拜不止。最後以頭觸地而死，也算是有大臣陪著永歷殉國了。
剩下的其他人，雖然也很傷心，但也沒有一人願意殉國。如今又了朱由棟這個宗室繼續扛旗抗清，大家也就欣然的接受了。就在眾人準備啟程趕往重慶的時候，雲南巡撫的撫標營馬自德，卻找道張佐宸。
在張佐宸旁邊道︰「巡撫大人，平虜侯有令，讓我們將清軍降將劉偁，鞏昌王手下的楊威將軍，以及從施甸司回來的楊武將軍，立即拿下斬首。還有原大理寺卿盧桂生，交由晉王處置，如果晉王不處置，就有雲南巡撫衙門將其處死。然後，由巡撫衙門負責，將盧桂生的叛變事實整理成書。」
正在張佐宸這里的李定國和白文選，听見這話也是一愣。盧桂生叛變導致了磨盤山伏擊失敗，李定國對盧桂生確實恨之入骨。但盧桂生一直還在大理府的劉迎南軍中，所以李定國一直也沒有提出要處置盧桂生。
現在听說朱由棟要對盧桂生進行處罰，兩人都沒有意見。但是楊武和楊威是武將，一人是李定國的部下，一人是吳子聖的部下。听見他二人也要被處死。李定國忙道︰「這怎麼可能？劉偁已經投降了，殺降可不是件好事。還有楊威和楊武兩人，雖然做事有些欠妥，但他確確實實的是大明的將領。」
張佐宸听見李定國的話，並沒有立即反駁，對李定國道︰「這事我明白平虜侯為什麼要殺這二人，但我想晉王還是先派人，將吳子聖請來再說。」李定國只好讓人去請了吳子聖。
不一會兒，吳子聖進來，向李定國問道︰「晉王，怎麼回事？不是說明天就出發去重慶嗎？難道又突然改變了？」不等李定國說話，張佐宸將朱由棟的命令交給了吳子聖。
吳子聖一看，頓時皺起了眉頭，道︰「這平虜侯是什麼意思？劉偁是清軍的降將，就算他以前有過錯，如今也已經反正歸明了，如此殺降，以後還有人敢歸降嗎？」
說著又將手中的命令一攤，道︰「這楊武是晉王營里的人，我不好說，但是這楊威可是我營里的得力助手啊。如果將他們二人也殺了，豈不是寒了大家的心嗎？」白文選也對張佐宸道︰「是啊，如果這樣的人也要殺，我們豈不是人人都可被殺了。」
吳子聖道︰「對啊，還說他能帶著大明光復呢，這麼看來不滅亡都是老天保佑了。這樣我們還去和他匯合做什麼？還不如直接去福建，跟延平王匯合算了。」
張佐宸道︰「你們也先不要急，讓我來說說。」李定國拉著一張臉，道︰「好，你說說這平虜侯是什麼意思。」
張佐宸道︰「我們先說盧桂生的事，你們都沒有意見吧。」听說是盧桂生，幾人都點點頭，表示怎麼沒有意見，這人就是一叛徒，殺了無所謂。
張佐宸又道︰「至于劉偁，我听說當時在 緬的時候，他將受傷的明軍將士全部吊死，還將戰死的士兵頭顱給割下來鑄了京
觀？」這時吳子聖知道，當時賀九儀就要殺劉偁，後來劉偁向吳子聖投降，才躲過了一劫。
張佐宸見大家承認，又道︰「那我就知道為什麼平虜侯要殺劉偁了，當初在昆明的時候，有三萬多八旗軍隊，其中還有一萬真滿洲。就因為他們在雲南屠殺百姓，禍害地方。平虜侯依然將已經投降的三萬多八旗，全部處死了。如今區區一個劉偁算得了什麼？」
李定國三人這才知道，平虜侯居然是殺俘上癮了。吳子聖道︰「就算劉偁該殺，可是楊威和楊武呢？」張佐宸道︰「這我就不清楚了。」張佐宸又看向馬自德道︰「你知道嗎？軍情司那邊怎麼說？」
馬自德道︰「軍情司說了，楊威和楊武兩人，一個在永昌府的時候劫掠百官，一個在銅鐵關的時候，更是為了掠奪錢財，居然打劫到了皇上的面前，這等無法無天的人，比叛亂投敵還可惡，所以他兩人也要被處死。」
李定國等人听見馬自德的話後，白文選道︰「平虜侯的處罰也太重了吧，就為這事，居然就要殺頭。」馬自德道︰「鞏昌王不要覺得這樣的處罰重，平虜侯說了，以前我大明就是對這些人太過于寬松了，導致各個軍鎮對朝廷法度視若罔聞，為非作歹。所以平虜侯歷來的主張，對這些人都是一律嚴懲不貸。」
吳子聖道︰「這也太嚴厲了吧，如此下去，還有誰肯為大明效力？」馬自德道︰「這算什麼嚴厲，盧桂生不光是他自要被處死，就連他在四川墊江老家的家人親戚，已經全部找出來了，現在估計已經全族被處死了。」
這下不光是李定國三人被嚇一跳了，就連知道要嚴懲的張佐宸也嚇了一跳，對馬自德道︰「這是真的？」馬自德道︰「這當然是真的，只是現在還不讓外傳，平虜侯說，現在這下人都是小的，等到抓抓了吳三桂，尚可喜，還有洪承疇的家人再公告天下。」
听見平虜侯對這些人的處罰，李定國和吳子聖頓時也就不再說了。人家可是全族被誅殺了，你這僅僅殺一個人，還說什麼？見兩人沒有意見，張佐宸對馬自德道︰「這幾人都是軍中將領，楊威和楊武兩人，你們暗地里處死就好了。免得軍中將領鬧出什麼差錯來。」
馬自德道︰「這我知道，命令里只是交代了將劉偁一人明正典刑。」第二天，中午的時候，劉偁就被明正典刑的殺死。看著已經投降的劉偁被殺，不少的永歷朝廷官員都罵朱由棟殘暴。
也有人說朱由棟如此做，無異于徹底堵死那些想要反正歸明的人的路。但不管怎麼說，劉偁已經被殺了，誰也救不活，所以也沒有人鬧出事來。上午看完了受刑，下午這些官員就起程去重慶了。
李定國留下了吳三省和勒統武在昆明統領大軍，其他人全部趕去重慶。吳子聖和白文選知道去了重慶後，軍隊也將徹底整編，現在索性將軍隊也交由兩人一起統領。
李定國等人趕往重慶的時候，朱由棟在重慶也對雲南的軍隊做出調整，由郭李愛和張勇帶著軍隊，北上駐防麗江。張勇匯合麗江的馬惟興和蔣超，帶著招收過來的明軍殘部，投降的清軍共計六萬人。走建昌衛返回四川，並對建昌衛附近的殘余清軍進行剿滅。之後留下張勇在建昌衛，其他人都全部返回重慶。