雖然沒有明說以楊增新為首的迪化城眾官員締結的是城下之盟，所有人都知道，在楊增新同意張漢卿的所有要求後，新疆已經打上了奉系的烙印。
歸化軍在楊增新的督令下開始改編成為新疆保安軍。類似于人民軍的架構，督軍署相當于司令部，所有軍令都由參謀長執行；全部軍隊編為3個騎兵團和2個步兵團，各團配置了政治干部。
以迪化保安隊為基礎，武警部隊在各地籌建。這是一支楊增新亦無法管制到的半軍隊化武裝，考慮到原歸化軍並無大炮等重武器，武警部隊的成立，對軍隊的牽制力量更大。
清除舊有勢力的影響，自下而上的改革是一條屢試不爽的妙招。新疆80％的土地掌握在不到5％的地主手里，90％以上的農民都是地主的奴隸，當牛做馬，兩頭不見太陽下地干活，一年下來還吃不飽肚子。為了顛覆這種剝削，贏得人心，首先在新疆的幾個較大的地區開展土地改革。
同東北的一樣，這場改革打倒了千百年來壓在各族人民頭上的地主階級，徹底廢除了封建土地所有制，使65萬農民，分得137萬多畝土地，使各族農民不僅擺月兌了漢族反動統治階級的壓迫和剝削，而且結束了本民族內部的以地主階級為代表的封建勢力的壓迫和剝削，真正在政治上、經濟上得到了翻身，也使得人民黨在新疆至少在兵團所在地域得到底層的支持。
還在打下甘肅時張漢卿就指出︰「要徹底解決民族問題，完全孤立民族反動派，沒有大批少數民族出身的人民黨干部，是不可能的」。同樣地，「解決新疆問題的關鍵是我黨和維族的緊密合作」。
1920年1月下旬，經人民黨西北局批準，首先吸收了15名少數民族人民黨員。這15名黨員，包括7個民族，其中維吾爾族8名。
為了培養少數民族干部，張漢卿當時要求青海、甘肅、新疆、寧夏各省人民黨省委及一切有少數民族存在地方的地委，都應開辦少數民族干部訓練班，並要求新疆在3年內要培養出1000名左右懂得政策又能聯系群眾的忠實于人民利益的民族干部。
同期，新疆結合本地實際，在伊斯|蘭教和藏傳佛教中開展了宗教制度的皿煮改革。
改革的主要內容有︰廢除宗教中的封建特權，如廢除伊斯|蘭教門宦制度中的「放口喚和教主繼承制」等，廢除寺廟私設法庭、監獄和刑罰，干涉民事訴訟，擅自委派部落頭人、阿訇，私藏武器，干涉婚姻自由，壓迫歧視婦女以及干涉文化教育，強迫少年兒童到寺院學經，當喇嘛等；
廢除寺院的土地、森林、牲畜等封建生產資料私有制和高利貸、無償勞役等剝削制度；
廢除寺廟強迫性的宗教經濟負擔制度，禁止敲詐勒索群眾的財務；
廢除寺廟的封建管理制度，包括管家制度、等級制度、打罰制度和大小寺院的隸屬關系等，實行皿煮管理制度；
肅清了宗教界內披著宗教外衣的反革命分子，鞏固了人民政權，安定了社會秩序，使信教群眾能夠進行正常的宗教活動。
這個時候，新疆政|府的影響力還是很大的，由于上層基本沒有民族干部，所以這種自下而上的運動沒有觸及到上層官僚的利益，而下層百姓獲得了實實在在的好處，只有地方上的政教組織得到徹底的破壞。但是他們沒有軍事力量，在覺醒的民眾壓力下，一切都是浮雲。
通過對伊斯|蘭教和藏傳佛教的宗教制度的皿煮改革，使伊斯|蘭教和藏傳佛教擺月兌了剝削階級和反對分子對宗教的控制和利用，革除了長期以來對廣大信教群眾的宗教剝削和壓迫制度。
與此同時，還改變了長期以來宗教與民族，宗教信仰與宗教制度，宗教與生活習慣，宗教與行政，宗教與教育不分以及宗教干預國家法律和司法的現象。
考慮到人民黨立足未穩，當時在進行社會改革時采取了穩重和謹慎的步驟，充分考慮了新疆民族和宗教的特點。「在新疆實行社會改革，應充分地估計到民族和宗教的特點，有意識地在民族和宗教問題上作一些讓步，以換取整個社會改革的勝利，是完全必要的。」
民族區域自治、宗教信仰自由等被確定為政|府在牧區現行政策宣傳的重點。這些政策團結了一切可以團結的力量。
但是這種讓步不是無原則的退讓，張漢卿可不願意出現像穿越前所見到的「少數民族特別」的情況。想起共和國曾經發生的新疆騷亂，那種明目張膽的燒殺打砸搶，是任何一個法制國家都不允許的。
這種土壤，應該就是政策的失誤——政|府可以對少數民族以政策的優惠，但應以不會放松法律上的要求為前提。連古代都講「王子犯法，與庶民同罪」咧。
張漢卿當然不是一個大漢族主義者，他認為既然各民族在憲法上的權利是相等的，那麼其違法的懲處力度應該也是相同的。否則，違法者受到輕恕，更加有峙無恐；受害者心有余悸，後來愈加忍讓，更讓其囂張。
其嚴重違法的結果是「不得不抓時，政|府擔心少數民族認為是民族歧視，借此掀起對中|央的不滿搞分裂；不抓時，漢族人民認為是政|府軟弱有法不依，而對政|府心生怨言」，可謂對雙方都吃力不討好。
在建設兵團的三個地區，張漢卿進行了《反分裂國家法》和被稱為現代社會三大法系的《刑法》、《民法》、《行政訴訟法》的第一次嘗試，明確規定︰任何從事國家分裂和挑唆民族不和的各族人群都適合于死刑，各民族在公私事務上的權利和義務是相同的。
在行政上，積極探索民族區域自治制度——但不會傻到自己人為地劃出一個區域來讓其自治，而是要有根據、有理由、有立有廢。
像後世的新疆，因為維族人口佔當地少數民族人口最多便命名為維吾爾族自治區，這是極不合道理的。這個叫法，本身就是對一些心懷不軌人群的一種鼓勵，也變相強調了一些族群的顯著地位，更是對其他少數民族的一種不尊重。
這個省無論從名稱還是實質上，都不是你一家的，是各族人民實現共同治理的地方，任何名義上的歪曲都不能被接受。適當地給少數民族以政治上的優待是允許的也是合理的，但是這種優待不能是無原則、無底限的。
新疆目前仍然是行政省，張漢卿才不會對此有任何退步，只是在省內各地區依照民族聚居情況設立許多民族自治州、自治縣。
當然，設立自治區域是有條件的，那就是本區域的某個少數民族比例超過10%，才允許以這個民族給自治區域冠名。像新疆省內有維吾爾族自治州、回族自治縣等，就是因為此地這些民族的人口比例超過規定數量。
不要以為這些舉措是限制少數民族發展的，相反，在這個以漢族為主的時代，少數民族的地位在政治上幾乎沒有，或者只是有限的形式上的。真正把民族區域自治制度落實下來的，是張漢卿。
張漢卿入疆後一個在民族史上流傳甚廣的作用是確立了「維吾爾」這個叫法。
要知道，在此之前，維族是被歸屬于回族中的信仰MSL的民族，曾被清朝稱之為回疆。孫逸仙的「五族共和」也沒有把人數眾多的新疆維族單獨列出來︰「國家之本，在于人民。合漢、滿、蒙、回、藏諸地為一國，即合漢、滿、蒙、回、藏諸族為一人。是曰民族之統一。」此時尚沒有維族的說法。
在不同時期，漢文文獻對這個族名有不同的譯寫。4世紀文獻中稱為「袁紇」，6世紀末、7世紀初文獻稱為「韋紇」；788年以前文獻中稱為「回紇」，到13世紀70年代稱為「回鶻」；到17世紀40年代稱為「畏兀兒」；至20世紀初則稱為「回部」、「纏回」。
這個時候的漢語音的「維吾爾」有「畏兀兒」和「威武爾」等譯法。前者其族人認為含貶義，後者被別族認為是有自大之意，于是少帥定了個中性的「維吾爾」，歷史書上才正式有這個民族的出現。
在維族區域，一般每縣都會有5個卡孜阿訇（大阿訇）。他們掌管當地宗教事務，其轄下的宗教法庭是執法機關，權限之大是信仰伊斯|蘭教各國中僅有的。勞動人民蒙冤受屈，重則慘遭鞭笞、斷肢、油烹、活埋等酷刑，輕則臉抹黑灰、倒騎毛驢游街示眾。
為保護人民利益，並最大限度地清除這些機構對教民的影響，新政|府取締了這些組織並明確規定，任何民眾的政治生活都受法律保證，除各級人民法院，禁止任何組織和團體以任何手段對人民行使拘羈權，以及各種刑罰。他宣布，中華民國的民族地區不允許任何形式的政教合一的行為，這將視同非法組織。
人民黨通過培養出民族干部，實行民族區域自治，開展土地改革、和宗教制度的皿煮改革等一系列社會改革和大力建設新疆，基本消除了新疆的民族壓迫和階級壓迫，促進了新疆地區的發展，基本清除了「jiangdu」的土壤。
只要這種勢頭不斷保持，給各民族的福利隨著經濟的好轉不斷增加，除非昏了頭想造反，誰都不會放著好日子不過。當然，對徹底的分裂勢力，張漢卿也會行使人民政|府的權力，讓他們徹底從這個世上消失。
有時候，像對付呼圖克圖一樣從上消滅一些人，在政治上是必要的，在影響上是巨大的，特別在對付一些心懷不軌的人而言。