自從「五將軍密電」泄漏後，馮國璋與袁世凱的裂痕更無法掩飾。于是馮國璋—不做，二不休，決定對袁施加更大壓力，以迫其將政權讓予他。
為此，馮國璋于4月1日和16日公開致電北京政|府，勸袁及早退位。各省軍閥紛紛效尤，亦先後通電勸袁世凱迅速退位，袁世凱不得不派親信阮忠樞南下向馮國璋乞情。馮國璋在阮忠樞的請求下，答應聯絡各省，擔任調停。5月18日，馮國璋邀集未獨|立各省在南京召開代表會議。
馮國璋意圖通過南京會議逼袁下台，由他取而代之。但由于倪嗣沖的破壞和各省區將軍代表謀略不一，遂使南京會議夭折。馮弄巧成拙，被輿論斥責為︰「與其名為解決袁氏地位之會議，毋寧名為解決自己地位之會議。」
給老袁最後一擊的是他的心月復、四川督軍陳宦的三封電報。這是陳宦的老師駱成驤便為陳宦代擬了三道討伐袁世凱的電稿，駱並自信地說︰「要氣死國賊！」三道電報在1916年5月相繼發出，前兩道電文口氣還比較溫和，只是勸袁世凱退位而已，但第三道就讓袁世凱氣得暴跳如雷了︰「自今日始，四川與袁氏個人斷絕關系，袁氏在任一日，以其政|府名義處分川事者，川省皆視為無效。」袁世凱萬萬沒想到，自己的心月復陳宦都會「反」了自己，氣得大叫「人心大變」。
這一番折騰，老袁已經不支。等到病情急劇惡化、小便不暢後，在袁克定的堅持下，袁世凱才讓法國醫生貝希葉前來診治，但此刻為時已晚。貝希葉建議袁世凱到醫院去動手術，或許還有一線生機，但被袁世凱拒絕。在這種情況下，貝希葉只好在袁世凱臥室給他導尿，但此時導出來的全是血尿。袁世凱自知不起，便急忙讓人把徐世昌和段祺瑞找來，並把總統大印交給徐世昌，說︰「總統應該是黎宋卿(黎元洪的字)的，我就是好了，也準備回彰德去。」
6月5日，袁世凱一度休克昏迷。不過在清醒期間，他還是在案上遺書一封，上書︰「為日本去一大敵！」不知是對自己一生的褒揚還是將來時局的預言。延至6月6日的凌晨6點，袁世凱終于一命歸西，正應了駱成驤「要氣死國賊」的話。
據說，袁世凱在6日凌晨昏厥復蘇之後，對侍疾在側的老友徐世昌低聲說「楊度楊度，誤我誤我」；也有人說，袁世凱臨終時說︰「是他害了我！」袁世凱也沒說這個「他」到底是誰，一般人都認為指的就是大公子袁克定。要說這復闢丑劇，袁克定還真要負一半的責任，他自己想做太子想瘋了，結果是把老頭子推到火上去烤，害得袁世凱一代梟雄，最後為這豎子所害，落得個可惜可笑又可嘆的千古罵名，真是窩囊至極。袁克定這個人，不文不武，品不高，德不顯，糊涂半生且不說，晚年還好男寵，結果因此而傾家蕩產，潦倒而終。袁世凱有這樣一個太子，又怎能不敗？
由于袁世凱死的時候仍舊是在職的總統，因此黎元洪在繼任總統後還以在職****的規格給他治喪。當時中|央政|府除了撥款五十萬公款用于喪葬費用外，還通令文武機關下半旗、停止宴樂27天，民間娛樂也停7天；文武官員和駐京部隊一律佩戴黑紗；設立「恭辦喪禮處」，以曹汝霖、王揖唐、周自齊三人承辦大典喪禮，黎元洪、徐世昌、段祺瑞三人總負責。
袁世凱的死因從根本上說是一生事業的屈辱性失敗，從表象上看是因為他不信西醫。「他致死的病癥，是膀胱結石癥，最初的病狀是小便困難。這個時候，如果住院導尿或者開刀，是不會有生命危險的，但他一向堅信中醫，從不肯找西醫來診視」。（袁靜雪《我的父親袁世凱》）等到最終無可奈何地請來西醫，已經晚了。
袁世凱的喪儀從另一個側面頗為有趣地象征著他的一生。「這個儀式是新、舊習俗，中西禮儀的大混合」，「進行儀式的喇嘛們，有的誦經，有的吹奏蒙古樂器，而現代的西洋樂隊卻在吹奏歐洲的葬禮進行曲」。這獨具特色的一幕，恰到好處地說明了袁世凱一生的之所以成功和之所以失敗。
也許可以這樣假設， 如果袁世凱在1913年死去，他會作為一個進步人物被載入史冊。不幸的是，他又多活了3年。正是在這3年里，他把自己從一個「一貫進步」的時代弄潮兒變成了開歷史倒車的「竊國大盜」。
袁世凱死後，那些在護國戰爭中明里暗里反對他的袍澤故舊也紛紛「冰釋前嫌」，或親自或派隨員趕到北京沉痛悼念老領導，所以袁世凱的葬禮也辦得風風光光，備極哀榮。最可嘆是那御干兒、原奉天將軍段芝貴，他在得知袁世凱死訊後急忙從關外星夜兼程趕來，等到了新華宮靈前更是呼天搶地，涕淚漣漣，不知道的人還以為死的就是他親爹(真是孝子！)。
早在二次革命後號稱「北周（學熙）南張」並立的張謇與袁世凱就保持著距離，雖然他支持袁的威權政治，但稱帝是張不能容忍的底線。後來張听到袁世凱去世的消息，非常惋惜，他在日記里寫︰「三十年更事之才，三千年未有之會，本可作第一流人，卒毀于群小之手」。在張謇的眼里，袁是能改變中國的人，若能執政三十年，中國必能崛起。
由于袁世凱的葬禮過于奢華，最後結算的時候發現入不敷出，政|府所撥的專款扣去葬禮費用後不足以建造墓地工程。為此，徐世昌、段祺瑞、王士珍等八人聯名發起公啟，請求社會各界人士解囊相助，最後又湊到25萬元，才最終結束了袁世凱的喪事。
作為帝制的倡導人的楊度，在洪憲帝制一出台時便遭到全國上下的唾罵聲討，楊度在家鄉被罵為漢奸，他先前的好友梁啟超稱其為「下賤無恥、蠕蠕而動的嬖人」。作為自清或是自抑，楊度寫下挽袁聯以明心志︰
共和誤民國，民國誤共和；百世而後，再平是獄。
君憲負明公，明公負君憲；九泉之下，三復斯言。
然而無論如何，一代梟雄，卻落得如此下場，豈不可悲可嘆？不過按張漢卿的意思，卻是「自作孽，不可活。」老了老了來這一手，難道真是人老糊涂了？看來後世屢屢強調廢除干部終身制是真的非常有必要。如果真的那麼一天，張漢卿也決定絕不戀棧，見好就收，至多搞個資政或是顧問委員會什麼的，像新加坡李氏王朝一樣，大場面上能過得去就行，在青史上留個高風亮節什麼的，不亦快樂乎？這些人為什麼偏偏看不開吶！
樹倒獼猴散。老袁駕鶴西去，他的擁戴者必然要向天下有所交待，即著名的所謂「十三太保」。不過，因為接手北洋的仍然是那群人，所以在動作時不能不有肘胳膊。
西南諸公提出的名單就是十三太保，即「籌安六君子」和「七凶」朱啟鈐、段芝貴、周自齊、梁士詒、張鎮芳、雷震春、袁乃寬等人。但實際上助紂為虐的又豈止這13人？西南方面已經減少覆蓋面了，以便于北方接受，但新任閣臣之首段祺瑞仍不接受，他根本就不願懲治這些人，一則他與其中的不少人有血肉相連的關系，二則他雖不贊同逆流之舉，但這些人死心塌地為袁效命的精神，卻是維系北洋勢力所必須的「傳統」。他既繼承的北洋團體的衣缽，袁之羽翼就是他的羽翼，所以不能不竭力為之開月兌。
就在定奪這批名單時，袁克定打來急電替震震春、張鎮芳乞情，馮國璋來電替段芝貴求情。因為他們也是有人馬、有地盤的實力軍閥，于是這三個名字就從名單是剔了出來；
李經羲則力保嚴復和劉師培「是不可多得的人才」，名單中又少了兩個；
又有人向段祺瑞建議，為向南方示好，李燮和胡瑛也不應列名，因此這兩位「牆頭草」也逍遙法外了；袁乃寬是袁氏的族佷，所以也被段祺瑞從名單中勾掉了。
這樣一來，「十三太保」只剩下「五太保」了。北洋軍閥又不好再搪塞西南軍閥，便又撿了與北洋團體關聯較淺的顧鰲、夏壽田、薛大可三人，其實他們三個只是個「跑龍套」的角色。就這，張勛還通電公然反對，說「主張雖有不同，無非各抒己見，罪魁功首，豈能以成敗為衡？」
在討價還價後，終于發出了懲辦「禍首」的通緝令︰「始禍請人，實尸其咎。楊度、孫毓筠、顧鰲、梁士詒、夏壽田、朱啟鈐、周自齊、薛大可，均著拿交法庭，詳確訊著名鞫，嚴行懲辦，為後世誡，其余一概寬免。」
可是即便下了通緝令，北洋軍閥也不是真心要通緝這些人。早在通緝令下發前，中樞就通過各種途徑，暗示榜上有名的人從速離開京畿。不久，楊度、孫毓筠、梁士詒等由北京搬到了天津租界，還有人被張勛召往徐州禮為上賓。其他不在名單上的參與者，因通緝令上有「其余一概寬免」的字樣，仍然高枕無憂。所以說冠冕堂皇的通緝令，不過徒具形式，只是掩人耳目罷了。