獨孤整死了，被三支毒箭射死在獨孤府百丈之外，當消息傳出，在李唐朝野引起了軒然大波。李淵下旨將京兆尹于氏家方于筠革職查辦，由兵部尚書趙孝慈接任，又令刑部、御史台和大理寺會審獨孤整被刺殺的原因，此案由刑部牽頭，三司各抽精干之士聯合調查，限定十天查清凶手。
李淵又令太子李建成前去慰問獨孤氏，以示自己對舅父的誠摯哀悼，追贈他為鄭國公、加封上柱國，準許獨孤氏以國公之禮厚葬獨孤整。在收棺大殮之日，李淵卸下龍袍，以外甥這個私人身份下跪拜祭，可謂是關懷備至，贏得李唐朝野上下一片贊譽，皆贊李淵皇恩浩蕩、仁義至孝。
五天後，刑部拿出了比較詳實的調查方案，並指出獨孤整極有可能是被李密謀殺，理由有三︰一是射中獨孤整之冷箭是榆木制成，這是李密內軍的專門箭桿；第二個理由是在案發前一天，有三名南方口音的男子在凌雲酒坊要了一間客房，並詢問獨孤府所在，然後有人看到他們在獨孤府附近徘徊了很久，案發之後，他們再也沒有回到凌雲酒坊，他們離開得比較匆忙，連行李都沒有回來取，他們的衣服料子產自江南。
第三個理由更為合理，說是房玄齡的到訪，讓李密擔心隋唐休戰，致使隋軍全力攻魏，所以為了破壞隋唐締結合約，李密企圖嫁禍隋朝。
當然了，這三個理由都比較牽強，缺乏直接有力的證據來證實，所以無法出具正式證明，但無論如何，調查都將矛頭指向了李密。各種說法也因此在襄陽傳播，但官方始終沒有一個正式的說法，而在有心人的引導下，各種傳言越來越變得荒謬。
……
盡管襄陽城內眾說紛紜，但是對于李淵而言，他已經顧及不到城中的混亂了，只因房玄齡離開不久，周邊的隋軍便壓向了唐境。這一次，除了南陽、淅陽方向沒有異動之外，漢川、順政、漢陽、臨洮等地隋軍時不時的在大唐邊城耀武揚威，雖然沒有正式開打，但動不動就一箭飛上城頭，挑釁意味十足，使求援之信如雪花一般送到了襄陽。
這其實也是楊侗所執行的戰略欺騙，目的是讓李密以為隋朝秉承先唐後魏的戰術，同時也是為了進一步逼迫李淵，以讓李唐更快的陷入內亂之中，不讓李淵有充足的時間對關隴貴族采取溫水煮蛙的溫和手段。
李淵的主力盡皆駐扎在荊襄一帶，巴蜀雖不至于是兵力空虛，但除了各個邊郡之兵，內部也只有郡兵而已，這些不經戰事、久疏戰陣的巴蜀軍根本抵御不了身經百戰的隋軍，如果巴蜀丟失，李淵就只剩下荊襄五郡了。這是李淵絕不能容忍的事情，那麼李淵在四面受敵的情況下，他會抽調哪里的軍隊回防巴蜀？捉襟見肘的荊襄之軍顯然不可能，一是時間上來不及，二是身為帝都的襄陽也一樣重要，不能有失。如果他調荊襄軍入蜀，那麼漢水防線便會出現致命的漏洞，隋軍只需破開漢水大堤，便能水淹西城，第七軍順流而下，佔領西城郡和房陵，繼而佔領巴東，掐斷巴蜀和荊襄的聯系，致使荊襄得不到巴蜀的一粒糧食、一名援軍。與此同時，淅陽和南陽方向的軍隊也可以直指襄陽。所以擺在李淵眼前的只能繼續在巴蜀強行征兵，必然引導致李唐局勢進一步惡化，而楊侗就是要李淵走出這一步臭棋，營造出窮兵黷武的局面。
面對來自巴蜀的求援之信，李淵不得不推翻劉文靜之前的推斷，認為隋軍是真的對自己下手了，可是他想馳援巴蜀的時候，竟發現擁有三十多萬大軍的自己竟然兵力不足，無軍可派。
在御書房中豎起了一個大木架，一塊木板上釘著一幅李唐疆域圖，白旗代表唐軍兵力部署，而紅旗則代表隋朝的兵力情況，陳叔達和劉文靜在給李淵分析各地局勢，入宮稟報的李元吉站在一旁，似乎想說什麼，卻又因為顧慮到旁邊在外人在，不好說出口，只能耐心的等待著。
「聖上也不用太過著急，我們本來就危機四伏，現在只是危機真正降臨了而已，其實真實的處境和之前區別不大，只要我們借助山川之便，應對得當，依舊可以堅持得下去。」
陳叔達一邊安慰李淵，一邊用木桿指著木架上的地圖，沉聲解釋道︰「目前我們在漢水防線投入了十二萬軍隊，包括襄陽、夷陵的新兵在內，荊襄計有二十二萬之多；在清化、義城、武都、宕昌、同昌各有一萬；蜀郡的兩萬新兵和通川、巴西、普安、平武、汶山各郡的五千郡兵，是巴蜀的第二道防線，以及後援。加上襄陽兩萬元從禁軍、兩萬新軍、一萬武川卒，共有大軍三十八萬左右，這就是我大唐的全部兵力。」
「隋軍現在雖然大舉來犯，一時之間雖然有些出人意料，卻也在我們的意料之中，只是來得太過突然，讓我們慌了手腳。但巴蜀山川險峻，隋軍一時也攻不下來，我們可以將通川和巴西的郡兵支援清化、普安支援義城、普安和平安支援武都、汶山支援宕昌，蜀郡的兩萬新兵則移到巴西郡，隨時支援出現破綻的防線，這樣雖然使這六郡沒有駐軍，但只要外圍防線在手，隋軍也飛不過來。」
「其實我軍如果防守得力，不僅可以穩住局勢、以戰練兵，甚至還可以借助山川地利之便殲滅一部分主戰隋軍，戰事拖得越久，隋軍的兵力、士氣、作戰意志消耗越大。反觀我軍，則是士氣越高、慢慢向精銳之師蛻變。我大唐只有隋朝一個敵人，而楊侗還有李密、林士弘等敵人，要是隋軍在某處戰場出現重大失誤，各路諸侯不用我大唐聯絡，便會不約而同的反攻，雖不至于讓隋軍全線潰敗，但是對于我們來說，至少獲得了寶貴的喘息時間，軍隊也在戰斗中得到成長。接下來拼的就是韌勁和國力了。」
「今之楊侗，宛若氣勢如虎、睥睨天下的曹操，可後來屢屢被東吳、蜀漢反攻，赤壁之戰的損失慘重是一個原因，另一個原因是曹魏上下殺伐半生，這股氣勢一泄，便沉浸于安樂之中，失去了以往奮進之志。反觀生活在曹魏的威壓之下的蜀漢、東吳，他們總是有一股焦慮感，總是拼命驅趕自己走向強盛，氣勢和爭勝之心在此消彼長之下，反攻之事自然也就越來越多。」見李淵面色蒼白，害怕之極，陳叔達便拿三國之事前來安慰。
劉文靜也說道︰「巴蜀易守難攻，只須派遣善戰之將居中調度即可無礙，而身為大唐核心所在的荊襄才是重中之重，微臣以為他們是要把巴蜀之軍拖在巴蜀，無法支援荊襄，不過我們雖然不能調巴蜀大軍，但是晉王在夷陵的七萬大軍，至少有五萬人可以隨時調動，這五萬軍不管是投向巴蜀也罷、投向荊襄也好，甚至還能以圍魏救趙之策反攻南郡，在舂陵軍的掩護之下，佔領沔陽、江夏、永安、安陸、義陽和漢東等郡。所以微臣再三勸說聖上在夷陵組建第二道防線，原因就在于此。」
如果說陳叔達的話給了李淵一點安慰，那麼劉文靜的反攻設想，卻讓李淵心生厭惡，他猛然起身，怒道︰「疆土丟了，至少還有軍隊，軍隊丟了，一了百了。五萬新兵能佔領南郡、沔陽、江夏、永安、安陸、義陽和漢東？這簡直是天大的笑話，朕也打仗過，不是不知兵事的蠢貨。」
劉文靜嚇得不敢再發言，歸根到底，還是皇帝讓楊侗打怕了，已經失去進取之心，現在不但不敢打，甚至挑戰楊侗的底線都不敢。
李淵似乎到自己的語氣不好，嘆息了一聲，緩緩的說道︰「朕也想擴軍百萬、也想反攻，恨不得明天就可以收復關中、收復並州，打到洛陽…但是我們沒有錢糧、沒有人口…朕能怎麼辦？現在我們只能穩住一陣子，把軍隊訓練強大了再說反攻之事。」
他見李元吉向自己不斷的使眼色，頓時臉一沉道︰「有話直說，是否合理朕會做主！」
李元吉上前一步，道︰「父皇，荊襄和巴蜀並非沒有人口，並非沒有兵源，關鍵是看父皇能不能下決心。」
李淵皺眉道︰「哪來的兵源、人口？」
李元吉恭恭敬敬的說道︰「父皇，在大業大亂中，北方大地遭到極大破壞，大量人口逃離戰亂之地，南陽平原人口最多的時候就有四百多萬人，這里是吃人魔王朱粲主要活動的範圍，在他的破壞之下，百姓紛紛四散而逃；當時李密和王世充又在大戰，而蕭銑治理的荊州卻比較安靜，于是百姓主要都是逃到了襄陽、舂陵、房陵等郡。而巴蜀，也接納了很多關中流民，可是據兒臣所知，這些人始終沒有登入官籍之中。若是我們效仿隋文帝，在荊襄和巴蜀嚴厲的執行‘輸籍法’，怎麼說也能獲得兩三百萬人吧？人有了，稅賦、兵源不用愁。」
一番話說得李淵怦然心動。
這個‘輸籍法’是隋文帝制定各戶等級和納稅標準的辦法，他利用這一手段搜括隱藏戶口，以防止百姓逃稅和抑制士族、豪強佔有人口，從而確保朝廷收入，加強集權
當時的天下經過幾百年動蕩，使戶口隱漏日趨嚴重，世家大族、豪紳富戶蔭蔽了大量無地或少地的百姓，朝廷直接掌握勞力極少。尤其是打來打去的北方，由于有未婚者只繳一半租稅的規定，致使地方戶籍出現了一家只有一人的登記情況。有的世家門閥，一戶之內藏匿數百家，人數多達十多萬，朝廷賦稅收入因此而銳減。此外，不少百姓為了逃避繁重的賦稅徭役，或在法定服役年齡弄虛作假，或是隱瞞戶口。這些現象嚴重影響朝廷的賦稅徭役，削弱了朝廷的力量，同時也使均田制很難付諸實際。
文帝先在北方清查戶口，整頓戶籍，編制「定簿」，以此為依據來收取賦稅。僅在開皇三年這一年，就清理出包括五十萬丁男在內的一百六十多萬人。
開皇五年，嘗到甜頭的隋文帝在全國大索貌閱，核點戶口。所謂「大索」就是清點戶口，對在籍編戶成員的姓名、出生年月、相貌和身體特征都詳細記錄在冊；所謂「貌閱」，則是將百姓與戶籍上描述的外貌一一核對，驗明正身。規定凡出現戶口不實的情況，地方官吏里正、保長、黨長要被流放，處罰相當嚴厲。同時又規定凡堂兄弟以下親屬同族必須分戶，大大增加朝廷的財政收入，壯大了隋朝國力。
但大索貌閱並沒有從根本上改變世家門閥和朝廷爭奪人口的現實，只要朝廷有賦稅徭役，就不可能從根本上有所好轉。在這種情況下，文帝采納了高的建議，實行了「輸籍之法」。即由朝廷制定「輸籍定樣」（劃分戶等標準），每年正月五日縣令派人出查，令百姓五黨（五百家）或三黨（三百家）為一團，以「輸籍定樣」標準重新劃分戶等，以作為征調賦稅、力役依據。由于朝廷規定的賦稅、力役遠低于世家門閥對佃農的剝削量，致使許多依附在世家門閥的佃農紛紛月兌離，主動向官府申報戶口，領走國家發放的土地，按規定納稅服役，成為朝廷的正式編戶。
大隋立國之時，全國人口不足400萬戶，而到了仁壽四年，在冊的已經高達890萬戶，人口超過5500萬，通過這些龐大的人口基數，開皇九年墾田地2000多萬頃，大業中期已墾田地高達5585萬頃，而這還只是清查佃農所得的人口，以及官方土地，世家門閥的土地和藏匿的人口並沒有算計在內。
隋文帝的成功是李淵對李元吉提議動心理由之一，更關鍵的是他在荊襄、巴蜀緊急執行的滅佛行動卓有成效，官府新增耕地面積高達三十多萬頃，登記在冊人口增加了十幾萬戶。
這些戶籍大都是由逃難流民，和強制還俗成家的寺廟和尚尼姑組成，而作為對李淵滅佛行動、以及尊道觀為國教的回報，觀樓道為首的道教主動上繳了一部分田產，並釋放一些寄存在道觀名下的農奴，而這僅僅只是開端，如果依照李元吉的的建議，把‘輸籍法’貫徹到世家門閥之中，至少還能增加百萬戶、四五百萬人口，這就意味著稅賦收入下滑的趨勢將得到根本性扭轉，這樣就再也不用看關隴貴族的臉色來執政了。
而劉文靜和陳叔達相顧駭然，他們知道李元吉此策是打算對荊襄和巴蜀的世家門閥下手了，這一次不止是錢糧、還包括了人口和土地。
但兩人現在卻都不敢再勸什麼，皇帝剛才有話在先，李元吉才敢當著他們面說這話，如果這時勸告，必然惹來殺身之禍，尤其是知道獨孤整之死真相的陳叔達，更加不敢多說什麼，皇帝連扶持他立國的親舅都殺，他陳叔達又是個什麼東西？所以兩人心中固然大急，卻也不知道應該如何是好。
這時，李淵看了他們一眼，淡淡道︰「你們先退下吧！」
「微臣告退！」劉文靜和陳叔達心知皇帝有機要之事和齊王商議，兩人行禮退下。
到了宮外，陳叔達憂心忡忡的說道︰「劉相，這該怎生是好啊？如果聖上動了關隴貴族的命脈，大唐一定爆發內亂，到時候隋軍若是從四周來犯，大唐就危險了。」
劉文靜嘆了口氣，悵然道︰「我大唐王朝確實承受不了內亂代價，可惜的是聖上已經不再听我們我良方相勸了，我們也沒辦法。」
兩人無計可施，只能指望聖上不要一時沖動，白白便宜虎視耽耽的楊侗。
御書房內，李淵對李元吉不吝夸贊︰「皇兒懂得利用輿情來分擔朝廷壓力，利用百姓言論，將矛頭指向李密，這一手做得相當漂亮。」
「這是父皇教導有方。」李元吉拱手一禮，恭恭敬敬的說道︰「兒臣自幼生活在父兄的羽翼之下，不知天高地厚，以前犯了不少大錯，如今回想起來，實在是羞愧之極，自此以後，兒臣自當痛改前非，為己之力，竭盡所能為父皇分憂。」
「皇兒這兩年進步很大，朕很欣慰。」李淵對兒子的態度很滿意。
李元吉心中得意不已，‘唯父命是從的孝子’是韓志替他策劃出來的形象，不愧是自己倚重的軍師，果真把父皇心思模得通透，只是一番表態就讓父皇把自己之前的胡鬧形象拋諸腦後，這讓他心中對韓志更加信任了。
「對了，襄陽街頭巷尾現在如何？」
「稟父皇，兒臣讓武川司嚴查造謠者，經過這幾天的努力，襄陽的混亂狀態已被制止，現在的輿論都指向李密，再也沒有對朝廷不利的聲音。兒臣抓了數百名散布謠言者，從他們口供來看，應該是被有心人指使，與縱火犯同一批人，兒臣懷疑是獨孤氏所為。」
「抓到確鑿證據了嗎？」李淵追問道。
李元吉遲疑道︰「兒臣正在追查，或許因為風聲緊，真凶被藏匿了起來。」
「真沒用！」李淵的臉說變就變，極為惱怒地重哼一聲，怒斥道︰「你到底要他們興風作浪多少次才能給朕一個滿意答復？」
李元吉小聲道︰「兒臣會加大力度，一定給父皇滿意交代。」
「好！朕再等幾天，你務必要把這伙人的扭出來。」李淵手中有獨孤整大量通敵罪證，也相信縱火真凶是獨孤府的人，更有能力把獨孤氏一網打盡，但他和當初的楊侗一樣，生怕獨孤氏強大的暗勢力，對他進行無休無止的刺殺，他希望李元吉先將這股勢力連根拔起之後，再對獨孤氏的光明勢力下手。
李元吉鄭重道︰「兒臣明白！」
李淵點了點頭，轉移話題道︰「你對‘輸籍法’有何看法？如果朕要在全境內執行，你覺得朕應該如何來做？」
李元吉精神一振，連忙說道︰「兒臣覺得關鍵在于關隴貴族的私軍，這些人久經訓練、裝備精良，不亞于我大唐最精悍之師，集結起來的話少說也有幾萬人，如今我大唐形勢不安，這些人早就蠢蠢欲動，若是隋軍來犯，關隴貴族從巴蜀起兵呼應，麻煩就大了。」
「你說得不錯！」李淵對兒子的表現很滿意，很想听听他有何良策，鼓勵道︰「繼續說下去。」
「喏！」李元吉越發恭敬了，低聲道︰「如果父皇搶先發難，剝奪關隴貴族的私軍，他們就是一群待宰羔羊。到時候可以用他們田莊獎勵有功將士，激勵士兵奮勇作戰，也可以安置佃農、奴僕，卸下關隴貴族的利器，從而讓各種政令暢通無阻，消除一切內憂，最終讓朝廷上下能夠全力對外；至于繳獲的錢糧既可以補充國庫和軍餉，也可以獎勵軍功，這會增強我軍戰斗力。」
李淵沉吟不語，這確實是一個良方，與他之設想不謀而合，在大方向並沒錯，只是很多細節需要逐一完善，這也是他手執獨孤整罪證，卻不能暴發的根本原因。
其實早有關中之是，李建成就主張效仿大隋，執行均田制，重賞有功將士，只是朝廷當時沒有多少土地，根本無法執行下去，如果這次能夠沒收關隴貴族在巴蜀、荊襄的田莊，朝廷就有擁有大量田產，均田制和獎勵軍功的方案就能順利實施。
幾年前，在李淵聲望最鼎盛之時，李建成就說長痛不如短痛，不能縱容關隴貴族，不能讓他們滲入太深，以免成為尾大不掉之勢，最終導致隋朝舊重在大唐重演，但李淵並沒有答應，因為關隴貴族是最倚重的根基，在天下一統之前絕不能做出自損根基之事，但自從關隴貴族綁架民意，不允許朝廷遷都之事發生後。李淵對關隴貴族的信任漸漸淡去，前幾天獨孤整的罪證出現，以及多家家主集體拜訪房玄齡之事，讓李淵將關隴貴族視為心月復之患。
出于此緣，李淵對李元吉提出整治私軍、沒收田產人口的倡議一點不反感，大有深得我心之念，當然這一切的前提是奪走他們軍隊。
李淵沉思良久，對李元吉說道︰「皇兒的建議非常好，不過事關重大，稍微不慎，巴蜀將陷入曠日以久的戰亂之中，最後只會便宜了楊侗，為父需要再好生謀劃一番！」
「父皇，巴蜀不僅是我大唐的大後方和產糧重地，但同時也是關隴貴族的天下，若沒有一個可信之人提前布局，兒臣擔心他們利用軍中勢力，放隋軍入蜀。」
「轟」
李淵直覺腦袋像是被鐵錘狠擊一般，腦子里轟然炸響，眼前金星亂跳，短暫的眩暈了一會兒。
關隴貴族當初就是利用自己在軍中的子弟、門生、故吏打開各道門戶，放唐軍南下，李淵這才迅速攻佔並州和關中。
關隴貴族會不會放隋軍入蜀？
李淵的答案是會！
他千算萬算，唯獨少算了這一點。
若非李元吉提醒，恐怕巴蜀丟失了，他還不知道，冷汗涔涔的問道︰「皇兒覺得何人可信？」
「本來大哥是最合適的人選，但是父皇需要大哥在身邊輔佐，大哥肯定走不了；二哥是我大唐難得的大將，也只有他坐鎮夷陵，我大唐才不至于被隋軍接腰斬斷，所以二哥也走不開。」
「不錯！」李淵點頭贊同。
李元吉感覺到父皇對自己的信任，心知機會來了，鼓足勇氣道︰「父皇，兒臣治政不如大哥、治軍不如二哥，但替父皇剪除不軌之徒的能力卻是綽綽有余。因此，兒臣效仿先賢，向父皇自薦。」
李淵微微一愣，但想到巴蜀是內部問題，不需要與隋軍作戰，而且李元吉接手武川司以來的表現，都符合自己的心意，思來想去，發現李元吉比李建成、李世民還要合適。
一念至此，又問道︰「武川司怎麼辦？」
李元吉明白父皇答應了，心下狂跳不已，努力平復了心中的激動，以一種平靜的口吻道︰「武川司這段時間由韓志掌控，做得相當不錯，兒臣覺得他可以真正的代替兒臣。」
李淵沉吟半晌，又問道︰「皇兒覺得這個韓志，可靠嗎？」
「兒臣認為他很可靠，因為他是低賤的商人出身，背後沒有任何一個勢力在支持，他這些日子得罪了很多很多世家門閥，如果一旦失去朝廷的庇護，怎麼死都不知道，所以，他要想活下去只能忠誠于大唐皇族，說句難听的話，他除了當皇族的忠犬，已經無路可走。」
「哈哈！皇兒說得好……」李淵豁然開朗，笑著說道︰「皇兒心思縝密，為父放心了。這樣吧，朕就任命你為了益州道行台尚書令。不過你千萬不能再像太原那會兒，胡作非為。否則的話，為父也饒不了你。」
李元吉心下一寒，連忙承諾道︰「父皇盡管放心，兒臣知道我大唐已經到了生死關頭，哪敢浪費大好時光、辜負父皇的信任？」
「嗯！皇兒能這麼想，為父徹底放心了。」李淵這才滿意一笑，鄭重交待道︰「為父有對付關隴貴族的法子了，你到了成都以後，先培植忠于大唐的勢力，先剪除土生土長的巴蜀豪強，千萬不要急著對付關隴貴族，輕舉妄動只會誤了朕的大事。」
「兒臣會在成都靜候父皇命令。」
李淵很滿意兒子的態度，「另外有一件重要之事交給你去做！」
「請父皇吩咐！」
李淵嘆息道︰「朕也不知道荊襄能不能守得住，若是失守了，我們只能撤入巴蜀，到時候，成都就是我大唐的國都。你啟程之時，帶工部的一些工匠入蜀，以陪都的名義擴建成都、興建行宮。」
危妙的形勢，讓李淵想到了李建成當初說的’退守巴蜀、關閉四塞、西向西南發展‘的戰略
「兒臣遵命。」李元吉心領神會，所謂的陪都、行宮，規模肯定不能比襄陽小。