程斌已經達成了他來到這個世界的主要目的，甚至收獲遠遠超出。
但他也沒有第一時間回歸內域零號世界。
一方面，程斌想看看智能程序承諾的，在它們離開後人類的情況；另一方面，他也對智能程序最關鍵的進化過程很感興趣。
所以程斌開始在數據的世界里漫游，一邊帶著好奇觀察智能程序們另類的社會景象，一邊等待最關鍵時刻的到來。
獲得了機械大帝提供的渠道與權限後，除了機械大帝管控的最核心區域，他可以任意訪問智能程序生活的數據網絡，包括且不限于模擬二十世紀的母體、被隔離的區域錫安、中間數據傳送區火車站
在研究虛擬世界底層數據結構的同時，在這數據的世界里，程斌看到了很多由機械大帝延伸而來，卻又獨立自主的智能程序，在完成本職工作的基礎上，它們都套著人類的數據對象作為外殼在網絡中活動，將數據轉化為圖像後可以看到各種各樣的人類外貌。
這種明顯會降低交互效率的人類外殼，各種智能程序卻樂此不彼，對這種情況感到疑惑的程斌從另一個黑客帝國劇本里知名的智能程序那獲得了答案——
在一個簡陋的平民房間中，程斌見到了除了尼奧外，擬人化程度最高的智能程序「先知」——一個看上去健康樂觀的中年女人。
在先知雜而不亂的房間里找個地方坐下後，程斌和織著毛毯的先知聊了起來，順路提到了之前疑惑的人類外殼的問題。
先知認真地編制著手里仿佛永遠編不完的毛毯，在听到程斌的這個疑問後，她停下手中動作，抬頭淡笑著對程斌輕聲解釋——
一來，模仿人類的行為方式，有助于它們對人類情感算法的探究，二來
縱然與人類之間曾發生過種族滅絕級別的戰爭，但思路清奇的智能程序並不像人類那樣會將仇恨銘刻在心，無論對人類采取什麼樣的行動，它們心底依舊尊重著自己的造物主，樂于模仿學習自己造物主的外貌言行，並以此為榮。
雖然不知道智能程序在進化前，它們眼里所謂的尊重和榮耀是個什麼鬼概念了
在感慨的程斌與先知聊天的過程中，意外的訪客來到了先知的房間——
風格一致的黑色長風衣、黑墨鏡，一個臉型寬厚的光頭黑人、一個盤著頭發的清瘦女人、一個短黑發的年輕男子。
墨菲斯，崔妮蒂，尼奧。
遵守著之前與機械大帝達成的協議，程斌調動著自己的權限將自己的身軀化為無影無形的存在，沒有被來拜訪先知的錫安人員發現。
尼奧一行身為以擺月兌智能程序控制為目標的錫安人員，卻被身為智能程序的先知以預言的形式引導著行動，真的有種莫名的諷刺感。
而看著幾人與先知的對話，看著這與電影劇本里高度相似的場景在眼前上演，程斌心底的感觸也是頗為復雜——雖然系統早已說過這不過是在接近無限的世界基數下匹配的結果，但程斌依舊有種現實與虛幻交雜的奇妙感觸。
在錫安的人員最後離開前，尼奧疑惑地看了眼房間里某個空無一物的角落，隨後回頭跟上了隊伍。
在幾人離開後，把椅子和身邊的東西一起化為無形的程斌重新現出身影，對著微笑看來的先知攤手聳了聳肩
經過了一段不長不短時間後，機械大帝等待的最後一刻終于到來。
智能程序想要進化成真正的智慧生命，但智能程序的頂點——機械大帝並不希望這種進化如同人類一般，讓和諧一致的智能程序產生過度的私心而分崩離析。
所以早就清楚探明了人腦運作機制的智能程序們，才會待在地球上默默等待著，一點一點地優化改良名為尼奧的智能程序，直至完全剝離了從人類那得來的感性算法里被認為是負面的那部分，探明了二進制生命正確的進化道路。
從尼奧身上被剝離的負面算法化為名為史密斯的可怕病毒，這個曾被尼奧入侵擊殺過的母體特工，如同預料的那樣，感染了包括母體與錫安在內的所有虛擬世界的程序，將自身復制到每一個程序對象與人類虛擬體上，令虛擬秩序全崩盤——雖然這些地方都在機械大帝專門畫出來的隔離圈子里。
雖然此時的尼奧已經知曉了大部分的真相，但在名為「愛」的程序引導下，為了拯救人類與自己的愛人崔妮蒂，他只能選擇將自我所有程式公開，讓機械大帝侵入獲取他當前的程序本源——那如同人類一般，充滿了情感，遍布著矛盾，既混沌又明確的神奇核心算法。
機械大帝就在這尼奧與史密斯的數據糾纏中，取得了最終進化的鑰匙。
在母體模擬的二十世紀城市里，史密斯與尼奧的最終決戰打的天翻地覆，但對于程斌與機械大帝來說，那不過是某些表層數據的交互罷了，結果在收獲了果實後就已經注定，擁有底層權限的機械大帝隨時可以將整個虛擬世界重置。
人類被史密斯覆蓋的只是虛擬世界里的數據體，本身並沒有受到什麼的影響，對于能夠操縱記憶的智能程序來說，想讓人類在毫無知覺的情況下恢復平靜的日常生活真是不要太簡單——
操縱記憶，真的是件非常可怕的事情，生活在虛擬世界中的人類，永遠不會知道自己的生活是不是剛剛才被創造出來的，不知道自己那些刻骨銘心的記憶與文明引以為傲的歷史其實並非真實存在，而是由數據轉化而來。
隨著虛擬世界被機械大帝重置，人類在無知無覺間就回歸了平靜的日常，一切都結束了。
在剔除了不需要部分的感性算法後，機械大帝所有的分支程序都載入了這來自尼奧的進化之鑰。
月球戰艦的最終調試，在進化的智能程序面前很快就完成了。
黑暗漫長的星際旅行，對于沒有多余負面情緒的智能程序來說完全不是障礙，而物質與能源的制約——
質量比鐵輕的元素會在聚變中釋放能量，質量比鐵重的元素會在裂變中釋放能量。
對于掌握了高級裂變與聚變技術的智能程序來說，任何非鐵物質都是可以利用的能源，而有了能量它們又可以將任何物質轉化為指定元素。
憑借月球戰艦儲備的龐大物質，它們可以在宇宙星空中航行遙遠的距離，直至到達另一個恆星系。
在漫長的飛行中，智能程序們將消化進化帶來的改變，在對自身社會與科技結構進行調整後，它們可以在絕大部分行星站穩腳跟並迅速地發展起來。
「智能程序和人類，會有在宇宙中再見的那一天嗎？」
站在現實世界的一處金屬建築頂端，程斌看著遠方巨大的球型戰艦緩緩從地表下升起，逐漸遮蔽了他的視野，無窮無盡的能量推動著龐大的星體向著黑暗的天空飄去。
當月球戰艦升起時，其龐大的體積帶來了無窮的震撼，那變化傾斜的弧線，幾乎令人懷疑自己的眼楮而產生錯覺——那種極具壓迫力的畫面，仿佛大地從天際抬起，向著自己的方向傾斜折疊，即將湮滅世間的一切
程斌無言地看著這一幕——這得要多麼可怕的能量，多麼恐怖的引擎，才能支撐著一個不知道幾千億億噸的東西月兌離地球引力飛上太空？還是說，機械大帝把月球內部挖空了？
如果一開始的交涉沒有順利進行，自己與機械大帝開戰了那會怎麼樣呢？
程斌為腦海中閃過的念頭搖了搖頭——以目前獲知的技術來看，機械大帝對有念氣目標小的他沒轍，但他也沒什麼辦法對付以星體為軀的機械大帝，恐怕他破壞的速度還沒有對方建設的速度快
是不是該考慮一下開發對星級的能力？雖然有點遙遠，但單純為了破壞的話，也不是沒有思路的
就在程斌思緒亂飄的時候，月球戰艦環繞著美麗的極光緩緩離開了地面，被混亂的反作用力、引力、電磁力波及的金屬大地艱難地申吟著，波浪般的震動席卷全球。
在這震顫中，程斌目送完成了最終進化的二進制生命們離開地球，開始了它們探索宇宙星空的旅途