想親身觀察體驗由人類扣動扳機的神化覺醒，還有比作為覺醒核心的初號機與碇真嗣更靠近的觀眾席嗎？
在和融入初號機的碇唯達成一致後，程斌就開始在她們母子身上動手腳。
因為要防備無處不在的莉莉絲靈魂碎片察覺到異常，程斌不能簡單粗暴地頂替掉這些覺醒的核心部件，他在安頓好這對母子的靈魂後，用念氣原樣模擬出他們之前的狀態。
在這個基礎上，程斌遵循著模擬靈魂算法的運作，在合情合理的算法抉擇中進行偏向性的選擇，一點一點地將模擬出的靈魂化身改造成符合自己需求、可以任意操縱的模樣。
反正使徒靈魂和程斌的念氣一樣都沒有完全掌控底層物質，不可能真正窮盡算法所有變化，渚薰記憶里那麼多輪回中各種各樣的情況都有發生過，程斌動手促成的這些改變，幅度雖然積累起來會令人面目全非，但一點都不顯得突兀異常。
如此，程斌輕松套著名為EVA初號機和碇真嗣的殼子上市，順理成章地參合進了這個世界無限輪回的核心覺醒大戲中
比起沒有絲毫異常反應的使徒靈魂，第三新東京市立第一中學里，那些碇真嗣的同學老師們反倒對他的變化頗有感觸。
這個特殊的中學，里面的學生基本都是第三新東京市這座要塞的相關工作人員後代，以及預備的EVA適格者。
碇真嗣由于小時候在NERV親眼目睹自己母親被EVA吞噬而被洗過腦，心中有著莫名的陰影殘存，而在那之後他的父親碇源堂又完全專注于NERV的工作，除了提供生活資源外完全無視了他這個兒子的存在。
這種情況下，孤身一人被放養長大的碇真嗣，性格極端內向，在社交中顯得軟弱而缺乏存在感。
不過這段時間碇真嗣似乎有了一些改變。
話多了一點點，表情豐富了一點點，更多地參與競技鍛煉與集體互動，似乎是因為同學朋友與某些心靈雞湯文的刺激，開始主動努力改變自己整日自閉的處境。
這些漸進的改變並不是很顯眼，大家都很自然地適應了真嗣的變化，頂多只是偶爾回憶起過去時開玩笑道「簡直像變了個人一樣」。
中學的老師對此樂見其成，還為真嗣的改變提供了不少的幫助。
但一直監控並保護著所有潛在駕駛員的某個機構內部有些雜音，因為人類補完計劃心靈覺醒融合的宗教內涵，明顯會參與其中的EVA初號機預定駕駛員有明顯的心理缺陷對他們而言更符合需求。
不過這種事情畢竟沒有確鑿的理論依據，且碇真嗣的父親碇源堂是NERV的總司令也是S的得力干將，考慮到他的態度，也不能因為這種不靠譜的事情去隨便干涉人家的兒子。
碇真嗣原來那種內向自閉心靈殘缺的樣子他們樂見其成懶得去改變，但人家因為灌了幾口心靈雞湯積極起來了也沒必要為此特意搞事情。
就在這種情況下，自覺生活越來越明亮陽光的碇真嗣，踏出了理所當然但偏離劇本的第一步。
第三新東京市地下的NERV總部，那座建設在空洞底部的巨大金字塔內，總司令獨立辦公室中。
「誰允許他過來的？」
維持著手肘撐桌雙手交握擋住半邊臉的姿勢，司令桌前的碇源堂看著最新傳遞來的消息感到有些頭疼。
「一個孩子想和自己不顧家的父親好好交流一下有什麼問題嗎？听說他是在學校老師的建議與幫助下過來的。」
旁邊的冬月笑了笑道︰「當初你不是有給他留下一張NERV的出入卡嗎？我記得權限還不低，看來這孩子是從雜物堆里翻出來了啊。」
碇源堂沉默了一陣後冷漠地說道︰「把他趕回去。」
「不用這麼無情吧？」
冬月搖了搖頭，比起狀似冷漠的碇源堂，他倒是蠻喜歡這個碇唯的孩子的，算是愛屋及烏︰「再說使徒來襲的時間已經臨近，麗無法發揮出初號機的真正力量，如果出現萬一，讓一個毫無經驗的駕駛員臨時上陣駕駛初號機真的沒問題？
「如果初戰失利，就算我們最後活下來了，S的支持力度恐怕也會大打折扣，而且其他組織與軍隊那邊也不好交代啊，叫他們把希望寄托在一個未經訓練的十四歲少年身上，也實在是太傷顏面了。」
「如果讓真嗣提前適應了，在駕駛EVA與使徒作戰時他的精神刺激不夠劇烈，無法引起碇唯的反應呢？」
有些遲疑的碇源堂頓了頓後低聲道︰「說到底，初號機里碇唯是否保留著意識，這十年我們一直都沒有直接證實過。」
起碼，初號機里的碇唯對他這個丈夫就毫無反應。
冬月嘆了口氣，如果初號機里的碇唯對自己孩子遭遇劇變時都沒有絲毫反應，那他們的計劃也就基本破產了。
十年前的EVA接入實驗中，碇唯被EVA初號機吞噬後，碇源堂懊悔之余就開始尋找能再見到碇唯的辦法。
最終他提出了人類補完計劃，這個計劃最終被壽命接近極限、依靠機械維生的S組織成員批準執行，成為了使徒抵抗計劃後不為人知的潛在部分。
但S的人類補完計劃，是令人類回歸莉莉絲，心靈融合互補成為一個完整統一的超級生命體，而碇源堂的真實目的卻並非如此，他希望自己和碇唯依舊能以獨立的個體方式相見。
所以，讓融合了碇唯的初號機覺醒，而他自己以亞當為鑰與之融合，掌控神化覺醒最終的選擇權，重新見到碇唯的同時闔家成神，實現碇唯最初的夢想——
日月星辰都將隕滅，而人類借由EVA達成永恆。
這注定了碇源堂會背叛S，在最終的時刻爭奪成神之鑰。
在此之前，碇源堂和S目標是一致的——消滅亞當與莉莉絲之外的所有使徒，否則兩邊的計劃都沒有實現的可能性，活躍狀態的使徒會在人類補完的時候污染所有人類的靈魂篡奪成神之鑰。
但是，當初碇唯的接入實驗出現事故並不是意外
冬月看了眼碇源堂，他被自己的弟子碇唯拜托過，不要太早告訴碇源堂真相——她是自願主動融入EVA的，為了在S這個宗教意味濃烈的組織統治的世界里抓住神化的關鍵。
雖然碇唯的本體化為LCL消失了，但理論上若本人有強烈的意願，從LCL變回來是有可能的。
所以碇唯是有把握，有很高概率在初號機中保留著部分意識的。
「讓真嗣坐上初號機，看看他與初號機的同步率，應該也能確認很多問題了，你也不可能一輩子都不見他吧？」
對碇源堂非常了解的冬月笑了笑，他知道碇源堂知曉自己孩子來找自己談心就已經有些動搖了，雖然過去因為各種理由把自己兒子冷處理，但這並不意味著他就對自己兒子沒有感情。
碇源堂不過是覺得在涉及使徒與S的險惡博弈中，兒子太過靠近他會被利用而受到傷害，並且因為長期不接觸而感到無所適從罷了。
這算是傲嬌吧，給個台階下就可以了
被未知力量輕微觸動的冬月很快勸服了被同樣力量干涉的碇源堂，于是碇真嗣如願見到了自己離家多年的父親。
十多年話都沒說過幾句的父子兩人在一番口不對心的爭執對噴後，很快在冬月協調下達成了諒解。
最近積極樂觀起來的碇真嗣表示自己終于理解了父親涉及人類存亡工作的重要與偉大，原諒了他常年不顧家的行為。
從碇源堂與冬月那獲知了關于EVA的部分真相後，知道涉及人類存亡的工作居然有自己一份的碇真嗣，在緊張與好奇中被EVA適格者直屬上司、作戰部長葛城美里帶下去參觀EVA了。
他們很快就接收到了碇真嗣面對EVA初號機的反應。
碇真嗣同意駕駛EVA初號機，他給出的理由讓碇源堂心中一顫——這台機器人有種異常親切的感覺。
「是唯在響應嗎？」冬月微笑了起來，「看來母子之間的感應比實驗數據更靠譜」
碇源堂輕哼道︰「但願他看見敵人的樣子後還能保持現在的態度。」
初號機駕駛員培訓計劃提上了日程，令很多NERV工作人員松了一口，畢竟他們基地現在就有零號機和初號機兩台可用的EVA，若能同時啟動戰斗力立刻就翻倍，這當然是好事。
學校方面請了不定期假日的碇真嗣被葛城美里用一本大部頭砸在臉上，他面色糾結地開始閱讀學習這本厚度堪比字典的EVA駕駛相關知識與條例。
經過一段時間的理論學習和針對性的身體調整，又進行了幾次模擬艙測試後，碇真嗣終于被允許進行EVA的實際駕駛操縱。
作為駕駛艙的插入栓從針對綾波麗的0號模式轉化為全新的1號模式，緩緩插入了EVA初號機後頸張開暴露的孔洞，隨後固定裝置收回，插入栓完全進入EVA身軀，其後頸裝甲合攏封閉。
尚未完全接入EVA啟動的駕駛艙內光線暗淡，通過充斥著插入栓的LCL溶液獲取氧氣等維生物質的碇真嗣努力平復自己緊張的情緒，他按照工作人員的提示一步一步進行操作，不久後駕駛艙驟然明亮了起來，四周刷新出以初號機視角看到的停泊區。
EVA的感官神經接入完成，接下來就是等待固定裝置解除，開始同步神經連接控制EVA進行行動了吧
心中想著計劃步驟的碇真嗣，此刻卻听到了一聲仿佛近在耳旁的無奈抱怨——「終于進來了，真是麻煩啊」
唉？
碇真嗣還沒反應過來，就眼前一黑失去了意識。
在這一刻，EVA指揮大廳里不停匯報著各項檢測數據的繁忙工作人員中忽然響起幾聲驚呼——
「同，同步率出現大幅度波動！峰值接近百分之九十五。」「插入栓深度異常增加！」「駕駛員精神狀態出現劇烈變化！」
人們驟然緊張了起來，但在反復驗證後，他們發現初號機的情況還在可控範圍內，對插入栓的具體操作並沒有被阻塞，而且異常情況似乎正在飛快平復好轉。
見到這一幕，坐在司令位置上的碇源堂被手擋住的嘴角輕輕翹起，在他想來這應該是碇唯面對自己孩子做出的反應，這說明碇唯在初號機內的情況比預想的要好。
不過實際上初號機內發生的事情和他想的完全不一樣，他的老婆兒子早就被程斌轉移走養起來隨後用念氣模擬頂替了，初號機里發生的並不是母子見面互訴深情，而是程斌大刀闊斧的靈魂改造。
「在初號機環境下，碇唯和碇真嗣的靈魂接觸，其雙方變化的範圍相當大，比起一點一滴的引導，還是這種精神接觸信息爆炸方便改造。」
程斌一點一點干涉與碇真嗣相關的人，把他盡快送到初號機里，為的就是這個目的。
縱然碇真嗣是他用念氣模擬的傀儡化身，但不想引起使徒反應的話，這個化身必然要遵循著正常的軌跡生活，想用這個人類身份的化身去改變試探一些東西，程斌就得找個由頭把他合情合理地變成行為邏輯符合自己需求方便操縱的樣子。
真嗣進入初號機，和母親靈魂觸踫交流發生了奇妙的化學反應，整個人性格出現明顯變化並知道了一些奇怪的信息在物理層面上來說是完全符合兩者算法規律的，雖然發生這種事情的概率比較小，嗯，微乎其微
按照預設進行了一輪快速改造後，靈魂化身碇真嗣的意識重新上線了。
似乎眨眼間沉穩沉默了許多的碇真嗣配合著外面的工作人員進行了幾次初號機全面檢測，最終卻沒有找到之前異常的緣由。
在碇源堂的命令下，此事就此揭過。
不過預定的EVA運動測試就只能暫時擱置了，研究部門準備讓駕駛員退出初號機，停機仔細檢查一下初號機的變化。
但就在此時，刺耳的警報聲響徹整個基地。
接到沿著緊急渠道傳來的消息，NERV的人們不由得一愣——
等了十幾年，使徒終于來了。