同治十年七月，曹毓英等人在閩浙之地與靈桂處理完了全慶留下的爛攤子之後，就押解著犯官帶著楊乃武與小白菜一起上京了。在同治十年八月初之時，眾人來到了京城之中。
載淳在知道全慶被抓歸案之後，同時下旨將左都御史綿森下獄，理由很簡單，徇私枉法，在楊乃武與小白菜一案之上，包庇全慶及其子豐泰。
在吏部尚書全慶與左都御史下獄之後，在東北的吉林將軍、黑龍江將軍與盛京將軍同時上折，請求軍隊整編。這是在向載淳賣好，他們也都看出來了，恭親王大勢已去，已經無力再回天了。
而現在的整個大清，也就剩下這三位將軍了，三人手中也有近十五萬人馬，並且駐守在旗人發家之地，載淳也沒敢輕率的就派人整編三人軍隊，怕事得其反，因為現在與俄國之戰一觸即發，現在的東北還應以穩為主，此時千成不能出現什麼亂子。
所以此時載淳與眾位大臣商議之後，決定暫時對三位將軍先不進行更換，待與俄國之戰結束之後，再對三處軍隊進行調整。另載淳沒有想到的是，就是因為這個看似比較穩妥的決定，差一點導致對俄之戰失敗，這些都是後話。
直隸、四川、陝甘、湖廣四地再經過一年的吏制變革之後，已經初見成效。而在朝堂之上，也不會再有人搗亂了。現在就等將閩浙的這批地方官員處理之後，就決定在整個大清推行這套吏治。
而此時的曾國藩在湖廣之地不幸染病，所以上書請求致仕，載淳也是再挽留，但曾國藩去意已決，載淳沒有辦法，最後也只能同意，但俸祿照發。同時載淳就此事，還明發一道旨意，今後官員致仕之後，俸祿還照常發放。這就是最期的退休金吧，但同時也解決了官員們的後路，使他們致仕之後，不必再為生活擔憂。
載淳在知道曹毓英等人進京之後，先召見了楊乃武與小白菜兩人。
載淳見到兩人之後，心中也是頗多的感慨，楊乃武的一條腿瘸了，而在這個時代，就相當于宣布與官場無緣了，因時此時的官場還是很重視儀容的。而小白菜呢，其結果會更慘，被豐泰強暴之事已經暴露出來，在這個時代，女子失去了貞潔，比死了還不如，而這麼一個弱小的女子在這個社會上又怎麼生存呢？
同時楊乃武與小白菜兩人經歷此事之後，心靈一定會受到極大的打擊，用後世的話說，一定會留有心里陰影的。
就在載淳為兩人後路感慨之時，兩人已經跪在地上，口稱謝過皇上的救命之恩。
載淳听後，命太監將兩人扶了起來，苦笑著說道︰「你二人還要如此感謝朕，朕心里不愧啊，如果朕要是早整頓大清官場，你們二人也許就不會經歷此等事情了。
對了，葛畢氏，皇太後也听說了你們的事，也很是唏噓，知道你進京之後，也想見見你，你就先去慈寧宮吧。」
載淳說完之後，就有一名太監過來，領著小菜去慈寧宮了。
載淳待小白菜走了之後，又接著說道︰「書勛啊，朕知你以前是舉人之身，是被那些個貪官給破害的，現在朕就恢復你舉人之身，以還你清白。」
楊乃武听後，再次跪倒在地，有些泣不成聲的說道︰「草民謝皇上大恩。」
載淳說道︰「書勛，起來吧，現在也不是什麼朝會，就不用總是跪呀跪的了。朕知你一耿直之人，本來有著大好的前途，朕也不是以貌取人之君，但有些官職還是有些不便。朕想听听你今後有何打算呢？」
楊乃武听了載淳的話，面色就是一暗，他也知道載淳說得全是實話，但做為一國之君，還能想得如此周全，也著實是不易。
楊乃武在經此事之後，怎麼說也算是從鬼門關走過一遭的人了，所以也顯得成熟了很多。不再象以前的那種憤青了。
楊乃武還是很感動，說道︰「皇上日理萬機，還為草民之事費心，草民真是惶恐。此次草民能死里逃生，全是借皇上之福，所以草民也不再有什麼奢求了，回家鄉之後，或者教書，或者養蠶，陪在姐姐與愛妻身邊，過一些個安穩的日子，不使她們再擔心了。」
載淳知道此時的楊乃武有此情緒低落，還象是看塵世一般，不過載淳還是很欣賞楊乃武的才華的。
載淳說道︰「書勛，你也不用太過悲觀，現在大清正值用人之際，似你這種有才華之人，還有什麼可發愁，你身體雖然不適合為官，但也還是有很地方可去的。現在朕就給你指兩條路，你可以自己選擇。
第一條就是中華報的編輯，用你的一支鐵筆，寫下絕世之文章，來喚醒世人。這第二條路說起來就不如第一條路了，這條路不會象編輯那樣為世人所知，但卻對大清更加重要。
你應該听說過皇家情報局與皇家調查局吧，而此時的皇家調查局則缺少一個副手，但這個工作的性質就是如此，不會讓人熟知，是大清的情報部門。」
楊乃武听了載淳的話，心中就是一愣，對載淳能夠如此的看重自己，真是激動萬分。同時楊乃武也認真的考慮了，現在自己身體有殘，同時在官場之中以得罪了如此多之人，難免會再次遭人報復。而第一條路又很容易為世人所知，也許下一次就不會有如此幸運之事了。
而說回鄉教書或養桑，更是楊乃武不成熟的想法，再回閩浙之地，楊乃武也有一些膽怵。而載淳為楊乃提供的第二條路，正合楊乃武心意，這樣就可成為載淳的心月復，還有誰再敢找麻煩呢，同時也不易被人知，所以楊乃武就應下了第二條路。
載淳又說道︰「書勛，朕看得出畢秀姑對你有意，不如朕與你人撮合此事如何？」
楊乃武正臉的道︰「皇上，此事萬萬不可，並不是我楊乃武對畢秀姑懷恨在心，但是如果我二人真的在一起，那也就坐實了我二人有私情之事，所以……」
載淳听後，哈哈一笑，說道︰「無防，朕也只是一說而矣，你也不必當真。這樣吧，書勛經此大難，你姐姐與你妻子也一直為你奔波，朕就給你一個月的假，一是將身體養好，二是好好陪陪她們二人，至于你在京城之中的住處，朕會讓人替你安排好的。」
而小白菜也沒有同意慈安皇太後撮合二人的提意，最後小白菜說自己罪孽深重，出家為尼了，說是在青燈古佛之前，一是贖自己的罪，二是為大家祈福，保佑大家平安。這也許是小白菜一個不錯的歸宿吧。
載淳然後又召見了曹毓英等人，了解了一些閩浙的情況之後，對現在的閩浙官場還算是比較滿意。然後載淳下旨，取消各部尚書之名，為部長或署長。同時將軍處更名為國家事務院。
李鴻藻為大清國家事務院第一任總理。同時下旨取消了除新疆與蒙古兩地之外的總督之職，調李鴻章、駱秉章、靈桂等為副總理，調楊岳斌為軍務部部長……載淳此次徹底的進行了一次人事調整，將朝權掌握在了手中。