「既然你誠心誠意的發問了。」
「我們就大發慈悲的告訴你。」
「為了防止世界被破壞。」
「為了守護世界的和平。」
「貫徹愛與真實的邪惡。」
「可愛又迷人的反派角色。」
「武藏！」「小次郎！」
「我們是超越過去的熱血青年。」
「光明，光一樣的明天在等著我們！」
「就是這樣的喵~」
「啊~哈哈嘿！」
水脈市的一家燒烤店，武藏正和小次郎以及喵喵吃著燒烤喝著啤酒，為了防止他們喝多，阿鵬在一旁看著，沒想到他們居然又搞出了新的登場台詞……
許久的分別讓他們更加珍惜眼前的時光，但武藏已經不是以前火箭隊的武藏，她有著自己的明星夢；小次郎也不是以前火箭隊的小次郎，她正為地球生態獻出自己的一份力；喵喵也不是以前火箭隊的喵喵，它也在為打敗小智的皮卡丘而努力著…他們都懷揣著夢想，心中便有著無限的動力！
至于「葉綠-x」試劑的事，阿鵬問過小次郎，他說其實當初給自己的那箱正是「葉綠-x」試劑的抗體！當初做「葉綠-x」試劑的實驗時，小次郎的尖牙籠染上藥劑但並未被感染，之後小次郎提取了尖牙籠的dna，最終制成了第一批抗體，也就是阿鵬手中的那箱，但因為藥效不太穩定，因此還需要交給莫森博士做進一步的研究，這也是小次郎的一個計劃，讓所有對「葉綠-x」試劑虎視眈眈的野心家知道試劑就在阿鵬手中，只要稍微調查一下就會知道神之鵬的實力，這樣也會給他們不小的威懾力，但沒想到這次比夏斯竟然拿武藏來威脅他！而且他始終認定真正的試劑仍然在小次郎手中，這才鬧出這麼大的風波…小次郎始終對阿鵬懷有愧疚之心，特別是听說了千雪那件事後，更是自責不已。
得知真相的阿鵬並沒有責怪小次郎，因為理解，所以原諒。之後阿鵬又將小部分「葉綠-x」的抗體交給樞木集團的醫科部，一方面是要他們先留有資料，防止日後再出現時又是無藥可醫，另一方面讓他們再次確認一下抗體的成分，之後交給喬伊小姐給那些癱瘓在床的草系神奇寶貝注射，過了一夜，君沙小姐打電話來說它們的情況已經有了好轉，阿鵬這才松了一口氣。
「君沙小姐，事情結束了嗎，比夏斯他…」第二天一早，阿鵬接到君沙小姐的電話就立刻往警視廳趕去，喵喵也是和武藏與小次郎分別。
到了警視廳，按照流程阿鵬錄了口供，然後君沙小姐帶著阿鵬去看被關押的比夏斯，他好像有些神志不清，目前根本連審訊都無法進行。「你也看到了，他怎麼會變成這樣？我問過雷嗣，他說比夏斯好像是看到你受到了刺激，然後就暈了過去，醒來之後就是這樣了…」君沙小姐把目光再次轉向阿鵬，[難不成他對比夏斯做了什麼？]
「呃…就算君沙小姐你這麼看著我，我也不可能把一個大活人嚇成這樣，你說呢？」阿鵬撓了撓腦袋，其實他原本只是打算嚇嚇比夏斯，最後的懲治還是要交給法律，可沒想到這一嚇竟把他嚇得精神失常…
君沙小姐點了點頭，他再怎麼厲害也終究是個少年，比夏斯一定是因為別的原因才變成這樣的…「好吧，再次感謝你的協助！」說起來君沙小姐不得不感謝阿鵬，沒有他這麼大膽的計劃，自己還真是一點辦法都沒有，而且比夏斯隨時都有可能在水脈市的港口乘船離開，這次好在是趕在了他前面，不然結果將不堪設想！
「對了，之前和你一起的那個小姑娘，她好像有點不舒服，你去~」君沙小姐還沒說完，阿鵬立刻叫出暴蠑螈，然後跳到了它的背上。
「誒~我還沒說完呢！她在帷幕市的神奇寶貝中心!」君沙小姐大聲喊道，但暴蠑螈已經飛遠了，不知道阿鵬有沒有听到……
雖然城鎮內是不允許訓練家乘神奇寶貝飛行的，也不知道當年cd聯盟給自己頒發的那個自由證書在神奧能不能用，但阿鵬也管不了那麼多了，暴蠑螈直接火力全開，以最快的速度朝帷幕市趕去……
推開神奇寶貝中心的大門，阿鵬立刻走到喬伊小姐的櫃台前，「喬伊小姐，請問這里有沒有一個叫鈴木千雪的女孩？」
「鈴木千雪…她不就在那里嗎？」喬伊小姐想了想，然後笑著指了指大廳的一角，只見千雪和拉魯拉斯正玩著游戲，看到她這麼有活力阿鵬也就放心了，接著走了過去。
「你不是身體不舒服嗎，怎麼不好好在床上休息？」阿鵬就站在千雪旁邊，但她貌似沒有注意到阿鵬，直到阿鵬忽然一句話，差點嚇到千雪。
「阿鵬你怎麼走路不發出聲音的…嚇我一跳。」見是阿鵬，千雪松了口氣，「我昨天只是有些著涼，但已經喝過藥了，現在已經沒事了。」千雪說著活動了一下手臂，阿鵬無語…你又不是傷到胳膊了……「阿鵬你看她好聰明，每次都能猜到我選的數字，我都沒贏過她。」千雪指著桌上的撲克牌，看樣子她應該是在和拉魯拉斯玩猜數字游戲。
阿鵬一手遮臉再次無語，「那時因為她是超能系神奇寶貝，用超能力隨便一看就知道了，話說千雪你是真不知道還是在逗我？」
拉魯拉斯立刻羞愧地垂下了腦袋，原本就看不清的臉如今被她那顆腦袋全部遮住了。千雪一把將拉魯拉斯抱在懷里，然後嘟起小嘴，「什麼嘛~好不容易拉魯拉斯跟我說說話，你干嘛傷了她的心。」
「好吧，我的錯，下次不會了。」阿鵬一臉真誠地道歉，但心里卻在吐槽千雪，[說的好像他會心電感應一樣……]「對了，我還要去找一下雷嗣，正好你再休息一天，我們明天再出發。」阿鵬忽然想起來那些暗黑球還在雷嗣那里，炎帝、水君、雷皇作為鳳王的守護聖獸，和急凍鳥它們佔有同樣高的地位，當然阿鵬不能將它們佔為己有，君沙小姐已經將捉到比夏斯的消息上報給了神奧聯盟，相比渡現在應該已經知道了，那麼無論是暗黑球還是暗黑三聖獸都是要上交的。
阿鵬出門打了車，不到十分鐘就到雷嗣的飼育屋了，與上次不同，這次在庭院內阿鵬看到了真嗣的神奇寶貝們，土台龜正曬著太陽，電擊獸在樹下打盹，紳士鴉在光禿禿的指頭上休憩…雷嗣剛好從屋里走出來，看到阿鵬後也是立刻打起了招呼。
「阿鵬，君沙小姐那邊已經完事了？」
「嗯，這下比夏斯總算是落網了，只可惜他幕後的買家沒能查出來，不然就能一網打盡了，現在只能等他清醒一些再審問他了。」阿鵬當時只想著從比夏斯那里「問」出小次郎和武藏被關押的位置，卻忘了還有委托人！「先不說這個，之前讓你保管的暗黑球…」
雷嗣「哦~」一聲，「放心，我把它們藏起來了，跟我來。」雷嗣說著領阿鵬走進了房間。到了里屋，雷嗣將床下的箱子取了出來，正是昨天用來糊弄比夏斯的那個指紋箱。
雷嗣按下手指，箱子打開，里面放著三顆黑色的寶貝球。「誒！怎麼少了三個？」雷嗣立即露出吃驚的表情。
「你說什麼！！！」阿鵬的眼球瞪得老大，然後連忙將三顆暗黑球打開，里面全是空的！「不見了！丟失的一定是裝有三聖獸的那三顆，一共是有六顆的對不對！？」阿鵬問雷嗣。
「沒錯，我從比夏斯身上一共找到了六顆暗黑球，而且昨天下午又確認了一遍，確實都在啊！」雷嗣也覺得見鬼了，「而且這必須有我的指紋才能打開，按說不可能丟的啊！」
忽然~阿鵬抓住了雷嗣的胳膊。「你說你昨天又確認了一遍？」似乎是想到了什麼，阿鵬抓住雷嗣便問道。
「是的，昨天有個年輕人說要寄放神奇寶貝，但又說自己跑了老遠的路，想討杯水喝，我就去給他沏茶了，可當我端茶過來時，他已經不見了！出于小心，我立刻就取出箱子確認了一下，那些暗黑球還在，我便放心了，但不久我有接到了一個從公共電話亭打來的電話，說要我取一個包裹。我拿到了那個包裹，但上面卻寫著收件人是你，我就沒有打開它，就在那兒。」雷嗣說著指了指放在他床頭的那個包裹。
上面確實寫「神ソ收」，阿鵬小心翼翼地將它打開，里面是三顆暗黑球以及一張醒目的字條……